# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.026 0.549 0.002 0.028 0.037 0.001 0.001 0.015 0.167 0.140 0.005 0.028 2 S 0.001 0.014 0.741 0.003 0.011 0.023 0.001 0.001 0.009 0.141 0.039 0.013 0.005 3 M 0.001 0.010 0.159 0.002 0.281 0.370 0.001 0.002 0.007 0.062 0.080 0.003 0.024 4 L 0.001 0.006 0.064 0.005 0.288 0.414 0.001 0.002 0.009 0.039 0.156 0.010 0.004 5 H 0.004 0.020 0.112 0.002 0.252 0.312 0.003 0.002 0.015 0.055 0.194 0.008 0.019 6 W 0.004 0.024 0.296 0.002 0.047 0.269 0.002 0.003 0.011 0.155 0.162 0.013 0.012 7 G 0.001 0.009 0.490 0.002 0.019 0.237 0.001 0.001 0.004 0.141 0.082 0.007 0.005 8 P 0.001 0.002 0.062 0.001 0.031 0.812 0.001 0.001 0.001 0.043 0.046 0.001 0.003 9 K 0.001 0.001 0.012 0.001 0.010 0.943 0.001 0.001 0.001 0.015 0.018 0.001 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 11 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 15 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 16 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 17 Y 0.004 0.001 0.005 0.001 0.008 0.951 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.002 0.002 18 A 0.007 0.001 0.010 0.001 0.014 0.902 0.001 0.001 0.007 0.002 0.046 0.002 0.006 19 I 0.021 0.003 0.031 0.003 0.025 0.753 0.006 0.005 0.016 0.008 0.099 0.016 0.016 20 F 0.037 0.013 0.106 0.006 0.022 0.433 0.008 0.007 0.026 0.039 0.234 0.016 0.054 21 F 0.011 0.014 0.466 0.009 0.016 0.095 0.002 0.002 0.011 0.149 0.142 0.055 0.028 22 S 0.001 0.006 0.361 0.001 0.036 0.064 0.001 0.001 0.004 0.138 0.373 0.003 0.013 23 D 0.001 0.007 0.224 0.002 0.028 0.022 0.001 0.001 0.002 0.330 0.381 0.002 0.003 24 A 0.001 0.007 0.497 0.001 0.018 0.015 0.001 0.001 0.002 0.344 0.105 0.008 0.003 25 P 0.001 0.013 0.587 0.001 0.018 0.034 0.001 0.001 0.002 0.217 0.114 0.001 0.012 26 S 0.001 0.011 0.657 0.001 0.016 0.075 0.001 0.001 0.003 0.168 0.056 0.010 0.003 27 W 0.001 0.003 0.065 0.001 0.093 0.736 0.001 0.001 0.002 0.026 0.056 0.001 0.017 28 K 0.001 0.002 0.020 0.001 0.039 0.897 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.006 0.003 29 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.027 0.941 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.005 30 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 31 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 40 F 0.001 0.001 0.014 0.001 0.008 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 41 I 0.001 0.001 0.038 0.001 0.024 0.853 0.001 0.001 0.003 0.008 0.069 0.001 0.001 42 E 0.001 0.002 0.034 0.001 0.056 0.732 0.001 0.001 0.004 0.014 0.152 0.002 0.001 43 S 0.001 0.006 0.061 0.001 0.038 0.666 0.002 0.004 0.011 0.044 0.159 0.001 0.006 44 L 0.001 0.018 0.338 0.004 0.024 0.313 0.001 0.004 0.017 0.174 0.085 0.018 0.003 45 P 0.001 0.007 0.214 0.001 0.054 0.471 0.001 0.001 0.006 0.053 0.188 0.001 0.005 46 C 0.001 0.002 0.113 0.001 0.051 0.652 0.001 0.001 0.003 0.066 0.110 0.001 0.001 47 T 0.001 0.002 0.023 0.001 0.095 0.805 0.001 0.001 0.001 0.025 0.046 0.001 0.001 48 R 0.001 0.002 0.015 0.001 0.043 0.878 0.001 0.001 0.001 0.011 0.049 0.001 0.001 49 C 0.001 0.002 0.014 0.001 0.031 0.917 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 51 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 52 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 54 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.024 0.909 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 58 T 0.001 0.001 0.023 0.001 0.062 0.755 0.001 0.001 0.001 0.015 0.141 0.001 0.001 59 K 0.001 0.003 0.081 0.002 0.065 0.355 0.001 0.001 0.002 0.074 0.408 0.001 0.006 60 N 0.001 0.004 0.361 0.004 0.014 0.041 0.001 0.001 0.005 0.283 0.269 0.016 0.002 61 P 0.001 0.006 0.658 0.002 0.010 0.011 0.001 0.001 0.013 0.123 0.153 0.004 0.018 62 L 0.001 0.016 0.752 0.002 0.010 0.008 0.002 0.001 0.030 0.108 0.031 0.017 0.021 63 T 0.005 0.040 0.448 0.011 0.029 0.014 0.008 0.005 0.104 0.148 0.035 0.057 0.095 64 L 0.006 0.033 0.439 0.006 0.035 0.019 0.007 0.008 0.144 0.070 0.046 0.063 0.124 65 N 0.002 0.032 0.670 0.003 0.009 0.013 0.005 0.002 0.069 0.089 0.063 0.019 0.024 66 N 0.001 0.010 0.669 0.002 0.011 0.031 0.001 0.001 0.017 0.198 0.039 0.008 0.015 67 S 0.001 0.007 0.200 0.004 0.065 0.491 0.001 0.001 0.003 0.090 0.121 0.007 0.010 68 E 0.001 0.003 0.019 0.002 0.078 0.782 0.001 0.001 0.001 0.024 0.083 0.003 0.005 69 D 0.002 0.003 0.021 0.001 0.086 0.821 0.001 0.001 0.001 0.015 0.035 0.006 0.009 70 F 0.002 0.001 0.015 0.001 0.024 0.927 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.005 0.007 71 Q 0.003 0.001 0.005 0.001 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.006 72 Y 0.013 0.001 0.003 0.001 0.009 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.010 73 W 0.015 0.001 0.003 0.001 0.005 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.007 0.006 74 T 0.013 0.001 0.008 0.001 0.005 0.928 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.004 0.010 75 F 0.020 0.001 0.014 0.003 0.006 0.898 0.001 0.001 0.003 0.004 0.031 0.007 0.011 76 A 0.021 0.001 0.026 0.003 0.009 0.843 0.002 0.001 0.004 0.011 0.044 0.012 0.023 77 F 0.012 0.002 0.045 0.004 0.019 0.783 0.002 0.002 0.008 0.015 0.075 0.010 0.023 78 H 0.003 0.001 0.074 0.004 0.015 0.740 0.001 0.002 0.013 0.022 0.110 0.008 0.007 79 N 0.011 0.003 0.069 0.005 0.035 0.662 0.003 0.002 0.014 0.037 0.123 0.009 0.027 80 N 0.034 0.009 0.067 0.006 0.033 0.636 0.007 0.004 0.015 0.032 0.076 0.045 0.037 81 V 0.041 0.019 0.105 0.007 0.038 0.535 0.005 0.005 0.016 0.031 0.066 0.033 0.099 82 N 0.014 0.009 0.212 0.009 0.062 0.486 0.002 0.003 0.016 0.038 0.068 0.042 0.039 83 N 0.001 0.002 0.032 0.002 0.145 0.596 0.001 0.001 0.004 0.014 0.192 0.002 0.010 84 R 0.004 0.004 0.065 0.004 0.165 0.428 0.001 0.001 0.004 0.028 0.281 0.007 0.009 85 L 0.004 0.007 0.077 0.007 0.079 0.150 0.001 0.001 0.005 0.119 0.528 0.014 0.010 86 N 0.002 0.005 0.184 0.006 0.009 0.026 0.001 0.001 0.004 0.147 0.603 0.004 0.010 87 K 0.003 0.014 0.578 0.006 0.013 0.043 0.001 0.001 0.007 0.225 0.060 0.031 0.018 88 K 0.017 0.033 0.397 0.007 0.050 0.045 0.006 0.003 0.043 0.123 0.041 0.048 0.186 89 I 0.052 0.032 0.206 0.027 0.059 0.090 0.025 0.022 0.095 0.086 0.048 0.099 0.159 90 I 0.044 0.040 0.251 0.049 0.029 0.048 0.025 0.024 0.075 0.085 0.030 0.199 0.103 91 S 0.017 0.019 0.517 0.007 0.022 0.048 0.015 0.009 0.076 0.057 0.034 0.046 0.134 92 W 0.006 0.012 0.411 0.009 0.047 0.207 0.002 0.003 0.032 0.104 0.059 0.027 0.082 93 S 0.005 0.007 0.224 0.012 0.080 0.381 0.001 0.001 0.010 0.126 0.096 0.036 0.022 94 E 0.002 0.007 0.098 0.003 0.128 0.505 0.001 0.001 0.007 0.073 0.137 0.011 0.028 95 Y 0.004 0.008 0.087 0.004 0.079 0.660 0.001 0.001 0.006 0.031 0.068 0.015 0.035 96 K 0.010 0.008 0.071 0.010 0.094 0.682 0.001 0.001 0.007 0.025 0.031 0.029 0.030 97 N 0.005 0.003 0.039 0.002 0.072 0.751 0.001 0.001 0.006 0.016 0.063 0.015 0.025 98 I 0.010 0.005 0.057 0.003 0.041 0.719 0.002 0.001 0.008 0.018 0.089 0.015 0.032 99 Y 0.017 0.012 0.157 0.010 0.039 0.518 0.002 0.001 0.014 0.051 0.095 0.046 0.037 100 E 0.012 0.012 0.209 0.006 0.061 0.350 0.002 0.001 0.008 0.070 0.158 0.032 0.078 101 Q 0.004 0.009 0.187 0.006 0.089 0.223 0.001 0.001 0.006 0.106 0.326 0.016 0.026 102 S 0.002 0.009 0.341 0.004 0.048 0.087 0.001 0.001 0.010 0.175 0.297 0.014 0.012 103 I 0.002 0.015 0.438 0.001 0.051 0.094 0.001 0.001 0.011 0.188 0.153 0.017 0.028 104 L 0.002 0.069 0.451 0.003 0.033 0.043 0.001 0.001 0.008 0.201 0.153 0.013 0.022 105 K 0.001 0.010 0.770 0.001 0.013 0.018 0.001 0.001 0.004 0.115 0.055 0.006 0.006