# TARGET T0396 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 141 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.980 2 S 0.027 0.025 0.003 0.013 0.006 0.009 0.918 3 M 0.002 0.002 0.320 0.454 0.062 0.117 0.043 4 L 0.002 0.001 0.412 0.334 0.050 0.179 0.022 5 H 0.002 0.003 0.508 0.263 0.034 0.159 0.031 6 W 0.007 0.024 0.088 0.403 0.200 0.100 0.178 7 G 0.012 0.007 0.016 0.395 0.164 0.057 0.350 8 P 0.001 0.001 0.017 0.934 0.011 0.028 0.008 9 K 0.001 0.001 0.006 0.976 0.003 0.010 0.004 10 Y 0.001 0.001 0.004 0.978 0.002 0.013 0.003 11 W 0.001 0.001 0.002 0.987 0.003 0.004 0.003 12 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.005 0.004 13 S 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.009 0.002 14 L 0.002 0.001 0.002 0.982 0.002 0.009 0.003 15 H 0.002 0.001 0.004 0.981 0.002 0.008 0.002 16 L 0.001 0.001 0.005 0.979 0.002 0.011 0.002 17 Y 0.001 0.001 0.007 0.975 0.002 0.011 0.004 18 A 0.001 0.001 0.023 0.936 0.003 0.031 0.004 19 I 0.003 0.001 0.044 0.753 0.014 0.171 0.014 20 F 0.002 0.002 0.044 0.569 0.030 0.325 0.027 21 F 0.003 0.007 0.027 0.143 0.268 0.171 0.381 22 S 0.003 0.005 0.017 0.025 0.223 0.212 0.514 23 D 0.008 0.022 0.032 0.019 0.361 0.154 0.404 24 A 0.006 0.018 0.011 0.008 0.319 0.034 0.603 25 P 0.002 0.005 0.005 0.009 0.126 0.028 0.824 26 S 0.002 0.007 0.001 0.017 0.076 0.006 0.891 27 W 0.001 0.001 0.035 0.862 0.026 0.054 0.023 28 K 0.001 0.001 0.033 0.886 0.007 0.053 0.020 29 E 0.001 0.001 0.026 0.895 0.007 0.022 0.050 30 K 0.001 0.001 0.003 0.973 0.004 0.009 0.010 31 Y 0.001 0.001 0.002 0.960 0.006 0.017 0.012 32 E 0.001 0.001 0.002 0.956 0.003 0.031 0.007 33 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.007 0.005 34 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.012 0.001 36 W 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.013 0.002 37 I 0.001 0.001 0.004 0.982 0.002 0.010 0.002 38 L 0.001 0.001 0.011 0.953 0.003 0.031 0.002 39 N 0.001 0.001 0.015 0.898 0.005 0.077 0.005 40 F 0.001 0.002 0.058 0.814 0.017 0.074 0.035 41 I 0.001 0.001 0.243 0.510 0.011 0.229 0.005 42 E 0.002 0.001 0.278 0.237 0.022 0.454 0.007 43 S 0.008 0.005 0.188 0.327 0.077 0.314 0.081 44 L 0.038 0.119 0.019 0.062 0.262 0.153 0.346 45 P 0.028 0.031 0.004 0.013 0.308 0.051 0.565 46 C 0.028 0.008 0.005 0.065 0.182 0.023 0.689 47 T 0.001 0.001 0.031 0.935 0.009 0.019 0.005 48 R 0.001 0.001 0.033 0.945 0.003 0.017 0.002 49 C 0.001 0.001 0.022 0.966 0.001 0.010 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.005 0.984 0.002 0.006 0.003 51 H 0.001 0.001 0.003 0.975 0.002 0.016 0.002 52 H 0.001 0.001 0.003 0.957 0.002 0.034 0.003 53 A 0.001 0.001 0.002 0.977 0.004 0.011 0.005 54 F 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.006 0.002 55 S 0.001 0.001 0.004 0.981 0.002 0.012 0.001 56 Y 0.001 0.001 0.006 0.973 0.002 0.017 0.002 57 L 0.001 0.001 0.009 0.954 0.005 0.027 0.004 58 T 0.001 0.001 0.018 0.793 0.008 0.171 0.008 59 K 0.003 0.001 0.015 0.555 0.070 0.312 0.044 60 N 0.010 0.014 0.007 0.085 0.301 0.092 0.490 61 P 0.014 0.020 0.012 0.017 0.138 0.096 0.703 62 L 0.017 0.014 0.012 0.009 0.087 0.038 0.823 63 T 0.055 0.030 0.039 0.016 0.101 0.084 0.677 64 L 0.072 0.043 0.021 0.015 0.160 0.072 0.616 65 N 0.038 0.041 0.012 0.012 0.360 0.080 0.457 66 N 0.016 0.032 0.006 0.036 0.440 0.025 0.444 67 S 0.001 0.002 0.049 0.819 0.027 0.042 0.061 68 E 0.001 0.001 0.032 0.902 0.011 0.042 0.013 69 D 0.001 0.001 0.018 0.951 0.004 0.020 0.006 70 F 0.001 0.001 0.003 0.983 0.003 0.007 0.004 71 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.003 72 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 73 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 74 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 75 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.958 0.002 0.036 0.002 77 F 0.001 0.001 0.001 0.931 0.004 0.056 0.007 78 H 0.001 0.001 0.001 0.924 0.008 0.055 0.011 79 N 0.001 0.001 0.003 0.904 0.018 0.038 0.037 80 N 0.001 0.001 0.004 0.946 0.012 0.017 0.020 81 V 0.001 0.001 0.003 0.965 0.008 0.009 0.012 82 N 0.001 0.001 0.006 0.953 0.006 0.018 0.015 83 N 0.002 0.001 0.009 0.941 0.007 0.031 0.008 84 R 0.001 0.001 0.008 0.896 0.007 0.080 0.007 85 L 0.001 0.002 0.006 0.415 0.030 0.524 0.021 86 N 0.002 0.002 0.004 0.037 0.150 0.541 0.264 87 K 0.013 0.010 0.008 0.018 0.259 0.041 0.651 88 K 0.066 0.047 0.029 0.027 0.133 0.056 0.642 89 I 0.084 0.024 0.075 0.029 0.129 0.101 0.558 90 I 0.159 0.053 0.055 0.029 0.208 0.079 0.418 91 S 0.116 0.040 0.034 0.028 0.166 0.049 0.568 92 W 0.038 0.009 0.154 0.177 0.127 0.100 0.394 93 S 0.018 0.007 0.217 0.254 0.102 0.230 0.171 94 E 0.021 0.012 0.197 0.255 0.106 0.247 0.162 95 Y 0.027 0.019 0.125 0.384 0.076 0.084 0.284 96 K 0.032 0.013 0.129 0.456 0.066 0.121 0.182 97 N 0.046 0.009 0.155 0.494 0.054 0.140 0.102 98 I 0.047 0.014 0.143 0.534 0.054 0.108 0.100 99 Y 0.071 0.032 0.094 0.449 0.079 0.107 0.168 100 E 0.074 0.025 0.055 0.314 0.139 0.161 0.231 101 Q 0.043 0.011 0.037 0.250 0.197 0.218 0.243 102 S 0.022 0.013 0.024 0.120 0.205 0.162 0.455 103 I 0.018 0.025 0.024 0.080 0.187 0.145 0.521 104 L 0.011 0.008 0.019 0.052 0.027 0.160 0.724 105 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.993