# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.175 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.076 0.182 0.088 0.038 0.172 0.047 0.081 0.100 0.078 0.095 0.044 2 S 0.121 0.237 0.175 0.024 0.273 0.010 0.012 0.034 0.030 0.036 0.048 3 M 0.073 0.061 0.017 0.007 0.103 0.010 0.021 0.200 0.390 0.088 0.030 4 L 0.043 0.086 0.038 0.018 0.093 0.038 0.086 0.258 0.196 0.118 0.026 5 H 0.136 0.066 0.033 0.015 0.134 0.018 0.061 0.145 0.083 0.230 0.081 6 W 0.060 0.119 0.087 0.092 0.094 0.048 0.058 0.133 0.077 0.183 0.048 7 G 0.018 0.138 0.353 0.274 0.035 0.019 0.010 0.070 0.039 0.031 0.013 8 P 0.014 0.040 0.022 0.007 0.029 0.009 0.022 0.626 0.197 0.024 0.009 9 K 0.008 0.025 0.008 0.003 0.016 0.006 0.016 0.766 0.122 0.024 0.006 10 Y 0.010 0.009 0.004 0.002 0.013 0.002 0.007 0.869 0.066 0.012 0.005 11 W 0.008 0.005 0.002 0.001 0.012 0.001 0.002 0.922 0.041 0.004 0.002 12 R 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.960 0.021 0.001 0.001 13 S 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.971 0.013 0.001 0.001 14 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.970 0.014 0.001 0.001 15 H 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.957 0.023 0.001 0.001 16 L 0.008 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.939 0.031 0.002 0.001 17 Y 0.010 0.006 0.002 0.003 0.013 0.002 0.027 0.871 0.058 0.006 0.002 18 A 0.029 0.015 0.004 0.003 0.039 0.003 0.034 0.756 0.095 0.016 0.007 19 I 0.052 0.049 0.009 0.005 0.092 0.004 0.075 0.592 0.087 0.022 0.013 20 F 0.103 0.081 0.034 0.010 0.123 0.011 0.093 0.313 0.085 0.093 0.054 21 F 0.067 0.245 0.108 0.024 0.158 0.020 0.038 0.128 0.084 0.067 0.062 22 S 0.040 0.156 0.064 0.035 0.089 0.037 0.116 0.238 0.144 0.057 0.024 23 D 0.042 0.085 0.066 0.034 0.065 0.041 0.118 0.135 0.130 0.229 0.055 24 A 0.098 0.243 0.127 0.019 0.219 0.008 0.019 0.046 0.040 0.110 0.070 25 P 0.058 0.272 0.124 0.027 0.142 0.029 0.052 0.102 0.072 0.079 0.042 26 S 0.078 0.386 0.170 0.009 0.229 0.005 0.007 0.043 0.019 0.021 0.032 27 W 0.020 0.039 0.008 0.002 0.032 0.004 0.010 0.466 0.360 0.045 0.012 28 K 0.007 0.016 0.012 0.004 0.012 0.012 0.024 0.688 0.179 0.041 0.007 29 E 0.015 0.043 0.015 0.003 0.024 0.004 0.015 0.709 0.091 0.071 0.010 30 K 0.010 0.009 0.004 0.001 0.011 0.002 0.004 0.837 0.086 0.029 0.006 31 Y 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.919 0.059 0.003 0.001 32 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.961 0.025 0.003 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.024 0.003 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.008 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.029 0.002 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.957 0.034 0.001 0.001 39 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.942 0.023 0.006 0.001 40 F 0.008 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.017 0.847 0.092 0.019 0.003 41 I 0.009 0.014 0.005 0.003 0.015 0.006 0.019 0.725 0.181 0.017 0.006 42 E 0.008 0.018 0.007 0.003 0.015 0.007 0.059 0.693 0.140 0.043 0.006 43 S 0.030 0.036 0.022 0.006 0.034 0.009 0.071 0.471 0.127 0.170 0.024 44 L 0.035 0.322 0.116 0.016 0.106 0.012 0.039 0.228 0.058 0.038 0.030 45 P 0.032 0.135 0.064 0.016 0.036 0.015 0.031 0.382 0.119 0.132 0.036 46 C 0.024 0.109 0.041 0.006 0.074 0.006 0.012 0.570 0.114 0.031 0.013 47 T 0.005 0.016 0.007 0.003 0.009 0.006 0.018 0.820 0.103 0.011 0.003 48 R 0.006 0.012 0.006 0.002 0.006 0.003 0.025 0.802 0.089 0.045 0.005 49 C 0.009 0.021 0.010 0.002 0.014 0.002 0.004 0.842 0.061 0.031 0.005 50 Q 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.911 0.066 0.005 0.001 51 H 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.938 0.031 0.004 0.001 52 H 0.003 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 0.904 0.036 0.031 0.002 53 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.057 0.013 0.001 54 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.076 0.002 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.963 0.023 0.002 0.001 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.857 0.107 0.027 0.001 57 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.015 0.677 0.253 0.038 0.003 58 T 0.003 0.009 0.005 0.002 0.008 0.016 0.063 0.605 0.210 0.077 0.002 59 K 0.024 0.068 0.062 0.008 0.041 0.021 0.250 0.198 0.099 0.216 0.014 60 N 0.133 0.267 0.113 0.013 0.250 0.010 0.017 0.027 0.024 0.082 0.064 61 P 0.145 0.114 0.041 0.017 0.141 0.017 0.038 0.130 0.207 0.096 0.054 62 L 0.070 0.155 0.042 0.012 0.167 0.021 0.058 0.186 0.190 0.068 0.032 63 T 0.111 0.108 0.032 0.009 0.261 0.022 0.084 0.144 0.086 0.093 0.051 64 L 0.210 0.089 0.027 0.008 0.233 0.015 0.045 0.097 0.066 0.127 0.083 65 N 0.039 0.076 0.080 0.114 0.086 0.121 0.113 0.088 0.059 0.175 0.048 66 N 0.068 0.256 0.327 0.073 0.168 0.009 0.006 0.019 0.014 0.034 0.027 67 S 0.036 0.034 0.009 0.004 0.061 0.005 0.009 0.281 0.472 0.073 0.015 68 E 0.003 0.014 0.010 0.005 0.006 0.014 0.025 0.561 0.318 0.040 0.004 69 D 0.017 0.014 0.006 0.002 0.017 0.004 0.023 0.653 0.124 0.124 0.016 70 F 0.050 0.052 0.011 0.002 0.074 0.004 0.007 0.632 0.117 0.036 0.014 71 Q 0.017 0.016 0.005 0.005 0.025 0.009 0.016 0.806 0.085 0.010 0.005 72 Y 0.024 0.009 0.004 0.004 0.029 0.003 0.015 0.818 0.070 0.017 0.007 73 W 0.028 0.027 0.005 0.004 0.044 0.003 0.031 0.809 0.037 0.009 0.004 74 T 0.049 0.016 0.005 0.003 0.045 0.002 0.014 0.776 0.054 0.020 0.014 75 F 0.020 0.035 0.007 0.003 0.055 0.004 0.012 0.757 0.086 0.012 0.009 76 A 0.019 0.020 0.008 0.003 0.028 0.003 0.027 0.818 0.058 0.010 0.006 77 F 0.020 0.014 0.005 0.003 0.016 0.003 0.029 0.789 0.088 0.027 0.006 78 H 0.013 0.025 0.010 0.006 0.025 0.009 0.024 0.725 0.117 0.035 0.010 79 N 0.011 0.019 0.009 0.005 0.020 0.006 0.017 0.779 0.099 0.026 0.009 80 N 0.013 0.016 0.006 0.003 0.012 0.002 0.028 0.802 0.078 0.034 0.005 81 V 0.019 0.052 0.012 0.005 0.036 0.006 0.024 0.707 0.092 0.038 0.008 82 N 0.021 0.020 0.007 0.006 0.030 0.008 0.017 0.703 0.143 0.031 0.013 83 N 0.006 0.012 0.007 0.003 0.012 0.006 0.054 0.720 0.140 0.035 0.005 84 R 0.033 0.062 0.029 0.008 0.040 0.015 0.091 0.454 0.104 0.139 0.024 85 L 0.041 0.294 0.087 0.035 0.079 0.028 0.060 0.164 0.076 0.095 0.040 86 N 0.069 0.098 0.070 0.092 0.064 0.036 0.045 0.110 0.091 0.232 0.092 87 K 0.043 0.302 0.175 0.048 0.144 0.017 0.037 0.092 0.077 0.045 0.021 88 K 0.082 0.199 0.080 0.015 0.232 0.022 0.063 0.124 0.082 0.059 0.042 89 I 0.201 0.146 0.024 0.005 0.288 0.009 0.038 0.067 0.049 0.096 0.077 90 I 0.069 0.285 0.145 0.025 0.247 0.032 0.033 0.030 0.023 0.055 0.056 91 S 0.135 0.345 0.133 0.010 0.320 0.003 0.003 0.010 0.006 0.010 0.024 92 W 0.031 0.023 0.006 0.002 0.046 0.005 0.010 0.237 0.563 0.062 0.014 93 S 0.019 0.046 0.025 0.011 0.037 0.030 0.072 0.435 0.231 0.082 0.012 94 E 0.095 0.079 0.029 0.007 0.121 0.010 0.054 0.324 0.092 0.146 0.043 95 Y 0.148 0.097 0.034 0.013 0.167 0.019 0.020 0.245 0.129 0.085 0.043 96 K 0.054 0.083 0.024 0.025 0.093 0.060 0.085 0.339 0.170 0.046 0.022 97 N 0.141 0.088 0.033 0.010 0.262 0.011 0.046 0.190 0.071 0.101 0.047 98 I 0.189 0.143 0.031 0.009 0.267 0.012 0.044 0.116 0.037 0.098 0.055 99 Y 0.087 0.309 0.191 0.019 0.209 0.015 0.017 0.049 0.021 0.024 0.058 100 E 0.102 0.225 0.099 0.043 0.147 0.027 0.036 0.146 0.082 0.051 0.041 101 Q 0.040 0.102 0.062 0.031 0.076 0.044 0.102 0.233 0.192 0.093 0.026 102 S 0.067 0.117 0.067 0.026 0.107 0.025 0.050 0.157 0.130 0.194 0.060 103 I 0.107 0.138 0.048 0.015 0.182 0.016 0.044 0.148 0.096 0.143 0.063 104 L 0.087 0.200 0.088 0.040 0.161 0.037 0.043 0.108 0.078 0.109 0.051 105 K 0.101 0.206 0.121 0.050 0.179 0.030 0.037 0.109 0.063 0.062 0.042