# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.033 0.025 0.003 0.016 0.009 0.014 0.116 0.004 0.001 0.038 0.740 2 S 0.253 0.060 0.006 0.028 0.013 0.021 0.086 0.013 0.002 0.050 0.469 3 M 0.184 0.029 0.008 0.023 0.007 0.012 0.099 0.019 0.005 0.053 0.562 4 L 0.207 0.016 0.002 0.017 0.010 0.014 0.101 0.003 0.001 0.045 0.586 5 H 0.024 0.021 0.001 0.034 0.009 0.019 0.113 0.001 0.001 0.041 0.735 6 W 0.007 0.052 0.001 0.019 0.005 0.008 0.134 0.001 0.001 0.047 0.727 7 G 0.072 0.556 0.002 0.011 0.012 0.013 0.053 0.006 0.001 0.072 0.202 8 P 0.032 0.723 0.001 0.003 0.003 0.005 0.028 0.003 0.001 0.085 0.117 9 K 0.009 0.558 0.001 0.007 0.004 0.011 0.019 0.002 0.001 0.327 0.062 10 Y 0.004 0.828 0.001 0.005 0.003 0.007 0.008 0.001 0.001 0.116 0.026 11 W 0.006 0.894 0.001 0.004 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.069 0.014 12 R 0.005 0.901 0.002 0.002 0.003 0.006 0.004 0.002 0.001 0.062 0.014 13 S 0.004 0.890 0.002 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.068 0.021 14 L 0.008 0.932 0.006 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.027 0.012 15 H 0.034 0.841 0.008 0.002 0.004 0.008 0.009 0.005 0.002 0.063 0.024 16 L 0.099 0.650 0.026 0.006 0.006 0.015 0.021 0.015 0.011 0.061 0.091 17 Y 0.186 0.325 0.021 0.018 0.023 0.059 0.050 0.027 0.009 0.064 0.218 18 A 0.164 0.045 0.012 0.029 0.037 0.068 0.080 0.008 0.007 0.140 0.412 19 I 0.014 0.018 0.008 0.076 0.099 0.089 0.111 0.001 0.002 0.082 0.499 20 F 0.036 0.021 0.007 0.052 0.067 0.073 0.091 0.006 0.002 0.064 0.582 21 F 0.273 0.009 0.003 0.033 0.047 0.031 0.124 0.010 0.002 0.081 0.387 22 S 0.016 0.005 0.001 0.018 0.014 0.014 0.129 0.001 0.001 0.053 0.749 23 D 0.018 0.011 0.001 0.015 0.006 0.010 0.099 0.002 0.001 0.025 0.814 24 A 0.069 0.043 0.002 0.013 0.007 0.007 0.130 0.006 0.001 0.061 0.662 25 P 0.022 0.133 0.002 0.009 0.004 0.004 0.105 0.010 0.001 0.058 0.651 26 S 0.075 0.656 0.002 0.003 0.002 0.003 0.019 0.009 0.001 0.034 0.197 27 W 0.041 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.001 0.016 0.080 28 K 0.024 0.843 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.001 0.037 0.074 29 E 0.015 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.023 0.025 30 K 0.007 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 0.014 31 Y 0.014 0.874 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.079 0.020 32 E 0.006 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.053 0.014 33 A 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 34 I 0.003 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.006 35 Q 0.006 0.721 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.236 0.020 36 W 0.020 0.817 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.110 0.025 37 I 0.030 0.862 0.012 0.001 0.002 0.002 0.006 0.007 0.001 0.047 0.030 38 L 0.048 0.491 0.015 0.003 0.002 0.005 0.033 0.004 0.004 0.197 0.199 39 N 0.083 0.231 0.055 0.010 0.003 0.008 0.073 0.012 0.015 0.180 0.329 40 F 0.251 0.114 0.034 0.027 0.008 0.012 0.091 0.035 0.020 0.137 0.271 41 I 0.284 0.023 0.006 0.013 0.004 0.005 0.081 0.008 0.004 0.047 0.526 42 E 0.009 0.012 0.001 0.018 0.007 0.017 0.131 0.001 0.001 0.025 0.779 43 S 0.008 0.010 0.001 0.041 0.003 0.005 0.117 0.001 0.001 0.088 0.725 44 L 0.017 0.054 0.003 0.124 0.036 0.025 0.221 0.004 0.001 0.094 0.421 45 P 0.043 0.394 0.001 0.019 0.003 0.004 0.066 0.012 0.001 0.062 0.396 46 C 0.195 0.518 0.002 0.012 0.003 0.004 0.029 0.022 0.002 0.069 0.144 47 T 0.051 0.666 0.002 0.008 0.001 0.004 0.033 0.005 0.001 0.070 0.159 48 R 0.022 0.530 0.007 0.020 0.002 0.007 0.040 0.011 0.003 0.148 0.211 49 C 0.042 0.790 0.004 0.002 0.001 0.002 0.016 0.008 0.001 0.070 0.064 50 Q 0.035 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.021 0.030 51 H 0.018 0.439 0.003 0.001 0.001 0.002 0.022 0.004 0.001 0.416 0.094 52 H 0.009 0.745 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.002 0.158 0.057 53 A 0.020 0.897 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.036 0.023 54 F 0.034 0.210 0.018 0.001 0.002 0.002 0.012 0.005 0.002 0.670 0.045 55 S 0.042 0.446 0.020 0.002 0.001 0.003 0.050 0.005 0.010 0.197 0.224 56 Y 0.137 0.215 0.040 0.005 0.002 0.003 0.065 0.048 0.018 0.227 0.239 57 L 0.334 0.030 0.047 0.008 0.003 0.004 0.092 0.033 0.033 0.117 0.299 58 T 0.032 0.008 0.003 0.003 0.003 0.004 0.093 0.001 0.001 0.024 0.828 59 K 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.068 0.001 0.001 0.011 0.904 60 N 0.103 0.022 0.002 0.024 0.012 0.014 0.241 0.004 0.001 0.062 0.515 61 P 0.028 0.006 0.001 0.004 0.002 0.004 0.116 0.001 0.001 0.019 0.818 62 L 0.013 0.004 0.001 0.045 0.021 0.039 0.136 0.001 0.001 0.032 0.708 63 T 0.071 0.011 0.001 0.064 0.007 0.026 0.093 0.003 0.001 0.066 0.657 64 L 0.014 0.003 0.001 0.050 0.020 0.023 0.192 0.001 0.001 0.038 0.660 65 N 0.013 0.040 0.001 0.072 0.013 0.022 0.076 0.001 0.001 0.036 0.726 66 N 0.124 0.417 0.001 0.009 0.005 0.006 0.043 0.007 0.001 0.029 0.358 67 S 0.093 0.666 0.001 0.003 0.004 0.004 0.027 0.005 0.001 0.070 0.126 68 E 0.012 0.828 0.001 0.002 0.003 0.005 0.015 0.002 0.001 0.043 0.088 69 D 0.029 0.722 0.002 0.005 0.004 0.017 0.019 0.005 0.001 0.131 0.065 70 F 0.019 0.250 0.007 0.006 0.009 0.018 0.023 0.005 0.002 0.596 0.066 71 Q 0.019 0.704 0.008 0.007 0.025 0.036 0.017 0.004 0.001 0.108 0.073 72 Y 0.021 0.555 0.004 0.008 0.018 0.030 0.021 0.005 0.001 0.229 0.108 73 W 0.027 0.548 0.012 0.027 0.021 0.030 0.040 0.008 0.002 0.158 0.127 74 T 0.028 0.474 0.009 0.019 0.030 0.056 0.036 0.007 0.002 0.215 0.124 75 F 0.044 0.333 0.013 0.068 0.024 0.022 0.056 0.008 0.002 0.220 0.211 76 A 0.040 0.330 0.007 0.033 0.026 0.036 0.078 0.005 0.002 0.247 0.196 77 F 0.036 0.476 0.004 0.027 0.008 0.017 0.067 0.012 0.001 0.092 0.260 78 H 0.037 0.528 0.011 0.018 0.008 0.014 0.045 0.017 0.004 0.182 0.136 79 N 0.039 0.669 0.005 0.014 0.008 0.012 0.034 0.008 0.002 0.082 0.128 80 N 0.044 0.764 0.003 0.003 0.004 0.010 0.016 0.009 0.001 0.030 0.116 81 V 0.064 0.347 0.021 0.015 0.012 0.020 0.071 0.021 0.006 0.224 0.198 82 N 0.081 0.076 0.108 0.010 0.014 0.027 0.055 0.016 0.035 0.373 0.204 83 N 0.455 0.102 0.010 0.022 0.014 0.012 0.058 0.017 0.004 0.053 0.252 84 R 0.145 0.036 0.017 0.005 0.009 0.012 0.084 0.016 0.009 0.054 0.614 85 L 0.033 0.012 0.005 0.010 0.022 0.051 0.144 0.002 0.001 0.031 0.688 86 N 0.022 0.021 0.002 0.017 0.013 0.025 0.070 0.002 0.001 0.016 0.814 87 K 0.038 0.004 0.001 0.012 0.042 0.030 0.148 0.002 0.001 0.043 0.679 88 K 0.032 0.014 0.001 0.083 0.076 0.107 0.134 0.002 0.001 0.040 0.510 89 I 0.020 0.005 0.001 0.034 0.013 0.029 0.105 0.001 0.001 0.044 0.749 90 I 0.002 0.002 0.001 0.112 0.055 0.081 0.194 0.001 0.001 0.024 0.529 91 S 0.102 0.142 0.001 0.080 0.014 0.028 0.061 0.007 0.001 0.035 0.530 92 W 0.267 0.171 0.002 0.020 0.013 0.012 0.071 0.017 0.001 0.049 0.377 93 S 0.037 0.153 0.005 0.031 0.017 0.033 0.120 0.004 0.001 0.150 0.448 94 E 0.038 0.444 0.004 0.043 0.015 0.041 0.050 0.006 0.001 0.041 0.318 95 Y 0.089 0.541 0.003 0.016 0.014 0.023 0.048 0.014 0.001 0.051 0.199 96 K 0.110 0.433 0.008 0.009 0.019 0.039 0.046 0.016 0.004 0.069 0.248 97 N 0.101 0.347 0.009 0.019 0.024 0.064 0.054 0.009 0.002 0.079 0.292 98 I 0.075 0.085 0.022 0.027 0.033 0.064 0.086 0.016 0.007 0.183 0.402 99 Y 0.267 0.083 0.012 0.043 0.065 0.061 0.091 0.013 0.004 0.089 0.271 100 E 0.086 0.071 0.005 0.018 0.028 0.042 0.076 0.007 0.002 0.047 0.618 101 Q 0.059 0.034 0.006 0.027 0.024 0.037 0.110 0.008 0.002 0.051 0.642 102 S 0.124 0.030 0.010 0.034 0.049 0.066 0.118 0.007 0.004 0.071 0.488 103 I 0.055 0.011 0.003 0.019 0.032 0.036 0.112 0.003 0.001 0.033 0.696 104 L 0.109 0.015 0.003 0.020 0.029 0.037 0.117 0.004 0.001 0.039 0.626 105 K 0.088 0.016 0.002 0.014 0.012 0.021 0.117 0.004 0.001 0.029 0.696