# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.019 0.005 0.001 0.031 0.061 0.177 0.094 0.001 0.001 0.028 0.582 2 T 0.011 0.003 0.001 0.048 0.156 0.200 0.098 0.001 0.001 0.031 0.453 3 K 0.010 0.001 0.001 0.060 0.169 0.532 0.035 0.001 0.001 0.019 0.173 4 L 0.005 0.001 0.001 0.049 0.216 0.192 0.078 0.001 0.001 0.033 0.426 5 I 0.003 0.001 0.001 0.201 0.242 0.331 0.043 0.001 0.001 0.011 0.168 6 S 0.001 0.001 0.001 0.102 0.131 0.275 0.075 0.001 0.001 0.017 0.399 7 V 0.006 0.003 0.002 0.085 0.312 0.254 0.083 0.001 0.001 0.016 0.238 8 P 0.273 0.014 0.002 0.050 0.054 0.147 0.096 0.006 0.001 0.037 0.321 9 A 0.396 0.008 0.001 0.043 0.026 0.041 0.059 0.004 0.001 0.037 0.384 10 E 0.015 0.004 0.001 0.043 0.027 0.042 0.130 0.001 0.001 0.013 0.725 11 G 0.011 0.011 0.001 0.056 0.043 0.163 0.100 0.001 0.001 0.020 0.593 12 Y 0.013 0.003 0.001 0.068 0.196 0.265 0.078 0.002 0.001 0.024 0.350 13 K 0.008 0.005 0.001 0.068 0.181 0.289 0.062 0.001 0.001 0.019 0.365 14 V 0.008 0.019 0.001 0.074 0.203 0.124 0.082 0.001 0.001 0.025 0.463 15 Y 0.017 0.017 0.001 0.115 0.213 0.242 0.090 0.002 0.001 0.074 0.228 16 P 0.040 0.038 0.002 0.113 0.100 0.223 0.074 0.003 0.001 0.086 0.321 17 I 0.032 0.019 0.006 0.096 0.152 0.181 0.071 0.004 0.001 0.065 0.373 18 M 0.047 0.032 0.007 0.077 0.129 0.192 0.091 0.006 0.002 0.046 0.371 19 D 0.146 0.042 0.004 0.071 0.049 0.114 0.059 0.012 0.002 0.052 0.448 20 F 0.058 0.057 0.003 0.057 0.102 0.073 0.145 0.005 0.001 0.027 0.474 21 G 0.019 0.038 0.001 0.047 0.052 0.202 0.098 0.003 0.001 0.040 0.500 22 F 0.007 0.064 0.003 0.105 0.172 0.097 0.078 0.001 0.001 0.044 0.428 23 R 0.007 0.020 0.005 0.103 0.197 0.384 0.077 0.003 0.001 0.057 0.146 24 V 0.056 0.036 0.005 0.046 0.089 0.121 0.107 0.006 0.001 0.104 0.430 25 L 0.212 0.031 0.003 0.102 0.091 0.080 0.048 0.008 0.002 0.092 0.332 26 K 0.028 0.044 0.001 0.041 0.038 0.046 0.064 0.002 0.001 0.027 0.709 27 G 0.013 0.094 0.001 0.029 0.031 0.057 0.061 0.002 0.001 0.034 0.677 28 Y 0.030 0.026 0.001 0.021 0.066 0.119 0.098 0.006 0.001 0.330 0.302 29 R 0.028 0.154 0.004 0.040 0.115 0.138 0.086 0.005 0.001 0.130 0.299 30 L 0.042 0.197 0.003 0.054 0.149 0.114 0.042 0.003 0.001 0.065 0.330 31 A 0.030 0.039 0.004 0.050 0.172 0.329 0.040 0.005 0.001 0.134 0.197 32 T 0.029 0.022 0.003 0.052 0.109 0.328 0.076 0.002 0.001 0.094 0.284 33 L 0.020 0.014 0.005 0.063 0.194 0.194 0.096 0.001 0.001 0.064 0.347 34 E 0.029 0.009 0.008 0.039 0.114 0.156 0.165 0.003 0.002 0.065 0.411 35 S 0.149 0.005 0.005 0.023 0.034 0.067 0.084 0.004 0.002 0.064 0.563 36 K 0.188 0.006 0.001 0.022 0.027 0.028 0.142 0.002 0.001 0.037 0.546 37 K 0.006 0.002 0.001 0.020 0.016 0.033 0.134 0.001 0.001 0.026 0.762 38 G 0.003 0.004 0.001 0.081 0.070 0.111 0.162 0.001 0.001 0.039 0.529 39 D 0.003 0.002 0.001 0.095 0.150 0.534 0.034 0.001 0.001 0.024 0.156 40 L 0.004 0.001 0.001 0.075 0.295 0.308 0.051 0.001 0.001 0.029 0.234 41 R 0.003 0.002 0.001 0.191 0.299 0.382 0.017 0.001 0.001 0.018 0.088 42 Y 0.005 0.002 0.001 0.090 0.204 0.333 0.036 0.001 0.001 0.041 0.289 43 V 0.013 0.004 0.001 0.083 0.240 0.304 0.040 0.001 0.001 0.031 0.283 44 N 0.018 0.002 0.001 0.033 0.127 0.227 0.086 0.001 0.001 0.056 0.450 45 S 0.034 0.006 0.003 0.019 0.089 0.134 0.130 0.001 0.001 0.065 0.519 46 P 0.091 0.006 0.002 0.021 0.032 0.051 0.133 0.002 0.001 0.063 0.598 47 V 0.027 0.006 0.001 0.025 0.021 0.039 0.207 0.001 0.001 0.053 0.620 48 S 0.003 0.003 0.001 0.057 0.037 0.083 0.172 0.001 0.001 0.076 0.569 49 G 0.001 0.002 0.001 0.187 0.115 0.244 0.084 0.001 0.001 0.149 0.218 50 T 0.001 0.001 0.001 0.361 0.172 0.302 0.035 0.001 0.001 0.073 0.055 51 V 0.001 0.001 0.001 0.448 0.172 0.227 0.020 0.001 0.001 0.093 0.039 52 I 0.001 0.002 0.001 0.480 0.246 0.184 0.014 0.001 0.001 0.038 0.034 53 F 0.021 0.007 0.001 0.308 0.200 0.348 0.016 0.002 0.001 0.032 0.064 54 M 0.055 0.005 0.001 0.219 0.149 0.215 0.046 0.003 0.001 0.060 0.246 55 N 0.010 0.003 0.001 0.149 0.115 0.185 0.101 0.001 0.001 0.031 0.404 56 E 0.013 0.005 0.002 0.051 0.055 0.085 0.146 0.002 0.001 0.026 0.615 57 I 0.125 0.010 0.003 0.019 0.053 0.052 0.093 0.012 0.001 0.031 0.602 58 P 0.230 0.011 0.001 0.011 0.018 0.017 0.100 0.005 0.001 0.034 0.572 59 S 0.065 0.011 0.002 0.013 0.012 0.019 0.137 0.002 0.001 0.039 0.699 60 E 0.043 0.015 0.003 0.013 0.014 0.018 0.136 0.002 0.001 0.047 0.708 61 R 0.100 0.018 0.002 0.025 0.030 0.056 0.149 0.004 0.001 0.124 0.490 62 A 0.009 0.014 0.001 0.039 0.072 0.082 0.178 0.001 0.001 0.047 0.558 63 N 0.003 0.007 0.001 0.096 0.178 0.410 0.057 0.001 0.001 0.057 0.191 64 Y 0.002 0.002 0.001 0.100 0.236 0.495 0.025 0.001 0.001 0.054 0.085 65 V 0.001 0.002 0.001 0.155 0.378 0.360 0.017 0.001 0.001 0.028 0.059 66 F 0.001 0.001 0.001 0.159 0.328 0.396 0.017 0.001 0.001 0.036 0.063 67 Y 0.002 0.001 0.001 0.149 0.348 0.371 0.024 0.001 0.001 0.031 0.074 68 M 0.007 0.003 0.001 0.100 0.260 0.360 0.045 0.001 0.001 0.040 0.182 69 L 0.103 0.008 0.002 0.077 0.134 0.209 0.078 0.003 0.001 0.073 0.312 70 E 0.081 0.008 0.001 0.040 0.039 0.053 0.113 0.002 0.001 0.037 0.625 71 E 0.029 0.010 0.001 0.017 0.016 0.026 0.120 0.001 0.001 0.025 0.755