# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.175 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.016 0.714 0.002 0.008 0.006 0.001 0.001 0.008 0.191 0.026 0.011 0.016 2 S 0.001 0.019 0.687 0.004 0.035 0.019 0.001 0.001 0.012 0.126 0.054 0.020 0.023 3 M 0.002 0.025 0.335 0.010 0.201 0.095 0.002 0.001 0.019 0.079 0.180 0.007 0.044 4 L 0.003 0.017 0.231 0.011 0.295 0.130 0.003 0.002 0.020 0.098 0.114 0.054 0.023 5 H 0.004 0.029 0.237 0.004 0.177 0.185 0.004 0.003 0.028 0.106 0.126 0.014 0.083 6 W 0.003 0.043 0.298 0.006 0.044 0.258 0.002 0.002 0.018 0.162 0.120 0.024 0.019 7 G 0.002 0.017 0.368 0.003 0.016 0.317 0.001 0.001 0.007 0.205 0.045 0.010 0.009 8 P 0.001 0.002 0.077 0.001 0.014 0.826 0.001 0.001 0.001 0.042 0.033 0.001 0.002 9 K 0.001 0.001 0.011 0.001 0.014 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 11 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 15 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 17 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 18 A 0.010 0.001 0.003 0.002 0.017 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.013 19 I 0.019 0.002 0.011 0.003 0.013 0.826 0.002 0.001 0.002 0.009 0.055 0.038 0.019 20 F 0.055 0.013 0.080 0.008 0.021 0.461 0.004 0.002 0.012 0.034 0.187 0.032 0.091 21 F 0.012 0.015 0.442 0.011 0.018 0.120 0.002 0.001 0.012 0.100 0.135 0.083 0.049 22 S 0.001 0.004 0.520 0.002 0.015 0.040 0.001 0.001 0.004 0.138 0.243 0.011 0.021 23 D 0.001 0.014 0.230 0.002 0.034 0.033 0.001 0.001 0.004 0.281 0.390 0.006 0.007 24 A 0.001 0.008 0.629 0.001 0.014 0.010 0.001 0.001 0.002 0.283 0.039 0.007 0.007 25 P 0.001 0.015 0.463 0.001 0.059 0.082 0.001 0.001 0.002 0.182 0.185 0.002 0.009 26 S 0.001 0.018 0.500 0.001 0.102 0.092 0.001 0.001 0.004 0.158 0.109 0.008 0.009 27 W 0.001 0.007 0.120 0.001 0.128 0.548 0.001 0.001 0.002 0.051 0.131 0.001 0.012 28 K 0.001 0.005 0.079 0.001 0.076 0.721 0.001 0.001 0.001 0.037 0.073 0.004 0.004 29 E 0.001 0.002 0.038 0.001 0.030 0.877 0.001 0.001 0.001 0.018 0.027 0.001 0.006 30 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 40 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.001 0.001 41 I 0.001 0.001 0.016 0.001 0.059 0.813 0.001 0.001 0.001 0.006 0.103 0.001 0.002 42 E 0.001 0.002 0.033 0.001 0.040 0.751 0.001 0.001 0.005 0.031 0.125 0.008 0.004 43 S 0.002 0.014 0.129 0.002 0.035 0.496 0.001 0.002 0.017 0.061 0.204 0.003 0.034 44 L 0.001 0.012 0.517 0.002 0.008 0.094 0.001 0.001 0.015 0.235 0.062 0.049 0.004 45 P 0.001 0.003 0.822 0.001 0.005 0.043 0.001 0.001 0.006 0.065 0.038 0.001 0.016 46 C 0.001 0.006 0.438 0.001 0.056 0.352 0.001 0.001 0.004 0.081 0.055 0.002 0.003 47 T 0.001 0.002 0.088 0.001 0.157 0.624 0.001 0.001 0.003 0.063 0.057 0.002 0.003 48 R 0.001 0.002 0.032 0.001 0.134 0.753 0.001 0.001 0.001 0.021 0.053 0.001 0.003 49 C 0.001 0.003 0.031 0.001 0.045 0.886 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.001 0.003 50 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 51 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 52 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 54 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 58 T 0.001 0.001 0.009 0.001 0.016 0.805 0.001 0.001 0.001 0.009 0.156 0.001 0.001 59 K 0.001 0.005 0.101 0.001 0.019 0.437 0.001 0.001 0.005 0.060 0.359 0.003 0.009 60 N 0.001 0.005 0.570 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 0.004 0.281 0.067 0.015 0.004 61 P 0.001 0.006 0.678 0.001 0.020 0.042 0.001 0.001 0.008 0.103 0.129 0.002 0.011 62 L 0.001 0.012 0.496 0.005 0.097 0.058 0.001 0.001 0.029 0.135 0.138 0.018 0.010 63 T 0.002 0.019 0.423 0.003 0.129 0.049 0.002 0.002 0.052 0.112 0.128 0.017 0.062 64 L 0.002 0.030 0.348 0.004 0.097 0.066 0.003 0.002 0.042 0.110 0.215 0.021 0.061 65 N 0.002 0.045 0.445 0.003 0.020 0.034 0.001 0.001 0.025 0.269 0.094 0.041 0.020 66 N 0.001 0.013 0.689 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 0.004 0.203 0.028 0.005 0.023 67 S 0.001 0.003 0.162 0.002 0.054 0.584 0.001 0.001 0.002 0.058 0.129 0.001 0.005 68 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.032 0.884 0.001 0.001 0.001 0.018 0.050 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.012 0.001 0.027 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.002 70 F 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 71 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 72 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 73 W 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 74 T 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.004 75 F 0.005 0.001 0.003 0.002 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.003 0.003 76 A 0.003 0.001 0.008 0.002 0.008 0.925 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.003 0.005 77 F 0.002 0.001 0.013 0.003 0.014 0.850 0.001 0.001 0.001 0.010 0.099 0.002 0.005 78 H 0.002 0.003 0.072 0.004 0.031 0.718 0.001 0.001 0.003 0.030 0.126 0.005 0.006 79 N 0.002 0.003 0.132 0.002 0.042 0.618 0.001 0.001 0.004 0.066 0.113 0.005 0.012 80 N 0.001 0.004 0.078 0.002 0.050 0.667 0.001 0.001 0.005 0.049 0.131 0.004 0.008 81 V 0.006 0.016 0.126 0.004 0.064 0.534 0.001 0.003 0.013 0.087 0.107 0.012 0.026 82 N 0.009 0.014 0.301 0.005 0.099 0.298 0.001 0.001 0.010 0.093 0.094 0.020 0.056 83 N 0.002 0.006 0.100 0.004 0.107 0.449 0.001 0.001 0.004 0.040 0.268 0.006 0.015 84 R 0.003 0.014 0.105 0.005 0.187 0.382 0.001 0.001 0.005 0.052 0.210 0.012 0.024 85 L 0.004 0.014 0.159 0.007 0.106 0.254 0.001 0.001 0.007 0.115 0.276 0.016 0.039 86 N 0.002 0.006 0.314 0.007 0.021 0.107 0.001 0.001 0.007 0.164 0.343 0.015 0.013 87 K 0.002 0.011 0.523 0.003 0.057 0.064 0.001 0.001 0.008 0.201 0.093 0.018 0.020 88 K 0.002 0.016 0.536 0.004 0.038 0.082 0.001 0.001 0.015 0.123 0.096 0.017 0.069 89 I 0.005 0.037 0.359 0.008 0.104 0.176 0.004 0.001 0.030 0.090 0.082 0.049 0.054 90 I 0.013 0.054 0.422 0.005 0.034 0.116 0.004 0.004 0.057 0.142 0.034 0.052 0.062 91 S 0.002 0.008 0.807 0.001 0.009 0.022 0.001 0.001 0.013 0.043 0.007 0.022 0.066 92 W 0.001 0.004 0.268 0.006 0.093 0.395 0.001 0.001 0.004 0.036 0.170 0.003 0.020 93 S 0.001 0.002 0.065 0.007 0.183 0.482 0.001 0.001 0.003 0.046 0.202 0.004 0.004 94 E 0.002 0.005 0.086 0.002 0.243 0.496 0.001 0.001 0.004 0.056 0.071 0.006 0.030 95 Y 0.001 0.006 0.144 0.004 0.064 0.645 0.001 0.001 0.006 0.024 0.066 0.005 0.035 96 K 0.002 0.006 0.102 0.007 0.086 0.643 0.001 0.001 0.008 0.030 0.071 0.027 0.017 97 N 0.008 0.008 0.080 0.004 0.087 0.573 0.001 0.001 0.015 0.032 0.095 0.013 0.084 98 I 0.014 0.018 0.210 0.010 0.035 0.398 0.003 0.001 0.016 0.063 0.094 0.059 0.079 99 Y 0.012 0.018 0.427 0.007 0.031 0.219 0.002 0.002 0.025 0.082 0.055 0.056 0.063 100 E 0.002 0.008 0.440 0.006 0.062 0.260 0.001 0.001 0.019 0.059 0.084 0.019 0.039 101 Q 0.001 0.007 0.140 0.009 0.251 0.204 0.001 0.001 0.007 0.059 0.296 0.009 0.017 102 S 0.002 0.007 0.167 0.006 0.182 0.155 0.001 0.001 0.007 0.099 0.340 0.015 0.019 103 I 0.003 0.025 0.442 0.003 0.096 0.098 0.001 0.001 0.016 0.142 0.108 0.018 0.048 104 L 0.002 0.051 0.599 0.003 0.018 0.051 0.001 0.001 0.017 0.169 0.036 0.024 0.029 105 K 0.001 0.005 0.880 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.004 0.060 0.007 0.012 0.015