# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 S 0.008 0.001 0.001 0.012 0.024 0.046 0.075 0.001 0.001 0.003 0.830 3 M 0.041 0.004 0.003 0.013 0.004 0.012 0.022 0.001 0.001 0.002 0.898 4 L 0.030 0.014 0.001 0.014 0.015 0.021 0.479 0.001 0.001 0.003 0.423 5 H 0.409 0.020 0.002 0.013 0.005 0.009 0.243 0.001 0.001 0.015 0.284 6 W 0.369 0.250 0.006 0.026 0.013 0.018 0.070 0.003 0.001 0.005 0.241 7 G 0.083 0.181 0.018 0.023 0.016 0.032 0.161 0.004 0.001 0.004 0.477 8 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 9 K 0.010 0.101 0.001 0.004 0.003 0.008 0.174 0.001 0.001 0.002 0.695 10 Y 0.086 0.437 0.002 0.004 0.003 0.005 0.131 0.002 0.001 0.003 0.328 11 W 0.029 0.856 0.001 0.003 0.003 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.089 12 R 0.004 0.956 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.026 13 S 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 14 L 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 H 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 16 L 0.010 0.961 0.006 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 17 Y 0.019 0.940 0.006 0.002 0.010 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 18 A 0.039 0.863 0.014 0.004 0.010 0.010 0.004 0.021 0.001 0.001 0.035 19 I 0.087 0.723 0.017 0.014 0.024 0.029 0.006 0.011 0.001 0.001 0.089 20 F 0.156 0.429 0.016 0.027 0.028 0.047 0.027 0.079 0.001 0.003 0.188 21 F 0.266 0.272 0.037 0.030 0.038 0.048 0.030 0.050 0.001 0.004 0.226 22 S 0.030 0.051 0.014 0.020 0.011 0.025 0.030 0.010 0.001 0.002 0.808 23 D 0.025 0.009 0.009 0.013 0.007 0.014 0.066 0.007 0.001 0.005 0.844 24 A 0.264 0.022 0.016 0.019 0.010 0.018 0.139 0.003 0.001 0.010 0.500 25 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.994 26 S 0.024 0.009 0.002 0.010 0.013 0.030 0.323 0.001 0.001 0.007 0.581 27 W 0.064 0.024 0.003 0.008 0.003 0.005 0.043 0.001 0.001 0.002 0.848 28 K 0.016 0.056 0.001 0.003 0.003 0.004 0.443 0.001 0.001 0.001 0.472 29 E 0.186 0.114 0.002 0.004 0.002 0.004 0.430 0.002 0.001 0.006 0.249 30 K 0.057 0.858 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.064 31 Y 0.032 0.823 0.003 0.001 0.003 0.003 0.018 0.002 0.001 0.001 0.114 32 E 0.019 0.845 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.001 0.001 0.103 33 A 0.016 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.039 34 I 0.012 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.030 35 Q 0.011 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.035 36 W 0.015 0.967 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 37 I 0.011 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 38 L 0.005 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 39 N 0.013 0.942 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.030 40 F 0.079 0.869 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 0.021 41 I 0.034 0.878 0.005 0.001 0.001 0.002 0.008 0.015 0.001 0.001 0.054 42 E 0.086 0.697 0.032 0.007 0.004 0.006 0.038 0.026 0.001 0.001 0.102 43 S 0.260 0.526 0.012 0.006 0.002 0.004 0.011 0.077 0.001 0.004 0.098 44 L 0.270 0.463 0.057 0.020 0.006 0.006 0.023 0.029 0.001 0.002 0.123 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 46 C 0.026 0.038 0.048 0.063 0.038 0.151 0.095 0.001 0.001 0.007 0.533 47 T 0.031 0.076 0.002 0.017 0.009 0.007 0.135 0.001 0.001 0.003 0.720 48 R 0.070 0.068 0.002 0.010 0.004 0.006 0.252 0.001 0.001 0.002 0.586 49 C 0.164 0.464 0.002 0.015 0.004 0.007 0.115 0.001 0.001 0.003 0.225 50 Q 0.087 0.668 0.001 0.006 0.003 0.006 0.065 0.003 0.001 0.001 0.159 51 H 0.050 0.703 0.003 0.004 0.002 0.003 0.043 0.004 0.001 0.001 0.189 52 H 0.046 0.799 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.001 0.001 0.122 53 A 0.022 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.051 54 F 0.018 0.888 0.005 0.001 0.001 0.003 0.015 0.005 0.001 0.001 0.065 55 S 0.023 0.892 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 0.001 0.001 0.054 56 Y 0.043 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.031 57 L 0.045 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.024 58 T 0.138 0.710 0.011 0.002 0.002 0.003 0.015 0.051 0.001 0.001 0.067 59 K 0.250 0.462 0.038 0.005 0.003 0.006 0.010 0.098 0.001 0.004 0.124 60 N 0.390 0.182 0.041 0.009 0.007 0.007 0.030 0.127 0.001 0.003 0.204 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 62 L 0.007 0.007 0.011 0.033 0.020 0.032 0.135 0.001 0.001 0.002 0.752 63 T 0.135 0.007 0.001 0.043 0.019 0.028 0.107 0.002 0.001 0.006 0.651 64 L 0.148 0.039 0.004 0.068 0.023 0.043 0.048 0.001 0.001 0.002 0.624 65 N 0.036 0.026 0.004 0.061 0.036 0.039 0.375 0.001 0.001 0.006 0.416 66 N 0.106 0.012 0.004 0.016 0.011 0.014 0.275 0.001 0.001 0.019 0.542 67 S 0.040 0.016 0.004 0.011 0.003 0.005 0.095 0.001 0.001 0.005 0.820 68 E 0.009 0.010 0.001 0.003 0.003 0.004 0.538 0.001 0.001 0.005 0.428 69 D 0.051 0.022 0.001 0.005 0.002 0.005 0.588 0.001 0.001 0.010 0.316 70 F 0.106 0.497 0.003 0.006 0.016 0.025 0.139 0.002 0.001 0.005 0.200 71 Q 0.056 0.704 0.004 0.007 0.020 0.027 0.054 0.002 0.001 0.002 0.122 72 Y 0.023 0.812 0.005 0.005 0.011 0.013 0.019 0.002 0.001 0.001 0.111 73 W 0.039 0.845 0.002 0.005 0.013 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.069 74 T 0.024 0.903 0.003 0.003 0.006 0.008 0.006 0.005 0.001 0.001 0.041 75 F 0.020 0.870 0.007 0.006 0.014 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.052 76 A 0.029 0.790 0.009 0.011 0.014 0.022 0.018 0.006 0.001 0.001 0.099 77 F 0.031 0.818 0.010 0.007 0.011 0.013 0.019 0.005 0.001 0.001 0.085 78 H 0.074 0.704 0.008 0.011 0.010 0.030 0.031 0.010 0.001 0.002 0.119 79 N 0.025 0.801 0.008 0.009 0.014 0.016 0.013 0.004 0.001 0.002 0.109 80 N 0.049 0.637 0.008 0.009 0.008 0.012 0.033 0.008 0.001 0.002 0.234 81 V 0.088 0.665 0.024 0.012 0.011 0.015 0.052 0.005 0.001 0.002 0.127 82 N 0.014 0.812 0.006 0.006 0.023 0.021 0.016 0.003 0.001 0.002 0.098 83 N 0.050 0.587 0.013 0.012 0.028 0.035 0.023 0.004 0.001 0.002 0.246 84 R 0.049 0.734 0.005 0.008 0.013 0.015 0.057 0.005 0.001 0.002 0.112 85 L 0.049 0.833 0.003 0.004 0.013 0.013 0.012 0.005 0.001 0.002 0.065 86 N 0.114 0.605 0.009 0.009 0.013 0.021 0.026 0.039 0.001 0.004 0.159 87 K 0.325 0.257 0.161 0.013 0.010 0.013 0.027 0.008 0.001 0.006 0.178 88 K 0.033 0.090 0.006 0.014 0.006 0.008 0.038 0.010 0.001 0.002 0.793 89 I 0.194 0.078 0.018 0.031 0.029 0.076 0.062 0.017 0.001 0.010 0.485 90 I 0.131 0.190 0.067 0.083 0.059 0.069 0.065 0.006 0.001 0.006 0.325 91 S 0.058 0.072 0.010 0.030 0.051 0.081 0.126 0.007 0.001 0.005 0.560 92 W 0.057 0.088 0.026 0.050 0.024 0.072 0.058 0.002 0.001 0.005 0.617 93 S 0.012 0.055 0.001 0.012 0.020 0.019 0.404 0.001 0.001 0.003 0.473 94 E 0.104 0.037 0.004 0.010 0.003 0.006 0.430 0.002 0.001 0.013 0.392 95 Y 0.165 0.482 0.002 0.022 0.011 0.019 0.058 0.002 0.001 0.002 0.236 96 K 0.027 0.646 0.004 0.014 0.023 0.024 0.063 0.003 0.001 0.003 0.192 97 N 0.052 0.663 0.005 0.011 0.010 0.011 0.044 0.003 0.001 0.002 0.200 98 I 0.052 0.846 0.003 0.004 0.016 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.053 99 Y 0.044 0.834 0.004 0.005 0.015 0.015 0.007 0.008 0.001 0.002 0.065 100 E 0.072 0.653 0.028 0.009 0.018 0.029 0.025 0.014 0.001 0.002 0.152 101 Q 0.111 0.475 0.043 0.019 0.020 0.027 0.038 0.019 0.001 0.005 0.243 102 S 0.241 0.178 0.016 0.015 0.017 0.022 0.075 0.034 0.001 0.009 0.393 103 I 0.126 0.152 0.097 0.022 0.016 0.024 0.065 0.008 0.001 0.006 0.484 104 L 0.050 0.134 0.014 0.032 0.029 0.052 0.147 0.007 0.001 0.005 0.530 105 K 0.129 0.094 0.007 0.023 0.023 0.041 0.126 0.009 0.001 0.013 0.536