# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114.473 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.090 0.024 0.135 0.155 0.032 0.081 0.044 0.011 0.044 0.191 0.036 0.017 0.055 0.009 0.003 0.073 2 S 0.110 0.101 0.035 0.103 0.006 0.356 0.004 0.041 0.005 0.004 0.070 0.101 0.049 0.002 0.012 0.003 3 M 0.010 0.059 0.062 0.115 0.011 0.082 0.009 0.009 0.029 0.015 0.343 0.129 0.092 0.010 0.004 0.021 4 L 0.041 0.067 0.066 0.139 0.005 0.030 0.009 0.008 0.005 0.002 0.033 0.450 0.124 0.002 0.014 0.006 5 H 0.018 0.027 0.158 0.119 0.029 0.056 0.045 0.008 0.015 0.009 0.044 0.031 0.263 0.040 0.006 0.133 6 W 0.021 0.110 0.317 0.252 0.002 0.017 0.005 0.015 0.002 0.001 0.018 0.040 0.149 0.001 0.035 0.015 7 G 0.005 0.002 0.023 0.013 0.009 0.552 0.008 0.001 0.003 0.036 0.014 0.035 0.288 0.001 0.001 0.008 8 P 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.801 0.026 0.128 0.001 0.001 0.001 9 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.836 0.114 0.001 0.001 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.063 0.929 0.001 0.001 0.001 11 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.987 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.987 0.001 0.001 0.001 13 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 15 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.002 18 A 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.950 0.015 0.003 0.011 19 I 0.001 0.006 0.017 0.017 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.884 0.014 0.023 0.019 20 F 0.005 0.022 0.072 0.080 0.003 0.008 0.035 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.343 0.069 0.028 0.328 21 F 0.039 0.022 0.176 0.105 0.019 0.094 0.136 0.006 0.002 0.003 0.009 0.009 0.257 0.028 0.050 0.047 22 S 0.016 0.152 0.081 0.044 0.012 0.312 0.035 0.019 0.004 0.005 0.099 0.016 0.118 0.014 0.016 0.057 23 D 0.037 0.508 0.058 0.130 0.001 0.007 0.004 0.013 0.018 0.003 0.069 0.070 0.016 0.004 0.014 0.048 24 A 0.085 0.046 0.356 0.076 0.004 0.227 0.019 0.001 0.014 0.006 0.006 0.061 0.053 0.001 0.008 0.036 25 P 0.030 0.146 0.511 0.095 0.001 0.022 0.006 0.005 0.001 0.001 0.131 0.008 0.031 0.001 0.002 0.011 26 S 0.002 0.006 0.002 0.006 0.001 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.121 0.012 0.001 0.001 0.001 27 W 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.008 0.042 0.001 0.001 0.001 28 K 0.001 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.030 0.001 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.952 0.001 0.002 0.007 30 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.011 0.903 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.130 0.844 0.001 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.978 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.009 40 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.980 0.003 0.003 0.005 41 I 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.962 0.010 0.003 0.004 42 E 0.001 0.003 0.006 0.006 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.918 0.013 0.016 0.019 43 S 0.007 0.012 0.064 0.021 0.001 0.003 0.048 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.570 0.034 0.022 0.206 44 L 0.024 0.017 0.301 0.076 0.005 0.015 0.072 0.003 0.001 0.001 0.004 0.008 0.360 0.011 0.025 0.077 45 P 0.021 0.044 0.130 0.106 0.006 0.199 0.011 0.018 0.002 0.009 0.022 0.015 0.354 0.006 0.012 0.043 46 C 0.009 0.013 0.006 0.012 0.004 0.397 0.004 0.005 0.003 0.009 0.261 0.039 0.231 0.003 0.002 0.004 47 T 0.003 0.021 0.003 0.004 0.001 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.619 0.202 0.132 0.001 0.002 0.001 48 R 0.002 0.006 0.005 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.630 0.312 0.001 0.003 0.004 49 C 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.022 0.948 0.001 0.001 0.003 50 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.024 0.954 0.001 0.001 0.001 51 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.953 0.001 0.003 0.001 52 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.980 0.001 0.001 0.004 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 54 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.001 0.004 57 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.006 0.004 0.004 58 T 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.928 0.015 0.009 0.024 59 K 0.011 0.025 0.037 0.014 0.001 0.001 0.022 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.264 0.246 0.043 0.327 60 N 0.017 0.008 0.323 0.015 0.001 0.038 0.145 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.303 0.007 0.100 0.031 61 P 0.028 0.109 0.294 0.044 0.002 0.032 0.027 0.004 0.003 0.001 0.089 0.006 0.213 0.009 0.008 0.132 62 L 0.133 0.140 0.102 0.382 0.003 0.017 0.010 0.003 0.009 0.002 0.025 0.094 0.037 0.012 0.006 0.026 63 T 0.030 0.045 0.430 0.214 0.018 0.090 0.043 0.005 0.003 0.003 0.009 0.021 0.052 0.008 0.010 0.020 64 L 0.018 0.087 0.146 0.330 0.026 0.181 0.023 0.017 0.005 0.004 0.079 0.008 0.042 0.003 0.009 0.023 65 N 0.024 0.277 0.091 0.417 0.008 0.025 0.005 0.028 0.010 0.011 0.034 0.044 0.011 0.002 0.004 0.011 66 N 0.006 0.006 0.007 0.012 0.002 0.868 0.001 0.005 0.002 0.010 0.013 0.033 0.031 0.001 0.001 0.001 67 S 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.009 0.024 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.938 0.018 0.001 0.003 0.001 69 D 0.004 0.004 0.027 0.009 0.001 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.010 0.034 0.811 0.002 0.005 0.077 70 F 0.004 0.002 0.064 0.005 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.028 0.015 0.859 0.001 0.001 0.004 71 Q 0.001 0.032 0.016 0.012 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.050 0.864 0.001 0.001 0.002 72 Y 0.001 0.004 0.004 0.074 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.882 0.001 0.001 0.002 73 W 0.001 0.010 0.027 0.062 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.858 0.001 0.001 0.004 74 T 0.001 0.007 0.019 0.144 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.774 0.004 0.001 0.007 75 F 0.001 0.008 0.013 0.058 0.001 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.863 0.001 0.002 0.002 76 A 0.001 0.015 0.008 0.065 0.007 0.027 0.011 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.808 0.012 0.003 0.015 77 F 0.004 0.023 0.011 0.044 0.012 0.045 0.027 0.007 0.001 0.001 0.026 0.035 0.694 0.029 0.026 0.016 78 H 0.004 0.020 0.026 0.023 0.005 0.037 0.019 0.019 0.005 0.004 0.040 0.030 0.641 0.033 0.051 0.042 79 N 0.014 0.018 0.018 0.018 0.001 0.025 0.007 0.009 0.006 0.006 0.068 0.067 0.667 0.005 0.035 0.035 80 N 0.035 0.020 0.028 0.022 0.001 0.018 0.007 0.003 0.005 0.003 0.057 0.084 0.631 0.013 0.006 0.066 81 V 0.018 0.011 0.051 0.021 0.002 0.038 0.017 0.002 0.001 0.001 0.032 0.081 0.685 0.015 0.013 0.014 82 N 0.002 0.018 0.043 0.021 0.002 0.029 0.017 0.003 0.001 0.001 0.025 0.042 0.761 0.006 0.015 0.014 83 N 0.004 0.011 0.012 0.019 0.001 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 0.043 0.032 0.826 0.004 0.006 0.017 84 R 0.008 0.006 0.013 0.005 0.015 0.007 0.090 0.001 0.002 0.001 0.013 0.017 0.126 0.671 0.004 0.022 85 L 0.003 0.011 0.055 0.009 0.001 0.005 0.025 0.029 0.001 0.001 0.007 0.008 0.114 0.005 0.720 0.008 86 N 0.005 0.032 0.068 0.020 0.001 0.007 0.010 0.002 0.044 0.016 0.005 0.009 0.101 0.006 0.012 0.663 87 K 0.727 0.014 0.056 0.056 0.001 0.019 0.011 0.001 0.003 0.001 0.012 0.011 0.060 0.004 0.004 0.021 88 K 0.038 0.086 0.627 0.077 0.001 0.035 0.010 0.004 0.002 0.001 0.024 0.023 0.043 0.002 0.007 0.020 89 I 0.023 0.110 0.163 0.454 0.006 0.113 0.012 0.002 0.006 0.002 0.019 0.021 0.039 0.003 0.003 0.025 90 I 0.011 0.129 0.221 0.592 0.001 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.006 0.010 0.001 0.002 0.005 91 S 0.001 0.003 0.008 0.016 0.001 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 92 W 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 93 S 0.001 0.081 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.882 0.009 0.001 0.003 0.001 94 E 0.006 0.007 0.045 0.027 0.001 0.020 0.009 0.002 0.009 0.002 0.013 0.032 0.675 0.008 0.012 0.130 95 Y 0.007 0.005 0.139 0.011 0.001 0.053 0.021 0.001 0.001 0.001 0.049 0.019 0.678 0.003 0.004 0.008 96 K 0.006 0.131 0.054 0.051 0.001 0.015 0.010 0.006 0.002 0.001 0.025 0.096 0.574 0.005 0.009 0.015 97 N 0.011 0.005 0.030 0.162 0.002 0.031 0.010 0.003 0.007 0.002 0.031 0.021 0.624 0.015 0.008 0.039 98 I 0.009 0.048 0.396 0.108 0.002 0.008 0.022 0.002 0.002 0.001 0.009 0.010 0.293 0.011 0.011 0.068 99 Y 0.012 0.028 0.216 0.329 0.006 0.088 0.029 0.004 0.002 0.002 0.005 0.016 0.217 0.005 0.010 0.032 100 E 0.013 0.037 0.105 0.098 0.022 0.374 0.035 0.008 0.002 0.004 0.051 0.010 0.209 0.012 0.004 0.015 101 Q 0.011 0.169 0.025 0.118 0.005 0.073 0.005 0.037 0.007 0.003 0.340 0.054 0.125 0.007 0.012 0.010 102 S 0.016 0.104 0.068 0.089 0.012 0.052 0.031 0.007 0.036 0.008 0.064 0.261 0.165 0.029 0.014 0.044 103 I 0.033 0.041 0.168 0.062 0.024 0.058 0.083 0.013 0.005 0.002 0.053 0.064 0.307 0.022 0.035 0.030 104 L 0.011 0.042 0.145 0.043 0.104 0.042 0.151 0.029 0.008 0.008 0.061 0.043 0.141 0.102 0.025 0.044 105 K 0.027 0.060 0.062 0.065 0.043 0.049 0.077 0.125 0.016 0.014 0.054 0.056 0.120 0.049 0.147 0.036