# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.032 0.066 0.071 0.130 0.047 0.075 0.054 0.134 0.093 0.247 0.052 2 S 0.088 0.289 0.192 0.014 0.240 0.007 0.010 0.057 0.036 0.047 0.021 3 M 0.037 0.036 0.015 0.005 0.048 0.009 0.024 0.338 0.419 0.045 0.025 4 L 0.024 0.064 0.029 0.015 0.045 0.030 0.116 0.385 0.207 0.068 0.018 5 H 0.053 0.070 0.043 0.017 0.066 0.018 0.064 0.281 0.105 0.228 0.054 6 W 0.061 0.133 0.069 0.024 0.093 0.021 0.036 0.212 0.065 0.232 0.055 7 G 0.033 0.160 0.158 0.093 0.064 0.032 0.021 0.258 0.083 0.072 0.027 8 P 0.012 0.024 0.017 0.008 0.019 0.005 0.013 0.719 0.154 0.022 0.008 9 K 0.009 0.009 0.003 0.001 0.010 0.002 0.010 0.752 0.177 0.022 0.004 10 Y 0.005 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.908 0.037 0.024 0.003 11 W 0.009 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.930 0.039 0.004 0.002 12 R 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.948 0.035 0.003 0.001 13 S 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.967 0.014 0.008 0.001 14 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.944 0.030 0.005 0.002 15 H 0.006 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.929 0.036 0.006 0.002 16 L 0.015 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.006 0.884 0.046 0.014 0.004 17 Y 0.021 0.020 0.003 0.001 0.026 0.003 0.026 0.782 0.092 0.018 0.007 18 A 0.032 0.023 0.004 0.002 0.040 0.006 0.033 0.685 0.126 0.035 0.012 19 I 0.046 0.057 0.013 0.004 0.082 0.009 0.072 0.518 0.128 0.051 0.020 20 F 0.090 0.083 0.049 0.019 0.124 0.021 0.100 0.207 0.081 0.172 0.054 21 F 0.074 0.303 0.155 0.025 0.185 0.019 0.022 0.072 0.044 0.068 0.033 22 S 0.052 0.150 0.073 0.027 0.105 0.022 0.070 0.219 0.183 0.070 0.030 23 D 0.030 0.053 0.045 0.040 0.043 0.048 0.093 0.116 0.157 0.337 0.039 24 A 0.046 0.351 0.278 0.013 0.187 0.005 0.010 0.033 0.022 0.039 0.017 25 P 0.054 0.192 0.078 0.016 0.095 0.022 0.043 0.187 0.145 0.127 0.041 26 S 0.008 0.524 0.338 0.008 0.046 0.002 0.004 0.035 0.021 0.009 0.005 27 W 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.641 0.329 0.009 0.003 28 K 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.007 0.872 0.085 0.018 0.001 29 E 0.008 0.018 0.002 0.001 0.013 0.001 0.003 0.867 0.056 0.028 0.003 30 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.954 0.029 0.009 0.001 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.047 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.014 0.003 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.016 0.002 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.002 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.033 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.939 0.035 0.014 0.001 40 F 0.011 0.017 0.002 0.001 0.009 0.001 0.009 0.773 0.141 0.031 0.007 41 I 0.005 0.006 0.002 0.002 0.007 0.009 0.049 0.724 0.178 0.013 0.004 42 E 0.014 0.014 0.004 0.001 0.020 0.003 0.043 0.690 0.166 0.040 0.005 43 S 0.047 0.050 0.020 0.003 0.070 0.007 0.118 0.344 0.136 0.175 0.030 44 L 0.042 0.295 0.190 0.026 0.124 0.021 0.037 0.162 0.045 0.038 0.021 45 P 0.069 0.100 0.039 0.016 0.094 0.017 0.054 0.323 0.121 0.124 0.042 46 C 0.057 0.159 0.089 0.012 0.126 0.009 0.021 0.276 0.147 0.080 0.024 47 T 0.009 0.030 0.012 0.007 0.018 0.013 0.040 0.600 0.226 0.035 0.010 48 R 0.030 0.052 0.021 0.005 0.045 0.006 0.022 0.600 0.090 0.114 0.016 49 C 0.025 0.060 0.013 0.002 0.045 0.003 0.010 0.647 0.130 0.053 0.012 50 Q 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.002 0.006 0.841 0.108 0.020 0.004 51 H 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.908 0.060 0.008 0.001 52 H 0.004 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.007 0.864 0.066 0.039 0.004 53 A 0.004 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.900 0.063 0.019 0.003 54 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.897 0.084 0.004 0.001 55 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.885 0.090 0.008 0.001 56 Y 0.003 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.820 0.111 0.034 0.001 57 L 0.015 0.011 0.003 0.001 0.017 0.002 0.034 0.628 0.242 0.041 0.006 58 T 0.023 0.021 0.008 0.002 0.030 0.006 0.114 0.499 0.229 0.057 0.010 59 K 0.050 0.081 0.044 0.014 0.080 0.020 0.168 0.223 0.093 0.200 0.027 60 N 0.104 0.249 0.158 0.014 0.258 0.012 0.016 0.042 0.025 0.086 0.036 61 P 0.180 0.134 0.057 0.009 0.268 0.011 0.021 0.083 0.093 0.078 0.066 62 L 0.090 0.267 0.063 0.009 0.274 0.011 0.037 0.108 0.074 0.041 0.027 63 T 0.190 0.117 0.029 0.008 0.304 0.012 0.029 0.060 0.049 0.114 0.090 64 L 0.110 0.202 0.106 0.025 0.206 0.020 0.023 0.097 0.054 0.087 0.070 65 N 0.047 0.105 0.076 0.117 0.084 0.099 0.131 0.135 0.054 0.117 0.035 66 N 0.080 0.295 0.248 0.018 0.214 0.005 0.006 0.037 0.020 0.060 0.017 67 S 0.019 0.033 0.012 0.004 0.036 0.005 0.012 0.441 0.403 0.024 0.012 68 E 0.006 0.013 0.006 0.004 0.010 0.011 0.041 0.663 0.216 0.026 0.005 69 D 0.027 0.027 0.008 0.002 0.028 0.004 0.017 0.638 0.105 0.124 0.020 70 F 0.035 0.041 0.005 0.001 0.048 0.002 0.009 0.711 0.098 0.036 0.013 71 Q 0.024 0.017 0.003 0.002 0.034 0.005 0.011 0.816 0.066 0.014 0.009 72 Y 0.025 0.015 0.002 0.001 0.025 0.002 0.007 0.853 0.054 0.010 0.006 73 W 0.027 0.029 0.002 0.001 0.038 0.002 0.008 0.842 0.032 0.015 0.005 74 T 0.028 0.019 0.001 0.001 0.027 0.002 0.006 0.839 0.034 0.036 0.008 75 F 0.011 0.017 0.003 0.002 0.017 0.004 0.011 0.835 0.083 0.011 0.006 76 A 0.007 0.005 0.002 0.001 0.008 0.003 0.019 0.843 0.096 0.012 0.003 77 F 0.006 0.012 0.002 0.001 0.007 0.001 0.013 0.830 0.077 0.048 0.003 78 H 0.009 0.017 0.004 0.003 0.013 0.004 0.020 0.769 0.108 0.048 0.007 79 N 0.005 0.008 0.004 0.002 0.009 0.002 0.007 0.830 0.118 0.012 0.004 80 N 0.006 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.838 0.109 0.018 0.002 81 V 0.010 0.058 0.004 0.001 0.018 0.002 0.012 0.795 0.048 0.050 0.004 82 N 0.026 0.017 0.005 0.003 0.032 0.005 0.017 0.703 0.138 0.045 0.009 83 N 0.003 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.009 0.691 0.274 0.009 0.002 84 R 0.008 0.006 0.006 0.002 0.008 0.005 0.208 0.585 0.121 0.046 0.004 85 L 0.014 0.571 0.128 0.009 0.048 0.013 0.052 0.088 0.027 0.041 0.009 86 N 0.036 0.026 0.021 0.050 0.025 0.025 0.014 0.035 0.033 0.472 0.262 87 K 0.081 0.390 0.163 0.016 0.231 0.008 0.008 0.037 0.021 0.030 0.016 88 K 0.081 0.233 0.065 0.015 0.213 0.015 0.047 0.154 0.113 0.037 0.029 89 I 0.185 0.075 0.021 0.005 0.227 0.011 0.044 0.146 0.108 0.107 0.072 90 I 0.108 0.275 0.064 0.014 0.301 0.027 0.028 0.077 0.023 0.047 0.036 91 S 0.141 0.247 0.109 0.018 0.271 0.012 0.018 0.061 0.024 0.049 0.050 92 W 0.112 0.095 0.037 0.013 0.150 0.013 0.023 0.247 0.171 0.085 0.053 93 S 0.022 0.107 0.053 0.027 0.058 0.036 0.068 0.401 0.167 0.046 0.015 94 E 0.062 0.073 0.025 0.006 0.084 0.007 0.044 0.363 0.127 0.171 0.038 95 Y 0.083 0.078 0.016 0.004 0.110 0.007 0.025 0.375 0.182 0.082 0.038 96 K 0.034 0.060 0.026 0.022 0.065 0.042 0.060 0.486 0.138 0.048 0.020 97 N 0.094 0.074 0.022 0.005 0.127 0.007 0.030 0.409 0.110 0.099 0.024 98 I 0.091 0.091 0.019 0.003 0.162 0.006 0.033 0.365 0.107 0.098 0.025 99 Y 0.096 0.121 0.052 0.014 0.166 0.019 0.043 0.290 0.102 0.054 0.044 100 E 0.100 0.060 0.032 0.017 0.102 0.023 0.071 0.319 0.107 0.118 0.051 101 Q 0.043 0.216 0.105 0.054 0.093 0.043 0.075 0.163 0.068 0.111 0.031 102 S 0.073 0.147 0.118 0.052 0.123 0.022 0.025 0.101 0.069 0.189 0.081 103 I 0.120 0.121 0.042 0.008 0.193 0.009 0.025 0.209 0.143 0.088 0.042 104 L 0.077 0.110 0.045 0.024 0.133 0.034 0.089 0.232 0.126 0.092 0.037 105 K 0.103 0.173 0.105 0.034 0.184 0.028 0.043 0.133 0.067 0.091 0.040