# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.080 0.012 0.044 0.042 0.066 0.142 0.030 0.584 2 T 0.320 0.004 0.047 0.043 0.040 0.158 0.018 0.371 3 K 0.031 0.004 0.090 0.116 0.103 0.190 0.004 0.462 4 L 0.013 0.003 0.123 0.165 0.233 0.057 0.002 0.404 5 I 0.015 0.004 0.277 0.234 0.276 0.074 0.001 0.118 6 S 0.009 0.003 0.230 0.082 0.226 0.028 0.002 0.420 7 V 0.012 0.001 0.397 0.224 0.233 0.052 0.001 0.081 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.993 9 A 0.005 0.001 0.077 0.140 0.388 0.085 0.001 0.303 10 E 0.043 0.002 0.039 0.037 0.075 0.141 0.004 0.659 11 G 0.177 0.004 0.018 0.035 0.066 0.055 0.025 0.620 12 Y 0.450 0.008 0.049 0.059 0.059 0.058 0.021 0.296 13 K 0.054 0.005 0.072 0.147 0.118 0.121 0.005 0.478 14 V 0.010 0.003 0.054 0.084 0.213 0.020 0.002 0.613 15 Y 0.016 0.003 0.138 0.216 0.332 0.069 0.001 0.225 16 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.992 17 I 0.010 0.002 0.114 0.102 0.397 0.050 0.001 0.323 18 M 0.098 0.007 0.202 0.170 0.217 0.064 0.003 0.239 19 D 0.032 0.014 0.139 0.210 0.210 0.047 0.004 0.344 20 F 0.022 0.016 0.130 0.051 0.120 0.116 0.005 0.540 21 G 0.039 0.017 0.065 0.060 0.140 0.235 0.014 0.430 22 F 0.121 0.025 0.051 0.093 0.110 0.125 0.017 0.459 23 R 0.061 0.049 0.074 0.101 0.109 0.078 0.008 0.521 24 V 0.036 0.075 0.071 0.095 0.205 0.029 0.005 0.483 25 L 0.034 0.140 0.067 0.158 0.313 0.064 0.007 0.217 26 K 0.055 0.068 0.028 0.053 0.122 0.044 0.012 0.617 27 G 0.113 0.069 0.050 0.048 0.109 0.056 0.042 0.513 28 Y 0.248 0.029 0.062 0.053 0.048 0.143 0.030 0.388 29 R 0.019 0.019 0.042 0.058 0.064 0.074 0.004 0.719 30 L 0.019 0.039 0.060 0.141 0.354 0.121 0.005 0.261 31 A 0.035 0.038 0.043 0.307 0.414 0.043 0.003 0.117 32 T 0.030 0.107 0.056 0.252 0.310 0.056 0.006 0.184 33 L 0.024 0.065 0.025 0.368 0.443 0.011 0.004 0.060 34 E 0.015 0.080 0.023 0.277 0.478 0.022 0.005 0.100 35 S 0.018 0.054 0.013 0.328 0.395 0.027 0.012 0.154 36 K 0.059 0.049 0.029 0.112 0.199 0.065 0.022 0.466 37 K 0.040 0.019 0.026 0.070 0.074 0.233 0.028 0.509 38 G 0.353 0.012 0.036 0.091 0.096 0.055 0.131 0.227 39 D 0.209 0.007 0.078 0.105 0.077 0.289 0.016 0.220 40 L 0.004 0.001 0.051 0.137 0.185 0.018 0.001 0.602 41 R 0.004 0.001 0.065 0.328 0.530 0.037 0.001 0.035 42 Y 0.004 0.001 0.040 0.160 0.238 0.015 0.001 0.542 43 V 0.003 0.001 0.113 0.321 0.502 0.019 0.001 0.040 44 N 0.005 0.001 0.053 0.162 0.277 0.023 0.001 0.478 45 S 0.008 0.001 0.067 0.209 0.407 0.043 0.001 0.264 46 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.983 47 V 0.024 0.001 0.029 0.096 0.250 0.099 0.003 0.497 48 S 0.069 0.001 0.020 0.031 0.048 0.082 0.006 0.742 49 G 0.245 0.005 0.062 0.081 0.141 0.081 0.037 0.348 50 T 0.303 0.003 0.209 0.119 0.120 0.098 0.013 0.135 51 V 0.004 0.001 0.251 0.254 0.276 0.018 0.001 0.195 52 I 0.002 0.001 0.269 0.313 0.378 0.016 0.001 0.021 53 F 0.002 0.001 0.215 0.311 0.354 0.010 0.001 0.107 54 M 0.001 0.001 0.245 0.245 0.417 0.020 0.001 0.071 55 N 0.005 0.001 0.078 0.271 0.405 0.039 0.001 0.200 56 E 0.020 0.002 0.076 0.117 0.365 0.096 0.006 0.318 57 I 0.058 0.003 0.042 0.092 0.191 0.178 0.009 0.427 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 S 0.012 0.002 0.010 0.031 0.089 0.076 0.002 0.778 60 E 0.244 0.006 0.010 0.022 0.044 0.098 0.008 0.568 61 R 0.289 0.027 0.015 0.040 0.073 0.096 0.014 0.446 62 A 0.078 0.018 0.022 0.018 0.033 0.045 0.009 0.778 63 N 0.122 0.028 0.083 0.089 0.125 0.120 0.031 0.402 64 Y 0.238 0.017 0.164 0.147 0.135 0.054 0.018 0.228 65 V 0.015 0.012 0.204 0.345 0.303 0.038 0.003 0.081 66 F 0.003 0.004 0.113 0.371 0.440 0.012 0.001 0.055 67 Y 0.003 0.003 0.160 0.396 0.398 0.010 0.001 0.030 68 M 0.004 0.004 0.134 0.232 0.422 0.022 0.001 0.180 69 L 0.004 0.004 0.088 0.288 0.538 0.024 0.001 0.053 70 E 0.004 0.004 0.028 0.073 0.215 0.039 0.002 0.636 71 E 0.014 0.005 0.019 0.038 0.130 0.118 0.006 0.669