# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.411 0.211 0.161 0.085 0.063 0.035 0.017 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 2 T 0.204 0.137 0.130 0.147 0.155 0.093 0.056 0.035 0.021 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 3 K 0.107 0.088 0.098 0.142 0.164 0.136 0.103 0.075 0.042 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 4 L 0.037 0.024 0.028 0.055 0.100 0.136 0.133 0.152 0.125 0.089 0.057 0.038 0.018 0.006 5 I 0.038 0.026 0.036 0.070 0.080 0.106 0.138 0.133 0.117 0.093 0.077 0.053 0.022 0.010 6 S 0.048 0.036 0.049 0.066 0.086 0.106 0.115 0.114 0.120 0.090 0.083 0.053 0.021 0.014 7 V 0.049 0.022 0.030 0.042 0.061 0.089 0.094 0.115 0.130 0.125 0.107 0.076 0.041 0.017 8 P 0.059 0.044 0.051 0.092 0.115 0.119 0.132 0.115 0.101 0.073 0.047 0.030 0.014 0.010 9 A 0.051 0.035 0.043 0.076 0.100 0.139 0.136 0.105 0.114 0.089 0.058 0.032 0.015 0.006 10 E 0.109 0.106 0.127 0.160 0.145 0.120 0.096 0.055 0.038 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 11 G 0.131 0.115 0.117 0.128 0.137 0.119 0.093 0.061 0.045 0.027 0.017 0.006 0.002 0.001 12 Y 0.082 0.074 0.096 0.131 0.152 0.164 0.115 0.082 0.049 0.030 0.015 0.006 0.003 0.001 13 K 0.138 0.111 0.113 0.134 0.137 0.099 0.087 0.075 0.050 0.027 0.015 0.008 0.003 0.002 14 V 0.055 0.045 0.059 0.084 0.112 0.125 0.126 0.157 0.103 0.069 0.035 0.019 0.009 0.003 15 Y 0.068 0.047 0.058 0.075 0.096 0.109 0.125 0.144 0.108 0.073 0.045 0.029 0.015 0.007 16 P 0.049 0.029 0.044 0.066 0.094 0.113 0.113 0.121 0.111 0.107 0.070 0.042 0.025 0.016 17 I 0.040 0.022 0.027 0.047 0.083 0.101 0.109 0.094 0.130 0.115 0.086 0.078 0.042 0.026 18 M 0.047 0.028 0.037 0.069 0.074 0.105 0.146 0.092 0.103 0.098 0.097 0.056 0.031 0.017 19 D 0.062 0.061 0.073 0.109 0.115 0.131 0.142 0.099 0.082 0.043 0.047 0.019 0.008 0.007 20 F 0.034 0.022 0.032 0.054 0.083 0.128 0.128 0.124 0.123 0.102 0.085 0.050 0.024 0.010 21 G 0.040 0.047 0.056 0.099 0.147 0.128 0.139 0.143 0.094 0.058 0.025 0.015 0.007 0.003 22 F 0.077 0.064 0.076 0.114 0.121 0.122 0.111 0.103 0.079 0.064 0.038 0.018 0.009 0.004 23 R 0.074 0.074 0.108 0.149 0.165 0.147 0.112 0.072 0.049 0.025 0.013 0.007 0.003 0.002 24 V 0.054 0.031 0.041 0.069 0.110 0.139 0.146 0.126 0.118 0.083 0.042 0.025 0.012 0.004 25 L 0.052 0.067 0.097 0.168 0.162 0.155 0.122 0.087 0.047 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 26 K 0.184 0.133 0.135 0.134 0.124 0.098 0.068 0.049 0.033 0.018 0.014 0.006 0.002 0.001 27 G 0.103 0.094 0.114 0.130 0.162 0.126 0.095 0.077 0.052 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 28 Y 0.066 0.070 0.077 0.116 0.145 0.134 0.127 0.124 0.068 0.041 0.018 0.008 0.005 0.002 29 R 0.049 0.047 0.072 0.116 0.156 0.158 0.145 0.094 0.072 0.045 0.026 0.011 0.004 0.004 30 L 0.032 0.024 0.040 0.063 0.120 0.155 0.137 0.113 0.116 0.079 0.058 0.034 0.019 0.010 31 A 0.085 0.036 0.046 0.079 0.095 0.116 0.133 0.102 0.098 0.076 0.056 0.041 0.025 0.012 32 T 0.045 0.046 0.060 0.120 0.143 0.127 0.150 0.127 0.082 0.047 0.031 0.013 0.006 0.003 33 L 0.037 0.022 0.034 0.064 0.103 0.178 0.146 0.127 0.111 0.080 0.053 0.027 0.014 0.004 34 E 0.157 0.130 0.150 0.199 0.166 0.082 0.056 0.024 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 35 S 0.209 0.137 0.124 0.157 0.143 0.086 0.055 0.038 0.029 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 36 K 0.139 0.145 0.151 0.193 0.158 0.106 0.051 0.029 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 37 K 0.168 0.150 0.163 0.164 0.153 0.084 0.049 0.033 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 38 G 0.138 0.082 0.102 0.138 0.162 0.140 0.092 0.072 0.036 0.024 0.009 0.003 0.002 0.001 39 D 0.095 0.105 0.110 0.174 0.194 0.122 0.075 0.041 0.038 0.022 0.014 0.005 0.002 0.002 40 L 0.023 0.017 0.027 0.058 0.085 0.109 0.140 0.129 0.134 0.112 0.084 0.051 0.022 0.009 41 R 0.046 0.040 0.054 0.087 0.084 0.108 0.135 0.170 0.120 0.061 0.051 0.024 0.013 0.007 42 Y 0.016 0.009 0.015 0.026 0.052 0.083 0.087 0.162 0.141 0.142 0.119 0.083 0.046 0.018 43 V 0.023 0.013 0.017 0.032 0.056 0.086 0.100 0.143 0.136 0.148 0.094 0.085 0.052 0.014 44 N 0.062 0.076 0.101 0.179 0.173 0.115 0.104 0.059 0.057 0.033 0.021 0.013 0.004 0.004 45 S 0.062 0.070 0.095 0.148 0.137 0.148 0.120 0.076 0.066 0.037 0.028 0.009 0.003 0.002 46 P 0.067 0.097 0.098 0.134 0.147 0.157 0.112 0.090 0.056 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 47 V 0.038 0.083 0.110 0.156 0.168 0.137 0.119 0.099 0.044 0.029 0.010 0.004 0.002 0.001 48 S 0.049 0.071 0.113 0.116 0.166 0.154 0.122 0.092 0.057 0.032 0.016 0.006 0.003 0.002 49 G 0.013 0.020 0.034 0.068 0.115 0.144 0.151 0.106 0.119 0.092 0.071 0.032 0.021 0.014 50 T 0.005 0.006 0.012 0.028 0.049 0.075 0.127 0.120 0.157 0.145 0.130 0.076 0.037 0.033 51 V 0.002 0.001 0.003 0.005 0.010 0.022 0.042 0.085 0.128 0.168 0.210 0.154 0.109 0.061 52 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.020 0.052 0.093 0.147 0.229 0.207 0.148 0.088 53 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.020 0.059 0.102 0.181 0.240 0.198 0.110 0.073 54 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 0.031 0.088 0.129 0.168 0.223 0.187 0.104 0.044 55 N 0.005 0.010 0.012 0.030 0.046 0.072 0.112 0.203 0.164 0.133 0.111 0.056 0.027 0.018 56 E 0.009 0.022 0.031 0.058 0.100 0.115 0.142 0.163 0.151 0.103 0.063 0.026 0.009 0.007 57 I 0.020 0.038 0.067 0.099 0.146 0.180 0.146 0.125 0.088 0.055 0.023 0.008 0.003 0.002 58 P 0.168 0.160 0.198 0.140 0.130 0.078 0.050 0.033 0.026 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 59 S 0.181 0.118 0.148 0.157 0.156 0.102 0.059 0.041 0.022 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 60 E 0.248 0.213 0.145 0.151 0.122 0.054 0.029 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 61 R 0.159 0.149 0.151 0.165 0.138 0.093 0.063 0.047 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 62 A 0.156 0.119 0.130 0.137 0.149 0.121 0.084 0.053 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 63 N 0.066 0.072 0.089 0.138 0.177 0.155 0.113 0.078 0.051 0.031 0.019 0.007 0.004 0.002 64 Y 0.023 0.019 0.031 0.059 0.089 0.130 0.170 0.144 0.126 0.084 0.059 0.040 0.016 0.009 65 V 0.010 0.010 0.018 0.036 0.066 0.095 0.142 0.195 0.150 0.111 0.085 0.047 0.024 0.012 66 F 0.012 0.008 0.013 0.020 0.030 0.056 0.077 0.120 0.139 0.141 0.154 0.120 0.077 0.034 67 Y 0.023 0.015 0.024 0.046 0.069 0.087 0.109 0.130 0.141 0.139 0.088 0.072 0.035 0.023 68 M 0.016 0.012 0.016 0.040 0.068 0.091 0.109 0.138 0.166 0.145 0.101 0.058 0.027 0.013 69 L 0.022 0.024 0.035 0.089 0.114 0.187 0.163 0.111 0.113 0.069 0.041 0.019 0.008 0.004 70 E 0.142 0.147 0.142 0.155 0.148 0.099 0.072 0.041 0.029 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 71 E 0.187 0.181 0.176 0.147 0.130 0.075 0.046 0.025 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001