# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.009 0.002 0.006 0.004 0.004 0.016 0.002 0.958 2 S 0.035 0.007 0.018 0.025 0.035 0.259 0.007 0.613 3 M 0.070 0.017 0.025 0.009 0.026 0.036 0.006 0.812 4 L 0.023 0.023 0.018 0.012 0.015 0.556 0.006 0.345 5 H 0.430 0.017 0.023 0.008 0.010 0.225 0.048 0.239 6 W 0.297 0.276 0.040 0.009 0.017 0.081 0.016 0.262 7 G 0.122 0.106 0.056 0.022 0.034 0.148 0.009 0.503 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 9 K 0.019 0.037 0.016 0.008 0.025 0.239 0.005 0.650 10 Y 0.144 0.292 0.017 0.007 0.014 0.128 0.007 0.391 11 W 0.030 0.722 0.024 0.005 0.010 0.076 0.002 0.131 12 R 0.017 0.867 0.010 0.004 0.009 0.026 0.002 0.065 13 S 0.008 0.960 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.021 14 L 0.006 0.976 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 15 H 0.007 0.958 0.007 0.004 0.005 0.002 0.004 0.013 16 L 0.009 0.936 0.013 0.006 0.008 0.004 0.006 0.017 17 Y 0.011 0.934 0.009 0.007 0.010 0.003 0.005 0.021 18 A 0.023 0.895 0.014 0.013 0.015 0.005 0.007 0.028 19 I 0.065 0.682 0.068 0.048 0.042 0.009 0.017 0.070 20 F 0.107 0.429 0.072 0.075 0.114 0.015 0.037 0.152 21 F 0.153 0.297 0.044 0.093 0.126 0.033 0.034 0.218 22 S 0.041 0.067 0.023 0.035 0.037 0.041 0.016 0.740 23 D 0.044 0.022 0.028 0.014 0.020 0.101 0.018 0.753 24 A 0.314 0.034 0.025 0.024 0.040 0.148 0.017 0.398 25 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 26 S 0.008 0.008 0.004 0.006 0.013 0.543 0.003 0.415 27 W 0.150 0.037 0.013 0.003 0.013 0.059 0.008 0.718 28 K 0.019 0.076 0.004 0.003 0.005 0.389 0.004 0.500 29 E 0.064 0.058 0.004 0.002 0.003 0.701 0.010 0.158 30 K 0.026 0.887 0.002 0.001 0.002 0.013 0.001 0.069 31 Y 0.005 0.955 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.031 32 E 0.010 0.895 0.002 0.001 0.001 0.026 0.004 0.061 33 A 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 34 I 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 35 Q 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 36 W 0.006 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 37 I 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 38 L 0.007 0.972 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 39 N 0.013 0.950 0.005 0.001 0.001 0.002 0.007 0.022 40 F 0.068 0.867 0.012 0.002 0.004 0.005 0.014 0.029 41 I 0.037 0.810 0.039 0.008 0.004 0.018 0.016 0.069 42 E 0.133 0.517 0.085 0.018 0.015 0.027 0.048 0.158 43 S 0.258 0.399 0.062 0.012 0.019 0.016 0.050 0.183 44 L 0.152 0.226 0.174 0.041 0.030 0.047 0.017 0.312 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 46 C 0.028 0.016 0.072 0.016 0.069 0.084 0.006 0.710 47 T 0.067 0.036 0.018 0.005 0.009 0.071 0.005 0.789 48 R 0.077 0.052 0.012 0.003 0.006 0.162 0.006 0.682 49 C 0.154 0.313 0.022 0.004 0.012 0.100 0.006 0.389 50 Q 0.061 0.584 0.012 0.004 0.011 0.084 0.003 0.242 51 H 0.032 0.655 0.005 0.002 0.006 0.048 0.005 0.247 52 H 0.038 0.813 0.003 0.001 0.002 0.015 0.005 0.124 53 A 0.018 0.930 0.002 0.001 0.002 0.009 0.003 0.036 54 F 0.008 0.928 0.004 0.001 0.001 0.010 0.003 0.046 55 S 0.018 0.904 0.002 0.001 0.001 0.018 0.006 0.051 56 Y 0.043 0.913 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.028 57 L 0.035 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 58 T 0.068 0.841 0.015 0.004 0.004 0.004 0.022 0.043 59 K 0.193 0.471 0.029 0.008 0.008 0.014 0.161 0.116 60 N 0.418 0.211 0.055 0.021 0.015 0.024 0.071 0.185 61 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 62 L 0.018 0.006 0.186 0.044 0.036 0.157 0.005 0.548 63 T 0.131 0.008 0.109 0.055 0.065 0.084 0.011 0.536 64 L 0.057 0.017 0.108 0.083 0.137 0.043 0.006 0.550 65 N 0.013 0.010 0.105 0.034 0.050 0.463 0.005 0.320 66 N 0.073 0.006 0.028 0.016 0.021 0.349 0.025 0.482 67 S 0.067 0.018 0.033 0.010 0.025 0.195 0.016 0.636 68 E 0.006 0.003 0.003 0.003 0.002 0.650 0.004 0.328 69 D 0.088 0.031 0.007 0.006 0.009 0.563 0.012 0.284 70 F 0.070 0.642 0.006 0.007 0.021 0.049 0.003 0.203 71 Q 0.022 0.709 0.008 0.013 0.037 0.102 0.002 0.105 72 Y 0.019 0.817 0.007 0.007 0.018 0.039 0.005 0.088 73 W 0.025 0.925 0.003 0.003 0.008 0.004 0.003 0.030 74 T 0.014 0.947 0.004 0.003 0.006 0.004 0.002 0.019 75 F 0.006 0.955 0.008 0.002 0.003 0.003 0.002 0.020 76 A 0.011 0.942 0.005 0.002 0.004 0.003 0.002 0.031 77 F 0.031 0.912 0.006 0.002 0.004 0.007 0.004 0.033 78 H 0.026 0.892 0.013 0.002 0.004 0.017 0.006 0.040 79 N 0.027 0.817 0.009 0.002 0.004 0.012 0.007 0.121 80 N 0.035 0.773 0.008 0.001 0.003 0.020 0.007 0.152 81 V 0.031 0.829 0.014 0.002 0.003 0.046 0.005 0.070 82 N 0.009 0.936 0.009 0.002 0.003 0.010 0.001 0.030 83 N 0.010 0.942 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.036 84 R 0.046 0.827 0.010 0.003 0.004 0.022 0.021 0.067 85 L 0.183 0.587 0.029 0.008 0.007 0.026 0.077 0.083 86 N 0.158 0.478 0.046 0.011 0.011 0.050 0.066 0.179 87 K 0.164 0.172 0.102 0.024 0.021 0.059 0.046 0.413 88 K 0.065 0.049 0.098 0.024 0.019 0.082 0.018 0.645 89 I 0.059 0.031 0.067 0.056 0.088 0.048 0.012 0.640 90 I 0.074 0.035 0.188 0.124 0.120 0.132 0.008 0.319 91 S 0.018 0.028 0.022 0.027 0.032 0.307 0.006 0.559 92 W 0.036 0.050 0.074 0.018 0.113 0.049 0.005 0.655 93 S 0.003 0.014 0.003 0.002 0.003 0.560 0.003 0.412 94 E 0.157 0.013 0.004 0.002 0.003 0.588 0.045 0.188 95 Y 0.109 0.711 0.006 0.003 0.007 0.051 0.004 0.108 96 K 0.018 0.769 0.004 0.006 0.012 0.075 0.002 0.114 97 N 0.030 0.733 0.004 0.005 0.011 0.044 0.009 0.164 98 I 0.069 0.831 0.006 0.006 0.013 0.011 0.011 0.054 99 Y 0.058 0.797 0.014 0.016 0.019 0.020 0.011 0.065 100 E 0.035 0.644 0.090 0.014 0.022 0.039 0.019 0.137 101 Q 0.077 0.523 0.054 0.012 0.019 0.027 0.030 0.258 102 S 0.136 0.299 0.050 0.017 0.021 0.089 0.042 0.346 103 I 0.108 0.195 0.115 0.021 0.024 0.117 0.022 0.398 104 L 0.073 0.207 0.073 0.027 0.037 0.159 0.014 0.410 105 K 0.122 0.161 0.028 0.019 0.035 0.116 0.024 0.496