# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.175 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.002 0.020 0.012 0.165 0.001 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.047 0.267 0.065 0.081 0.245 0.001 2 S 0.002 0.002 0.063 0.054 0.030 0.004 0.088 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.045 0.018 0.045 0.049 0.256 0.327 0.001 3 M 0.002 0.001 0.017 0.018 0.099 0.001 0.028 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.041 0.035 0.415 0.063 0.107 0.152 0.001 4 L 0.004 0.005 0.069 0.064 0.045 0.013 0.248 0.053 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.048 0.022 0.148 0.044 0.092 0.130 0.001 5 H 0.003 0.003 0.024 0.033 0.077 0.007 0.181 0.022 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.022 0.037 0.216 0.148 0.113 0.101 0.001 6 W 0.002 0.003 0.026 0.021 0.070 0.001 0.100 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 0.035 0.165 0.078 0.127 0.313 0.001 7 G 0.001 0.001 0.023 0.020 0.025 0.001 0.016 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.013 0.127 0.052 0.168 0.501 0.001 8 P 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.003 0.008 0.119 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.762 0.008 0.016 0.055 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.051 0.819 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.004 0.003 0.004 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.002 0.001 0.003 0.001 11 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 15 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.974 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 0.951 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.012 0.025 0.004 0.005 0.007 0.002 0.029 0.854 0.009 0.003 0.001 0.002 0.002 0.010 0.007 0.002 0.014 0.005 0.001 0.003 0.001 18 A 0.038 0.049 0.005 0.006 0.033 0.008 0.063 0.636 0.022 0.004 0.004 0.005 0.010 0.027 0.006 0.013 0.033 0.016 0.006 0.005 0.010 19 I 0.062 0.088 0.044 0.042 0.025 0.013 0.075 0.375 0.032 0.007 0.008 0.009 0.020 0.041 0.028 0.011 0.056 0.022 0.012 0.016 0.014 20 F 0.046 0.058 0.021 0.031 0.146 0.008 0.118 0.114 0.029 0.011 0.010 0.010 0.018 0.028 0.028 0.043 0.116 0.066 0.042 0.045 0.012 21 F 0.017 0.021 0.067 0.077 0.044 0.004 0.042 0.035 0.012 0.004 0.003 0.004 0.006 0.010 0.056 0.022 0.123 0.059 0.170 0.220 0.004 22 S 0.002 0.003 0.012 0.018 0.077 0.004 0.072 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.020 0.040 0.441 0.059 0.068 0.151 0.001 23 D 0.001 0.001 0.021 0.020 0.037 0.007 0.353 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.014 0.125 0.116 0.114 0.159 0.001 24 A 0.001 0.001 0.019 0.013 0.028 0.001 0.046 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.090 0.122 0.227 0.411 0.001 25 P 0.001 0.001 0.012 0.007 0.052 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.020 0.165 0.090 0.151 0.463 0.001 26 S 0.001 0.001 0.008 0.005 0.013 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.015 0.228 0.688 0.001 27 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.934 0.005 0.009 0.015 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.108 0.800 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.004 0.002 0.009 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.072 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.004 0.006 0.001 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.006 0.003 0.004 0.001 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.964 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.048 0.906 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 40 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.036 0.791 0.020 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.076 0.028 0.004 0.013 0.001 41 I 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 0.017 0.126 0.616 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.110 0.030 0.011 0.016 0.001 42 E 0.004 0.004 0.017 0.014 0.006 0.064 0.173 0.327 0.119 0.024 0.002 0.001 0.003 0.008 0.010 0.005 0.136 0.050 0.014 0.019 0.003 43 S 0.004 0.004 0.005 0.007 0.046 0.010 0.252 0.087 0.033 0.012 0.002 0.003 0.003 0.007 0.011 0.025 0.242 0.112 0.075 0.057 0.003 44 L 0.002 0.003 0.057 0.027 0.008 0.003 0.028 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.039 0.015 0.143 0.078 0.162 0.387 0.001 45 P 0.001 0.001 0.004 0.003 0.072 0.002 0.026 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.072 0.218 0.076 0.107 0.364 0.001 46 C 0.001 0.001 0.014 0.010 0.011 0.004 0.059 0.116 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.009 0.538 0.032 0.068 0.083 0.001 47 T 0.001 0.001 0.007 0.004 0.003 0.012 0.065 0.448 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.394 0.012 0.013 0.031 0.001 48 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.145 0.684 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.088 0.026 0.008 0.012 0.001 49 C 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.060 0.745 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.088 0.038 0.014 0.023 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.021 0.705 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.232 0.006 0.005 0.010 0.001 51 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.916 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.001 0.002 0.001 52 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.043 0.924 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 0.002 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.906 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.007 0.004 0.006 0.001 54 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.927 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.002 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.039 0.923 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.075 0.740 0.031 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.087 0.017 0.005 0.002 0.001 57 L 0.002 0.003 0.004 0.004 0.021 0.008 0.081 0.630 0.027 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.105 0.034 0.017 0.036 0.001 58 T 0.002 0.002 0.014 0.015 0.008 0.067 0.244 0.243 0.099 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.170 0.038 0.023 0.030 0.001 59 K 0.002 0.001 0.004 0.006 0.048 0.015 0.450 0.022 0.041 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.206 0.095 0.035 0.042 0.001 60 N 0.001 0.001 0.017 0.010 0.012 0.001 0.037 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.015 0.071 0.318 0.499 0.001 61 P 0.001 0.001 0.008 0.004 0.074 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.069 0.418 0.134 0.114 0.136 0.001 62 L 0.002 0.002 0.053 0.037 0.029 0.014 0.207 0.029 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.070 0.046 0.093 0.047 0.167 0.188 0.001 63 T 0.002 0.002 0.035 0.026 0.113 0.002 0.052 0.019 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.055 0.072 0.058 0.117 0.200 0.233 0.001 64 L 0.003 0.002 0.052 0.046 0.070 0.003 0.037 0.024 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.010 0.099 0.113 0.158 0.043 0.174 0.155 0.002 65 N 0.002 0.002 0.040 0.041 0.054 0.005 0.140 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.065 0.032 0.266 0.084 0.069 0.154 0.001 66 N 0.001 0.001 0.015 0.017 0.068 0.001 0.089 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.041 0.109 0.193 0.395 0.001 67 S 0.001 0.001 0.017 0.015 0.010 0.001 0.007 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.004 0.652 0.039 0.067 0.102 0.001 68 E 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.020 0.042 0.520 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.360 0.008 0.006 0.021 0.001 69 D 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.020 0.147 0.748 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.014 0.004 0.004 0.001 70 F 0.002 0.006 0.002 0.002 0.036 0.001 0.025 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 0.010 0.004 0.014 0.001 71 Q 0.006 0.012 0.007 0.007 0.009 0.003 0.016 0.881 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 0.002 0.002 0.006 0.001 72 Y 0.008 0.014 0.002 0.003 0.009 0.007 0.015 0.910 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 73 W 0.010 0.020 0.003 0.004 0.009 0.003 0.019 0.895 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 74 T 0.011 0.016 0.004 0.005 0.012 0.002 0.017 0.843 0.009 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.006 0.003 0.040 0.009 0.004 0.004 0.001 75 F 0.007 0.012 0.003 0.002 0.007 0.004 0.014 0.877 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.043 0.003 0.001 0.004 0.001 76 A 0.005 0.006 0.003 0.003 0.004 0.012 0.028 0.854 0.017 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.042 0.006 0.002 0.003 0.001 77 F 0.002 0.005 0.002 0.002 0.009 0.004 0.031 0.865 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.044 0.006 0.002 0.006 0.001 78 H 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.007 0.041 0.737 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.111 0.022 0.010 0.006 0.001 79 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.015 0.029 0.795 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.110 0.005 0.002 0.006 0.001 80 N 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.065 0.108 0.709 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 0.012 0.002 0.002 0.001 81 V 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 0.013 0.050 0.743 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.073 0.030 0.009 0.010 0.001 82 N 0.002 0.002 0.007 0.006 0.010 0.012 0.053 0.599 0.026 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.157 0.040 0.018 0.033 0.001 83 N 0.001 0.002 0.004 0.006 0.006 0.122 0.074 0.557 0.053 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.112 0.023 0.007 0.012 0.001 84 R 0.001 0.001 0.005 0.010 0.020 0.089 0.126 0.096 0.281 0.169 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.109 0.052 0.023 0.010 0.001 85 L 0.002 0.003 0.020 0.021 0.027 0.006 0.201 0.054 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.187 0.045 0.120 0.268 0.001 86 N 0.001 0.002 0.004 0.004 0.067 0.003 0.156 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.191 0.334 0.080 0.116 0.001 87 K 0.002 0.002 0.051 0.040 0.022 0.013 0.067 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.034 0.072 0.069 0.250 0.325 0.001 88 K 0.003 0.004 0.045 0.025 0.177 0.002 0.022 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.029 0.145 0.061 0.176 0.263 0.002 89 I 0.004 0.005 0.057 0.050 0.121 0.006 0.097 0.029 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.005 0.066 0.103 0.111 0.060 0.169 0.099 0.004 90 I 0.006 0.005 0.078 0.059 0.085 0.002 0.067 0.013 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.008 0.096 0.058 0.078 0.087 0.118 0.225 0.001 91 S 0.001 0.001 0.013 0.016 0.089 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.046 0.008 0.022 0.246 0.532 0.001 92 W 0.001 0.001 0.006 0.007 0.006 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.003 0.862 0.005 0.017 0.027 0.001 93 S 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.020 0.237 0.510 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.181 0.008 0.005 0.016 0.001 94 E 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.014 0.276 0.593 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.039 0.013 0.014 0.001 95 Y 0.001 0.003 0.003 0.005 0.073 0.001 0.065 0.644 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.099 0.033 0.018 0.032 0.001 96 K 0.006 0.007 0.020 0.022 0.027 0.023 0.256 0.446 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.114 0.019 0.012 0.019 0.001 97 N 0.011 0.018 0.027 0.053 0.085 0.049 0.138 0.397 0.024 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.050 0.043 0.031 0.053 0.001 98 I 0.004 0.007 0.010 0.016 0.230 0.004 0.106 0.180 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.020 0.197 0.065 0.055 0.071 0.001 99 Y 0.003 0.004 0.059 0.047 0.028 0.004 0.106 0.132 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 0.008 0.089 0.065 0.171 0.233 0.001 100 E 0.001 0.001 0.010 0.011 0.095 0.004 0.043 0.065 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.026 0.223 0.076 0.136 0.284 0.001 101 Q 0.001 0.001 0.016 0.018 0.024 0.006 0.114 0.081 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.008 0.476 0.033 0.064 0.118 0.001 102 S 0.001 0.001 0.010 0.010 0.030 0.011 0.350 0.144 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.211 0.079 0.055 0.079 0.001 103 I 0.002 0.002 0.020 0.020 0.060 0.014 0.223 0.121 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.021 0.148 0.136 0.114 0.095 0.001 104 L 0.003 0.005 0.038 0.032 0.094 0.005 0.126 0.094 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.037 0.025 0.190 0.068 0.106 0.165 0.001 105 K 0.006 0.008 0.046 0.052 0.121 0.007 0.109 0.061 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.038 0.026 0.124 0.065 0.132 0.192 0.001