# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.057 0.036 0.114 0.110 0.006 0.039 0.012 0.007 0.198 0.164 0.052 0.030 0.055 0.004 0.004 0.111 2 T 0.348 0.117 0.088 0.176 0.002 0.052 0.003 0.011 0.006 0.002 0.046 0.067 0.067 0.002 0.008 0.007 3 K 0.017 0.155 0.247 0.418 0.002 0.043 0.002 0.002 0.011 0.001 0.014 0.029 0.027 0.001 0.002 0.028 4 L 0.034 0.037 0.318 0.489 0.005 0.066 0.008 0.001 0.002 0.001 0.004 0.008 0.015 0.003 0.001 0.009 5 I 0.003 0.077 0.217 0.672 0.002 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 6 S 0.001 0.015 0.045 0.921 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 7 V 0.008 0.010 0.111 0.842 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 P 0.002 0.020 0.037 0.310 0.128 0.482 0.002 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 9 A 0.001 0.019 0.002 0.086 0.706 0.047 0.010 0.025 0.001 0.001 0.090 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 10 E 0.001 0.114 0.006 0.102 0.006 0.018 0.001 0.586 0.009 0.006 0.016 0.056 0.002 0.001 0.074 0.001 11 G 0.013 0.016 0.032 0.080 0.006 0.022 0.007 0.003 0.503 0.100 0.037 0.019 0.018 0.002 0.003 0.138 12 Y 0.633 0.042 0.155 0.083 0.001 0.008 0.002 0.006 0.003 0.001 0.011 0.028 0.015 0.001 0.005 0.006 13 K 0.019 0.038 0.400 0.252 0.005 0.199 0.006 0.002 0.006 0.005 0.007 0.015 0.025 0.002 0.001 0.017 14 V 0.019 0.131 0.131 0.628 0.003 0.045 0.002 0.004 0.002 0.001 0.011 0.004 0.014 0.001 0.001 0.005 15 Y 0.007 0.064 0.066 0.686 0.004 0.125 0.003 0.003 0.004 0.002 0.006 0.011 0.016 0.001 0.001 0.002 16 P 0.013 0.033 0.112 0.631 0.011 0.068 0.003 0.004 0.002 0.001 0.063 0.011 0.044 0.001 0.001 0.003 17 I 0.006 0.077 0.050 0.658 0.022 0.077 0.003 0.008 0.003 0.001 0.017 0.042 0.028 0.002 0.002 0.004 18 M 0.006 0.054 0.114 0.552 0.021 0.104 0.011 0.015 0.003 0.005 0.016 0.026 0.059 0.001 0.007 0.006 19 D 0.005 0.036 0.019 0.062 0.287 0.312 0.076 0.012 0.006 0.009 0.051 0.018 0.060 0.038 0.001 0.007 20 F 0.012 0.039 0.012 0.172 0.005 0.018 0.002 0.281 0.004 0.001 0.320 0.029 0.040 0.003 0.061 0.003 21 G 0.008 0.037 0.050 0.086 0.003 0.028 0.014 0.004 0.172 0.130 0.027 0.266 0.090 0.010 0.009 0.067 22 F 0.147 0.023 0.087 0.192 0.002 0.010 0.006 0.004 0.003 0.001 0.033 0.023 0.432 0.002 0.016 0.019 23 R 0.010 0.017 0.173 0.271 0.006 0.083 0.008 0.003 0.004 0.004 0.023 0.049 0.311 0.005 0.002 0.030 24 V 0.012 0.028 0.067 0.126 0.099 0.132 0.050 0.007 0.003 0.001 0.041 0.031 0.347 0.037 0.006 0.013 25 L 0.001 0.020 0.013 0.031 0.294 0.013 0.255 0.021 0.001 0.001 0.028 0.011 0.050 0.250 0.006 0.005 26 K 0.003 0.011 0.023 0.027 0.006 0.013 0.016 0.373 0.006 0.006 0.011 0.010 0.059 0.006 0.416 0.015 27 G 0.013 0.020 0.049 0.034 0.003 0.010 0.006 0.005 0.341 0.072 0.016 0.010 0.029 0.003 0.003 0.385 28 Y 0.864 0.018 0.031 0.025 0.001 0.007 0.001 0.003 0.003 0.001 0.006 0.016 0.015 0.001 0.005 0.004 29 R 0.039 0.061 0.530 0.114 0.001 0.141 0.003 0.002 0.004 0.003 0.025 0.020 0.037 0.001 0.002 0.017 30 L 0.026 0.118 0.163 0.492 0.003 0.093 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.029 0.043 0.001 0.001 0.005 31 A 0.003 0.059 0.094 0.776 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.034 0.001 0.001 0.003 32 T 0.002 0.020 0.088 0.815 0.005 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.023 0.001 0.001 0.009 33 L 0.006 0.031 0.125 0.685 0.019 0.064 0.005 0.005 0.001 0.001 0.005 0.004 0.041 0.001 0.002 0.004 34 E 0.004 0.125 0.069 0.625 0.052 0.065 0.006 0.015 0.003 0.002 0.008 0.003 0.012 0.003 0.001 0.007 35 S 0.006 0.015 0.006 0.038 0.032 0.827 0.004 0.017 0.003 0.003 0.022 0.011 0.011 0.002 0.003 0.001 36 K 0.004 0.063 0.008 0.012 0.129 0.010 0.070 0.018 0.008 0.002 0.551 0.014 0.006 0.097 0.003 0.004 37 K 0.011 0.126 0.016 0.046 0.001 0.001 0.001 0.195 0.009 0.001 0.002 0.040 0.002 0.001 0.545 0.005 38 G 0.010 0.008 0.410 0.048 0.001 0.005 0.004 0.001 0.108 0.040 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.357 39 D 0.691 0.029 0.121 0.152 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 40 L 0.008 0.004 0.466 0.294 0.002 0.222 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.001 0.118 0.058 0.811 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Y 0.001 0.002 0.002 0.952 0.017 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.002 0.066 0.136 0.688 0.025 0.050 0.001 0.021 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 N 0.002 0.067 0.011 0.869 0.009 0.023 0.001 0.006 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.039 0.059 0.060 0.527 0.026 0.253 0.001 0.007 0.006 0.005 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 46 P 0.012 0.038 0.039 0.090 0.166 0.483 0.003 0.018 0.003 0.003 0.131 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 47 V 0.005 0.137 0.008 0.136 0.233 0.069 0.022 0.085 0.005 0.002 0.209 0.064 0.002 0.017 0.003 0.001 48 S 0.005 0.284 0.032 0.104 0.001 0.012 0.003 0.275 0.042 0.009 0.008 0.056 0.005 0.001 0.159 0.005 49 G 0.040 0.045 0.151 0.318 0.001 0.009 0.002 0.002 0.245 0.018 0.014 0.005 0.008 0.001 0.001 0.140 50 T 0.380 0.006 0.392 0.217 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.003 0.005 0.442 0.508 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 I 0.001 0.007 0.008 0.976 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 F 0.001 0.006 0.003 0.889 0.047 0.052 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 M 0.001 0.034 0.022 0.668 0.029 0.191 0.001 0.033 0.003 0.002 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 55 N 0.003 0.137 0.011 0.684 0.017 0.075 0.001 0.016 0.016 0.009 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 56 E 0.031 0.154 0.068 0.659 0.008 0.022 0.001 0.004 0.013 0.002 0.014 0.011 0.003 0.001 0.001 0.008 57 I 0.022 0.032 0.363 0.392 0.044 0.093 0.008 0.008 0.002 0.006 0.007 0.010 0.006 0.001 0.002 0.003 58 P 0.006 0.061 0.052 0.156 0.049 0.556 0.009 0.024 0.002 0.004 0.052 0.009 0.012 0.002 0.002 0.003 59 S 0.008 0.079 0.007 0.122 0.024 0.168 0.006 0.055 0.013 0.005 0.418 0.064 0.018 0.003 0.009 0.003 60 E 0.024 0.271 0.059 0.123 0.010 0.025 0.007 0.025 0.035 0.011 0.102 0.251 0.021 0.002 0.011 0.022 61 R 0.093 0.044 0.227 0.065 0.021 0.130 0.046 0.007 0.031 0.008 0.036 0.106 0.101 0.008 0.009 0.069 62 A 0.045 0.040 0.277 0.069 0.005 0.084 0.020 0.039 0.004 0.003 0.161 0.043 0.162 0.008 0.028 0.013 63 N 0.006 0.668 0.050 0.173 0.001 0.004 0.001 0.006 0.019 0.001 0.003 0.030 0.010 0.001 0.005 0.024 64 Y 0.082 0.010 0.235 0.613 0.001 0.018 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.018 65 V 0.011 0.009 0.785 0.179 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 F 0.001 0.012 0.018 0.958 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.006 0.010 0.975 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 M 0.001 0.006 0.013 0.931 0.025 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.023 0.019 0.560 0.143 0.219 0.003 0.015 0.001 0.002 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 70 E 0.002 0.094 0.008 0.261 0.216 0.220 0.007 0.089 0.005 0.008 0.071 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 71 E 0.011 0.173 0.011 0.217 0.024 0.108 0.006 0.157 0.038 0.019 0.130 0.072 0.010 0.002 0.018 0.005