# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.006 0.008 0.015 0.014 0.022 0.139 0.013 0.784 2 S 0.417 0.143 0.011 0.010 0.009 0.049 0.186 0.176 3 M 0.287 0.072 0.025 0.007 0.013 0.093 0.084 0.420 4 L 0.131 0.024 0.024 0.012 0.016 0.106 0.042 0.644 5 H 0.039 0.039 0.028 0.014 0.032 0.175 0.064 0.608 6 W 0.013 0.124 0.020 0.008 0.010 0.161 0.045 0.619 7 G 0.071 0.689 0.004 0.007 0.007 0.032 0.087 0.102 8 P 0.046 0.725 0.003 0.002 0.004 0.024 0.129 0.068 9 K 0.009 0.584 0.007 0.003 0.006 0.016 0.331 0.042 10 Y 0.004 0.924 0.003 0.002 0.005 0.004 0.043 0.016 11 W 0.005 0.892 0.010 0.004 0.006 0.004 0.059 0.019 12 R 0.004 0.926 0.007 0.007 0.009 0.003 0.025 0.019 13 S 0.004 0.933 0.007 0.006 0.012 0.003 0.015 0.020 14 L 0.007 0.877 0.016 0.009 0.013 0.007 0.045 0.025 15 H 0.020 0.772 0.020 0.016 0.024 0.015 0.075 0.057 16 L 0.054 0.544 0.065 0.028 0.035 0.029 0.124 0.121 17 Y 0.146 0.311 0.080 0.054 0.072 0.047 0.117 0.173 18 A 0.155 0.103 0.044 0.033 0.054 0.072 0.126 0.412 19 I 0.045 0.023 0.056 0.042 0.075 0.146 0.050 0.563 20 F 0.054 0.013 0.026 0.025 0.040 0.098 0.030 0.713 21 F 0.357 0.016 0.010 0.015 0.017 0.074 0.074 0.436 22 S 0.021 0.005 0.006 0.004 0.008 0.121 0.017 0.817 23 D 0.057 0.022 0.006 0.005 0.007 0.089 0.033 0.781 24 A 0.115 0.111 0.009 0.007 0.009 0.115 0.080 0.553 25 P 0.018 0.164 0.007 0.006 0.007 0.101 0.036 0.660 26 S 0.049 0.795 0.002 0.002 0.003 0.017 0.051 0.081 27 W 0.032 0.874 0.002 0.001 0.001 0.010 0.036 0.044 28 K 0.009 0.908 0.002 0.001 0.002 0.007 0.034 0.037 29 E 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.010 30 K 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 31 Y 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 32 E 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.008 33 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 35 Q 0.003 0.691 0.005 0.001 0.001 0.003 0.285 0.012 36 W 0.004 0.939 0.004 0.001 0.001 0.002 0.039 0.011 37 I 0.005 0.963 0.006 0.001 0.001 0.002 0.012 0.012 38 L 0.028 0.746 0.017 0.004 0.005 0.014 0.095 0.091 39 N 0.036 0.120 0.056 0.005 0.005 0.027 0.651 0.100 40 F 0.121 0.153 0.082 0.011 0.015 0.078 0.335 0.205 41 I 0.143 0.066 0.061 0.011 0.013 0.113 0.122 0.471 42 E 0.033 0.033 0.051 0.012 0.022 0.107 0.038 0.704 43 S 0.038 0.021 0.040 0.011 0.018 0.135 0.052 0.685 44 L 0.042 0.053 0.053 0.025 0.025 0.193 0.068 0.541 45 P 0.082 0.282 0.013 0.004 0.007 0.081 0.095 0.435 46 C 0.115 0.467 0.009 0.003 0.005 0.047 0.100 0.254 47 T 0.051 0.572 0.014 0.004 0.006 0.051 0.092 0.210 48 R 0.024 0.699 0.010 0.003 0.004 0.031 0.100 0.129 49 C 0.006 0.942 0.002 0.001 0.001 0.004 0.016 0.028 50 Q 0.011 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.018 51 H 0.020 0.381 0.005 0.001 0.002 0.010 0.546 0.036 52 H 0.009 0.751 0.006 0.002 0.002 0.009 0.192 0.029 53 A 0.022 0.862 0.008 0.001 0.002 0.006 0.076 0.023 54 F 0.034 0.161 0.022 0.002 0.002 0.010 0.739 0.032 55 S 0.070 0.245 0.030 0.006 0.008 0.066 0.387 0.188 56 Y 0.107 0.081 0.143 0.012 0.013 0.071 0.333 0.239 57 L 0.290 0.030 0.076 0.015 0.014 0.103 0.122 0.349 58 T 0.094 0.006 0.007 0.006 0.012 0.089 0.018 0.768 59 K 0.007 0.001 0.004 0.002 0.003 0.084 0.008 0.891 60 N 0.037 0.010 0.028 0.024 0.025 0.166 0.056 0.654 61 P 0.056 0.005 0.012 0.008 0.015 0.112 0.031 0.762 62 L 0.022 0.003 0.033 0.041 0.041 0.100 0.024 0.736 63 T 0.071 0.004 0.079 0.017 0.043 0.095 0.081 0.610 64 L 0.028 0.003 0.048 0.018 0.018 0.171 0.025 0.689 65 N 0.008 0.007 0.079 0.016 0.034 0.125 0.021 0.710 66 N 0.171 0.336 0.007 0.004 0.004 0.054 0.117 0.306 67 S 0.181 0.447 0.008 0.004 0.005 0.058 0.074 0.224 68 E 0.044 0.528 0.007 0.016 0.015 0.053 0.076 0.261 69 D 0.051 0.625 0.006 0.009 0.024 0.041 0.131 0.113 70 F 0.024 0.278 0.017 0.019 0.025 0.035 0.512 0.090 71 Q 0.027 0.536 0.019 0.037 0.069 0.036 0.161 0.115 72 Y 0.028 0.579 0.029 0.028 0.051 0.027 0.082 0.176 73 W 0.014 0.673 0.048 0.045 0.062 0.020 0.040 0.098 74 T 0.018 0.616 0.045 0.028 0.053 0.028 0.082 0.130 75 F 0.049 0.333 0.098 0.028 0.034 0.044 0.216 0.198 76 A 0.046 0.413 0.076 0.028 0.029 0.052 0.175 0.182 77 F 0.019 0.546 0.048 0.011 0.017 0.040 0.131 0.187 78 H 0.020 0.731 0.023 0.006 0.009 0.023 0.069 0.120 79 N 0.041 0.648 0.031 0.009 0.012 0.034 0.121 0.104 80 N 0.018 0.829 0.016 0.005 0.007 0.017 0.057 0.052 81 V 0.025 0.798 0.016 0.006 0.010 0.018 0.040 0.086 82 N 0.126 0.214 0.163 0.010 0.012 0.033 0.340 0.102 83 N 0.499 0.099 0.026 0.013 0.016 0.051 0.062 0.235 84 R 0.112 0.017 0.007 0.004 0.008 0.060 0.022 0.771 85 L 0.015 0.011 0.016 0.006 0.007 0.157 0.020 0.768 86 N 0.045 0.026 0.009 0.005 0.013 0.115 0.040 0.748 87 K 0.079 0.015 0.013 0.015 0.017 0.102 0.048 0.712 88 K 0.047 0.014 0.062 0.043 0.054 0.115 0.056 0.610 89 I 0.028 0.009 0.058 0.020 0.042 0.133 0.055 0.655 90 I 0.009 0.010 0.120 0.023 0.032 0.125 0.034 0.646 91 S 0.216 0.246 0.024 0.008 0.011 0.054 0.140 0.300 92 W 0.206 0.205 0.019 0.006 0.008 0.070 0.100 0.387 93 S 0.033 0.146 0.037 0.021 0.022 0.095 0.137 0.509 94 E 0.055 0.436 0.017 0.009 0.019 0.064 0.077 0.323 95 Y 0.128 0.421 0.022 0.017 0.019 0.055 0.100 0.238 96 K 0.072 0.426 0.019 0.024 0.033 0.051 0.073 0.302 97 N 0.084 0.310 0.029 0.025 0.048 0.063 0.078 0.364 98 I 0.106 0.101 0.097 0.035 0.041 0.086 0.217 0.317 99 Y 0.205 0.093 0.044 0.037 0.045 0.101 0.075 0.399 100 E 0.102 0.059 0.015 0.013 0.025 0.069 0.048 0.668 101 Q 0.032 0.024 0.026 0.016 0.024 0.140 0.032 0.708 102 S 0.070 0.021 0.039 0.035 0.048 0.120 0.057 0.611 103 I 0.170 0.010 0.020 0.017 0.024 0.102 0.073 0.585 104 L 0.090 0.006 0.019 0.010 0.014 0.128 0.047 0.686 105 K 0.044 0.009 0.019 0.007 0.017 0.127 0.050 0.728