# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.649 0.215 0.078 0.038 0.016 0.003 0.001 2 S 0.665 0.232 0.064 0.029 0.009 0.002 0.001 3 M 0.441 0.257 0.174 0.096 0.025 0.007 0.001 4 L 0.412 0.279 0.170 0.099 0.031 0.009 0.001 5 H 0.355 0.324 0.166 0.099 0.042 0.013 0.001 6 W 0.080 0.085 0.142 0.230 0.262 0.170 0.031 7 G 0.074 0.110 0.125 0.177 0.228 0.227 0.058 8 P 0.098 0.189 0.262 0.230 0.136 0.070 0.015 9 K 0.075 0.168 0.229 0.243 0.164 0.092 0.028 10 Y 0.022 0.054 0.098 0.189 0.256 0.264 0.118 11 W 0.008 0.014 0.023 0.065 0.202 0.428 0.259 12 R 0.015 0.058 0.124 0.211 0.234 0.245 0.112 13 S 0.009 0.012 0.020 0.053 0.127 0.366 0.413 14 L 0.003 0.004 0.008 0.024 0.055 0.257 0.647 15 H 0.003 0.005 0.009 0.025 0.071 0.241 0.647 16 L 0.006 0.011 0.019 0.044 0.100 0.246 0.575 17 Y 0.006 0.010 0.015 0.035 0.096 0.313 0.525 18 A 0.009 0.016 0.024 0.061 0.122 0.330 0.438 19 I 0.014 0.028 0.045 0.101 0.202 0.371 0.239 20 F 0.028 0.074 0.130 0.224 0.255 0.223 0.067 21 F 0.043 0.076 0.122 0.208 0.291 0.229 0.032 22 S 0.238 0.271 0.212 0.165 0.085 0.028 0.002 23 D 0.439 0.298 0.142 0.082 0.030 0.008 0.001 24 A 0.470 0.265 0.149 0.080 0.028 0.006 0.001 25 P 0.512 0.258 0.126 0.073 0.026 0.005 0.001 26 S 0.609 0.274 0.076 0.030 0.010 0.002 0.001 27 W 0.329 0.244 0.238 0.141 0.041 0.006 0.001 28 K 0.577 0.289 0.092 0.031 0.009 0.001 0.001 29 E 0.460 0.328 0.125 0.061 0.022 0.004 0.001 30 K 0.207 0.262 0.252 0.190 0.070 0.018 0.001 31 Y 0.259 0.279 0.256 0.150 0.047 0.009 0.001 32 E 0.171 0.368 0.291 0.126 0.037 0.007 0.001 33 A 0.019 0.038 0.068 0.191 0.379 0.271 0.035 34 I 0.012 0.071 0.178 0.368 0.248 0.118 0.005 35 Q 0.043 0.161 0.245 0.264 0.175 0.099 0.012 36 W 0.009 0.018 0.050 0.148 0.238 0.370 0.167 37 I 0.005 0.010 0.019 0.056 0.175 0.432 0.303 38 L 0.015 0.057 0.163 0.235 0.212 0.211 0.106 39 N 0.022 0.060 0.115 0.198 0.254 0.220 0.131 40 F 0.010 0.013 0.020 0.064 0.130 0.418 0.345 41 I 0.024 0.048 0.084 0.155 0.259 0.295 0.135 42 E 0.059 0.150 0.198 0.229 0.165 0.141 0.058 43 S 0.042 0.053 0.084 0.166 0.236 0.314 0.106 44 L 0.035 0.060 0.094 0.168 0.246 0.292 0.104 45 P 0.061 0.105 0.141 0.214 0.248 0.184 0.046 46 C 0.052 0.110 0.184 0.247 0.263 0.131 0.014 47 T 0.306 0.397 0.171 0.084 0.033 0.008 0.001 48 R 0.205 0.329 0.228 0.153 0.069 0.016 0.001 49 C 0.053 0.077 0.144 0.263 0.314 0.138 0.011 50 Q 0.138 0.269 0.286 0.202 0.081 0.024 0.001 51 H 0.333 0.391 0.189 0.073 0.012 0.003 0.001 52 H 0.063 0.156 0.288 0.301 0.158 0.032 0.002 53 A 0.027 0.037 0.048 0.123 0.365 0.363 0.036 54 F 0.028 0.138 0.301 0.352 0.144 0.037 0.001 55 S 0.188 0.457 0.225 0.098 0.026 0.006 0.001 56 Y 0.022 0.066 0.195 0.367 0.265 0.081 0.003 57 L 0.044 0.063 0.130 0.251 0.350 0.155 0.007 58 T 0.320 0.400 0.187 0.067 0.022 0.004 0.001 59 K 0.504 0.342 0.102 0.041 0.009 0.002 0.001 60 N 0.317 0.261 0.175 0.149 0.081 0.016 0.001 61 P 0.423 0.342 0.144 0.062 0.023 0.005 0.001 62 L 0.252 0.220 0.235 0.191 0.084 0.018 0.001 63 T 0.255 0.327 0.251 0.114 0.043 0.010 0.001 64 L 0.113 0.119 0.229 0.293 0.191 0.052 0.002 65 N 0.459 0.369 0.108 0.041 0.019 0.003 0.001 66 N 0.343 0.306 0.167 0.121 0.048 0.014 0.001 67 S 0.246 0.241 0.246 0.180 0.068 0.018 0.001 68 E 0.468 0.332 0.128 0.054 0.014 0.003 0.001 69 D 0.158 0.277 0.276 0.188 0.079 0.020 0.002 70 F 0.036 0.055 0.086 0.195 0.343 0.250 0.035 71 Q 0.026 0.094 0.164 0.280 0.243 0.175 0.017 72 Y 0.057 0.147 0.250 0.271 0.160 0.097 0.018 73 W 0.013 0.026 0.061 0.123 0.263 0.358 0.155 74 T 0.011 0.019 0.028 0.065 0.156 0.385 0.335 75 F 0.013 0.034 0.070 0.143 0.233 0.329 0.176 76 A 0.065 0.176 0.234 0.237 0.149 0.107 0.033 77 F 0.026 0.046 0.090 0.180 0.306 0.276 0.077 78 H 0.030 0.053 0.058 0.101 0.220 0.398 0.140 79 N 0.065 0.115 0.207 0.245 0.232 0.117 0.019 80 N 0.242 0.353 0.229 0.120 0.037 0.016 0.002 81 V 0.082 0.094 0.129 0.203 0.275 0.193 0.023 82 N 0.134 0.123 0.178 0.245 0.206 0.101 0.012 83 N 0.430 0.325 0.128 0.068 0.036 0.012 0.001 84 R 0.445 0.317 0.153 0.061 0.018 0.005 0.001 85 L 0.201 0.165 0.169 0.241 0.168 0.053 0.004 86 N 0.334 0.347 0.166 0.083 0.053 0.016 0.001 87 K 0.210 0.169 0.241 0.246 0.105 0.028 0.002 88 K 0.598 0.317 0.056 0.018 0.009 0.002 0.001 89 I 0.264 0.265 0.249 0.164 0.047 0.011 0.001 90 I 0.249 0.199 0.224 0.199 0.107 0.020 0.001 91 S 0.418 0.396 0.120 0.044 0.018 0.004 0.001 92 W 0.096 0.115 0.215 0.337 0.193 0.043 0.002 93 S 0.585 0.342 0.054 0.013 0.006 0.001 0.001 94 E 0.264 0.346 0.236 0.127 0.022 0.005 0.001 95 Y 0.090 0.097 0.210 0.275 0.256 0.068 0.004 96 K 0.208 0.326 0.277 0.151 0.032 0.006 0.001 97 N 0.293 0.356 0.203 0.106 0.034 0.008 0.001 98 I 0.066 0.124 0.181 0.297 0.234 0.093 0.004 99 Y 0.113 0.117 0.169 0.270 0.232 0.093 0.006 100 E 0.334 0.340 0.203 0.088 0.026 0.008 0.001 101 Q 0.334 0.247 0.192 0.142 0.065 0.019 0.001 102 S 0.398 0.273 0.133 0.106 0.062 0.025 0.002 103 I 0.272 0.195 0.213 0.180 0.097 0.038 0.004 104 L 0.583 0.225 0.110 0.055 0.020 0.007 0.001 105 K 0.733 0.190 0.050 0.018 0.006 0.002 0.001