# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.175 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.025 0.010 0.015 0.010 0.022 0.026 0.005 0.887 2 S 0.073 0.013 0.040 0.035 0.056 0.121 0.008 0.653 3 M 0.015 0.004 0.012 0.007 0.011 0.019 0.001 0.930 4 L 0.044 0.032 0.039 0.051 0.072 0.254 0.006 0.501 5 H 0.191 0.038 0.024 0.017 0.027 0.278 0.007 0.417 6 W 0.153 0.156 0.056 0.023 0.057 0.084 0.014 0.457 7 G 0.092 0.121 0.038 0.026 0.052 0.117 0.013 0.541 8 P 0.005 0.010 0.003 0.001 0.003 0.009 0.001 0.968 9 K 0.029 0.122 0.017 0.018 0.045 0.175 0.008 0.586 10 Y 0.181 0.279 0.018 0.015 0.028 0.106 0.012 0.363 11 W 0.036 0.690 0.018 0.021 0.035 0.035 0.004 0.161 12 R 0.017 0.788 0.011 0.019 0.031 0.029 0.002 0.102 13 S 0.010 0.920 0.006 0.007 0.018 0.004 0.002 0.033 14 L 0.003 0.966 0.003 0.005 0.011 0.001 0.002 0.009 15 H 0.005 0.938 0.005 0.015 0.018 0.003 0.002 0.013 16 L 0.006 0.934 0.008 0.014 0.019 0.002 0.003 0.014 17 Y 0.008 0.865 0.012 0.039 0.061 0.001 0.005 0.008 18 A 0.015 0.817 0.017 0.053 0.064 0.002 0.008 0.024 19 I 0.022 0.745 0.040 0.070 0.083 0.002 0.012 0.025 20 F 0.084 0.417 0.046 0.081 0.151 0.012 0.050 0.159 21 F 0.093 0.218 0.082 0.176 0.160 0.026 0.037 0.210 22 S 0.025 0.027 0.042 0.040 0.051 0.049 0.016 0.750 23 D 0.051 0.016 0.034 0.017 0.030 0.176 0.021 0.656 24 A 0.233 0.007 0.023 0.009 0.010 0.151 0.024 0.543 25 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 26 S 0.017 0.005 0.008 0.005 0.012 0.308 0.002 0.644 27 W 0.043 0.006 0.003 0.001 0.002 0.024 0.001 0.920 28 K 0.022 0.059 0.004 0.002 0.005 0.316 0.002 0.591 29 E 0.069 0.112 0.002 0.001 0.002 0.603 0.003 0.208 30 K 0.090 0.774 0.005 0.001 0.002 0.018 0.005 0.106 31 Y 0.010 0.934 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.042 32 E 0.006 0.896 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.078 33 A 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 34 I 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 35 Q 0.004 0.980 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 36 W 0.002 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 37 I 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 39 N 0.008 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 40 F 0.072 0.862 0.008 0.001 0.001 0.001 0.034 0.020 41 I 0.039 0.835 0.046 0.005 0.004 0.006 0.016 0.050 42 E 0.072 0.629 0.099 0.018 0.015 0.022 0.031 0.113 43 S 0.251 0.383 0.054 0.007 0.013 0.009 0.048 0.235 44 L 0.217 0.225 0.102 0.019 0.015 0.097 0.034 0.292 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 46 C 0.033 0.034 0.085 0.016 0.036 0.130 0.006 0.661 47 T 0.084 0.034 0.024 0.008 0.006 0.144 0.003 0.697 48 R 0.053 0.105 0.010 0.002 0.004 0.184 0.004 0.638 49 C 0.212 0.342 0.015 0.002 0.007 0.095 0.008 0.319 50 Q 0.063 0.733 0.010 0.002 0.004 0.037 0.004 0.148 51 H 0.022 0.745 0.003 0.001 0.002 0.035 0.005 0.187 52 H 0.047 0.757 0.002 0.001 0.001 0.033 0.006 0.154 53 A 0.014 0.945 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.027 54 F 0.013 0.939 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.034 55 S 0.009 0.963 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.019 56 Y 0.017 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 57 L 0.030 0.942 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 58 T 0.038 0.901 0.013 0.004 0.003 0.004 0.014 0.023 59 K 0.151 0.628 0.011 0.004 0.005 0.006 0.079 0.116 60 N 0.376 0.274 0.037 0.008 0.006 0.022 0.122 0.155 61 P 0.011 0.005 0.006 0.001 0.001 0.003 0.004 0.970 62 L 0.025 0.021 0.116 0.050 0.052 0.162 0.009 0.565 63 T 0.267 0.015 0.039 0.030 0.023 0.180 0.012 0.433 64 L 0.176 0.049 0.068 0.064 0.064 0.062 0.007 0.510 65 N 0.061 0.044 0.069 0.053 0.071 0.245 0.008 0.449 66 N 0.070 0.023 0.021 0.025 0.037 0.229 0.010 0.586 67 S 0.068 0.039 0.021 0.020 0.039 0.158 0.015 0.640 68 E 0.014 0.012 0.005 0.003 0.004 0.469 0.004 0.488 69 D 0.049 0.023 0.003 0.002 0.002 0.702 0.011 0.207 70 F 0.265 0.329 0.026 0.009 0.016 0.116 0.020 0.220 71 Q 0.027 0.562 0.043 0.029 0.047 0.091 0.005 0.195 72 Y 0.034 0.582 0.030 0.034 0.064 0.071 0.005 0.180 73 W 0.035 0.756 0.022 0.028 0.048 0.019 0.005 0.089 74 T 0.014 0.870 0.024 0.014 0.029 0.008 0.005 0.036 75 F 0.021 0.799 0.042 0.029 0.042 0.009 0.007 0.053 76 A 0.025 0.781 0.029 0.024 0.031 0.014 0.009 0.087 77 F 0.046 0.744 0.024 0.010 0.022 0.018 0.022 0.114 78 H 0.098 0.645 0.028 0.011 0.021 0.023 0.029 0.146 79 N 0.052 0.553 0.048 0.025 0.026 0.055 0.020 0.222 80 N 0.114 0.354 0.030 0.012 0.016 0.064 0.029 0.381 81 V 0.118 0.495 0.037 0.016 0.019 0.101 0.016 0.199 82 N 0.062 0.481 0.021 0.037 0.037 0.103 0.013 0.247 83 N 0.068 0.669 0.046 0.017 0.025 0.021 0.010 0.144 84 R 0.075 0.530 0.018 0.010 0.015 0.089 0.021 0.242 85 L 0.124 0.497 0.011 0.014 0.015 0.136 0.028 0.175 86 N 0.158 0.416 0.025 0.012 0.017 0.065 0.075 0.232 87 K 0.257 0.143 0.077 0.022 0.021 0.069 0.054 0.357 88 K 0.049 0.051 0.077 0.023 0.017 0.055 0.010 0.717 89 I 0.046 0.035 0.045 0.053 0.085 0.044 0.008 0.684 90 I 0.140 0.048 0.103 0.061 0.084 0.125 0.007 0.433 91 S 0.064 0.043 0.052 0.062 0.062 0.141 0.008 0.568 92 W 0.017 0.019 0.022 0.011 0.022 0.038 0.003 0.868 93 S 0.007 0.012 0.004 0.003 0.004 0.685 0.002 0.282 94 E 0.122 0.020 0.002 0.002 0.002 0.704 0.013 0.136 95 Y 0.279 0.437 0.018 0.008 0.017 0.043 0.017 0.181 96 K 0.029 0.620 0.050 0.019 0.025 0.069 0.006 0.182 97 N 0.070 0.316 0.015 0.018 0.039 0.036 0.014 0.491 98 I 0.213 0.447 0.027 0.024 0.053 0.021 0.022 0.194 99 Y 0.075 0.398 0.051 0.074 0.081 0.038 0.019 0.264 100 E 0.045 0.219 0.051 0.049 0.064 0.075 0.017 0.481 101 Q 0.081 0.160 0.059 0.038 0.055 0.055 0.018 0.534 102 S 0.142 0.113 0.044 0.025 0.036 0.106 0.034 0.500 103 I 0.207 0.101 0.056 0.045 0.044 0.091 0.025 0.432 104 L 0.080 0.107 0.060 0.049 0.076 0.120 0.017 0.492 105 K 0.088 0.066 0.045 0.079 0.128 0.089 0.012 0.492