# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.004 0.004 0.019 0.019 0.148 0.006 0.046 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.025 0.032 0.184 0.177 0.084 0.227 0.001 2 S 0.003 0.003 0.032 0.042 0.037 0.005 0.039 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.032 0.076 0.045 0.261 0.364 0.001 3 M 0.002 0.003 0.021 0.016 0.084 0.006 0.046 0.048 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.044 0.035 0.493 0.051 0.060 0.075 0.001 4 L 0.007 0.006 0.078 0.041 0.031 0.023 0.268 0.148 0.004 0.001 0.004 0.003 0.007 0.008 0.060 0.014 0.112 0.035 0.068 0.080 0.001 5 H 0.006 0.006 0.031 0.029 0.086 0.019 0.176 0.080 0.005 0.001 0.004 0.003 0.006 0.009 0.029 0.020 0.158 0.119 0.110 0.101 0.001 6 W 0.003 0.004 0.033 0.026 0.047 0.005 0.115 0.055 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.008 0.039 0.036 0.181 0.079 0.148 0.204 0.001 7 G 0.002 0.002 0.031 0.020 0.027 0.003 0.054 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.026 0.235 0.067 0.140 0.296 0.001 8 P 0.001 0.002 0.011 0.014 0.034 0.003 0.051 0.131 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.032 0.453 0.030 0.068 0.149 0.001 9 K 0.001 0.002 0.007 0.005 0.012 0.007 0.095 0.467 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.006 0.278 0.030 0.022 0.037 0.001 10 Y 0.001 0.002 0.006 0.005 0.006 0.004 0.049 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.154 0.015 0.014 0.009 0.001 11 W 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.002 0.012 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.050 0.008 0.006 0.003 0.001 12 R 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.002 0.002 0.001 0.001 13 S 0.004 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 15 H 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 17 Y 0.007 0.009 0.002 0.004 0.003 0.004 0.015 0.886 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 0.003 0.003 0.001 0.001 18 A 0.020 0.019 0.006 0.019 0.017 0.013 0.088 0.619 0.036 0.039 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.085 0.012 0.007 0.003 0.001 19 I 0.012 0.026 0.022 0.032 0.015 0.025 0.311 0.240 0.065 0.021 0.003 0.001 0.006 0.007 0.014 0.008 0.118 0.040 0.017 0.015 0.002 20 F 0.017 0.025 0.015 0.020 0.072 0.007 0.187 0.059 0.047 0.012 0.003 0.003 0.012 0.012 0.012 0.029 0.092 0.275 0.059 0.040 0.004 21 F 0.010 0.010 0.046 0.021 0.030 0.003 0.017 0.016 0.020 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 0.036 0.014 0.089 0.122 0.209 0.342 0.001 22 S 0.002 0.002 0.013 0.018 0.063 0.002 0.053 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.015 0.384 0.048 0.113 0.253 0.001 23 D 0.001 0.002 0.013 0.008 0.033 0.006 0.364 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.028 0.008 0.305 0.102 0.039 0.079 0.001 24 A 0.001 0.001 0.011 0.013 0.005 0.001 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.040 0.062 0.358 0.450 0.001 25 P 0.001 0.001 0.005 0.007 0.037 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.326 0.101 0.081 0.406 0.001 26 S 0.001 0.001 0.006 0.008 0.009 0.001 0.025 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.025 0.031 0.155 0.710 0.001 27 W 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.908 0.007 0.010 0.025 0.001 28 K 0.001 0.001 0.009 0.006 0.004 0.004 0.124 0.760 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.057 0.011 0.006 0.012 0.001 29 E 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.029 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.025 0.014 0.006 0.001 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.002 0.002 0.003 0.001 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.915 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.039 0.883 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.010 0.003 0.003 0.001 40 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.034 0.669 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.196 0.025 0.021 0.007 0.001 41 I 0.002 0.002 0.005 0.003 0.005 0.009 0.076 0.668 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.142 0.016 0.022 0.016 0.001 42 E 0.003 0.005 0.007 0.009 0.009 0.022 0.174 0.406 0.038 0.006 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.005 0.162 0.077 0.038 0.025 0.001 43 S 0.002 0.003 0.005 0.006 0.024 0.009 0.150 0.181 0.041 0.005 0.002 0.001 0.005 0.008 0.009 0.017 0.362 0.073 0.059 0.038 0.001 44 L 0.001 0.002 0.023 0.019 0.007 0.005 0.061 0.137 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 0.011 0.258 0.062 0.142 0.223 0.001 45 P 0.001 0.001 0.004 0.005 0.052 0.004 0.055 0.123 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.042 0.377 0.095 0.085 0.140 0.001 46 C 0.001 0.002 0.010 0.010 0.011 0.007 0.076 0.251 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.031 0.007 0.357 0.065 0.069 0.086 0.001 47 T 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.006 0.071 0.375 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.434 0.019 0.027 0.040 0.001 48 R 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.011 0.095 0.675 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.133 0.031 0.014 0.014 0.001 49 C 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.005 0.032 0.798 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.062 0.028 0.034 0.022 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.011 0.793 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.162 0.007 0.007 0.007 0.001 51 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.002 0.003 0.003 0.001 52 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 0.002 0.002 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.002 0.002 0.001 0.001 54 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.043 0.855 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.007 0.005 0.002 0.001 57 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.009 0.075 0.694 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.136 0.019 0.022 0.009 0.001 58 T 0.001 0.001 0.006 0.007 0.008 0.023 0.226 0.303 0.041 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.248 0.040 0.031 0.040 0.001 59 K 0.001 0.001 0.005 0.004 0.012 0.014 0.339 0.055 0.044 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.305 0.069 0.052 0.075 0.001 60 N 0.001 0.001 0.010 0.016 0.007 0.003 0.074 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.125 0.077 0.269 0.368 0.001 61 P 0.001 0.001 0.009 0.006 0.039 0.004 0.036 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.074 0.190 0.177 0.151 0.272 0.001 62 L 0.002 0.002 0.035 0.019 0.034 0.012 0.111 0.044 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.071 0.036 0.173 0.073 0.141 0.227 0.002 63 T 0.003 0.003 0.036 0.031 0.073 0.013 0.072 0.033 0.004 0.001 0.004 0.002 0.005 0.011 0.041 0.064 0.090 0.122 0.223 0.168 0.001 64 L 0.002 0.002 0.035 0.033 0.057 0.005 0.056 0.025 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.072 0.065 0.191 0.063 0.209 0.166 0.001 65 N 0.002 0.002 0.082 0.042 0.038 0.006 0.081 0.018 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.082 0.037 0.127 0.116 0.097 0.251 0.001 66 N 0.001 0.001 0.010 0.010 0.040 0.001 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.048 0.043 0.035 0.208 0.566 0.001 67 S 0.001 0.001 0.007 0.011 0.009 0.001 0.009 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 0.740 0.019 0.037 0.121 0.001 68 E 0.001 0.001 0.014 0.009 0.021 0.007 0.274 0.289 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.275 0.025 0.018 0.041 0.001 69 D 0.004 0.004 0.010 0.008 0.017 0.016 0.197 0.582 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.044 0.053 0.024 0.021 0.001 70 F 0.003 0.004 0.008 0.010 0.021 0.004 0.035 0.688 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.168 0.015 0.014 0.012 0.001 71 Q 0.007 0.009 0.012 0.012 0.008 0.003 0.031 0.808 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.078 0.005 0.007 0.005 0.001 72 Y 0.016 0.017 0.004 0.007 0.014 0.004 0.027 0.852 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.038 0.004 0.004 0.003 0.001 73 W 0.010 0.010 0.003 0.007 0.007 0.005 0.019 0.869 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.046 0.005 0.003 0.002 0.001 74 T 0.010 0.011 0.003 0.007 0.010 0.004 0.025 0.838 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.048 0.010 0.010 0.003 0.001 75 F 0.015 0.014 0.006 0.008 0.009 0.008 0.026 0.805 0.012 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.003 0.048 0.011 0.010 0.006 0.001 76 A 0.010 0.012 0.005 0.009 0.014 0.009 0.040 0.729 0.016 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.003 0.103 0.014 0.010 0.009 0.001 77 F 0.008 0.010 0.005 0.010 0.013 0.009 0.063 0.628 0.020 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.005 0.143 0.025 0.024 0.015 0.001 78 H 0.010 0.010 0.009 0.013 0.014 0.007 0.078 0.523 0.017 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.005 0.217 0.027 0.026 0.017 0.001 79 N 0.017 0.019 0.011 0.015 0.024 0.011 0.078 0.568 0.013 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.009 0.115 0.039 0.027 0.029 0.001 80 N 0.012 0.014 0.007 0.009 0.023 0.012 0.047 0.552 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.006 0.237 0.021 0.018 0.012 0.001 81 V 0.013 0.017 0.011 0.020 0.017 0.009 0.043 0.612 0.010 0.002 0.002 0.002 0.007 0.012 0.013 0.009 0.154 0.014 0.018 0.014 0.001 82 N 0.038 0.029 0.008 0.008 0.036 0.015 0.038 0.605 0.010 0.006 0.002 0.001 0.004 0.008 0.014 0.006 0.056 0.047 0.057 0.010 0.001 83 N 0.012 0.014 0.022 0.024 0.021 0.022 0.066 0.481 0.023 0.008 0.003 0.002 0.009 0.010 0.026 0.006 0.191 0.018 0.022 0.019 0.001 84 R 0.005 0.007 0.015 0.017 0.034 0.028 0.321 0.103 0.083 0.026 0.004 0.002 0.006 0.008 0.016 0.010 0.227 0.037 0.028 0.022 0.001 85 L 0.002 0.003 0.016 0.026 0.020 0.007 0.379 0.024 0.015 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 0.017 0.203 0.037 0.074 0.145 0.001 86 N 0.002 0.002 0.013 0.010 0.035 0.005 0.102 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.028 0.074 0.428 0.090 0.170 0.001 87 K 0.002 0.002 0.024 0.009 0.044 0.007 0.072 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.032 0.029 0.132 0.062 0.158 0.406 0.001 88 K 0.002 0.003 0.047 0.032 0.049 0.018 0.087 0.027 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.065 0.029 0.114 0.115 0.168 0.229 0.002 89 I 0.003 0.004 0.030 0.018 0.122 0.008 0.095 0.036 0.004 0.001 0.006 0.003 0.007 0.013 0.045 0.108 0.116 0.099 0.203 0.080 0.001 90 I 0.002 0.002 0.212 0.050 0.019 0.007 0.035 0.030 0.004 0.001 0.003 0.003 0.006 0.011 0.251 0.016 0.052 0.025 0.080 0.191 0.001 91 S 0.001 0.001 0.009 0.012 0.102 0.002 0.020 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.123 0.037 0.040 0.202 0.415 0.001 92 W 0.001 0.001 0.018 0.021 0.014 0.001 0.013 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.105 0.018 0.603 0.020 0.040 0.087 0.001 93 S 0.001 0.001 0.014 0.010 0.015 0.010 0.219 0.408 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.012 0.216 0.011 0.016 0.048 0.001 94 E 0.003 0.002 0.007 0.006 0.021 0.024 0.207 0.524 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.004 0.062 0.076 0.026 0.019 0.001 95 Y 0.004 0.003 0.015 0.018 0.027 0.005 0.040 0.556 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.010 0.217 0.026 0.036 0.023 0.001 96 K 0.004 0.004 0.015 0.009 0.013 0.006 0.038 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.143 0.008 0.010 0.010 0.001 97 N 0.008 0.007 0.007 0.012 0.020 0.021 0.076 0.738 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.056 0.017 0.014 0.010 0.001 98 I 0.004 0.005 0.008 0.012 0.022 0.014 0.076 0.589 0.009 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.004 0.165 0.025 0.029 0.018 0.001 99 Y 0.004 0.004 0.019 0.016 0.017 0.008 0.095 0.512 0.009 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.008 0.154 0.039 0.057 0.035 0.001 100 E 0.005 0.005 0.029 0.030 0.049 0.020 0.172 0.203 0.041 0.012 0.002 0.001 0.003 0.005 0.020 0.018 0.216 0.059 0.050 0.060 0.001 101 Q 0.003 0.004 0.015 0.017 0.030 0.015 0.331 0.104 0.009 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 0.008 0.217 0.053 0.047 0.118 0.001 102 S 0.003 0.004 0.024 0.024 0.042 0.008 0.089 0.089 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.031 0.115 0.209 0.163 0.173 0.001 103 I 0.004 0.005 0.034 0.028 0.078 0.007 0.037 0.091 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.033 0.038 0.310 0.060 0.121 0.138 0.001 104 L 0.007 0.009 0.066 0.033 0.064 0.014 0.127 0.133 0.006 0.002 0.003 0.002 0.006 0.005 0.054 0.013 0.197 0.060 0.084 0.114 0.001 105 K 0.010 0.008 0.039 0.045 0.087 0.012 0.136 0.086 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.030 0.017 0.133 0.081 0.154 0.144 0.001