# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.022 0.001 0.007 0.054 0.087 0.108 0.013 0.708 2 T 0.006 0.001 0.017 0.120 0.237 0.087 0.027 0.504 3 K 0.006 0.001 0.118 0.277 0.437 0.031 0.043 0.086 4 L 0.009 0.001 0.035 0.139 0.226 0.062 0.025 0.504 5 I 0.002 0.001 0.146 0.335 0.391 0.028 0.013 0.083 6 S 0.006 0.001 0.031 0.133 0.261 0.065 0.013 0.490 7 V 0.005 0.001 0.079 0.307 0.206 0.070 0.045 0.287 8 P 0.242 0.006 0.039 0.079 0.109 0.089 0.064 0.371 9 A 0.266 0.007 0.021 0.060 0.069 0.090 0.044 0.443 10 E 0.019 0.005 0.022 0.029 0.062 0.118 0.020 0.725 11 G 0.014 0.009 0.043 0.099 0.206 0.106 0.054 0.469 12 Y 0.010 0.008 0.065 0.205 0.202 0.083 0.074 0.354 13 K 0.010 0.013 0.131 0.230 0.224 0.065 0.035 0.293 14 V 0.030 0.024 0.050 0.107 0.154 0.073 0.028 0.534 15 Y 0.050 0.042 0.101 0.128 0.155 0.072 0.082 0.371 16 P 0.097 0.045 0.080 0.087 0.158 0.079 0.097 0.356 17 I 0.049 0.022 0.096 0.066 0.117 0.109 0.107 0.434 18 M 0.077 0.029 0.068 0.056 0.078 0.101 0.061 0.529 19 D 0.286 0.067 0.028 0.032 0.071 0.074 0.075 0.367 20 F 0.041 0.040 0.044 0.024 0.065 0.141 0.053 0.592 21 G 0.019 0.042 0.026 0.071 0.099 0.114 0.062 0.568 22 F 0.020 0.030 0.038 0.126 0.191 0.082 0.055 0.458 23 R 0.026 0.034 0.123 0.250 0.204 0.045 0.143 0.175 24 V 0.086 0.014 0.024 0.096 0.084 0.068 0.059 0.569 25 L 0.276 0.030 0.045 0.063 0.121 0.057 0.053 0.355 26 K 0.062 0.026 0.017 0.029 0.068 0.077 0.014 0.706 27 G 0.048 0.048 0.009 0.029 0.084 0.105 0.037 0.640 28 Y 0.018 0.023 0.027 0.140 0.159 0.111 0.230 0.292 29 R 0.022 0.070 0.040 0.254 0.318 0.048 0.086 0.161 30 L 0.079 0.065 0.046 0.096 0.320 0.056 0.060 0.277 31 A 0.009 0.030 0.093 0.307 0.280 0.051 0.100 0.129 32 T 0.009 0.015 0.040 0.221 0.448 0.046 0.062 0.160 33 L 0.022 0.010 0.078 0.266 0.351 0.048 0.054 0.171 34 E 0.032 0.007 0.041 0.237 0.195 0.073 0.085 0.329 35 S 0.070 0.003 0.022 0.141 0.200 0.085 0.063 0.417 36 K 0.139 0.004 0.037 0.051 0.141 0.103 0.066 0.459 37 K 0.015 0.001 0.008 0.041 0.058 0.107 0.014 0.756 38 G 0.009 0.002 0.028 0.088 0.274 0.105 0.021 0.472 39 D 0.008 0.002 0.039 0.283 0.417 0.050 0.029 0.171 40 L 0.003 0.001 0.019 0.159 0.196 0.064 0.014 0.545 41 R 0.006 0.001 0.102 0.357 0.411 0.022 0.033 0.067 42 Y 0.016 0.001 0.025 0.136 0.236 0.063 0.021 0.502 43 V 0.005 0.001 0.062 0.256 0.398 0.053 0.023 0.202 44 N 0.015 0.001 0.029 0.107 0.245 0.110 0.033 0.460 45 S 0.023 0.001 0.041 0.169 0.168 0.120 0.086 0.391 46 P 0.089 0.003 0.019 0.033 0.065 0.144 0.051 0.597 47 V 0.068 0.012 0.033 0.063 0.143 0.146 0.083 0.452 48 S 0.003 0.003 0.031 0.050 0.115 0.204 0.033 0.561 49 G 0.001 0.004 0.065 0.184 0.521 0.052 0.049 0.125 50 T 0.001 0.003 0.115 0.355 0.446 0.013 0.033 0.034 51 V 0.001 0.001 0.108 0.613 0.222 0.008 0.022 0.027 52 I 0.001 0.001 0.251 0.351 0.336 0.008 0.027 0.025 53 F 0.034 0.004 0.147 0.299 0.373 0.023 0.048 0.074 54 M 0.096 0.003 0.085 0.136 0.170 0.098 0.062 0.349 55 N 0.018 0.005 0.067 0.080 0.160 0.132 0.042 0.494 56 E 0.011 0.003 0.013 0.022 0.036 0.107 0.021 0.787 57 I 0.084 0.023 0.040 0.075 0.059 0.112 0.117 0.489 58 P 0.201 0.021 0.010 0.021 0.022 0.086 0.052 0.588 59 S 0.066 0.010 0.012 0.015 0.025 0.110 0.057 0.704 60 E 0.043 0.008 0.013 0.019 0.032 0.117 0.053 0.715 61 R 0.181 0.018 0.018 0.028 0.057 0.108 0.115 0.476 62 A 0.020 0.012 0.022 0.029 0.055 0.170 0.053 0.638 63 N 0.007 0.014 0.060 0.075 0.281 0.137 0.050 0.378 64 Y 0.003 0.007 0.099 0.177 0.438 0.068 0.061 0.148 65 V 0.001 0.004 0.134 0.342 0.355 0.030 0.039 0.095 66 F 0.002 0.003 0.148 0.316 0.408 0.018 0.033 0.072 67 Y 0.001 0.001 0.249 0.331 0.324 0.016 0.037 0.041 68 M 0.005 0.001 0.141 0.242 0.331 0.048 0.039 0.192 69 L 0.155 0.005 0.083 0.137 0.184 0.086 0.110 0.240 70 E 0.127 0.007 0.018 0.033 0.039 0.116 0.046 0.615 71 E 0.021 0.005 0.006 0.012 0.023 0.104 0.019 0.809