# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.012 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.028 0.173 0.741 2 S 0.164 0.098 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.108 0.112 0.430 3 M 0.105 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.082 0.158 0.548 4 L 0.115 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.069 0.067 0.113 0.574 5 H 0.023 0.079 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.086 0.048 0.176 0.562 6 W 0.017 0.391 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.027 0.103 0.423 7 G 0.039 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.072 0.010 0.032 8 P 0.006 0.433 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.534 0.006 0.021 9 K 0.001 0.307 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.682 0.002 0.004 10 Y 0.003 0.842 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.147 0.001 0.002 11 W 0.008 0.844 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.115 0.006 0.013 12 R 0.005 0.915 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.038 0.006 0.022 13 S 0.006 0.858 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.086 0.010 0.022 14 L 0.009 0.816 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.073 0.017 0.039 15 H 0.019 0.788 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.039 0.018 0.063 16 L 0.033 0.521 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.112 0.035 0.182 17 Y 0.123 0.302 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.107 0.059 0.200 18 A 0.061 0.063 0.007 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.182 0.100 0.484 19 I 0.019 0.027 0.023 0.001 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.121 0.106 0.494 20 F 0.014 0.018 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.051 0.135 0.638 21 F 0.368 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.063 0.074 0.434 22 S 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.034 0.121 0.793 23 D 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.017 0.119 0.812 24 A 0.076 0.095 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.050 0.106 0.635 25 P 0.025 0.173 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.023 0.094 0.671 26 S 0.106 0.797 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.007 0.061 27 W 0.054 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.010 0.045 28 K 0.020 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.006 0.060 29 E 0.022 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.018 30 K 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 31 Y 0.003 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.002 0.008 32 E 0.001 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.006 33 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 34 I 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.002 35 Q 0.001 0.477 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.512 0.001 0.006 36 W 0.004 0.848 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.001 0.004 37 I 0.024 0.900 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.005 0.012 38 L 0.013 0.713 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.127 0.019 0.106 39 N 0.020 0.427 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.318 0.037 0.128 40 F 0.102 0.272 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.267 0.078 0.172 41 I 0.184 0.044 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.087 0.098 0.533 42 E 0.016 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.046 0.094 0.755 43 S 0.009 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.032 0.158 0.743 44 L 0.064 0.079 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.089 0.176 0.500 45 P 0.029 0.229 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.047 0.117 0.565 46 C 0.103 0.552 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.059 0.052 0.224 47 T 0.033 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.072 0.039 0.126 48 R 0.011 0.619 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.240 0.019 0.098 49 C 0.012 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.011 50 Q 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.008 51 H 0.005 0.644 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.296 0.009 0.041 52 H 0.007 0.864 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.089 0.008 0.026 53 A 0.026 0.913 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.007 0.017 54 F 0.043 0.229 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.579 0.023 0.098 55 S 0.114 0.236 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.269 0.058 0.297 56 Y 0.158 0.083 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.216 0.118 0.371 57 L 0.137 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.116 0.135 0.572 58 T 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.019 0.130 0.798 59 K 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 0.140 0.822 60 N 0.083 0.014 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.082 0.211 0.511 61 P 0.056 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.068 0.158 0.664 62 L 0.037 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.059 0.115 0.612 63 T 0.093 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.047 0.108 0.624 64 L 0.034 0.011 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.035 0.126 0.671 65 N 0.016 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.026 0.125 0.722 66 N 0.135 0.514 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.065 0.043 0.228 67 S 0.106 0.680 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.096 0.022 0.089 68 E 0.019 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.053 0.007 0.044 69 D 0.017 0.798 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.143 0.006 0.023 70 F 0.008 0.316 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.621 0.010 0.025 71 Q 0.013 0.794 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.130 0.011 0.027 72 Y 0.008 0.854 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.040 0.015 0.053 73 W 0.006 0.855 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.029 0.012 0.047 74 T 0.010 0.795 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.083 0.014 0.038 75 F 0.020 0.628 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.197 0.025 0.083 76 A 0.028 0.624 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.173 0.030 0.092 77 F 0.043 0.641 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.164 0.029 0.091 78 H 0.032 0.383 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.366 0.053 0.125 79 N 0.020 0.318 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.218 0.101 0.295 80 N 0.043 0.414 0.033 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.114 0.085 0.257 81 V 0.096 0.459 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.109 0.066 0.222 82 N 0.111 0.214 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.258 0.066 0.306 83 N 0.162 0.077 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.064 0.105 0.539 84 R 0.082 0.042 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.049 0.100 0.671 85 L 0.041 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.054 0.138 0.686 86 N 0.100 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.060 0.114 0.602 87 K 0.093 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.087 0.103 0.633 88 K 0.039 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.087 0.118 0.601 89 I 0.028 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.161 0.041 0.125 0.618 90 I 0.029 0.019 0.006 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.155 0.051 0.124 0.600 91 S 0.085 0.141 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.063 0.104 0.494 92 W 0.155 0.227 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.060 0.080 0.445 93 S 0.046 0.180 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.150 0.105 0.433 94 E 0.052 0.451 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.075 0.066 0.291 95 Y 0.178 0.517 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.049 0.049 0.162 96 K 0.089 0.361 0.012 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.116 0.057 0.275 97 N 0.135 0.200 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.128 0.062 0.363 98 I 0.081 0.091 0.038 0.001 0.005 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.219 0.081 0.383 99 Y 0.169 0.055 0.012 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.097 0.092 0.465 100 E 0.077 0.072 0.010 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.061 0.069 0.643 101 Q 0.070 0.038 0.007 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.038 0.085 0.685 102 S 0.174 0.043 0.006 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.088 0.071 0.537 103 I 0.127 0.027 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.065 0.079 0.634 104 L 0.073 0.032 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 0.044 0.084 0.694 105 K 0.092 0.066 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.046 0.066 0.081 0.621