# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.175 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.496 0.138 0.034 0.075 0.056 0.042 0.054 0.038 0.031 0.022 0.015 2 S 0.380 0.163 0.041 0.124 0.080 0.049 0.056 0.040 0.032 0.021 0.013 3 M 0.097 0.123 0.040 0.126 0.113 0.106 0.122 0.095 0.083 0.061 0.035 4 L 0.102 0.098 0.050 0.159 0.154 0.124 0.121 0.084 0.056 0.032 0.021 5 H 0.182 0.141 0.088 0.169 0.111 0.091 0.090 0.055 0.035 0.024 0.013 6 W 0.017 0.018 0.017 0.048 0.059 0.098 0.158 0.143 0.188 0.154 0.102 7 G 0.096 0.089 0.047 0.101 0.088 0.078 0.124 0.100 0.118 0.096 0.062 8 P 0.028 0.031 0.045 0.110 0.121 0.135 0.169 0.116 0.115 0.079 0.051 9 K 0.098 0.114 0.103 0.171 0.135 0.107 0.117 0.066 0.046 0.027 0.016 10 Y 0.007 0.012 0.017 0.047 0.067 0.079 0.162 0.168 0.180 0.141 0.120 11 W 0.002 0.004 0.009 0.017 0.029 0.053 0.118 0.143 0.213 0.211 0.201 12 R 0.006 0.019 0.059 0.104 0.132 0.125 0.214 0.122 0.111 0.069 0.039 13 S 0.001 0.003 0.018 0.021 0.033 0.048 0.133 0.147 0.220 0.218 0.158 14 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.018 0.060 0.097 0.232 0.316 0.255 15 H 0.001 0.002 0.005 0.009 0.018 0.033 0.090 0.131 0.238 0.266 0.209 16 L 0.001 0.002 0.009 0.012 0.026 0.030 0.087 0.203 0.207 0.231 0.193 17 Y 0.001 0.002 0.009 0.015 0.026 0.037 0.117 0.198 0.231 0.235 0.130 18 A 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.012 0.038 0.085 0.204 0.286 0.356 19 I 0.002 0.003 0.010 0.019 0.035 0.077 0.148 0.158 0.217 0.205 0.125 20 F 0.009 0.021 0.051 0.087 0.102 0.144 0.223 0.133 0.115 0.079 0.035 21 F 0.006 0.010 0.021 0.030 0.042 0.076 0.182 0.177 0.180 0.155 0.121 22 S 0.131 0.163 0.074 0.150 0.109 0.096 0.120 0.056 0.049 0.031 0.020 23 D 0.372 0.208 0.063 0.124 0.079 0.051 0.055 0.023 0.013 0.007 0.005 24 A 0.397 0.226 0.052 0.115 0.074 0.048 0.042 0.021 0.012 0.008 0.005 25 P 0.360 0.174 0.038 0.096 0.078 0.069 0.082 0.045 0.028 0.018 0.011 26 S 0.251 0.385 0.071 0.123 0.065 0.042 0.032 0.015 0.008 0.005 0.003 27 W 0.190 0.127 0.069 0.147 0.127 0.107 0.116 0.058 0.033 0.017 0.009 28 K 0.577 0.137 0.078 0.106 0.047 0.023 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 29 E 0.042 0.136 0.137 0.226 0.156 0.130 0.094 0.043 0.020 0.011 0.004 30 K 0.026 0.056 0.083 0.135 0.152 0.160 0.173 0.114 0.054 0.035 0.011 31 Y 0.088 0.057 0.205 0.176 0.124 0.134 0.126 0.053 0.023 0.011 0.003 32 E 0.041 0.119 0.380 0.286 0.112 0.035 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 33 A 0.001 0.002 0.010 0.008 0.018 0.029 0.098 0.152 0.227 0.256 0.198 34 I 0.004 0.009 0.039 0.066 0.130 0.214 0.265 0.119 0.082 0.052 0.019 35 Q 0.007 0.031 0.573 0.183 0.089 0.051 0.036 0.015 0.008 0.005 0.002 36 W 0.001 0.002 0.014 0.016 0.032 0.133 0.281 0.157 0.174 0.134 0.055 37 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.043 0.074 0.247 0.314 0.305 38 L 0.005 0.012 0.085 0.116 0.159 0.164 0.186 0.112 0.079 0.054 0.027 39 N 0.007 0.013 0.098 0.071 0.097 0.145 0.229 0.138 0.095 0.069 0.039 40 F 0.001 0.002 0.007 0.011 0.017 0.034 0.098 0.145 0.233 0.243 0.208 41 I 0.004 0.005 0.007 0.016 0.026 0.057 0.140 0.153 0.230 0.214 0.148 42 E 0.038 0.082 0.133 0.230 0.188 0.108 0.098 0.054 0.037 0.019 0.014 43 S 0.020 0.019 0.036 0.044 0.064 0.091 0.174 0.151 0.142 0.145 0.113 44 L 0.018 0.016 0.013 0.038 0.057 0.107 0.183 0.169 0.171 0.138 0.090 45 P 0.089 0.193 0.065 0.125 0.093 0.082 0.120 0.085 0.070 0.050 0.027 46 C 0.016 0.020 0.024 0.059 0.092 0.123 0.203 0.143 0.144 0.096 0.080 47 T 0.619 0.120 0.078 0.086 0.041 0.021 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 48 R 0.110 0.109 0.075 0.251 0.189 0.102 0.094 0.041 0.016 0.008 0.004 49 C 0.003 0.012 0.009 0.012 0.020 0.038 0.097 0.134 0.219 0.273 0.184 50 Q 0.011 0.021 0.032 0.115 0.191 0.241 0.241 0.080 0.042 0.019 0.007 51 H 0.120 0.060 0.661 0.119 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 52 H 0.004 0.009 0.026 0.067 0.099 0.276 0.326 0.099 0.055 0.028 0.009 53 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.026 0.068 0.236 0.324 0.333 54 F 0.004 0.007 0.085 0.099 0.184 0.253 0.236 0.075 0.033 0.018 0.005 55 S 0.002 0.017 0.819 0.107 0.036 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.003 0.003 0.014 0.021 0.044 0.137 0.308 0.207 0.129 0.092 0.041 57 L 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.022 0.083 0.118 0.251 0.308 0.197 58 T 0.024 0.062 0.322 0.225 0.161 0.090 0.067 0.026 0.014 0.007 0.003 59 K 0.035 0.093 0.338 0.197 0.140 0.087 0.059 0.026 0.012 0.008 0.005 60 N 0.062 0.056 0.032 0.050 0.066 0.114 0.224 0.154 0.117 0.078 0.046 61 P 0.439 0.169 0.045 0.123 0.075 0.046 0.044 0.029 0.015 0.009 0.005 62 L 0.091 0.041 0.050 0.068 0.073 0.117 0.163 0.123 0.123 0.097 0.054 63 T 0.104 0.219 0.080 0.221 0.148 0.086 0.076 0.033 0.018 0.009 0.005 64 L 0.018 0.010 0.011 0.016 0.028 0.043 0.118 0.145 0.205 0.191 0.215 65 N 0.213 0.236 0.113 0.216 0.124 0.045 0.026 0.014 0.007 0.004 0.002 66 N 0.107 0.216 0.065 0.153 0.106 0.098 0.102 0.061 0.044 0.032 0.015 67 S 0.207 0.163 0.034 0.147 0.134 0.101 0.088 0.055 0.034 0.022 0.014 68 E 0.645 0.129 0.043 0.086 0.037 0.022 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 69 D 0.059 0.089 0.078 0.227 0.160 0.147 0.129 0.054 0.032 0.017 0.008 70 F 0.001 0.003 0.005 0.009 0.017 0.037 0.087 0.110 0.242 0.244 0.245 71 Q 0.006 0.015 0.030 0.075 0.120 0.145 0.206 0.151 0.121 0.085 0.045 72 Y 0.005 0.013 0.090 0.097 0.101 0.153 0.193 0.116 0.108 0.084 0.040 73 W 0.001 0.002 0.007 0.013 0.024 0.057 0.140 0.166 0.217 0.214 0.158 74 T 0.001 0.002 0.005 0.010 0.015 0.023 0.063 0.116 0.239 0.283 0.244 75 F 0.002 0.002 0.008 0.015 0.030 0.061 0.147 0.164 0.220 0.201 0.150 76 A 0.017 0.032 0.102 0.163 0.162 0.139 0.147 0.092 0.071 0.048 0.029 77 F 0.005 0.009 0.018 0.032 0.056 0.103 0.213 0.198 0.168 0.123 0.076 78 H 0.007 0.013 0.017 0.035 0.046 0.061 0.128 0.148 0.196 0.183 0.166 79 N 0.030 0.021 0.037 0.062 0.079 0.114 0.197 0.137 0.144 0.103 0.076 80 N 0.109 0.144 0.147 0.226 0.165 0.086 0.064 0.028 0.016 0.008 0.007 81 V 0.011 0.013 0.017 0.024 0.037 0.039 0.103 0.147 0.197 0.202 0.210 82 N 0.016 0.020 0.017 0.069 0.105 0.131 0.197 0.150 0.125 0.103 0.066 83 N 0.152 0.152 0.265 0.208 0.103 0.052 0.035 0.015 0.010 0.005 0.003 84 R 0.063 0.092 0.086 0.179 0.162 0.157 0.144 0.060 0.030 0.017 0.010 85 L 0.021 0.017 0.014 0.023 0.030 0.037 0.101 0.129 0.205 0.207 0.217 86 N 0.330 0.234 0.084 0.159 0.085 0.038 0.035 0.016 0.009 0.005 0.003 87 K 0.109 0.120 0.152 0.194 0.139 0.097 0.072 0.043 0.035 0.025 0.014 88 K 0.250 0.237 0.079 0.173 0.107 0.062 0.049 0.024 0.010 0.006 0.003 89 I 0.063 0.063 0.039 0.123 0.120 0.152 0.177 0.118 0.073 0.052 0.019 90 I 0.105 0.047 0.048 0.078 0.089 0.158 0.188 0.121 0.085 0.058 0.023 91 S 0.042 0.291 0.121 0.223 0.112 0.077 0.068 0.030 0.019 0.011 0.005 92 W 0.008 0.008 0.011 0.022 0.046 0.091 0.196 0.157 0.194 0.147 0.121 93 S 0.772 0.107 0.050 0.046 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.090 0.116 0.107 0.309 0.171 0.098 0.063 0.026 0.012 0.005 0.003 95 Y 0.007 0.009 0.008 0.011 0.020 0.030 0.076 0.119 0.198 0.248 0.272 96 K 0.026 0.049 0.056 0.182 0.231 0.182 0.145 0.072 0.033 0.018 0.007 97 N 0.057 0.091 0.501 0.194 0.077 0.042 0.020 0.010 0.004 0.003 0.001 98 I 0.021 0.028 0.039 0.101 0.112 0.192 0.244 0.121 0.076 0.047 0.020 99 Y 0.016 0.014 0.010 0.017 0.024 0.050 0.150 0.166 0.227 0.192 0.133 100 E 0.163 0.303 0.200 0.201 0.081 0.027 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 101 Q 0.286 0.103 0.108 0.136 0.112 0.073 0.084 0.047 0.025 0.015 0.010 102 S 0.610 0.188 0.039 0.074 0.035 0.019 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 103 I 0.124 0.106 0.043 0.112 0.109 0.116 0.150 0.103 0.071 0.040 0.026 104 L 0.162 0.204 0.116 0.160 0.122 0.078 0.068 0.044 0.024 0.014 0.009 105 K 0.260 0.171 0.095 0.148 0.110 0.068 0.073 0.039 0.021 0.010 0.006