# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.175 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.020 0.009 0.001 0.016 0.014 0.014 0.135 0.002 0.001 0.020 0.769 2 S 0.170 0.036 0.003 0.020 0.024 0.040 0.108 0.012 0.001 0.053 0.533 3 M 0.187 0.027 0.002 0.029 0.024 0.033 0.084 0.011 0.001 0.037 0.565 4 L 0.081 0.020 0.002 0.065 0.031 0.050 0.120 0.004 0.001 0.056 0.572 5 H 0.023 0.031 0.001 0.038 0.026 0.043 0.127 0.003 0.001 0.036 0.672 6 W 0.018 0.146 0.003 0.027 0.032 0.024 0.095 0.004 0.001 0.044 0.605 7 G 0.055 0.596 0.002 0.011 0.020 0.025 0.041 0.007 0.001 0.055 0.187 8 P 0.017 0.757 0.001 0.005 0.008 0.007 0.018 0.002 0.001 0.064 0.120 9 K 0.007 0.627 0.002 0.010 0.008 0.010 0.016 0.002 0.001 0.260 0.058 10 Y 0.002 0.879 0.005 0.007 0.004 0.005 0.007 0.001 0.001 0.068 0.020 11 W 0.004 0.888 0.007 0.007 0.008 0.007 0.003 0.002 0.002 0.053 0.019 12 R 0.010 0.836 0.009 0.006 0.013 0.017 0.004 0.004 0.004 0.076 0.019 13 S 0.006 0.878 0.008 0.007 0.014 0.013 0.005 0.002 0.003 0.039 0.024 14 L 0.015 0.690 0.020 0.013 0.028 0.038 0.018 0.008 0.009 0.107 0.053 15 H 0.032 0.590 0.041 0.016 0.045 0.059 0.025 0.010 0.017 0.090 0.077 16 L 0.039 0.326 0.039 0.026 0.088 0.099 0.044 0.015 0.013 0.087 0.225 17 Y 0.063 0.142 0.018 0.038 0.129 0.215 0.068 0.017 0.009 0.098 0.203 18 A 0.041 0.031 0.006 0.056 0.113 0.155 0.083 0.007 0.004 0.135 0.370 19 I 0.019 0.021 0.010 0.102 0.152 0.150 0.106 0.005 0.004 0.077 0.354 20 F 0.045 0.012 0.003 0.053 0.063 0.112 0.093 0.008 0.002 0.063 0.545 21 F 0.150 0.007 0.003 0.050 0.052 0.059 0.076 0.009 0.002 0.082 0.510 22 S 0.043 0.004 0.001 0.027 0.017 0.021 0.129 0.002 0.001 0.033 0.722 23 D 0.032 0.009 0.001 0.013 0.007 0.008 0.085 0.002 0.001 0.022 0.821 24 A 0.107 0.032 0.001 0.010 0.007 0.008 0.147 0.006 0.001 0.033 0.649 25 P 0.040 0.161 0.001 0.005 0.004 0.004 0.078 0.003 0.001 0.024 0.680 26 S 0.115 0.525 0.001 0.005 0.005 0.007 0.036 0.007 0.001 0.046 0.251 27 W 0.066 0.755 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.004 0.001 0.027 0.120 28 K 0.026 0.809 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.002 0.001 0.041 0.101 29 E 0.009 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.014 0.034 30 K 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 31 Y 0.010 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.043 0.015 32 E 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 33 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 34 I 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 35 Q 0.007 0.640 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.317 0.019 36 W 0.006 0.834 0.027 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.010 0.098 0.016 37 I 0.040 0.855 0.019 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.014 0.033 0.024 38 L 0.088 0.515 0.027 0.007 0.004 0.007 0.019 0.011 0.017 0.110 0.196 39 N 0.059 0.167 0.024 0.012 0.008 0.013 0.084 0.012 0.017 0.225 0.379 40 F 0.146 0.145 0.028 0.020 0.009 0.018 0.109 0.016 0.016 0.137 0.356 41 I 0.109 0.028 0.008 0.025 0.010 0.010 0.113 0.009 0.005 0.087 0.595 42 E 0.027 0.017 0.004 0.038 0.015 0.028 0.116 0.006 0.002 0.043 0.703 43 S 0.022 0.012 0.001 0.026 0.013 0.016 0.095 0.003 0.001 0.055 0.756 44 L 0.070 0.029 0.005 0.062 0.027 0.028 0.157 0.007 0.003 0.097 0.514 45 P 0.032 0.089 0.002 0.023 0.008 0.010 0.107 0.005 0.001 0.023 0.699 46 C 0.150 0.329 0.002 0.018 0.011 0.016 0.045 0.014 0.001 0.042 0.373 47 T 0.086 0.471 0.002 0.014 0.010 0.011 0.066 0.006 0.001 0.063 0.269 48 R 0.019 0.608 0.004 0.012 0.006 0.010 0.039 0.004 0.001 0.076 0.219 49 C 0.043 0.784 0.005 0.004 0.005 0.005 0.013 0.009 0.003 0.041 0.086 50 Q 0.030 0.896 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.003 0.001 0.015 0.042 51 H 0.023 0.337 0.002 0.006 0.006 0.008 0.024 0.006 0.002 0.425 0.161 52 H 0.010 0.792 0.007 0.003 0.003 0.003 0.011 0.003 0.004 0.116 0.048 53 A 0.017 0.925 0.004 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.002 0.015 0.027 54 F 0.070 0.145 0.005 0.005 0.005 0.007 0.019 0.013 0.004 0.607 0.120 55 S 0.053 0.286 0.026 0.010 0.009 0.009 0.060 0.006 0.013 0.355 0.174 56 Y 0.184 0.144 0.034 0.024 0.015 0.017 0.084 0.012 0.014 0.170 0.301 57 L 0.225 0.024 0.016 0.025 0.012 0.021 0.079 0.013 0.009 0.099 0.478 58 T 0.046 0.005 0.002 0.015 0.009 0.018 0.101 0.002 0.001 0.030 0.771 59 K 0.011 0.004 0.001 0.013 0.009 0.009 0.133 0.001 0.001 0.022 0.796 60 N 0.070 0.011 0.001 0.023 0.014 0.019 0.196 0.004 0.001 0.054 0.607 61 P 0.075 0.007 0.001 0.019 0.010 0.014 0.126 0.003 0.001 0.061 0.684 62 L 0.032 0.006 0.001 0.036 0.017 0.020 0.097 0.002 0.001 0.049 0.739 63 T 0.050 0.007 0.001 0.041 0.015 0.031 0.081 0.002 0.001 0.046 0.726 64 L 0.021 0.007 0.001 0.056 0.018 0.023 0.095 0.001 0.001 0.045 0.733 65 N 0.009 0.018 0.001 0.041 0.020 0.022 0.179 0.001 0.001 0.051 0.658 66 N 0.068 0.337 0.001 0.010 0.010 0.011 0.088 0.005 0.001 0.058 0.411 67 S 0.203 0.428 0.001 0.007 0.005 0.006 0.031 0.008 0.001 0.122 0.188 68 E 0.016 0.776 0.001 0.004 0.003 0.003 0.017 0.001 0.001 0.037 0.141 69 D 0.015 0.785 0.002 0.004 0.005 0.009 0.012 0.002 0.001 0.071 0.095 70 F 0.018 0.137 0.003 0.006 0.014 0.017 0.025 0.006 0.001 0.694 0.080 71 Q 0.009 0.767 0.008 0.008 0.015 0.013 0.019 0.002 0.002 0.117 0.041 72 Y 0.009 0.841 0.004 0.007 0.019 0.012 0.009 0.002 0.001 0.045 0.052 73 W 0.009 0.790 0.008 0.009 0.021 0.026 0.009 0.004 0.003 0.074 0.048 74 T 0.019 0.721 0.010 0.008 0.013 0.023 0.026 0.003 0.004 0.109 0.063 75 F 0.037 0.463 0.024 0.019 0.021 0.026 0.048 0.009 0.009 0.241 0.103 76 A 0.059 0.426 0.026 0.024 0.018 0.014 0.042 0.012 0.018 0.189 0.171 77 F 0.038 0.673 0.008 0.011 0.008 0.007 0.018 0.009 0.005 0.044 0.179 78 H 0.048 0.600 0.004 0.008 0.005 0.006 0.023 0.012 0.003 0.094 0.197 79 N 0.018 0.755 0.004 0.007 0.006 0.007 0.016 0.005 0.003 0.082 0.097 80 N 0.016 0.832 0.004 0.004 0.004 0.005 0.014 0.004 0.002 0.045 0.071 81 V 0.037 0.726 0.015 0.005 0.008 0.007 0.015 0.009 0.007 0.081 0.091 82 N 0.154 0.283 0.058 0.010 0.016 0.017 0.044 0.015 0.029 0.181 0.192 83 N 0.271 0.136 0.026 0.007 0.010 0.020 0.065 0.012 0.015 0.082 0.356 84 R 0.227 0.032 0.008 0.008 0.009 0.013 0.067 0.008 0.005 0.044 0.579 85 L 0.073 0.021 0.003 0.009 0.009 0.014 0.106 0.004 0.002 0.023 0.736 86 N 0.044 0.018 0.001 0.005 0.006 0.017 0.098 0.003 0.001 0.022 0.785 87 K 0.063 0.019 0.001 0.010 0.023 0.021 0.110 0.005 0.001 0.042 0.704 88 K 0.061 0.018 0.001 0.040 0.028 0.046 0.108 0.003 0.001 0.045 0.648 89 I 0.011 0.014 0.001 0.043 0.023 0.033 0.149 0.001 0.001 0.040 0.684 90 I 0.011 0.029 0.002 0.045 0.033 0.035 0.126 0.003 0.001 0.051 0.664 91 S 0.298 0.380 0.002 0.015 0.012 0.018 0.030 0.012 0.001 0.039 0.193 92 W 0.356 0.301 0.001 0.006 0.007 0.007 0.024 0.007 0.001 0.032 0.259 93 S 0.048 0.261 0.002 0.010 0.009 0.013 0.056 0.003 0.001 0.070 0.527 94 E 0.082 0.401 0.004 0.007 0.009 0.023 0.055 0.007 0.002 0.077 0.333 95 Y 0.119 0.227 0.007 0.008 0.032 0.031 0.067 0.015 0.002 0.087 0.405 96 K 0.077 0.144 0.005 0.018 0.073 0.076 0.068 0.007 0.002 0.075 0.455 97 N 0.026 0.068 0.002 0.023 0.068 0.115 0.080 0.003 0.001 0.065 0.548 98 I 0.016 0.048 0.006 0.035 0.093 0.077 0.120 0.003 0.002 0.078 0.522 99 Y 0.102 0.049 0.010 0.035 0.061 0.114 0.123 0.010 0.004 0.087 0.404 100 E 0.269 0.048 0.003 0.014 0.023 0.036 0.067 0.010 0.002 0.031 0.497 101 Q 0.222 0.023 0.001 0.016 0.023 0.032 0.069 0.006 0.001 0.029 0.578 102 S 0.073 0.012 0.001 0.022 0.018 0.040 0.102 0.003 0.001 0.039 0.689 103 I 0.029 0.007 0.001 0.016 0.016 0.028 0.115 0.002 0.001 0.029 0.756 104 L 0.042 0.008 0.001 0.016 0.032 0.033 0.131 0.003 0.001 0.034 0.699 105 K 0.053 0.013 0.001 0.018 0.031 0.041 0.112 0.003 0.001 0.035 0.693