This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA G A 2 2 NATAA S A 3 3 NATAA M A 4 4 NATAA L A 5 5 NATAA H A 6 6 NATAA W A 7 7 NATAA G A 8 8 NATRO P A 9 9 NATAA K A 10 10 NATAA Y A 11 11 NATAA W A 12 12 NATAA R A 13 13 NATAA S A 14 14 NATAA L A 15 15 NATAA H A 16 16 NATAA L A 17 17 NATAA Y A 18 18 NATAA A A 19 19 NATAA I A 20 20 NATAA F A 21 21 NATAA F A 22 22 NATAA S A 23 23 NATAA D A 24 24 NATAA A A 25 25 NATRO P A 26 26 NATAA S A 27 27 NATAA W A 28 28 NATAA K A 29 29 NATAA E A 30 30 NATAA K A 31 31 NATAA Y A 32 32 NATAA E A 33 33 NATAA A A 34 34 NATAA I A 35 35 NATAA Q A 36 36 NATAA W A 37 37 NATAA I A 38 38 NATAA L A 39 39 NATAA N A 40 40 NATAA F A 41 41 NATAA I A 42 42 NATAA E A 43 43 NATAA S A 44 44 NATAA L A 45 45 NATRO P A 46 46 NATRO C A 47 47 NATAA T A 48 48 NATAA R A 49 49 NATRO C A 50 50 NATAA Q A 51 51 NATAA H A 52 52 NATAA H A 53 53 NATAA A A 54 54 NATAA F A 55 55 NATAA S A 56 56 NATAA Y A 57 57 NATAA L A 58 58 NATAA T A 59 59 NATAA K A 60 60 NATAA N A 61 61 NATRO P A 62 62 NATAA L A 63 63 NATAA T A 64 64 NATAA L A 65 65 NATAA N A 66 66 NATAA N A 67 67 NATAA S A 68 68 NATAA E A 69 69 NATAA D A 70 70 NATAA F A 71 71 NATAA Q A 72 72 NATAA Y A 73 73 NATAA W A 74 74 NATAA T A 75 75 NATAA F A 76 76 NATAA A A 77 77 NATAA F A 78 78 NATAA H A 79 79 NATAA N A 80 80 NATAA N A 81 81 NATAA V A 82 82 NATAA N A 83 83 NATAA N A 84 84 NATAA R A 85 85 NATAA L A 86 86 NATAA N A 87 87 NATAA K A 88 88 NATAA K A 89 89 NATAA I A 90 90 NATAA I A 91 91 NATAA S A 92 92 NATAA W A 93 93 NATAA S A 94 94 NATAA E A 95 95 NATAA Y A 96 96 NATAA K A 97 97 NATAA N A 98 98 NATAA I A 99 99 NATAA Y A 100 100 NATAA E A 101 101 NATAA Q A 102 102 NATAA S A 103 103 NATAA I A 104 104 NATAA L A 105 105 NATAA K A 106 106 NATAA G A 107 107 NATAA S A 108 108 NATAA M A 109 109 NATAA L A 110 110 NATAA H A 111 111 NATAA W A 112 112 NATAA G A 113 113 NATRO P A 114 114 NATAA K A 115 115 NATAA Y A 116 116 NATAA W A 117 117 NATAA R A 118 118 NATAA S A 119 119 NATAA L A 120 120 NATAA H A 121 121 NATAA L A 122 122 NATAA Y A 123 123 NATAA A A 124 124 NATAA I A 125 125 NATAA F A 126 126 NATAA F A 127 127 NATAA S A 128 128 NATAA D A 129 129 NATAA A A 130 130 NATRO P A 131 131 NATAA S A 132 132 NATAA W A 133 133 NATAA K A 134 134 NATAA E A 135 135 NATAA K A 136 136 NATAA Y A 137 137 NATAA E A 138 138 NATAA A A 139 139 NATAA I A 140 140 NATAA Q A 141 141 NATAA W A 142 142 NATAA I A 143 143 NATAA L A 144 144 NATAA N A 145 145 NATAA F A 146 146 NATAA I A 147 147 NATAA E A 148 148 NATAA S A 149 149 NATAA L A 150 150 NATRO P A 151 151 NATRO C A 152 152 NATAA T A 153 153 NATAA R A 154 154 NATRO C A 155 155 NATAA Q A 156 156 NATAA H A 157 157 NATAA H A 158 158 NATAA A A 159 159 NATAA F A 160 160 NATAA S A 161 161 NATAA Y A 162 162 NATAA L A 163 163 NATAA T A 164 164 NATAA K A 165 165 NATAA N A 166 166 NATRO P A 167 167 NATAA L A 168 168 NATAA T A 169 169 NATAA L A 170 170 NATAA N A 171 171 NATAA N A 172 172 NATAA S A 173 173 NATAA E A 174 174 NATAA D A 175 175 NATAA F A 176 176 NATAA Q A 177 177 NATAA Y A 178 178 NATAA W A 179 179 NATAA T A 180 180 NATAA F A 181 181 NATAA A A 182 182 NATAA F A 183 183 NATAA H A 184 184 NATAA N A 185 185 NATAA N A 186 186 NATAA V A 187 187 NATAA N A 188 188 NATAA N A 189 189 NATAA R A 190 190 NATAA L A 191 191 NATAA N A 192 192 NATAA K A 193 193 NATAA K A 194 194 NATAA I A 195 195 NATAA I A 196 196 NATAA S A 197 197 NATAA W A 198 198 NATAA S A 199 199 NATAA E A 200 200 NATAA Y A 201 201 NATAA K A 202 202 NATAA N A 203 203 NATAA I A 204 204 NATAA Y A 205 205 NATAA E A 206 206 NATAA Q A 207 207 NATAA S A 208 208 NATAA I A 209 209 NATAA L A 210 210 NATAA K