# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114.473 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.061 0.029 0.002 0.024 0.012 0.017 0.148 0.005 0.001 0.034 0.667 2 S 0.120 0.075 0.003 0.025 0.015 0.028 0.125 0.010 0.001 0.049 0.548 3 M 0.143 0.052 0.003 0.026 0.025 0.038 0.111 0.011 0.001 0.066 0.525 4 L 0.088 0.030 0.002 0.047 0.029 0.044 0.121 0.003 0.001 0.077 0.559 5 H 0.019 0.048 0.002 0.059 0.036 0.067 0.137 0.002 0.001 0.055 0.573 6 W 0.014 0.194 0.003 0.037 0.023 0.025 0.096 0.004 0.001 0.052 0.552 7 G 0.047 0.825 0.001 0.003 0.004 0.004 0.013 0.011 0.001 0.041 0.050 8 P 0.018 0.842 0.001 0.003 0.003 0.003 0.017 0.002 0.001 0.063 0.048 9 K 0.004 0.711 0.002 0.003 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.225 0.035 10 Y 0.004 0.903 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.002 0.001 0.063 0.013 11 W 0.002 0.925 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.054 0.008 12 R 0.001 0.942 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.035 0.010 13 S 0.003 0.946 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.023 0.013 14 L 0.010 0.826 0.005 0.011 0.006 0.016 0.017 0.004 0.001 0.075 0.028 15 H 0.014 0.696 0.006 0.030 0.016 0.059 0.026 0.003 0.001 0.082 0.067 16 L 0.042 0.392 0.012 0.047 0.037 0.073 0.062 0.005 0.003 0.134 0.194 17 Y 0.038 0.165 0.014 0.118 0.079 0.218 0.064 0.009 0.003 0.119 0.172 18 A 0.062 0.045 0.007 0.068 0.070 0.123 0.090 0.005 0.002 0.142 0.386 19 I 0.017 0.015 0.009 0.079 0.111 0.170 0.087 0.003 0.003 0.065 0.442 20 F 0.032 0.011 0.003 0.072 0.062 0.140 0.090 0.004 0.001 0.061 0.525 21 F 0.197 0.005 0.002 0.028 0.039 0.057 0.094 0.004 0.001 0.092 0.482 22 S 0.009 0.002 0.001 0.025 0.018 0.041 0.124 0.001 0.001 0.025 0.754 23 D 0.020 0.005 0.001 0.013 0.008 0.018 0.085 0.001 0.001 0.019 0.831 24 A 0.077 0.021 0.001 0.013 0.027 0.022 0.134 0.004 0.001 0.034 0.666 25 P 0.025 0.043 0.001 0.010 0.007 0.008 0.094 0.002 0.001 0.013 0.796 26 S 0.185 0.419 0.002 0.007 0.007 0.009 0.043 0.010 0.001 0.030 0.288 27 W 0.111 0.504 0.001 0.007 0.006 0.009 0.056 0.006 0.001 0.020 0.281 28 K 0.026 0.631 0.003 0.006 0.007 0.007 0.036 0.002 0.001 0.026 0.257 29 E 0.013 0.924 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.008 0.041 30 K 0.012 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.011 31 Y 0.007 0.919 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.032 0.030 32 E 0.003 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.031 0.022 33 A 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.002 34 I 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 35 Q 0.003 0.655 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.313 0.019 36 W 0.008 0.765 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.001 0.182 0.016 37 I 0.026 0.874 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.001 0.027 0.022 38 L 0.027 0.596 0.010 0.006 0.003 0.006 0.034 0.005 0.003 0.138 0.172 39 N 0.046 0.208 0.020 0.010 0.005 0.011 0.088 0.007 0.005 0.348 0.253 40 F 0.131 0.137 0.038 0.020 0.011 0.020 0.122 0.051 0.007 0.214 0.249 41 I 0.129 0.030 0.022 0.016 0.008 0.012 0.141 0.011 0.008 0.139 0.483 42 E 0.028 0.016 0.003 0.029 0.013 0.038 0.126 0.002 0.001 0.029 0.714 43 S 0.028 0.014 0.001 0.018 0.006 0.016 0.113 0.002 0.001 0.034 0.768 44 L 0.016 0.019 0.005 0.052 0.034 0.035 0.242 0.002 0.001 0.042 0.553 45 P 0.036 0.236 0.002 0.022 0.008 0.015 0.095 0.007 0.001 0.045 0.533 46 C 0.172 0.511 0.001 0.007 0.003 0.004 0.033 0.013 0.001 0.048 0.208 47 T 0.027 0.420 0.002 0.016 0.007 0.010 0.064 0.003 0.001 0.140 0.311 48 R 0.009 0.510 0.003 0.015 0.004 0.006 0.039 0.002 0.001 0.205 0.208 49 C 0.012 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.042 0.017 50 Q 0.015 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.009 0.012 51 H 0.004 0.201 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.746 0.033 52 H 0.005 0.608 0.008 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 0.001 0.299 0.049 53 A 0.027 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.006 0.007 54 F 0.009 0.080 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.845 0.046 55 S 0.015 0.267 0.014 0.002 0.002 0.003 0.053 0.005 0.007 0.449 0.183 56 Y 0.273 0.191 0.037 0.004 0.004 0.004 0.055 0.075 0.007 0.121 0.228 57 L 0.181 0.019 0.037 0.008 0.004 0.006 0.097 0.011 0.015 0.126 0.496 58 T 0.021 0.005 0.001 0.004 0.002 0.005 0.089 0.001 0.001 0.012 0.861 59 K 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.087 0.001 0.001 0.007 0.886 60 N 0.099 0.004 0.006 0.011 0.014 0.014 0.196 0.004 0.001 0.036 0.618 61 P 0.032 0.004 0.001 0.008 0.003 0.008 0.146 0.002 0.001 0.031 0.764 62 L 0.012 0.004 0.001 0.032 0.010 0.020 0.147 0.002 0.001 0.030 0.742 63 T 0.077 0.008 0.001 0.090 0.014 0.027 0.119 0.002 0.001 0.081 0.581 64 L 0.015 0.004 0.001 0.071 0.009 0.015 0.153 0.001 0.001 0.028 0.703 65 N 0.005 0.017 0.001 0.050 0.008 0.012 0.101 0.001 0.001 0.014 0.792 66 N 0.148 0.583 0.001 0.004 0.006 0.006 0.029 0.018 0.001 0.027 0.178 67 S 0.100 0.742 0.001 0.002 0.002 0.002 0.020 0.018 0.001 0.031 0.081 68 E 0.019 0.816 0.004 0.002 0.005 0.005 0.012 0.002 0.001 0.033 0.101 69 D 0.027 0.743 0.004 0.004 0.010 0.012 0.018 0.003 0.001 0.086 0.093 70 F 0.005 0.056 0.001 0.003 0.003 0.005 0.025 0.001 0.001 0.874 0.027 71 Q 0.006 0.651 0.003 0.009 0.017 0.032 0.023 0.003 0.001 0.185 0.070 72 Y 0.026 0.737 0.004 0.008 0.019 0.017 0.021 0.005 0.001 0.042 0.121 73 W 0.010 0.648 0.010 0.025 0.026 0.055 0.032 0.006 0.002 0.080 0.104 74 T 0.023 0.627 0.006 0.021 0.015 0.042 0.039 0.009 0.001 0.105 0.113 75 F 0.025 0.405 0.010 0.031 0.038 0.044 0.052 0.006 0.002 0.200 0.188 76 A 0.028 0.376 0.013 0.035 0.038 0.046 0.065 0.005 0.002 0.207 0.185 77 F 0.028 0.442 0.008 0.040 0.037 0.067 0.068 0.005 0.001 0.131 0.173 78 H 0.036 0.307 0.005 0.046 0.030 0.078 0.086 0.010 0.002 0.194 0.206 79 N 0.018 0.294 0.004 0.054 0.057 0.104 0.065 0.004 0.001 0.169 0.230 80 N 0.038 0.474 0.011 0.030 0.059 0.052 0.045 0.007 0.001 0.071 0.212 81 V 0.085 0.489 0.012 0.035 0.018 0.030 0.058 0.018 0.005 0.061 0.189 82 N 0.106 0.046 0.233 0.017 0.010 0.014 0.049 0.020 0.236 0.162 0.107 83 N 0.565 0.019 0.001 0.007 0.004 0.010 0.048 0.008 0.002 0.019 0.318 84 R 0.110 0.011 0.001 0.012 0.004 0.008 0.063 0.003 0.001 0.030 0.756 85 L 0.014 0.006 0.002 0.035 0.010 0.013 0.141 0.001 0.001 0.019 0.759 86 N 0.041 0.023 0.001 0.018 0.005 0.019 0.103 0.005 0.001 0.037 0.746 87 K 0.074 0.011 0.002 0.008 0.069 0.028 0.105 0.006 0.001 0.039 0.658 88 K 0.053 0.009 0.001 0.099 0.027 0.048 0.094 0.002 0.001 0.044 0.623 89 I 0.024 0.007 0.001 0.026 0.019 0.049 0.119 0.001 0.001 0.045 0.707 90 I 0.006 0.012 0.001 0.131 0.031 0.036 0.135 0.001 0.001 0.020 0.626 91 S 0.354 0.171 0.002 0.017 0.016 0.016 0.055 0.016 0.001 0.076 0.275 92 W 0.194 0.247 0.001 0.010 0.009 0.010 0.072 0.017 0.001 0.036 0.403 93 S 0.040 0.139 0.003 0.016 0.015 0.025 0.088 0.003 0.001 0.132 0.539 94 E 0.058 0.235 0.006 0.023 0.053 0.085 0.082 0.007 0.001 0.109 0.341 95 Y 0.127 0.212 0.006 0.018 0.040 0.043 0.085 0.024 0.001 0.062 0.382 96 K 0.075 0.089 0.006 0.033 0.073 0.097 0.071 0.006 0.002 0.080 0.467 97 N 0.031 0.044 0.002 0.032 0.048 0.108 0.099 0.002 0.001 0.061 0.572 98 I 0.022 0.030 0.005 0.042 0.052 0.089 0.116 0.004 0.002 0.108 0.529 99 Y 0.086 0.043 0.010 0.034 0.068 0.066 0.119 0.011 0.004 0.082 0.478 100 E 0.226 0.033 0.003 0.015 0.016 0.023 0.082 0.012 0.003 0.045 0.543 101 Q 0.123 0.010 0.005 0.013 0.015 0.020 0.095 0.006 0.003 0.043 0.667 102 S 0.066 0.003 0.001 0.014 0.008 0.018 0.100 0.002 0.001 0.028 0.759 103 I 0.024 0.003 0.001 0.013 0.012 0.017 0.109 0.001 0.001 0.029 0.791 104 L 0.023 0.004 0.001 0.024 0.015 0.014 0.126 0.001 0.001 0.022 0.771 105 K 0.062 0.010 0.001 0.017 0.012 0.015 0.120 0.003 0.001 0.043 0.716