# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114.473 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.003 0.004 0.026 0.020 0.127 0.005 0.089 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 0.030 0.203 0.167 0.070 0.191 0.001 2 S 0.004 0.005 0.097 0.059 0.058 0.007 0.055 0.046 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.029 0.027 0.108 0.054 0.200 0.237 0.002 3 M 0.004 0.007 0.023 0.023 0.177 0.005 0.066 0.046 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.035 0.051 0.267 0.094 0.095 0.088 0.001 4 L 0.006 0.007 0.099 0.063 0.024 0.038 0.154 0.123 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.064 0.018 0.220 0.026 0.048 0.091 0.001 5 H 0.006 0.007 0.010 0.024 0.112 0.015 0.201 0.063 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.022 0.053 0.210 0.099 0.078 0.079 0.001 6 W 0.004 0.005 0.037 0.046 0.026 0.002 0.090 0.049 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.072 0.027 0.185 0.070 0.131 0.242 0.001 7 G 0.002 0.003 0.019 0.023 0.034 0.002 0.016 0.065 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.023 0.152 0.043 0.181 0.408 0.001 8 P 0.001 0.001 0.008 0.005 0.010 0.002 0.011 0.164 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.698 0.019 0.029 0.037 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.799 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.149 0.003 0.001 0.004 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 11 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.950 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 15 H 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.921 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 16 L 0.002 0.007 0.001 0.002 0.004 0.007 0.034 0.845 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.003 0.054 0.004 0.001 0.003 0.001 17 Y 0.008 0.016 0.007 0.018 0.004 0.011 0.087 0.666 0.020 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.004 0.092 0.010 0.004 0.006 0.001 18 A 0.034 0.026 0.010 0.020 0.035 0.015 0.128 0.361 0.057 0.008 0.004 0.007 0.009 0.030 0.018 0.020 0.123 0.046 0.025 0.018 0.003 19 I 0.029 0.027 0.053 0.062 0.020 0.019 0.156 0.157 0.039 0.006 0.005 0.007 0.012 0.031 0.072 0.012 0.125 0.059 0.056 0.047 0.006 20 F 0.023 0.024 0.012 0.026 0.117 0.005 0.129 0.030 0.040 0.009 0.006 0.006 0.018 0.030 0.031 0.062 0.108 0.148 0.114 0.055 0.008 21 F 0.009 0.006 0.072 0.065 0.017 0.004 0.023 0.011 0.012 0.002 0.005 0.006 0.006 0.011 0.059 0.014 0.059 0.064 0.304 0.246 0.003 22 S 0.001 0.001 0.007 0.007 0.117 0.004 0.030 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.053 0.330 0.095 0.127 0.197 0.001 23 D 0.001 0.001 0.025 0.018 0.021 0.010 0.210 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.015 0.120 0.114 0.110 0.271 0.001 24 A 0.001 0.001 0.016 0.012 0.019 0.002 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.056 0.060 0.354 0.431 0.001 25 P 0.001 0.001 0.013 0.010 0.024 0.003 0.022 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.014 0.326 0.096 0.076 0.383 0.001 26 S 0.001 0.001 0.012 0.011 0.027 0.008 0.080 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.063 0.037 0.179 0.511 0.001 27 W 0.001 0.001 0.010 0.003 0.011 0.001 0.022 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.674 0.091 0.031 0.045 0.001 28 K 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.012 0.237 0.628 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.054 0.012 0.017 0.021 0.001 29 E 0.001 0.001 0.005 0.011 0.011 0.004 0.076 0.686 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.059 0.020 0.071 0.042 0.001 30 K 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.012 0.751 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.173 0.013 0.017 0.010 0.001 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.002 0.002 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.058 0.821 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.081 0.003 0.001 0.001 0.001 40 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.111 0.686 0.025 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.110 0.025 0.008 0.006 0.001 41 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.010 0.093 0.476 0.067 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 0.236 0.044 0.021 0.017 0.001 42 E 0.001 0.002 0.006 0.010 0.006 0.083 0.249 0.171 0.041 0.014 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.014 0.185 0.066 0.034 0.076 0.001 43 S 0.002 0.002 0.003 0.008 0.029 0.006 0.262 0.029 0.022 0.006 0.002 0.001 0.003 0.010 0.017 0.030 0.234 0.135 0.140 0.059 0.001 44 L 0.001 0.001 0.025 0.017 0.005 0.001 0.020 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.012 0.064 0.096 0.314 0.379 0.001 45 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.043 0.001 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.051 0.121 0.076 0.129 0.536 0.001 46 C 0.001 0.001 0.014 0.010 0.008 0.003 0.029 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.015 0.257 0.096 0.180 0.287 0.001 47 T 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.005 0.059 0.214 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.555 0.037 0.040 0.061 0.001 48 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.011 0.209 0.593 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.099 0.023 0.022 0.024 0.001 49 C 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.003 0.094 0.632 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.137 0.042 0.035 0.021 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.777 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.180 0.005 0.006 0.004 0.001 51 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.002 0.001 52 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.001 0.002 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.006 0.002 0.002 0.001 54 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.926 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.027 0.938 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.855 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.089 0.006 0.001 0.002 0.001 57 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.044 0.716 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.132 0.025 0.014 0.011 0.001 58 T 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.063 0.300 0.374 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.163 0.013 0.007 0.032 0.001 59 K 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.011 0.484 0.067 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.200 0.085 0.038 0.026 0.001 60 N 0.001 0.001 0.009 0.006 0.006 0.001 0.027 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.010 0.052 0.059 0.534 0.259 0.001 61 P 0.001 0.001 0.008 0.004 0.030 0.002 0.034 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.024 0.455 0.089 0.123 0.176 0.001 62 L 0.001 0.001 0.022 0.015 0.029 0.028 0.160 0.038 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.064 0.127 0.084 0.135 0.230 0.001 63 T 0.001 0.002 0.036 0.031 0.042 0.015 0.117 0.037 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.075 0.036 0.126 0.110 0.161 0.195 0.001 64 L 0.003 0.004 0.026 0.036 0.096 0.005 0.067 0.023 0.002 0.001 0.004 0.003 0.005 0.007 0.080 0.124 0.136 0.069 0.199 0.106 0.002 65 N 0.004 0.003 0.068 0.061 0.026 0.003 0.056 0.014 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.010 0.149 0.035 0.110 0.057 0.111 0.277 0.001 66 N 0.001 0.001 0.005 0.007 0.070 0.001 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.067 0.030 0.045 0.147 0.592 0.001 67 S 0.001 0.001 0.031 0.005 0.010 0.001 0.011 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.005 0.686 0.085 0.037 0.072 0.001 68 E 0.001 0.002 0.014 0.006 0.012 0.018 0.174 0.409 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.273 0.018 0.024 0.030 0.001 69 D 0.001 0.003 0.006 0.007 0.015 0.011 0.159 0.650 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.083 0.017 0.016 0.015 0.001 70 F 0.003 0.007 0.005 0.006 0.014 0.003 0.037 0.787 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.086 0.018 0.007 0.009 0.001 71 Q 0.005 0.005 0.005 0.006 0.004 0.002 0.013 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.056 0.002 0.003 0.002 0.001 72 Y 0.003 0.005 0.002 0.003 0.003 0.004 0.013 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 73 W 0.004 0.007 0.002 0.006 0.002 0.003 0.014 0.907 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 74 T 0.004 0.007 0.002 0.004 0.004 0.003 0.014 0.910 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.028 0.003 0.002 0.002 0.001 75 F 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.003 0.008 0.916 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.040 0.002 0.002 0.001 0.001 76 A 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.012 0.926 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 77 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.930 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 0.003 0.001 0.002 0.001 78 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.901 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.044 0.005 0.003 0.002 0.001 79 N 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.022 0.857 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.062 0.004 0.005 0.003 0.001 80 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.048 0.828 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.061 0.007 0.003 0.004 0.001 81 V 0.002 0.003 0.003 0.011 0.009 0.011 0.078 0.629 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.004 0.160 0.019 0.016 0.009 0.001 82 N 0.002 0.002 0.006 0.007 0.007 0.009 0.060 0.584 0.030 0.014 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.007 0.156 0.035 0.040 0.020 0.001 83 N 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.031 0.073 0.592 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.219 0.015 0.008 0.018 0.001 84 R 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.025 0.190 0.129 0.129 0.163 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 0.200 0.081 0.017 0.025 0.001 85 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.006 0.240 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.195 0.013 0.088 0.389 0.001 86 N 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 0.004 0.226 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.037 0.571 0.062 0.058 0.001 87 K 0.001 0.001 0.058 0.012 0.008 0.001 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.031 0.126 0.045 0.272 0.407 0.001 88 K 0.001 0.001 0.021 0.010 0.083 0.014 0.052 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.018 0.076 0.097 0.204 0.359 0.001 89 I 0.001 0.001 0.052 0.022 0.049 0.003 0.041 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.051 0.076 0.123 0.071 0.333 0.151 0.001 90 I 0.002 0.003 0.048 0.060 0.060 0.004 0.033 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.211 0.023 0.067 0.055 0.093 0.316 0.001 91 S 0.001 0.001 0.016 0.027 0.048 0.001 0.014 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.041 0.012 0.012 0.351 0.445 0.001 92 W 0.001 0.001 0.010 0.006 0.027 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.007 0.826 0.032 0.016 0.027 0.001 93 S 0.001 0.001 0.008 0.007 0.018 0.019 0.544 0.271 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.061 0.009 0.016 0.028 0.001 94 E 0.002 0.004 0.027 0.036 0.032 0.012 0.154 0.380 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.015 0.084 0.080 0.081 0.062 0.001 95 Y 0.004 0.007 0.013 0.022 0.119 0.005 0.073 0.337 0.006 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.021 0.037 0.154 0.072 0.075 0.044 0.001 96 K 0.009 0.010 0.077 0.050 0.036 0.010 0.108 0.359 0.007 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.038 0.008 0.182 0.015 0.037 0.041 0.001 97 N 0.004 0.009 0.018 0.052 0.114 0.038 0.162 0.267 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.042 0.021 0.097 0.044 0.030 0.088 0.001 98 I 0.008 0.009 0.026 0.042 0.153 0.005 0.123 0.084 0.006 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.054 0.028 0.254 0.052 0.075 0.066 0.001 99 Y 0.007 0.006 0.079 0.101 0.035 0.003 0.038 0.042 0.004 0.001 0.003 0.003 0.004 0.004 0.045 0.013 0.071 0.057 0.212 0.273 0.001 100 E 0.001 0.002 0.012 0.015 0.134 0.004 0.042 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.042 0.219 0.065 0.110 0.297 0.001 101 Q 0.001 0.001 0.030 0.023 0.024 0.008 0.143 0.045 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.013 0.313 0.076 0.102 0.172 0.001 102 S 0.001 0.001 0.019 0.015 0.038 0.017 0.266 0.078 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.141 0.127 0.124 0.137 0.001 103 I 0.002 0.003 0.043 0.035 0.048 0.012 0.128 0.071 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.030 0.156 0.095 0.191 0.149 0.001 104 L 0.004 0.006 0.039 0.040 0.102 0.009 0.117 0.055 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.046 0.030 0.174 0.075 0.106 0.181 0.001 105 K 0.005 0.006 0.058 0.072 0.077 0.006 0.083 0.052 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.048 0.028 0.091 0.070 0.168 0.216 0.002