# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.130 0.045 0.120 0.111 0.078 0.032 0.130 0.194 0.012 0.148 0.001 2 S 0.163 0.106 0.348 0.127 0.071 0.069 0.041 0.007 0.047 0.020 0.001 3 M 0.769 0.028 0.128 0.044 0.006 0.010 0.003 0.001 0.005 0.002 0.004 4 L 0.837 0.023 0.044 0.071 0.007 0.008 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 5 H 0.746 0.046 0.050 0.088 0.032 0.011 0.009 0.002 0.014 0.002 0.001 6 W 0.470 0.065 0.152 0.256 0.016 0.012 0.015 0.002 0.010 0.002 0.001 7 G 0.331 0.021 0.161 0.009 0.077 0.017 0.038 0.060 0.032 0.254 0.001 8 P 0.974 0.001 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.980 0.001 0.003 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Y 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 H 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.991 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.964 0.006 0.003 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 I 0.856 0.024 0.013 0.087 0.006 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 20 F 0.545 0.063 0.079 0.257 0.013 0.022 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 21 F 0.119 0.182 0.294 0.088 0.038 0.051 0.049 0.002 0.169 0.007 0.001 22 S 0.754 0.003 0.164 0.042 0.002 0.012 0.007 0.001 0.002 0.001 0.012 23 D 0.290 0.012 0.041 0.579 0.007 0.025 0.032 0.008 0.004 0.001 0.001 24 A 0.066 0.141 0.424 0.028 0.031 0.021 0.034 0.003 0.247 0.005 0.001 25 P 0.190 0.005 0.695 0.027 0.002 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.047 26 S 0.115 0.149 0.468 0.062 0.032 0.094 0.012 0.004 0.059 0.005 0.001 27 W 0.883 0.003 0.084 0.014 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 28 K 0.918 0.004 0.016 0.048 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.870 0.013 0.024 0.072 0.004 0.011 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 30 K 0.978 0.005 0.006 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 F 0.977 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 I 0.955 0.004 0.005 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.902 0.007 0.009 0.058 0.008 0.004 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 43 S 0.665 0.042 0.040 0.227 0.005 0.011 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 44 L 0.116 0.185 0.204 0.015 0.043 0.009 0.007 0.001 0.416 0.003 0.001 45 P 0.210 0.002 0.678 0.024 0.001 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 46 C 0.380 0.103 0.209 0.113 0.053 0.050 0.024 0.034 0.026 0.008 0.001 47 T 0.819 0.017 0.109 0.031 0.007 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 48 R 0.705 0.020 0.044 0.167 0.021 0.018 0.016 0.002 0.005 0.002 0.001 49 C 0.657 0.068 0.071 0.117 0.022 0.034 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 50 Q 0.947 0.007 0.024 0.013 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 H 0.970 0.002 0.003 0.019 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 H 0.935 0.004 0.004 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.971 0.006 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 F 0.992 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.918 0.006 0.005 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 57 L 0.914 0.015 0.018 0.043 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 58 T 0.765 0.035 0.033 0.128 0.007 0.009 0.015 0.001 0.006 0.001 0.001 59 K 0.331 0.061 0.100 0.431 0.011 0.021 0.034 0.002 0.008 0.001 0.001 60 N 0.023 0.213 0.337 0.017 0.030 0.018 0.023 0.001 0.336 0.003 0.001 61 P 0.196 0.004 0.699 0.014 0.002 0.026 0.002 0.001 0.004 0.001 0.051 62 L 0.262 0.193 0.271 0.160 0.036 0.047 0.007 0.004 0.016 0.001 0.002 63 T 0.123 0.354 0.296 0.083 0.044 0.063 0.006 0.002 0.026 0.001 0.001 64 L 0.129 0.372 0.261 0.107 0.036 0.053 0.009 0.001 0.028 0.001 0.002 65 N 0.104 0.187 0.240 0.168 0.097 0.104 0.041 0.011 0.027 0.018 0.002 66 N 0.031 0.127 0.357 0.057 0.095 0.118 0.036 0.003 0.141 0.034 0.001 67 S 0.888 0.003 0.071 0.018 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 68 E 0.958 0.001 0.010 0.023 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.842 0.009 0.013 0.120 0.002 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 70 F 0.956 0.013 0.013 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.980 0.010 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.977 0.006 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 W 0.963 0.015 0.004 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 74 T 0.962 0.021 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 F 0.955 0.019 0.005 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 76 A 0.947 0.012 0.009 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 77 F 0.918 0.023 0.010 0.038 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 78 H 0.897 0.014 0.017 0.049 0.008 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 79 N 0.864 0.007 0.011 0.080 0.009 0.006 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 80 N 0.922 0.007 0.009 0.040 0.006 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.919 0.023 0.009 0.042 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 82 N 0.923 0.013 0.015 0.032 0.005 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 83 N 0.951 0.003 0.007 0.030 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.929 0.006 0.005 0.046 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 85 L 0.464 0.006 0.020 0.490 0.001 0.002 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 86 N 0.112 0.007 0.027 0.197 0.005 0.008 0.560 0.073 0.004 0.007 0.001 87 K 0.048 0.201 0.554 0.010 0.024 0.011 0.049 0.001 0.097 0.004 0.001 88 K 0.226 0.010 0.685 0.019 0.003 0.033 0.002 0.001 0.003 0.001 0.019 89 I 0.197 0.255 0.280 0.159 0.037 0.042 0.005 0.002 0.020 0.001 0.001 90 I 0.161 0.521 0.170 0.044 0.056 0.015 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 91 S 0.104 0.223 0.337 0.075 0.084 0.123 0.020 0.001 0.030 0.002 0.001 92 W 0.337 0.272 0.154 0.105 0.060 0.029 0.007 0.002 0.029 0.002 0.001 93 S 0.565 0.104 0.144 0.078 0.050 0.023 0.012 0.003 0.015 0.005 0.001 94 E 0.596 0.087 0.103 0.118 0.034 0.025 0.019 0.003 0.012 0.002 0.001 95 Y 0.595 0.092 0.113 0.128 0.019 0.020 0.013 0.002 0.015 0.001 0.001 96 K 0.650 0.088 0.118 0.089 0.018 0.011 0.014 0.001 0.010 0.001 0.001 97 N 0.558 0.081 0.115 0.108 0.044 0.030 0.040 0.005 0.016 0.004 0.001 98 I 0.531 0.166 0.113 0.130 0.020 0.015 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 99 Y 0.393 0.225 0.172 0.105 0.038 0.023 0.012 0.002 0.027 0.002 0.001 100 E 0.390 0.152 0.197 0.120 0.034 0.046 0.025 0.002 0.031 0.002 0.002 101 Q 0.267 0.098 0.178 0.330 0.034 0.017 0.047 0.006 0.016 0.005 0.001 102 S 0.115 0.046 0.129 0.081 0.103 0.030 0.141 0.207 0.018 0.129 0.001 103 I 0.285 0.167 0.350 0.112 0.027 0.027 0.008 0.002 0.017 0.002 0.002 104 L 0.345 0.168 0.276 0.113 0.020 0.036 0.014 0.002 0.020 0.004 0.002 105 K 0.223 0.111 0.273 0.163 0.058 0.064 0.060 0.006 0.031 0.008 0.002