# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.087 0.075 0.095 0.185 0.079 0.044 0.027 0.038 0.053 0.227 0.089 2 T 0.065 0.265 0.136 0.037 0.188 0.031 0.037 0.067 0.065 0.076 0.032 3 K 0.196 0.160 0.022 0.005 0.418 0.008 0.026 0.045 0.041 0.032 0.047 4 L 0.300 0.119 0.014 0.004 0.434 0.008 0.011 0.023 0.023 0.018 0.046 5 I 0.143 0.141 0.020 0.008 0.534 0.022 0.042 0.032 0.015 0.017 0.026 6 S 0.328 0.103 0.031 0.009 0.348 0.006 0.008 0.012 0.013 0.049 0.094 7 V 0.049 0.454 0.182 0.014 0.251 0.010 0.008 0.008 0.005 0.009 0.010 8 P 0.187 0.300 0.116 0.011 0.313 0.004 0.009 0.013 0.008 0.010 0.029 9 A 0.084 0.065 0.036 0.045 0.070 0.054 0.101 0.186 0.236 0.058 0.066 10 E 0.017 0.065 0.044 0.173 0.028 0.185 0.275 0.085 0.057 0.058 0.013 11 G 0.049 0.062 0.058 0.159 0.049 0.024 0.018 0.031 0.039 0.362 0.148 12 Y 0.104 0.298 0.111 0.020 0.304 0.009 0.009 0.021 0.020 0.054 0.049 13 K 0.178 0.180 0.026 0.005 0.517 0.008 0.014 0.019 0.012 0.011 0.030 14 V 0.322 0.114 0.027 0.023 0.242 0.015 0.017 0.023 0.022 0.028 0.167 15 Y 0.080 0.325 0.221 0.039 0.213 0.029 0.021 0.029 0.013 0.012 0.019 16 P 0.140 0.291 0.087 0.009 0.352 0.006 0.010 0.038 0.019 0.015 0.033 17 I 0.354 0.083 0.013 0.006 0.257 0.008 0.014 0.081 0.064 0.044 0.076 18 M 0.061 0.219 0.083 0.026 0.185 0.099 0.107 0.131 0.046 0.023 0.022 19 D 0.264 0.123 0.125 0.030 0.279 0.021 0.033 0.038 0.013 0.032 0.043 20 F 0.063 0.146 0.063 0.080 0.118 0.054 0.063 0.195 0.129 0.060 0.029 21 G 0.077 0.078 0.073 0.197 0.064 0.065 0.048 0.109 0.077 0.131 0.080 22 F 0.118 0.254 0.078 0.015 0.333 0.008 0.013 0.051 0.029 0.043 0.057 23 R 0.176 0.159 0.016 0.003 0.542 0.005 0.012 0.041 0.013 0.010 0.024 24 V 0.302 0.099 0.023 0.009 0.248 0.013 0.024 0.109 0.046 0.026 0.102 25 L 0.083 0.075 0.089 0.120 0.086 0.154 0.165 0.126 0.033 0.028 0.041 26 K 0.015 0.113 0.112 0.319 0.024 0.114 0.124 0.099 0.043 0.028 0.010 27 G 0.024 0.018 0.040 0.139 0.016 0.022 0.009 0.037 0.031 0.565 0.099 28 Y 0.068 0.379 0.134 0.012 0.234 0.008 0.010 0.055 0.036 0.039 0.026 29 R 0.170 0.161 0.036 0.009 0.235 0.033 0.055 0.137 0.065 0.040 0.060 30 L 0.248 0.121 0.023 0.014 0.257 0.016 0.027 0.135 0.070 0.030 0.062 31 A 0.144 0.121 0.025 0.007 0.365 0.019 0.032 0.188 0.064 0.017 0.018 32 T 0.245 0.072 0.011 0.004 0.400 0.006 0.016 0.133 0.046 0.022 0.044 33 L 0.184 0.167 0.034 0.008 0.298 0.010 0.022 0.120 0.046 0.040 0.071 34 E 0.109 0.184 0.047 0.020 0.280 0.034 0.082 0.097 0.030 0.069 0.047 35 S 0.083 0.293 0.351 0.025 0.119 0.009 0.013 0.039 0.029 0.020 0.019 36 K 0.013 0.012 0.020 0.019 0.014 0.061 0.260 0.383 0.166 0.033 0.019 37 K 0.044 0.255 0.109 0.141 0.068 0.045 0.135 0.039 0.043 0.098 0.022 38 G 0.027 0.057 0.087 0.273 0.034 0.063 0.012 0.023 0.030 0.249 0.144 39 D 0.114 0.252 0.061 0.020 0.339 0.008 0.045 0.031 0.025 0.066 0.039 40 L 0.555 0.039 0.003 0.001 0.355 0.001 0.001 0.006 0.007 0.003 0.029 41 R 0.074 0.233 0.034 0.014 0.388 0.081 0.084 0.040 0.022 0.009 0.019 42 Y 0.468 0.030 0.005 0.001 0.462 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.019 43 V 0.179 0.176 0.034 0.025 0.339 0.025 0.024 0.024 0.021 0.053 0.100 44 N 0.170 0.132 0.087 0.049 0.233 0.034 0.041 0.015 0.022 0.125 0.093 45 S 0.065 0.388 0.255 0.028 0.210 0.008 0.007 0.007 0.010 0.013 0.009 46 P 0.170 0.234 0.173 0.037 0.198 0.028 0.028 0.026 0.029 0.034 0.043 47 V 0.078 0.082 0.084 0.059 0.092 0.075 0.241 0.095 0.122 0.043 0.029 48 S 0.059 0.070 0.050 0.171 0.057 0.113 0.133 0.063 0.082 0.145 0.057 49 G 0.065 0.109 0.049 0.133 0.086 0.060 0.061 0.027 0.036 0.287 0.087 50 T 0.186 0.081 0.008 0.003 0.678 0.003 0.012 0.005 0.004 0.008 0.013 51 V 0.233 0.041 0.001 0.001 0.714 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 52 I 0.242 0.085 0.006 0.001 0.633 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 53 F 0.473 0.051 0.006 0.003 0.359 0.002 0.003 0.002 0.001 0.006 0.094 54 M 0.170 0.166 0.038 0.051 0.251 0.040 0.026 0.022 0.026 0.066 0.145 55 N 0.097 0.125 0.088 0.097 0.179 0.054 0.078 0.058 0.060 0.112 0.053 56 E 0.089 0.176 0.101 0.027 0.175 0.014 0.024 0.050 0.087 0.210 0.047 57 I 0.081 0.400 0.156 0.011 0.240 0.009 0.013 0.027 0.026 0.018 0.018 58 P 0.084 0.262 0.116 0.022 0.156 0.028 0.052 0.102 0.096 0.041 0.041 59 S 0.057 0.122 0.059 0.022 0.087 0.030 0.094 0.229 0.213 0.062 0.024 60 E 0.069 0.080 0.056 0.027 0.060 0.047 0.084 0.148 0.106 0.263 0.059 61 R 0.157 0.172 0.118 0.027 0.255 0.017 0.021 0.064 0.043 0.087 0.040 62 A 0.079 0.085 0.036 0.031 0.104 0.073 0.080 0.238 0.167 0.069 0.039 63 N 0.120 0.107 0.029 0.021 0.177 0.036 0.123 0.090 0.058 0.189 0.050 64 Y 0.271 0.069 0.006 0.002 0.585 0.004 0.010 0.019 0.008 0.010 0.016 65 V 0.223 0.059 0.003 0.001 0.648 0.004 0.010 0.023 0.010 0.003 0.014 66 F 0.259 0.063 0.004 0.001 0.625 0.004 0.006 0.008 0.005 0.004 0.021 67 Y 0.226 0.077 0.008 0.002 0.612 0.004 0.008 0.010 0.004 0.010 0.039 68 M 0.263 0.129 0.020 0.009 0.333 0.006 0.013 0.012 0.010 0.068 0.136 69 L 0.110 0.328 0.161 0.015 0.320 0.007 0.006 0.009 0.007 0.014 0.024 70 E 0.048 0.278 0.123 0.029 0.121 0.034 0.061 0.135 0.131 0.025 0.017 71 E 0.063 0.134 0.061 0.021 0.121 0.022 0.098 0.194 0.154 0.099 0.032