# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.112 0.008 0.005 0.043 0.044 0.080 0.138 0.001 0.001 0.018 0.551 2 T 0.158 0.004 0.005 0.033 0.043 0.049 0.101 0.001 0.001 0.007 0.599 3 K 0.059 0.004 0.003 0.095 0.142 0.136 0.093 0.001 0.001 0.002 0.465 4 L 0.024 0.004 0.003 0.093 0.178 0.300 0.049 0.001 0.001 0.002 0.347 5 I 0.010 0.004 0.002 0.169 0.307 0.409 0.025 0.001 0.001 0.001 0.074 6 S 0.007 0.002 0.002 0.161 0.126 0.268 0.029 0.001 0.001 0.001 0.405 7 V 0.009 0.002 0.002 0.118 0.444 0.296 0.020 0.001 0.001 0.001 0.108 8 P 0.001 0.001 0.001 0.012 0.029 0.072 0.007 0.001 0.001 0.001 0.880 9 A 0.002 0.001 0.001 0.050 0.120 0.486 0.028 0.001 0.001 0.001 0.313 10 E 0.013 0.002 0.001 0.043 0.044 0.103 0.193 0.001 0.001 0.006 0.596 11 G 0.176 0.005 0.002 0.033 0.047 0.091 0.077 0.001 0.001 0.021 0.549 12 Y 0.357 0.012 0.008 0.063 0.052 0.077 0.100 0.001 0.001 0.012 0.318 13 K 0.041 0.009 0.002 0.080 0.098 0.098 0.177 0.001 0.001 0.003 0.490 14 V 0.027 0.010 0.007 0.108 0.100 0.181 0.053 0.001 0.001 0.004 0.509 15 Y 0.035 0.010 0.004 0.151 0.202 0.274 0.068 0.001 0.001 0.003 0.251 16 P 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 0.013 0.015 0.001 0.001 0.001 0.945 17 I 0.026 0.006 0.004 0.100 0.113 0.264 0.045 0.001 0.001 0.002 0.441 18 M 0.033 0.016 0.002 0.210 0.081 0.120 0.119 0.001 0.001 0.005 0.413 19 D 0.042 0.029 0.003 0.088 0.110 0.155 0.086 0.002 0.001 0.004 0.481 20 F 0.027 0.060 0.008 0.119 0.055 0.091 0.169 0.002 0.001 0.008 0.462 21 G 0.075 0.030 0.004 0.049 0.057 0.116 0.254 0.002 0.001 0.020 0.392 22 F 0.115 0.046 0.016 0.056 0.038 0.047 0.182 0.003 0.001 0.020 0.477 23 R 0.056 0.070 0.009 0.046 0.117 0.122 0.090 0.004 0.001 0.005 0.482 24 V 0.022 0.039 0.009 0.041 0.114 0.196 0.051 0.003 0.001 0.002 0.524 25 L 0.024 0.093 0.008 0.059 0.190 0.307 0.059 0.005 0.001 0.003 0.253 26 K 0.060 0.069 0.008 0.035 0.077 0.150 0.069 0.003 0.001 0.008 0.520 27 G 0.156 0.025 0.010 0.043 0.037 0.067 0.090 0.003 0.001 0.017 0.554 28 Y 0.464 0.019 0.031 0.018 0.054 0.050 0.086 0.002 0.001 0.013 0.264 29 R 0.046 0.018 0.004 0.036 0.087 0.103 0.103 0.001 0.001 0.002 0.600 30 L 0.019 0.017 0.004 0.033 0.214 0.466 0.046 0.001 0.001 0.002 0.200 31 A 0.015 0.032 0.002 0.037 0.295 0.503 0.024 0.001 0.001 0.001 0.090 32 T 0.017 0.036 0.002 0.034 0.268 0.500 0.025 0.001 0.001 0.001 0.116 33 L 0.013 0.027 0.002 0.035 0.362 0.479 0.010 0.001 0.001 0.001 0.071 34 E 0.012 0.021 0.002 0.015 0.322 0.481 0.016 0.002 0.001 0.001 0.127 35 S 0.017 0.015 0.005 0.036 0.285 0.463 0.024 0.003 0.001 0.002 0.150 36 K 0.033 0.014 0.006 0.028 0.231 0.289 0.084 0.002 0.001 0.003 0.311 37 K 0.019 0.014 0.008 0.062 0.076 0.096 0.199 0.001 0.001 0.018 0.507 38 G 0.173 0.004 0.016 0.019 0.130 0.224 0.080 0.001 0.001 0.153 0.199 39 D 0.213 0.004 0.005 0.074 0.103 0.073 0.291 0.001 0.001 0.013 0.223 40 L 0.009 0.002 0.002 0.052 0.150 0.389 0.020 0.001 0.001 0.001 0.375 41 R 0.001 0.001 0.001 0.055 0.450 0.462 0.010 0.001 0.001 0.001 0.020 42 Y 0.002 0.001 0.001 0.055 0.146 0.331 0.016 0.001 0.001 0.001 0.448 43 V 0.005 0.001 0.001 0.152 0.311 0.475 0.006 0.001 0.001 0.001 0.048 44 N 0.009 0.002 0.002 0.079 0.196 0.308 0.061 0.001 0.001 0.004 0.340 45 S 0.008 0.001 0.001 0.031 0.325 0.195 0.027 0.001 0.001 0.001 0.411 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 47 V 0.007 0.001 0.001 0.044 0.079 0.274 0.205 0.001 0.001 0.002 0.388 48 S 0.075 0.001 0.001 0.028 0.023 0.027 0.122 0.001 0.001 0.031 0.694 49 G 0.311 0.003 0.004 0.030 0.096 0.166 0.053 0.001 0.001 0.036 0.301 50 T 0.122 0.002 0.005 0.227 0.094 0.082 0.262 0.001 0.001 0.008 0.198 51 V 0.011 0.002 0.001 0.211 0.193 0.312 0.045 0.001 0.001 0.001 0.224 52 I 0.002 0.002 0.001 0.339 0.300 0.290 0.018 0.001 0.001 0.001 0.048 53 F 0.001 0.001 0.001 0.287 0.178 0.306 0.024 0.001 0.001 0.001 0.202 54 M 0.001 0.002 0.001 0.304 0.197 0.330 0.029 0.001 0.001 0.001 0.134 55 N 0.005 0.004 0.001 0.199 0.155 0.285 0.081 0.001 0.001 0.004 0.265 56 E 0.027 0.003 0.002 0.098 0.039 0.126 0.138 0.001 0.001 0.009 0.557 57 I 0.083 0.009 0.008 0.068 0.080 0.104 0.200 0.002 0.001 0.009 0.438 58 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.976 59 S 0.022 0.002 0.001 0.015 0.021 0.048 0.062 0.001 0.001 0.002 0.825 60 E 0.107 0.006 0.003 0.009 0.011 0.023 0.070 0.001 0.001 0.007 0.762 61 R 0.260 0.018 0.007 0.019 0.034 0.041 0.141 0.002 0.001 0.010 0.468 62 A 0.045 0.003 0.001 0.011 0.012 0.014 0.035 0.001 0.001 0.002 0.875 63 N 0.070 0.009 0.006 0.049 0.120 0.162 0.130 0.001 0.001 0.012 0.440 64 Y 0.228 0.012 0.010 0.092 0.117 0.138 0.104 0.001 0.001 0.009 0.287 65 V 0.013 0.009 0.003 0.277 0.268 0.295 0.044 0.001 0.001 0.001 0.090 66 F 0.003 0.002 0.001 0.172 0.299 0.426 0.015 0.001 0.001 0.001 0.080 67 Y 0.003 0.004 0.001 0.380 0.310 0.240 0.012 0.001 0.001 0.001 0.050 68 M 0.001 0.002 0.001 0.222 0.241 0.342 0.016 0.001 0.001 0.001 0.174 69 L 0.002 0.002 0.001 0.172 0.221 0.486 0.021 0.001 0.001 0.001 0.095 70 E 0.003 0.002 0.001 0.107 0.085 0.291 0.070 0.001 0.001 0.002 0.439 71 E 0.026 0.003 0.001 0.053 0.040 0.104 0.083 0.001 0.001 0.004 0.685