# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.5454 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.433 0.145 0.122 0.098 0.078 0.052 0.037 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 S 0.445 0.186 0.117 0.100 0.067 0.036 0.025 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 3 M 0.224 0.098 0.116 0.141 0.149 0.112 0.066 0.044 0.028 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 4 L 0.251 0.120 0.121 0.136 0.124 0.099 0.066 0.037 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 5 H 0.293 0.153 0.126 0.116 0.095 0.075 0.052 0.037 0.027 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 6 W 0.093 0.058 0.077 0.103 0.148 0.151 0.119 0.097 0.065 0.042 0.025 0.015 0.006 0.002 7 G 0.114 0.094 0.109 0.138 0.147 0.132 0.099 0.070 0.040 0.029 0.016 0.007 0.003 0.002 8 P 0.177 0.113 0.109 0.120 0.131 0.109 0.082 0.065 0.041 0.026 0.015 0.008 0.004 0.002 9 K 0.155 0.138 0.131 0.143 0.133 0.107 0.077 0.054 0.032 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 10 Y 0.054 0.034 0.049 0.079 0.121 0.161 0.161 0.144 0.091 0.055 0.030 0.014 0.006 0.002 11 W 0.044 0.048 0.066 0.115 0.154 0.165 0.147 0.117 0.069 0.042 0.020 0.007 0.003 0.002 12 R 0.078 0.092 0.125 0.154 0.149 0.130 0.100 0.075 0.046 0.028 0.013 0.006 0.003 0.002 13 S 0.038 0.032 0.048 0.072 0.107 0.156 0.162 0.149 0.104 0.062 0.037 0.020 0.009 0.004 14 L 0.013 0.012 0.018 0.034 0.059 0.118 0.186 0.199 0.158 0.098 0.058 0.028 0.012 0.006 15 H 0.024 0.022 0.032 0.056 0.086 0.118 0.153 0.161 0.140 0.094 0.056 0.032 0.014 0.012 16 L 0.029 0.027 0.034 0.037 0.057 0.080 0.113 0.115 0.129 0.132 0.099 0.078 0.042 0.028 17 Y 0.017 0.017 0.027 0.041 0.064 0.100 0.148 0.152 0.137 0.115 0.079 0.058 0.031 0.015 18 A 0.020 0.017 0.025 0.039 0.062 0.095 0.136 0.167 0.158 0.124 0.076 0.045 0.021 0.014 19 I 0.031 0.036 0.049 0.064 0.102 0.118 0.143 0.149 0.109 0.087 0.055 0.032 0.015 0.010 20 F 0.042 0.052 0.087 0.134 0.155 0.158 0.117 0.106 0.066 0.043 0.022 0.011 0.005 0.003 21 F 0.031 0.041 0.078 0.123 0.167 0.176 0.151 0.112 0.059 0.036 0.015 0.006 0.003 0.001 22 S 0.139 0.142 0.172 0.163 0.132 0.107 0.069 0.036 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 23 D 0.353 0.206 0.152 0.109 0.081 0.047 0.028 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 24 A 0.465 0.218 0.118 0.087 0.053 0.029 0.018 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 P 0.475 0.178 0.133 0.095 0.062 0.031 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 S 0.626 0.181 0.080 0.054 0.033 0.014 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 W 0.381 0.158 0.155 0.145 0.087 0.041 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.677 0.150 0.076 0.052 0.024 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.529 0.196 0.123 0.075 0.038 0.020 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 K 0.161 0.171 0.213 0.163 0.144 0.080 0.045 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.374 0.194 0.146 0.122 0.085 0.048 0.015 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.370 0.304 0.158 0.080 0.044 0.022 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.047 0.025 0.044 0.103 0.201 0.209 0.139 0.132 0.066 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 34 I 0.072 0.118 0.166 0.238 0.187 0.129 0.050 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.568 0.264 0.096 0.036 0.013 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.050 0.038 0.068 0.142 0.215 0.210 0.126 0.092 0.039 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 37 I 0.047 0.025 0.037 0.078 0.145 0.200 0.210 0.156 0.066 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 38 L 0.139 0.153 0.147 0.171 0.157 0.101 0.067 0.038 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 39 N 0.125 0.100 0.154 0.192 0.158 0.127 0.066 0.043 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 40 F 0.042 0.023 0.038 0.076 0.127 0.192 0.217 0.149 0.080 0.033 0.015 0.006 0.002 0.001 41 I 0.073 0.066 0.079 0.122 0.163 0.161 0.137 0.099 0.057 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 42 E 0.129 0.130 0.149 0.162 0.143 0.123 0.082 0.043 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 43 S 0.088 0.048 0.066 0.085 0.139 0.152 0.140 0.108 0.083 0.047 0.023 0.013 0.006 0.002 44 L 0.086 0.069 0.096 0.142 0.172 0.161 0.111 0.080 0.048 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 45 P 0.096 0.073 0.096 0.136 0.148 0.154 0.123 0.081 0.051 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 46 C 0.055 0.066 0.087 0.131 0.203 0.163 0.138 0.076 0.045 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 47 T 0.467 0.225 0.142 0.074 0.043 0.024 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 R 0.219 0.241 0.191 0.140 0.103 0.054 0.028 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 C 0.050 0.033 0.048 0.104 0.193 0.215 0.170 0.110 0.052 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 50 Q 0.076 0.135 0.200 0.236 0.168 0.108 0.049 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 H 0.675 0.197 0.074 0.030 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 H 0.119 0.162 0.176 0.222 0.179 0.086 0.034 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.029 0.016 0.032 0.067 0.140 0.224 0.224 0.170 0.067 0.023 0.004 0.002 0.001 0.001 54 F 0.093 0.178 0.216 0.225 0.150 0.081 0.033 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.771 0.164 0.042 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.042 0.051 0.119 0.234 0.249 0.174 0.080 0.033 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.047 0.034 0.071 0.128 0.213 0.202 0.160 0.093 0.037 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 58 T 0.474 0.275 0.114 0.066 0.037 0.017 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.483 0.203 0.130 0.088 0.046 0.024 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.187 0.110 0.133 0.165 0.159 0.108 0.078 0.032 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 61 P 0.276 0.194 0.145 0.130 0.114 0.061 0.041 0.020 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 62 L 0.203 0.087 0.102 0.121 0.147 0.129 0.088 0.062 0.032 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 63 T 0.191 0.154 0.135 0.168 0.151 0.083 0.054 0.032 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 64 L 0.103 0.055 0.087 0.121 0.168 0.161 0.116 0.085 0.053 0.027 0.014 0.007 0.003 0.001 65 N 0.307 0.189 0.149 0.144 0.090 0.055 0.036 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 66 N 0.326 0.184 0.153 0.123 0.093 0.053 0.035 0.014 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 67 S 0.255 0.187 0.147 0.150 0.114 0.071 0.043 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 68 E 0.428 0.262 0.145 0.075 0.042 0.023 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.215 0.243 0.182 0.137 0.104 0.055 0.032 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 F 0.035 0.030 0.057 0.114 0.200 0.198 0.149 0.117 0.057 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 71 Q 0.068 0.072 0.099 0.144 0.172 0.159 0.113 0.083 0.044 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 72 Y 0.128 0.086 0.086 0.109 0.118 0.112 0.094 0.099 0.072 0.044 0.028 0.013 0.008 0.003 73 W 0.033 0.029 0.039 0.061 0.095 0.118 0.118 0.130 0.124 0.090 0.074 0.057 0.022 0.008 74 T 0.036 0.024 0.034 0.061 0.095 0.124 0.145 0.165 0.123 0.086 0.058 0.029 0.013 0.006 75 F 0.048 0.039 0.041 0.057 0.091 0.101 0.132 0.126 0.120 0.097 0.072 0.042 0.022 0.012 76 A 0.151 0.102 0.111 0.126 0.127 0.109 0.094 0.075 0.050 0.025 0.015 0.008 0.004 0.002 77 F 0.027 0.018 0.029 0.058 0.103 0.131 0.163 0.149 0.117 0.089 0.061 0.037 0.012 0.006 78 H 0.043 0.040 0.062 0.105 0.153 0.174 0.139 0.132 0.073 0.043 0.023 0.009 0.003 0.002 79 N 0.114 0.091 0.090 0.104 0.152 0.123 0.106 0.081 0.060 0.038 0.022 0.012 0.005 0.002 80 N 0.134 0.128 0.149 0.169 0.160 0.104 0.060 0.045 0.029 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 81 V 0.068 0.036 0.056 0.092 0.132 0.159 0.169 0.125 0.080 0.046 0.021 0.011 0.004 0.002 82 N 0.098 0.103 0.139 0.173 0.187 0.133 0.074 0.044 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 83 N 0.483 0.194 0.112 0.076 0.053 0.035 0.021 0.011 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 84 R 0.190 0.202 0.174 0.153 0.107 0.077 0.051 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 85 L 0.078 0.049 0.081 0.126 0.219 0.172 0.119 0.081 0.045 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 86 N 0.328 0.220 0.147 0.119 0.082 0.044 0.039 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.324 0.173 0.162 0.145 0.088 0.051 0.027 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.397 0.190 0.120 0.104 0.090 0.045 0.031 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.134 0.122 0.157 0.185 0.150 0.118 0.065 0.036 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 90 I 0.247 0.111 0.134 0.151 0.145 0.100 0.059 0.027 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 91 S 0.477 0.213 0.117 0.084 0.050 0.023 0.024 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 W 0.115 0.078 0.142 0.196 0.194 0.128 0.079 0.035 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 93 S 0.725 0.150 0.062 0.030 0.017 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.406 0.303 0.148 0.075 0.037 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Y 0.074 0.046 0.098 0.154 0.219 0.187 0.127 0.060 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 96 K 0.423 0.223 0.140 0.105 0.058 0.026 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 N 0.677 0.184 0.065 0.032 0.019 0.010 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.143 0.118 0.146 0.187 0.157 0.117 0.065 0.036 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.092 0.062 0.108 0.132 0.198 0.158 0.129 0.066 0.028 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 100 E 0.398 0.193 0.117 0.102 0.075 0.044 0.035 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 101 Q 0.298 0.123 0.131 0.140 0.122 0.078 0.043 0.028 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 102 S 0.401 0.198 0.130 0.109 0.069 0.039 0.032 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 I 0.125 0.070 0.129 0.156 0.183 0.150 0.094 0.050 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 104 L 0.310 0.159 0.138 0.132 0.109 0.071 0.048 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 105 K 0.659 0.190 0.072 0.034 0.021 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001