# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.054 0.027 0.047 0.117 0.031 0.034 0.019 0.035 0.037 0.438 0.163 2 T 0.093 0.334 0.058 0.022 0.289 0.025 0.025 0.040 0.038 0.047 0.029 3 K 0.243 0.120 0.021 0.011 0.437 0.019 0.029 0.032 0.024 0.030 0.035 4 L 0.412 0.057 0.010 0.009 0.391 0.011 0.012 0.013 0.013 0.028 0.043 5 I 0.172 0.149 0.022 0.005 0.591 0.010 0.011 0.008 0.005 0.005 0.022 6 S 0.288 0.115 0.039 0.005 0.424 0.005 0.007 0.008 0.006 0.019 0.084 7 V 0.078 0.436 0.125 0.011 0.294 0.004 0.005 0.006 0.004 0.006 0.031 8 P 0.111 0.325 0.253 0.012 0.199 0.005 0.012 0.020 0.015 0.009 0.037 9 A 0.126 0.150 0.081 0.028 0.147 0.047 0.091 0.143 0.108 0.038 0.043 10 E 0.017 0.160 0.129 0.129 0.036 0.129 0.220 0.055 0.052 0.057 0.017 11 G 0.075 0.049 0.059 0.094 0.059 0.021 0.013 0.022 0.033 0.402 0.172 12 Y 0.116 0.317 0.032 0.012 0.365 0.017 0.015 0.031 0.029 0.034 0.031 13 K 0.136 0.254 0.060 0.010 0.405 0.018 0.026 0.028 0.014 0.015 0.035 14 V 0.353 0.097 0.030 0.020 0.280 0.011 0.016 0.035 0.025 0.061 0.072 15 Y 0.090 0.347 0.098 0.020 0.338 0.015 0.013 0.028 0.019 0.010 0.022 16 P 0.136 0.247 0.073 0.005 0.346 0.007 0.022 0.076 0.035 0.012 0.043 17 I 0.197 0.085 0.014 0.006 0.218 0.010 0.032 0.139 0.095 0.125 0.078 18 M 0.076 0.226 0.076 0.020 0.270 0.032 0.066 0.092 0.060 0.046 0.035 19 D 0.242 0.093 0.074 0.032 0.215 0.025 0.037 0.085 0.044 0.076 0.076 20 F 0.047 0.215 0.098 0.050 0.111 0.066 0.096 0.126 0.105 0.062 0.024 21 G 0.102 0.047 0.043 0.070 0.074 0.051 0.026 0.088 0.087 0.295 0.118 22 F 0.117 0.204 0.042 0.013 0.304 0.015 0.025 0.124 0.063 0.053 0.040 23 R 0.155 0.160 0.035 0.007 0.451 0.009 0.018 0.077 0.024 0.024 0.040 24 V 0.317 0.096 0.047 0.015 0.227 0.011 0.035 0.117 0.037 0.035 0.063 25 L 0.096 0.084 0.087 0.082 0.127 0.104 0.059 0.171 0.063 0.062 0.064 26 K 0.013 0.255 0.120 0.165 0.036 0.098 0.130 0.094 0.038 0.038 0.012 27 G 0.023 0.016 0.026 0.072 0.015 0.024 0.012 0.035 0.032 0.569 0.176 28 Y 0.062 0.454 0.052 0.012 0.234 0.012 0.014 0.056 0.039 0.041 0.024 29 R 0.210 0.105 0.029 0.012 0.276 0.023 0.039 0.134 0.072 0.054 0.044 30 L 0.249 0.074 0.026 0.031 0.235 0.031 0.038 0.113 0.083 0.069 0.050 31 A 0.145 0.169 0.040 0.019 0.388 0.024 0.032 0.091 0.038 0.025 0.028 32 T 0.232 0.121 0.032 0.005 0.432 0.006 0.012 0.068 0.026 0.022 0.044 33 L 0.202 0.154 0.029 0.005 0.365 0.006 0.024 0.104 0.030 0.030 0.051 34 E 0.131 0.201 0.045 0.014 0.311 0.018 0.042 0.110 0.032 0.044 0.053 35 S 0.086 0.206 0.324 0.035 0.130 0.011 0.019 0.103 0.032 0.020 0.034 36 K 0.023 0.033 0.035 0.030 0.030 0.051 0.108 0.496 0.142 0.037 0.016 37 K 0.024 0.417 0.155 0.064 0.049 0.046 0.078 0.063 0.049 0.040 0.016 38 G 0.041 0.049 0.064 0.122 0.036 0.044 0.020 0.032 0.033 0.331 0.227 39 D 0.098 0.298 0.056 0.012 0.373 0.013 0.026 0.034 0.024 0.030 0.036 40 L 0.418 0.078 0.005 0.002 0.422 0.003 0.005 0.008 0.007 0.015 0.038 41 R 0.123 0.257 0.023 0.003 0.557 0.006 0.007 0.004 0.003 0.002 0.018 42 Y 0.438 0.055 0.013 0.005 0.361 0.007 0.006 0.010 0.008 0.023 0.074 43 V 0.177 0.175 0.027 0.021 0.428 0.027 0.030 0.024 0.026 0.029 0.037 44 N 0.138 0.145 0.113 0.057 0.258 0.034 0.045 0.026 0.036 0.066 0.082 45 S 0.069 0.353 0.240 0.036 0.219 0.005 0.008 0.010 0.013 0.017 0.029 46 P 0.169 0.203 0.092 0.029 0.226 0.021 0.048 0.046 0.065 0.047 0.056 47 V 0.117 0.176 0.084 0.034 0.187 0.049 0.104 0.066 0.086 0.054 0.042 48 S 0.093 0.065 0.066 0.142 0.084 0.102 0.164 0.047 0.057 0.118 0.062 49 G 0.079 0.125 0.158 0.188 0.101 0.068 0.038 0.017 0.022 0.133 0.073 50 T 0.146 0.148 0.006 0.002 0.642 0.006 0.010 0.006 0.006 0.011 0.019 51 V 0.192 0.049 0.001 0.001 0.753 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 52 I 0.209 0.047 0.003 0.001 0.726 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 53 F 0.456 0.055 0.012 0.001 0.384 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.085 54 M 0.200 0.143 0.028 0.052 0.306 0.095 0.033 0.020 0.019 0.038 0.065 55 N 0.166 0.138 0.094 0.069 0.277 0.045 0.041 0.032 0.033 0.046 0.058 56 E 0.157 0.125 0.056 0.025 0.188 0.026 0.053 0.059 0.056 0.156 0.099 57 I 0.047 0.429 0.225 0.028 0.160 0.011 0.013 0.019 0.015 0.017 0.035 58 P 0.104 0.237 0.102 0.047 0.136 0.032 0.036 0.090 0.098 0.061 0.056 59 S 0.045 0.162 0.079 0.032 0.112 0.042 0.135 0.185 0.139 0.049 0.019 60 E 0.069 0.067 0.054 0.037 0.072 0.042 0.087 0.138 0.136 0.250 0.049 61 R 0.156 0.188 0.080 0.021 0.270 0.012 0.020 0.054 0.059 0.077 0.064 62 A 0.099 0.148 0.045 0.029 0.190 0.044 0.064 0.141 0.144 0.062 0.034 63 N 0.188 0.061 0.027 0.025 0.154 0.047 0.091 0.087 0.060 0.166 0.095 64 Y 0.189 0.134 0.007 0.004 0.599 0.006 0.008 0.013 0.006 0.014 0.021 65 V 0.258 0.053 0.002 0.001 0.662 0.002 0.004 0.006 0.002 0.002 0.007 66 F 0.293 0.042 0.005 0.001 0.621 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.028 67 Y 0.208 0.106 0.008 0.001 0.643 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.025 68 M 0.370 0.127 0.027 0.005 0.286 0.007 0.014 0.014 0.006 0.022 0.121 69 L 0.058 0.445 0.158 0.019 0.216 0.012 0.013 0.018 0.011 0.010 0.039 70 E 0.071 0.134 0.088 0.067 0.090 0.058 0.088 0.199 0.103 0.065 0.038 71 E 0.050 0.109 0.061 0.019 0.089 0.029 0.071 0.218 0.193 0.124 0.037