# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.175 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.052 0.026 0.012 0.013 0.014 0.105 0.033 0.745 2 S 0.114 0.096 0.021 0.019 0.027 0.113 0.071 0.539 3 M 0.101 0.054 0.031 0.024 0.033 0.103 0.110 0.544 4 L 0.066 0.041 0.042 0.043 0.057 0.109 0.086 0.555 5 H 0.037 0.045 0.035 0.025 0.060 0.136 0.057 0.604 6 W 0.048 0.103 0.041 0.019 0.047 0.124 0.060 0.558 7 G 0.112 0.510 0.008 0.014 0.018 0.061 0.112 0.166 8 P 0.049 0.705 0.006 0.006 0.010 0.033 0.078 0.113 9 K 0.023 0.569 0.009 0.008 0.015 0.027 0.249 0.101 10 Y 0.005 0.856 0.005 0.010 0.011 0.010 0.075 0.028 11 W 0.006 0.933 0.004 0.005 0.008 0.003 0.033 0.009 12 R 0.004 0.910 0.003 0.010 0.009 0.003 0.050 0.011 13 S 0.005 0.853 0.007 0.015 0.026 0.005 0.074 0.015 14 L 0.016 0.633 0.030 0.040 0.064 0.012 0.174 0.031 15 H 0.030 0.507 0.040 0.062 0.080 0.017 0.223 0.041 16 L 0.047 0.285 0.070 0.068 0.138 0.049 0.210 0.133 17 Y 0.032 0.142 0.088 0.119 0.170 0.072 0.172 0.206 18 A 0.025 0.027 0.094 0.094 0.187 0.118 0.088 0.367 19 I 0.015 0.024 0.141 0.154 0.193 0.120 0.073 0.281 20 F 0.036 0.013 0.086 0.067 0.118 0.122 0.064 0.495 21 F 0.139 0.011 0.057 0.040 0.045 0.146 0.088 0.473 22 S 0.030 0.008 0.025 0.011 0.018 0.138 0.059 0.711 23 D 0.017 0.010 0.013 0.005 0.009 0.122 0.022 0.801 24 A 0.067 0.060 0.007 0.010 0.009 0.134 0.074 0.638 25 P 0.026 0.074 0.005 0.005 0.004 0.107 0.030 0.749 26 S 0.135 0.592 0.003 0.002 0.003 0.025 0.077 0.163 27 W 0.111 0.601 0.002 0.003 0.002 0.031 0.067 0.184 28 K 0.038 0.697 0.003 0.003 0.004 0.027 0.052 0.177 29 E 0.016 0.869 0.001 0.001 0.004 0.010 0.038 0.061 30 K 0.010 0.927 0.001 0.001 0.002 0.004 0.038 0.017 31 Y 0.005 0.864 0.002 0.003 0.002 0.004 0.107 0.013 32 E 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.010 33 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 34 I 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 35 Q 0.003 0.727 0.003 0.001 0.001 0.002 0.255 0.007 36 W 0.005 0.917 0.004 0.002 0.002 0.003 0.055 0.011 37 I 0.033 0.887 0.008 0.002 0.003 0.004 0.047 0.016 38 L 0.032 0.693 0.014 0.008 0.008 0.025 0.089 0.130 39 N 0.037 0.262 0.055 0.011 0.022 0.049 0.411 0.153 40 F 0.073 0.135 0.130 0.031 0.021 0.074 0.299 0.238 41 I 0.168 0.030 0.077 0.016 0.016 0.092 0.194 0.407 42 E 0.030 0.037 0.047 0.014 0.014 0.126 0.031 0.701 43 S 0.032 0.007 0.024 0.003 0.005 0.129 0.025 0.773 44 L 0.050 0.036 0.039 0.013 0.009 0.151 0.081 0.620 45 P 0.046 0.124 0.013 0.002 0.004 0.082 0.029 0.699 46 C 0.074 0.550 0.004 0.003 0.003 0.036 0.054 0.276 47 T 0.032 0.646 0.006 0.004 0.003 0.025 0.151 0.133 48 R 0.021 0.663 0.015 0.003 0.004 0.022 0.131 0.141 49 C 0.018 0.926 0.002 0.001 0.001 0.003 0.030 0.019 50 Q 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.010 51 H 0.005 0.589 0.004 0.002 0.002 0.010 0.353 0.034 52 H 0.002 0.874 0.003 0.002 0.002 0.006 0.091 0.020 53 A 0.023 0.882 0.009 0.001 0.001 0.004 0.069 0.010 54 F 0.056 0.292 0.014 0.012 0.002 0.034 0.470 0.119 55 S 0.043 0.313 0.020 0.006 0.005 0.076 0.113 0.424 56 Y 0.176 0.121 0.114 0.005 0.006 0.071 0.094 0.412 57 L 0.352 0.009 0.022 0.005 0.003 0.071 0.108 0.431 58 T 0.016 0.006 0.011 0.002 0.004 0.107 0.013 0.841 59 K 0.005 0.001 0.026 0.002 0.005 0.118 0.008 0.835 60 N 0.082 0.020 0.027 0.023 0.013 0.141 0.070 0.624 61 P 0.052 0.009 0.032 0.007 0.008 0.129 0.025 0.738 62 L 0.049 0.011 0.087 0.010 0.022 0.095 0.058 0.668 63 T 0.041 0.009 0.080 0.018 0.023 0.111 0.052 0.665 64 L 0.026 0.005 0.080 0.016 0.024 0.141 0.028 0.678 65 N 0.010 0.012 0.027 0.013 0.027 0.114 0.030 0.767 66 N 0.123 0.276 0.012 0.008 0.013 0.078 0.086 0.404 67 S 0.208 0.524 0.003 0.005 0.003 0.035 0.095 0.127 68 E 0.020 0.652 0.005 0.009 0.011 0.043 0.046 0.213 69 D 0.031 0.776 0.009 0.003 0.021 0.016 0.074 0.070 70 F 0.012 0.373 0.018 0.020 0.025 0.024 0.479 0.049 71 Q 0.003 0.745 0.016 0.047 0.026 0.012 0.125 0.025 72 Y 0.014 0.881 0.007 0.010 0.021 0.006 0.031 0.030 73 W 0.006 0.863 0.011 0.021 0.018 0.007 0.043 0.031 74 T 0.014 0.776 0.017 0.015 0.024 0.012 0.117 0.026 75 F 0.036 0.508 0.023 0.024 0.021 0.019 0.326 0.043 76 A 0.038 0.381 0.044 0.027 0.032 0.046 0.247 0.185 77 F 0.035 0.535 0.035 0.019 0.026 0.044 0.146 0.158 78 H 0.027 0.450 0.049 0.020 0.026 0.065 0.146 0.217 79 N 0.031 0.466 0.045 0.020 0.024 0.055 0.094 0.263 80 N 0.056 0.495 0.033 0.019 0.022 0.047 0.110 0.217 81 V 0.082 0.428 0.042 0.022 0.028 0.054 0.104 0.239 82 N 0.134 0.123 0.051 0.019 0.022 0.058 0.398 0.195 83 N 0.169 0.082 0.020 0.020 0.020 0.077 0.108 0.502 84 R 0.257 0.041 0.018 0.007 0.021 0.071 0.046 0.540 85 L 0.055 0.031 0.022 0.018 0.022 0.110 0.028 0.715 86 N 0.177 0.045 0.014 0.014 0.025 0.109 0.039 0.577 87 K 0.110 0.038 0.026 0.022 0.030 0.100 0.095 0.580 88 K 0.091 0.023 0.029 0.028 0.043 0.092 0.048 0.646 89 I 0.018 0.008 0.020 0.018 0.030 0.157 0.042 0.706 90 I 0.007 0.009 0.057 0.022 0.029 0.135 0.026 0.716 91 S 0.472 0.192 0.006 0.006 0.009 0.040 0.072 0.202 92 W 0.207 0.245 0.008 0.005 0.004 0.074 0.068 0.388 93 S 0.031 0.177 0.024 0.010 0.018 0.080 0.148 0.511 94 E 0.053 0.200 0.047 0.023 0.040 0.091 0.209 0.338 95 Y 0.141 0.124 0.056 0.047 0.043 0.088 0.147 0.354 96 K 0.075 0.091 0.045 0.054 0.065 0.097 0.094 0.479 97 N 0.033 0.059 0.035 0.027 0.099 0.103 0.040 0.603 98 I 0.027 0.033 0.060 0.066 0.111 0.128 0.076 0.499 99 Y 0.114 0.040 0.052 0.079 0.085 0.099 0.129 0.402 100 E 0.211 0.037 0.019 0.032 0.032 0.080 0.065 0.524 101 Q 0.100 0.021 0.025 0.017 0.027 0.085 0.044 0.681 102 S 0.084 0.010 0.020 0.024 0.033 0.097 0.043 0.688 103 I 0.072 0.007 0.016 0.019 0.032 0.100 0.031 0.722 104 L 0.039 0.005 0.019 0.018 0.029 0.100 0.024 0.765 105 K 0.067 0.010 0.013 0.025 0.036 0.104 0.036 0.709