# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.175 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.012 0.001 0.001 0.006 0.003 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.952 2 S 0.022 0.002 0.001 0.017 0.013 0.020 0.073 0.001 0.001 0.001 0.851 3 M 0.074 0.005 0.002 0.016 0.008 0.017 0.044 0.001 0.001 0.002 0.832 4 L 0.033 0.016 0.001 0.028 0.016 0.037 0.297 0.001 0.001 0.004 0.566 5 H 0.161 0.019 0.005 0.018 0.018 0.033 0.193 0.001 0.001 0.008 0.544 6 W 0.168 0.191 0.027 0.024 0.017 0.042 0.096 0.004 0.001 0.008 0.423 7 G 0.074 0.091 0.006 0.011 0.016 0.034 0.117 0.002 0.001 0.002 0.646 8 P 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.979 9 K 0.048 0.121 0.002 0.005 0.012 0.025 0.106 0.001 0.001 0.001 0.681 10 Y 0.089 0.428 0.004 0.003 0.004 0.007 0.161 0.002 0.001 0.001 0.300 11 W 0.015 0.862 0.003 0.002 0.006 0.009 0.020 0.002 0.001 0.001 0.080 12 R 0.003 0.948 0.003 0.001 0.004 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.027 13 S 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 14 L 0.002 0.978 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 15 H 0.002 0.980 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 16 L 0.005 0.962 0.003 0.001 0.003 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.013 17 Y 0.009 0.939 0.009 0.002 0.009 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 0.010 18 A 0.020 0.864 0.010 0.003 0.019 0.031 0.002 0.015 0.001 0.001 0.035 19 I 0.052 0.564 0.023 0.016 0.074 0.093 0.011 0.046 0.001 0.001 0.121 20 F 0.075 0.343 0.088 0.016 0.087 0.119 0.023 0.046 0.001 0.002 0.200 21 F 0.060 0.173 0.070 0.032 0.128 0.173 0.040 0.024 0.001 0.002 0.298 22 S 0.008 0.008 0.006 0.012 0.025 0.037 0.042 0.002 0.001 0.001 0.860 23 D 0.033 0.005 0.008 0.015 0.018 0.046 0.055 0.002 0.001 0.003 0.814 24 A 0.139 0.012 0.011 0.022 0.034 0.032 0.168 0.002 0.001 0.012 0.568 25 P 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.984 26 S 0.031 0.006 0.002 0.014 0.019 0.036 0.269 0.001 0.001 0.004 0.619 27 W 0.077 0.011 0.001 0.004 0.004 0.007 0.079 0.001 0.001 0.006 0.811 28 K 0.027 0.067 0.002 0.005 0.007 0.016 0.352 0.001 0.001 0.009 0.514 29 E 0.098 0.056 0.003 0.002 0.003 0.006 0.394 0.001 0.001 0.013 0.423 30 K 0.104 0.496 0.004 0.001 0.002 0.006 0.105 0.002 0.001 0.003 0.276 31 Y 0.023 0.633 0.004 0.001 0.002 0.004 0.068 0.002 0.001 0.001 0.263 32 E 0.016 0.697 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 0.001 0.222 33 A 0.013 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.078 34 I 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 35 Q 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 36 W 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 37 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 38 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 39 N 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.008 40 F 0.028 0.936 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.011 41 I 0.019 0.918 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.018 42 E 0.035 0.808 0.037 0.002 0.002 0.002 0.006 0.046 0.001 0.001 0.062 43 S 0.175 0.518 0.069 0.007 0.002 0.003 0.008 0.082 0.001 0.001 0.136 44 L 0.222 0.412 0.144 0.012 0.011 0.010 0.016 0.041 0.001 0.002 0.131 45 P 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.977 46 C 0.025 0.019 0.015 0.034 0.013 0.035 0.071 0.001 0.001 0.001 0.786 47 T 0.065 0.053 0.003 0.016 0.008 0.016 0.096 0.001 0.001 0.005 0.736 48 R 0.055 0.060 0.002 0.008 0.002 0.004 0.187 0.001 0.001 0.002 0.680 49 C 0.125 0.159 0.006 0.011 0.004 0.011 0.097 0.002 0.001 0.003 0.583 50 Q 0.056 0.594 0.005 0.007 0.006 0.015 0.059 0.003 0.001 0.002 0.253 51 H 0.028 0.714 0.002 0.003 0.002 0.004 0.023 0.003 0.001 0.001 0.220 52 H 0.051 0.796 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 0.001 0.001 0.121 53 A 0.032 0.889 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.062 54 F 0.013 0.893 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.077 55 S 0.022 0.855 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.105 56 Y 0.048 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.041 57 L 0.041 0.914 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.018 58 T 0.038 0.870 0.016 0.004 0.002 0.005 0.002 0.029 0.001 0.001 0.034 59 K 0.228 0.513 0.012 0.006 0.002 0.005 0.006 0.086 0.001 0.001 0.140 60 N 0.374 0.284 0.029 0.012 0.015 0.012 0.020 0.081 0.001 0.002 0.171 61 P 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.981 62 L 0.009 0.010 0.028 0.050 0.024 0.049 0.324 0.001 0.001 0.003 0.500 63 T 0.091 0.013 0.003 0.021 0.023 0.026 0.124 0.002 0.001 0.015 0.681 64 L 0.149 0.061 0.013 0.054 0.032 0.045 0.057 0.003 0.001 0.006 0.579 65 N 0.063 0.031 0.009 0.088 0.032 0.057 0.203 0.003 0.001 0.007 0.507 66 N 0.051 0.010 0.002 0.028 0.010 0.013 0.126 0.001 0.001 0.006 0.753 67 S 0.096 0.027 0.006 0.034 0.014 0.021 0.167 0.001 0.001 0.017 0.617 68 E 0.030 0.016 0.004 0.006 0.005 0.009 0.480 0.001 0.001 0.027 0.422 69 D 0.122 0.025 0.008 0.005 0.009 0.013 0.584 0.001 0.001 0.018 0.216 70 F 0.133 0.266 0.015 0.011 0.037 0.044 0.145 0.002 0.001 0.006 0.341 71 Q 0.013 0.577 0.008 0.015 0.070 0.098 0.076 0.001 0.001 0.001 0.139 72 Y 0.013 0.565 0.002 0.016 0.070 0.122 0.042 0.002 0.001 0.001 0.167 73 W 0.016 0.692 0.002 0.011 0.067 0.094 0.021 0.002 0.001 0.001 0.095 74 T 0.013 0.802 0.003 0.009 0.041 0.067 0.013 0.003 0.001 0.001 0.049 75 F 0.014 0.794 0.005 0.008 0.040 0.065 0.010 0.006 0.001 0.001 0.058 76 A 0.020 0.807 0.007 0.005 0.032 0.048 0.012 0.008 0.001 0.001 0.061 77 F 0.033 0.818 0.007 0.004 0.009 0.019 0.014 0.008 0.001 0.001 0.087 78 H 0.055 0.774 0.008 0.006 0.014 0.027 0.020 0.014 0.001 0.001 0.082 79 N 0.079 0.651 0.012 0.006 0.011 0.017 0.030 0.018 0.001 0.001 0.176 80 N 0.068 0.612 0.022 0.008 0.007 0.011 0.038 0.014 0.001 0.001 0.219 81 V 0.043 0.636 0.016 0.009 0.008 0.011 0.090 0.012 0.001 0.002 0.174 82 N 0.078 0.627 0.012 0.008 0.010 0.016 0.054 0.019 0.001 0.003 0.173 83 N 0.085 0.634 0.026 0.014 0.014 0.028 0.031 0.021 0.001 0.004 0.144 84 R 0.079 0.556 0.025 0.014 0.010 0.013 0.088 0.022 0.001 0.004 0.189 85 L 0.162 0.511 0.021 0.009 0.009 0.012 0.066 0.022 0.001 0.005 0.181 86 N 0.186 0.232 0.036 0.022 0.020 0.032 0.087 0.027 0.001 0.015 0.342 87 K 0.272 0.072 0.101 0.022 0.017 0.020 0.082 0.009 0.001 0.008 0.398 88 K 0.023 0.010 0.003 0.017 0.010 0.009 0.072 0.001 0.001 0.001 0.852 89 I 0.084 0.009 0.014 0.023 0.041 0.067 0.035 0.002 0.001 0.003 0.722 90 I 0.090 0.045 0.009 0.085 0.065 0.130 0.142 0.004 0.001 0.007 0.423 91 S 0.039 0.018 0.004 0.032 0.039 0.047 0.178 0.002 0.001 0.004 0.638 92 W 0.025 0.011 0.001 0.017 0.007 0.019 0.021 0.001 0.001 0.001 0.896 93 S 0.010 0.014 0.001 0.017 0.009 0.022 0.495 0.001 0.001 0.010 0.421 94 E 0.195 0.019 0.002 0.006 0.004 0.005 0.436 0.001 0.001 0.014 0.318 95 Y 0.126 0.349 0.011 0.008 0.010 0.016 0.106 0.003 0.001 0.006 0.364 96 K 0.046 0.508 0.013 0.014 0.026 0.040 0.116 0.005 0.001 0.003 0.228 97 N 0.066 0.429 0.003 0.011 0.016 0.024 0.047 0.008 0.001 0.003 0.393 98 I 0.179 0.489 0.008 0.013 0.035 0.040 0.021 0.017 0.001 0.002 0.195 99 Y 0.094 0.466 0.022 0.021 0.037 0.047 0.060 0.022 0.001 0.002 0.229 100 E 0.046 0.274 0.025 0.019 0.040 0.057 0.073 0.014 0.001 0.003 0.450 101 Q 0.054 0.137 0.011 0.018 0.032 0.070 0.049 0.007 0.001 0.005 0.618 102 S 0.190 0.086 0.010 0.017 0.028 0.043 0.112 0.008 0.001 0.011 0.495 103 I 0.289 0.089 0.030 0.013 0.015 0.025 0.102 0.007 0.001 0.009 0.421 104 L 0.122 0.159 0.032 0.030 0.036 0.069 0.162 0.008 0.001 0.010 0.373 105 K 0.099 0.064 0.010 0.022 0.031 0.044 0.102 0.006 0.001 0.006 0.616