# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.175 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.023 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.038 0.150 0.740 2 S 0.153 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.090 0.111 0.546 3 M 0.191 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.091 0.093 0.556 4 L 0.095 0.032 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.062 0.125 0.610 5 H 0.024 0.038 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.053 0.049 0.143 0.673 6 W 0.030 0.150 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.064 0.095 0.129 0.518 7 G 0.033 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.065 0.038 0.158 8 P 0.016 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.018 0.078 9 K 0.013 0.438 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.422 0.022 0.065 10 Y 0.006 0.824 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.134 0.005 0.020 11 W 0.021 0.827 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.109 0.004 0.023 12 R 0.013 0.875 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.055 0.007 0.027 13 S 0.011 0.876 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.045 0.007 0.038 14 L 0.023 0.760 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.087 0.020 0.055 15 H 0.032 0.580 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.243 0.020 0.062 16 L 0.090 0.491 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.143 0.035 0.142 17 Y 0.114 0.376 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.079 0.040 0.130 18 A 0.145 0.054 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.216 0.115 0.085 0.368 19 I 0.021 0.017 0.006 0.002 0.005 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.392 0.089 0.116 0.335 20 F 0.049 0.015 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.080 0.169 0.504 21 F 0.290 0.015 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.123 0.125 0.329 22 S 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.042 0.191 0.692 23 D 0.024 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.024 0.120 0.800 24 A 0.077 0.065 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.066 0.139 0.602 25 P 0.014 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.020 0.127 0.753 26 S 0.165 0.579 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.056 0.030 0.155 27 W 0.141 0.628 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.055 0.031 0.131 28 K 0.032 0.621 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.061 0.032 0.240 29 E 0.025 0.855 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.011 0.079 30 K 0.019 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.013 31 Y 0.008 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.004 0.023 32 E 0.004 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.011 33 A 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 34 I 0.005 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.004 35 Q 0.010 0.591 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.364 0.004 0.021 36 W 0.026 0.794 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.126 0.008 0.024 37 I 0.068 0.813 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 0.009 0.034 38 L 0.065 0.557 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.076 0.026 0.245 39 N 0.086 0.253 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.192 0.090 0.337 40 F 0.067 0.174 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.334 0.089 0.283 41 I 0.362 0.087 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.064 0.084 0.355 42 E 0.094 0.107 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.051 0.097 0.560 43 S 0.044 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.077 0.143 0.684 44 L 0.022 0.073 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.113 0.175 0.469 45 P 0.029 0.244 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.038 0.094 0.572 46 C 0.131 0.629 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.110 0.021 0.094 47 T 0.055 0.636 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.152 0.037 0.106 48 R 0.026 0.615 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.168 0.034 0.141 49 C 0.016 0.884 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.007 0.032 50 Q 0.010 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.015 51 H 0.011 0.440 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.492 0.007 0.041 52 H 0.007 0.846 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.006 0.019 53 A 0.035 0.936 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.009 54 F 0.032 0.155 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.694 0.009 0.065 55 S 0.062 0.508 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.193 0.042 0.158 56 Y 0.201 0.204 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.216 0.055 0.266 57 L 0.250 0.037 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.160 0.093 0.396 58 T 0.038 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.096 0.829 59 K 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.020 0.133 0.814 60 N 0.109 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.125 0.158 0.503 61 P 0.178 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.043 0.105 0.643 62 L 0.045 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.046 0.135 0.691 63 T 0.061 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.031 0.106 0.716 64 L 0.091 0.013 0.001 0.001 0.007 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.043 0.147 0.641 65 N 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.027 0.151 0.734 66 N 0.156 0.519 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.060 0.041 0.215 67 S 0.136 0.582 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.133 0.030 0.111 68 E 0.013 0.713 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.058 0.037 0.164 69 D 0.009 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.007 0.043 70 F 0.016 0.206 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.697 0.014 0.030 71 Q 0.006 0.820 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.143 0.004 0.018 72 Y 0.062 0.842 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.006 0.028 73 W 0.011 0.862 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.039 0.012 0.050 74 T 0.024 0.857 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.054 0.008 0.038 75 F 0.041 0.559 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.246 0.022 0.101 76 A 0.033 0.376 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.374 0.039 0.126 77 F 0.015 0.895 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.013 0.050 78 H 0.033 0.668 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.144 0.022 0.107 79 N 0.045 0.361 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.408 0.039 0.119 80 N 0.060 0.703 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.095 0.026 0.094 81 V 0.059 0.549 0.023 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.097 0.039 0.212 82 N 0.094 0.086 0.185 0.004 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.322 0.038 0.237 83 N 0.236 0.023 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.037 0.083 0.594 84 R 0.162 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.054 0.074 0.667 85 L 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.024 0.151 0.766 86 N 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.095 0.841 87 K 0.026 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.025 0.115 0.789 88 K 0.054 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.081 0.053 0.091 0.690 89 I 0.024 0.006 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.023 0.020 0.105 0.801 90 I 0.005 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.148 0.019 0.118 0.686 91 S 0.425 0.199 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.064 0.040 0.229 92 W 0.210 0.238 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.059 0.095 0.345 93 S 0.028 0.106 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.053 0.123 0.633 94 E 0.090 0.204 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.073 0.084 0.420 95 Y 0.153 0.154 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.090 0.087 0.400 96 K 0.086 0.079 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.100 0.064 0.091 0.547 97 N 0.044 0.062 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.003 0.156 0.061 0.093 0.558 98 I 0.021 0.017 0.004 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.116 0.081 0.126 0.615 99 Y 0.059 0.040 0.010 0.002 0.006 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.183 0.091 0.115 0.472 100 E 0.141 0.048 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.066 0.092 0.563 101 Q 0.162 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.072 0.099 0.566 102 S 0.076 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.048 0.121 0.669 103 I 0.043 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.039 0.126 0.710 104 L 0.021 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.031 0.121 0.736 105 K 0.074 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.083 0.075 0.115 0.590