# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.011 0.143 0.184 0.166 0.002 0.015 0.005 0.006 0.050 0.052 0.048 0.018 0.032 0.001 0.004 0.263 2 S 0.054 0.007 0.008 0.015 0.001 0.798 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.067 0.036 0.001 0.001 0.001 3 M 0.001 0.008 0.007 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 4 L 0.001 0.063 0.003 0.008 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 0.873 0.027 0.001 0.005 0.001 5 H 0.004 0.011 0.064 0.028 0.008 0.026 0.172 0.002 0.006 0.004 0.019 0.026 0.443 0.057 0.012 0.119 6 W 0.030 0.021 0.239 0.025 0.002 0.014 0.021 0.042 0.003 0.001 0.036 0.017 0.367 0.001 0.151 0.030 7 G 0.008 0.007 0.045 0.018 0.005 0.249 0.025 0.002 0.010 0.041 0.043 0.060 0.448 0.003 0.001 0.037 8 P 0.015 0.008 0.007 0.004 0.001 0.043 0.001 0.007 0.001 0.001 0.451 0.069 0.391 0.001 0.003 0.001 9 K 0.001 0.007 0.002 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.657 0.245 0.001 0.001 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.937 0.001 0.001 0.001 11 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.984 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 13 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 15 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.003 18 A 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.019 0.002 0.008 19 I 0.002 0.006 0.019 0.036 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.871 0.009 0.018 0.023 20 F 0.006 0.033 0.044 0.080 0.003 0.018 0.012 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.545 0.036 0.009 0.200 21 F 0.052 0.019 0.100 0.068 0.008 0.126 0.049 0.005 0.002 0.002 0.022 0.009 0.434 0.020 0.039 0.043 22 S 0.015 0.079 0.083 0.036 0.024 0.161 0.056 0.009 0.001 0.003 0.144 0.031 0.231 0.069 0.023 0.034 23 D 0.028 0.327 0.056 0.130 0.006 0.017 0.016 0.040 0.010 0.002 0.067 0.099 0.063 0.017 0.060 0.061 24 A 0.041 0.028 0.232 0.097 0.003 0.142 0.048 0.003 0.025 0.006 0.016 0.061 0.145 0.008 0.023 0.122 25 P 0.065 0.117 0.454 0.081 0.001 0.026 0.006 0.009 0.002 0.002 0.073 0.021 0.089 0.002 0.008 0.044 26 S 0.003 0.004 0.003 0.007 0.001 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.071 0.030 0.001 0.001 0.001 27 W 0.001 0.010 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.015 0.052 0.001 0.001 0.001 28 K 0.001 0.008 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.029 0.001 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.961 0.001 0.001 0.002 30 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.018 0.961 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.968 0.001 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.996 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.001 0.008 40 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.970 0.007 0.004 0.009 41 I 0.002 0.003 0.009 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.932 0.013 0.011 0.011 42 E 0.004 0.008 0.016 0.012 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.861 0.015 0.015 0.049 43 S 0.022 0.033 0.168 0.056 0.002 0.006 0.027 0.001 0.003 0.001 0.006 0.011 0.363 0.021 0.022 0.260 44 L 0.026 0.013 0.472 0.085 0.006 0.037 0.071 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 0.213 0.014 0.013 0.035 45 P 0.011 0.049 0.145 0.077 0.005 0.394 0.010 0.020 0.001 0.003 0.031 0.012 0.198 0.005 0.014 0.024 46 C 0.004 0.016 0.004 0.012 0.003 0.326 0.002 0.002 0.003 0.003 0.424 0.038 0.151 0.002 0.002 0.008 47 T 0.005 0.060 0.006 0.005 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.353 0.429 0.122 0.002 0.002 0.003 48 R 0.002 0.023 0.017 0.007 0.001 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 0.471 0.405 0.002 0.008 0.008 49 C 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.018 0.936 0.001 0.001 0.005 50 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.061 0.916 0.001 0.001 0.001 51 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.027 0.955 0.001 0.001 0.001 52 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 54 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.986 0.001 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.004 57 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.003 0.003 0.003 58 T 0.001 0.004 0.012 0.005 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.832 0.093 0.006 0.019 59 K 0.014 0.047 0.043 0.041 0.001 0.006 0.023 0.007 0.003 0.001 0.012 0.004 0.405 0.040 0.170 0.184 60 N 0.024 0.019 0.160 0.038 0.001 0.061 0.064 0.002 0.011 0.004 0.006 0.019 0.355 0.025 0.039 0.171 61 P 0.185 0.064 0.238 0.066 0.003 0.040 0.021 0.006 0.002 0.001 0.079 0.011 0.184 0.019 0.031 0.048 62 L 0.036 0.106 0.180 0.325 0.007 0.032 0.007 0.015 0.005 0.002 0.047 0.119 0.063 0.017 0.021 0.018 63 T 0.024 0.063 0.234 0.241 0.021 0.163 0.043 0.006 0.008 0.001 0.008 0.032 0.085 0.012 0.008 0.050 64 L 0.025 0.034 0.147 0.172 0.029 0.211 0.050 0.019 0.002 0.002 0.172 0.006 0.090 0.005 0.013 0.022 65 N 0.008 0.513 0.091 0.131 0.006 0.043 0.007 0.034 0.010 0.007 0.025 0.070 0.019 0.002 0.009 0.026 66 N 0.009 0.007 0.012 0.022 0.002 0.784 0.003 0.004 0.010 0.006 0.033 0.049 0.050 0.001 0.003 0.007 67 S 0.004 0.017 0.008 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.839 0.030 0.058 0.001 0.001 0.003 68 E 0.002 0.020 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.854 0.050 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.008 0.022 0.003 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.175 0.734 0.001 0.002 0.010 70 F 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.018 0.934 0.001 0.001 0.003 71 Q 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.941 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 73 W 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 74 T 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.002 75 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.982 0.002 0.001 0.001 76 A 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.968 0.005 0.001 0.008 77 F 0.001 0.005 0.003 0.005 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.880 0.035 0.009 0.019 78 H 0.002 0.002 0.010 0.002 0.004 0.007 0.035 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 0.758 0.112 0.026 0.013 79 N 0.004 0.006 0.007 0.003 0.001 0.005 0.006 0.006 0.001 0.001 0.024 0.015 0.833 0.006 0.056 0.028 80 N 0.012 0.033 0.017 0.009 0.002 0.014 0.018 0.002 0.010 0.006 0.026 0.085 0.478 0.065 0.013 0.211 81 V 0.068 0.018 0.124 0.024 0.001 0.006 0.016 0.003 0.002 0.001 0.032 0.057 0.554 0.008 0.054 0.034 82 N 0.005 0.016 0.060 0.013 0.003 0.103 0.033 0.001 0.001 0.001 0.009 0.048 0.657 0.021 0.004 0.025 83 N 0.009 0.017 0.009 0.009 0.007 0.018 0.003 0.008 0.001 0.001 0.357 0.027 0.516 0.005 0.009 0.007 84 R 0.001 0.006 0.003 0.002 0.027 0.004 0.066 0.001 0.001 0.001 0.009 0.090 0.035 0.749 0.002 0.005 85 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 0.001 0.921 0.001 86 N 0.001 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.012 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.915 87 K 0.929 0.001 0.040 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 88 K 0.003 0.026 0.855 0.025 0.001 0.056 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 0.006 89 I 0.027 0.155 0.083 0.586 0.006 0.066 0.005 0.003 0.004 0.001 0.022 0.011 0.019 0.002 0.002 0.010 90 I 0.008 0.059 0.209 0.643 0.003 0.020 0.004 0.004 0.001 0.001 0.008 0.021 0.011 0.001 0.001 0.005 91 S 0.001 0.009 0.013 0.034 0.001 0.910 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.001 0.001 0.002 92 W 0.001 0.012 0.003 0.008 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.003 0.017 0.001 0.001 0.002 93 S 0.002 0.048 0.003 0.007 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 0.883 0.015 0.001 0.001 0.001 94 E 0.005 0.039 0.050 0.033 0.002 0.043 0.014 0.004 0.007 0.001 0.053 0.113 0.564 0.004 0.021 0.047 95 Y 0.009 0.008 0.083 0.020 0.002 0.015 0.023 0.002 0.002 0.001 0.052 0.036 0.709 0.009 0.008 0.020 96 K 0.012 0.037 0.058 0.040 0.001 0.016 0.005 0.006 0.002 0.001 0.013 0.052 0.732 0.002 0.011 0.014 97 N 0.005 0.013 0.035 0.051 0.003 0.060 0.008 0.002 0.004 0.003 0.025 0.019 0.716 0.006 0.003 0.047 98 I 0.020 0.031 0.081 0.065 0.012 0.032 0.035 0.004 0.002 0.001 0.055 0.037 0.555 0.038 0.011 0.020 99 Y 0.007 0.033 0.074 0.072 0.006 0.035 0.029 0.012 0.003 0.002 0.027 0.039 0.585 0.013 0.043 0.020 100 E 0.015 0.041 0.061 0.065 0.019 0.043 0.037 0.014 0.010 0.009 0.032 0.036 0.434 0.090 0.021 0.074 101 Q 0.058 0.056 0.097 0.105 0.005 0.031 0.022 0.033 0.010 0.005 0.066 0.038 0.295 0.018 0.095 0.064 102 S 0.021 0.040 0.128 0.054 0.013 0.135 0.041 0.006 0.019 0.010 0.036 0.074 0.309 0.023 0.019 0.073 103 I 0.060 0.049 0.076 0.058 0.032 0.045 0.049 0.016 0.003 0.003 0.226 0.036 0.266 0.036 0.020 0.024 104 L 0.015 0.126 0.082 0.077 0.023 0.057 0.041 0.054 0.012 0.008 0.041 0.172 0.171 0.043 0.053 0.025 105 K 0.025 0.050 0.084 0.070 0.021 0.071 0.079 0.028 0.032 0.015 0.071 0.041 0.228 0.027 0.055 0.102