# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.527 0.120 0.032 0.074 0.056 0.042 0.053 0.037 0.027 0.020 0.012 2 S 0.150 0.122 0.037 0.123 0.098 0.098 0.120 0.085 0.080 0.058 0.031 3 M 0.088 0.121 0.038 0.131 0.121 0.119 0.130 0.097 0.077 0.051 0.027 4 L 0.134 0.085 0.049 0.140 0.130 0.118 0.130 0.095 0.062 0.036 0.022 5 H 0.122 0.112 0.075 0.174 0.124 0.106 0.117 0.073 0.047 0.033 0.017 6 W 0.012 0.015 0.010 0.034 0.046 0.087 0.131 0.126 0.210 0.189 0.142 7 G 0.087 0.079 0.036 0.090 0.092 0.078 0.124 0.106 0.126 0.107 0.076 8 P 0.045 0.050 0.060 0.148 0.144 0.139 0.147 0.097 0.083 0.055 0.032 9 K 0.119 0.113 0.084 0.167 0.129 0.111 0.123 0.068 0.045 0.026 0.015 10 Y 0.013 0.020 0.020 0.063 0.080 0.091 0.165 0.161 0.163 0.123 0.101 11 W 0.003 0.005 0.009 0.020 0.031 0.059 0.114 0.132 0.212 0.211 0.202 12 R 0.012 0.027 0.071 0.123 0.148 0.136 0.200 0.108 0.092 0.053 0.030 13 S 0.003 0.006 0.027 0.033 0.048 0.063 0.154 0.150 0.201 0.182 0.134 14 L 0.001 0.001 0.005 0.007 0.011 0.021 0.057 0.087 0.228 0.304 0.278 15 H 0.001 0.003 0.006 0.013 0.026 0.043 0.099 0.133 0.235 0.244 0.197 16 L 0.002 0.003 0.013 0.019 0.042 0.043 0.100 0.202 0.200 0.207 0.169 17 Y 0.001 0.003 0.013 0.020 0.040 0.048 0.129 0.200 0.216 0.214 0.115 18 A 0.001 0.002 0.006 0.010 0.017 0.022 0.059 0.111 0.219 0.271 0.281 19 I 0.006 0.007 0.018 0.034 0.061 0.098 0.173 0.158 0.190 0.159 0.097 20 F 0.014 0.029 0.061 0.100 0.119 0.150 0.218 0.118 0.098 0.063 0.029 21 F 0.008 0.013 0.020 0.030 0.045 0.074 0.166 0.155 0.186 0.163 0.139 22 S 0.181 0.216 0.086 0.157 0.102 0.071 0.086 0.040 0.031 0.019 0.011 23 D 0.384 0.206 0.064 0.124 0.073 0.049 0.052 0.022 0.013 0.007 0.005 24 A 0.450 0.226 0.052 0.104 0.061 0.038 0.034 0.017 0.009 0.006 0.004 25 P 0.321 0.168 0.038 0.100 0.082 0.081 0.092 0.053 0.034 0.020 0.012 26 S 0.231 0.373 0.070 0.117 0.070 0.050 0.043 0.023 0.013 0.007 0.004 27 W 0.158 0.110 0.070 0.149 0.138 0.121 0.132 0.063 0.035 0.017 0.008 28 K 0.624 0.119 0.088 0.094 0.038 0.015 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 29 E 0.028 0.082 0.115 0.188 0.149 0.159 0.148 0.072 0.035 0.019 0.006 30 K 0.015 0.041 0.079 0.119 0.137 0.146 0.190 0.141 0.071 0.047 0.014 31 Y 0.055 0.049 0.236 0.171 0.121 0.136 0.132 0.061 0.024 0.013 0.003 32 E 0.026 0.099 0.477 0.250 0.092 0.030 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 33 A 0.004 0.004 0.018 0.017 0.034 0.047 0.140 0.185 0.204 0.204 0.143 34 I 0.008 0.012 0.046 0.068 0.119 0.186 0.255 0.135 0.091 0.058 0.022 35 Q 0.015 0.049 0.539 0.190 0.090 0.047 0.038 0.017 0.008 0.005 0.002 36 W 0.002 0.003 0.021 0.021 0.042 0.117 0.239 0.155 0.178 0.146 0.078 37 I 0.001 0.002 0.004 0.005 0.009 0.022 0.070 0.095 0.250 0.289 0.253 38 L 0.008 0.016 0.084 0.115 0.150 0.160 0.185 0.114 0.084 0.054 0.029 39 N 0.007 0.010 0.061 0.052 0.086 0.126 0.220 0.158 0.121 0.096 0.063 40 F 0.002 0.003 0.009 0.014 0.021 0.036 0.092 0.125 0.236 0.251 0.211 41 I 0.008 0.012 0.016 0.036 0.054 0.090 0.189 0.163 0.196 0.147 0.088 42 E 0.045 0.084 0.124 0.213 0.168 0.108 0.110 0.064 0.044 0.023 0.016 43 S 0.024 0.021 0.033 0.045 0.061 0.084 0.160 0.151 0.146 0.153 0.123 44 L 0.022 0.021 0.015 0.045 0.070 0.125 0.180 0.161 0.161 0.124 0.076 45 P 0.053 0.125 0.052 0.090 0.083 0.076 0.136 0.117 0.118 0.092 0.057 46 C 0.019 0.023 0.026 0.070 0.109 0.134 0.209 0.140 0.130 0.081 0.060 47 T 0.693 0.107 0.070 0.065 0.027 0.014 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 48 R 0.098 0.095 0.069 0.234 0.188 0.108 0.118 0.053 0.021 0.010 0.005 49 C 0.005 0.018 0.012 0.018 0.028 0.045 0.106 0.137 0.217 0.253 0.161 50 Q 0.021 0.035 0.060 0.144 0.188 0.210 0.215 0.072 0.035 0.016 0.005 51 H 0.105 0.072 0.658 0.126 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 52 H 0.007 0.015 0.035 0.077 0.111 0.257 0.297 0.106 0.056 0.030 0.009 53 A 0.002 0.003 0.006 0.008 0.012 0.018 0.066 0.118 0.262 0.299 0.205 54 F 0.008 0.012 0.108 0.109 0.161 0.230 0.228 0.081 0.037 0.021 0.005 55 S 0.005 0.028 0.783 0.124 0.039 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.005 0.006 0.020 0.030 0.058 0.140 0.302 0.201 0.119 0.082 0.037 57 L 0.005 0.004 0.006 0.009 0.014 0.036 0.105 0.126 0.238 0.284 0.173 58 T 0.039 0.093 0.318 0.243 0.150 0.066 0.051 0.022 0.010 0.005 0.002 59 K 0.065 0.116 0.280 0.203 0.138 0.081 0.061 0.030 0.013 0.009 0.004 60 N 0.081 0.067 0.033 0.054 0.065 0.111 0.218 0.146 0.111 0.074 0.040 61 P 0.404 0.217 0.053 0.141 0.075 0.039 0.033 0.020 0.009 0.005 0.003 62 L 0.083 0.031 0.033 0.050 0.060 0.107 0.155 0.130 0.148 0.122 0.080 63 T 0.155 0.303 0.081 0.219 0.122 0.050 0.040 0.017 0.008 0.003 0.002 64 L 0.019 0.011 0.010 0.018 0.031 0.043 0.112 0.134 0.202 0.192 0.228 65 N 0.247 0.258 0.101 0.204 0.115 0.035 0.020 0.011 0.005 0.003 0.002 66 N 0.114 0.255 0.066 0.160 0.101 0.087 0.091 0.055 0.036 0.025 0.011 67 S 0.218 0.137 0.034 0.140 0.136 0.105 0.097 0.062 0.035 0.022 0.013 68 E 0.656 0.128 0.047 0.083 0.033 0.019 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 69 D 0.046 0.085 0.079 0.235 0.162 0.159 0.130 0.052 0.029 0.015 0.006 70 F 0.001 0.003 0.004 0.008 0.014 0.031 0.070 0.096 0.228 0.254 0.292 71 Q 0.011 0.026 0.053 0.122 0.174 0.164 0.188 0.121 0.075 0.045 0.020 72 Y 0.010 0.022 0.148 0.142 0.122 0.157 0.169 0.093 0.068 0.047 0.021 73 W 0.002 0.003 0.008 0.017 0.030 0.072 0.150 0.152 0.211 0.199 0.156 74 T 0.002 0.004 0.007 0.015 0.024 0.030 0.075 0.119 0.232 0.259 0.234 75 F 0.003 0.004 0.012 0.022 0.046 0.083 0.163 0.160 0.202 0.178 0.128 76 A 0.026 0.042 0.119 0.174 0.166 0.127 0.142 0.084 0.060 0.037 0.023 77 F 0.006 0.011 0.019 0.033 0.057 0.092 0.195 0.197 0.173 0.129 0.089 78 H 0.011 0.016 0.019 0.042 0.056 0.072 0.138 0.147 0.189 0.168 0.141 79 N 0.056 0.037 0.056 0.093 0.102 0.127 0.187 0.117 0.108 0.070 0.048 80 N 0.132 0.144 0.137 0.210 0.161 0.082 0.069 0.033 0.017 0.009 0.007 81 V 0.019 0.025 0.023 0.039 0.054 0.051 0.126 0.151 0.184 0.176 0.152 82 N 0.027 0.028 0.023 0.082 0.116 0.132 0.190 0.141 0.115 0.093 0.053 83 N 0.162 0.174 0.271 0.206 0.087 0.043 0.031 0.014 0.008 0.004 0.002 84 R 0.066 0.113 0.102 0.214 0.174 0.127 0.116 0.049 0.021 0.011 0.007 85 L 0.016 0.011 0.010 0.015 0.023 0.034 0.086 0.113 0.212 0.231 0.249 86 N 0.252 0.299 0.116 0.198 0.079 0.023 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 87 K 0.038 0.036 0.069 0.095 0.111 0.137 0.160 0.113 0.107 0.086 0.048 88 K 0.247 0.304 0.128 0.180 0.076 0.031 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 89 I 0.048 0.053 0.041 0.115 0.116 0.156 0.205 0.133 0.071 0.044 0.017 90 I 0.070 0.035 0.035 0.058 0.079 0.129 0.174 0.150 0.121 0.094 0.054 91 S 0.089 0.395 0.141 0.207 0.083 0.034 0.028 0.012 0.006 0.003 0.001 92 W 0.017 0.013 0.018 0.040 0.075 0.138 0.233 0.156 0.142 0.103 0.064 93 S 0.734 0.123 0.058 0.052 0.017 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 94 E 0.089 0.143 0.104 0.307 0.164 0.088 0.063 0.026 0.010 0.004 0.002 95 Y 0.005 0.007 0.007 0.009 0.017 0.025 0.061 0.102 0.190 0.250 0.329 96 K 0.053 0.067 0.088 0.215 0.238 0.139 0.116 0.052 0.020 0.009 0.003 97 N 0.054 0.092 0.517 0.212 0.069 0.029 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 98 I 0.011 0.016 0.028 0.062 0.081 0.168 0.232 0.142 0.124 0.091 0.045 99 Y 0.015 0.015 0.013 0.028 0.038 0.073 0.184 0.180 0.208 0.158 0.088 100 E 0.071 0.146 0.292 0.244 0.126 0.053 0.034 0.018 0.008 0.004 0.002 101 Q 0.087 0.049 0.102 0.105 0.117 0.132 0.173 0.103 0.066 0.042 0.025 102 S 0.351 0.178 0.057 0.122 0.080 0.051 0.069 0.044 0.026 0.014 0.008 103 I 0.064 0.046 0.028 0.062 0.074 0.094 0.176 0.149 0.139 0.099 0.069 104 L 0.168 0.196 0.131 0.188 0.127 0.067 0.057 0.032 0.017 0.010 0.005 105 K 0.272 0.212 0.108 0.161 0.094 0.055 0.050 0.026 0.013 0.006 0.003