# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114.473 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.411 0.124 0.036 0.085 0.078 0.068 0.076 0.053 0.035 0.021 0.014 2 S 0.322 0.250 0.055 0.138 0.101 0.045 0.038 0.022 0.016 0.010 0.005 3 M 0.181 0.084 0.038 0.096 0.100 0.100 0.131 0.108 0.079 0.050 0.034 4 L 0.186 0.128 0.055 0.148 0.150 0.126 0.095 0.049 0.034 0.020 0.008 5 H 0.082 0.094 0.069 0.162 0.137 0.122 0.134 0.084 0.063 0.036 0.019 6 W 0.020 0.020 0.021 0.037 0.049 0.060 0.150 0.208 0.187 0.153 0.095 7 G 0.030 0.030 0.041 0.068 0.072 0.087 0.166 0.137 0.148 0.128 0.092 8 P 0.022 0.027 0.049 0.104 0.120 0.163 0.189 0.111 0.101 0.069 0.045 9 K 0.092 0.089 0.094 0.197 0.158 0.122 0.122 0.052 0.040 0.023 0.011 10 Y 0.023 0.019 0.031 0.069 0.079 0.085 0.158 0.143 0.163 0.127 0.102 11 W 0.004 0.005 0.012 0.018 0.026 0.043 0.108 0.145 0.224 0.210 0.206 12 R 0.005 0.021 0.074 0.119 0.148 0.178 0.216 0.107 0.071 0.041 0.020 13 S 0.002 0.004 0.031 0.017 0.021 0.046 0.126 0.136 0.218 0.231 0.169 14 L 0.001 0.001 0.006 0.004 0.007 0.013 0.059 0.127 0.242 0.261 0.278 15 H 0.001 0.003 0.017 0.015 0.023 0.048 0.134 0.196 0.227 0.203 0.131 16 L 0.001 0.003 0.023 0.016 0.023 0.048 0.128 0.158 0.216 0.223 0.160 17 Y 0.002 0.002 0.013 0.012 0.014 0.027 0.104 0.133 0.250 0.222 0.222 18 A 0.002 0.003 0.010 0.014 0.014 0.027 0.090 0.122 0.246 0.212 0.259 19 I 0.003 0.007 0.022 0.031 0.033 0.083 0.174 0.167 0.210 0.146 0.124 20 F 0.008 0.017 0.039 0.059 0.066 0.117 0.231 0.174 0.138 0.089 0.062 21 F 0.008 0.009 0.017 0.034 0.037 0.069 0.182 0.200 0.171 0.164 0.109 22 S 0.122 0.123 0.087 0.175 0.137 0.090 0.098 0.065 0.046 0.038 0.018 23 D 0.256 0.227 0.073 0.129 0.108 0.060 0.064 0.035 0.021 0.017 0.008 24 A 0.291 0.153 0.046 0.129 0.100 0.075 0.084 0.048 0.034 0.026 0.014 25 P 0.330 0.160 0.051 0.096 0.077 0.066 0.084 0.056 0.040 0.026 0.015 26 S 0.247 0.424 0.075 0.103 0.060 0.032 0.030 0.013 0.008 0.005 0.002 27 W 0.112 0.068 0.033 0.083 0.104 0.155 0.215 0.127 0.056 0.030 0.016 28 K 0.620 0.142 0.100 0.076 0.027 0.013 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 29 E 0.140 0.222 0.135 0.186 0.092 0.096 0.081 0.027 0.013 0.007 0.002 30 K 0.029 0.039 0.043 0.081 0.124 0.172 0.242 0.136 0.075 0.039 0.021 31 Y 0.258 0.061 0.235 0.145 0.083 0.106 0.070 0.022 0.011 0.007 0.002 32 E 0.023 0.039 0.336 0.322 0.164 0.077 0.030 0.007 0.002 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.009 0.057 0.121 0.248 0.258 0.296 34 I 0.001 0.004 0.050 0.067 0.140 0.175 0.291 0.103 0.087 0.058 0.024 35 Q 0.003 0.014 0.672 0.126 0.085 0.042 0.032 0.013 0.007 0.004 0.001 36 W 0.001 0.003 0.047 0.026 0.035 0.142 0.345 0.150 0.134 0.078 0.038 37 I 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.006 0.042 0.075 0.243 0.287 0.333 38 L 0.003 0.008 0.076 0.104 0.187 0.184 0.207 0.113 0.068 0.036 0.016 39 N 0.004 0.020 0.230 0.098 0.101 0.163 0.194 0.088 0.058 0.030 0.015 40 F 0.004 0.004 0.018 0.013 0.013 0.025 0.115 0.156 0.225 0.229 0.200 41 I 0.008 0.007 0.016 0.019 0.020 0.050 0.135 0.168 0.231 0.201 0.147 42 E 0.032 0.088 0.199 0.234 0.198 0.101 0.067 0.037 0.023 0.016 0.006 43 S 0.030 0.030 0.049 0.064 0.063 0.114 0.215 0.152 0.130 0.094 0.060 44 L 0.058 0.033 0.036 0.049 0.053 0.055 0.134 0.148 0.172 0.170 0.092 45 P 0.064 0.208 0.090 0.122 0.090 0.088 0.129 0.074 0.063 0.050 0.023 46 C 0.014 0.022 0.026 0.065 0.087 0.177 0.211 0.151 0.117 0.077 0.053 47 T 0.663 0.106 0.095 0.078 0.028 0.011 0.008 0.004 0.003 0.003 0.001 48 R 0.078 0.094 0.067 0.245 0.229 0.117 0.097 0.040 0.019 0.010 0.004 49 C 0.002 0.007 0.010 0.009 0.009 0.019 0.066 0.095 0.237 0.274 0.271 50 Q 0.004 0.014 0.048 0.123 0.202 0.245 0.245 0.068 0.031 0.015 0.005 51 H 0.206 0.065 0.607 0.087 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 52 H 0.004 0.010 0.029 0.099 0.145 0.268 0.313 0.077 0.036 0.015 0.005 53 A 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.005 0.040 0.064 0.230 0.289 0.361 54 F 0.001 0.004 0.053 0.102 0.214 0.289 0.236 0.055 0.028 0.013 0.005 55 S 0.006 0.018 0.733 0.138 0.064 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 56 Y 0.001 0.003 0.013 0.016 0.024 0.079 0.296 0.229 0.167 0.106 0.066 57 L 0.003 0.003 0.012 0.008 0.007 0.014 0.072 0.124 0.226 0.268 0.264 58 T 0.010 0.022 0.268 0.230 0.217 0.118 0.079 0.030 0.014 0.010 0.003 59 K 0.032 0.067 0.320 0.189 0.154 0.104 0.079 0.026 0.015 0.009 0.004 60 N 0.039 0.028 0.028 0.047 0.052 0.112 0.235 0.167 0.135 0.106 0.050 61 P 0.427 0.196 0.056 0.112 0.060 0.047 0.046 0.022 0.017 0.011 0.005 62 L 0.055 0.051 0.057 0.073 0.075 0.098 0.142 0.136 0.134 0.105 0.075 63 T 0.095 0.213 0.073 0.203 0.162 0.095 0.083 0.033 0.023 0.014 0.006 64 L 0.009 0.008 0.007 0.014 0.017 0.035 0.101 0.158 0.215 0.213 0.224 65 N 0.201 0.259 0.108 0.192 0.122 0.044 0.033 0.017 0.011 0.009 0.004 66 N 0.101 0.198 0.061 0.143 0.109 0.094 0.117 0.058 0.053 0.039 0.028 67 S 0.184 0.161 0.036 0.154 0.166 0.101 0.092 0.048 0.030 0.016 0.013 68 E 0.536 0.175 0.056 0.110 0.060 0.027 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 69 D 0.062 0.089 0.065 0.264 0.210 0.142 0.094 0.041 0.020 0.009 0.004 70 F 0.003 0.005 0.009 0.019 0.029 0.046 0.121 0.184 0.231 0.194 0.159 71 Q 0.003 0.009 0.033 0.063 0.086 0.149 0.228 0.142 0.132 0.103 0.051 72 Y 0.003 0.016 0.113 0.121 0.145 0.142 0.159 0.117 0.091 0.062 0.031 73 W 0.001 0.003 0.015 0.018 0.024 0.055 0.155 0.229 0.213 0.178 0.108 74 T 0.002 0.003 0.015 0.015 0.013 0.021 0.068 0.113 0.213 0.294 0.243 75 F 0.001 0.002 0.011 0.013 0.014 0.043 0.102 0.142 0.232 0.232 0.208 76 A 0.014 0.032 0.120 0.178 0.167 0.151 0.145 0.077 0.058 0.040 0.018 77 F 0.004 0.009 0.024 0.031 0.038 0.087 0.204 0.198 0.183 0.150 0.072 78 H 0.011 0.017 0.028 0.045 0.042 0.060 0.132 0.130 0.198 0.204 0.133 79 N 0.011 0.015 0.037 0.057 0.068 0.135 0.196 0.149 0.137 0.125 0.071 80 N 0.039 0.081 0.200 0.268 0.196 0.089 0.063 0.031 0.018 0.011 0.004 81 V 0.003 0.006 0.015 0.016 0.014 0.032 0.104 0.134 0.215 0.252 0.209 82 N 0.011 0.015 0.028 0.056 0.055 0.090 0.182 0.148 0.173 0.144 0.098 83 N 0.078 0.079 0.271 0.218 0.151 0.080 0.060 0.028 0.018 0.013 0.004 84 R 0.040 0.071 0.106 0.180 0.152 0.173 0.154 0.055 0.037 0.022 0.010 85 L 0.043 0.026 0.024 0.038 0.041 0.069 0.162 0.169 0.181 0.146 0.101 86 N 0.297 0.290 0.099 0.140 0.076 0.033 0.031 0.015 0.009 0.006 0.003 87 K 0.100 0.110 0.098 0.136 0.120 0.119 0.115 0.078 0.061 0.039 0.023 88 K 0.473 0.260 0.069 0.093 0.047 0.023 0.017 0.007 0.005 0.003 0.001 89 I 0.132 0.097 0.043 0.194 0.155 0.140 0.129 0.053 0.031 0.017 0.008 90 I 0.107 0.072 0.063 0.083 0.101 0.094 0.134 0.124 0.100 0.072 0.049 91 S 0.064 0.366 0.117 0.198 0.124 0.055 0.047 0.014 0.008 0.005 0.002 92 W 0.010 0.015 0.019 0.043 0.054 0.122 0.210 0.200 0.155 0.092 0.079 93 S 0.671 0.113 0.093 0.082 0.023 0.008 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 94 E 0.133 0.194 0.102 0.285 0.161 0.070 0.037 0.011 0.005 0.003 0.001 95 Y 0.010 0.015 0.013 0.026 0.029 0.047 0.117 0.140 0.216 0.194 0.192 96 K 0.020 0.046 0.057 0.167 0.203 0.229 0.178 0.055 0.028 0.013 0.005 97 N 0.155 0.112 0.510 0.135 0.042 0.020 0.012 0.006 0.004 0.003 0.001 98 I 0.020 0.035 0.048 0.114 0.130 0.190 0.231 0.099 0.068 0.043 0.022 99 Y 0.006 0.008 0.010 0.018 0.021 0.040 0.111 0.198 0.218 0.190 0.179 100 E 0.099 0.187 0.220 0.241 0.147 0.051 0.029 0.013 0.007 0.005 0.002 101 Q 0.110 0.093 0.186 0.151 0.134 0.097 0.096 0.055 0.038 0.026 0.014 102 S 0.460 0.171 0.056 0.109 0.074 0.042 0.040 0.019 0.015 0.009 0.004 103 I 0.111 0.065 0.037 0.088 0.073 0.105 0.160 0.110 0.115 0.086 0.051 104 L 0.132 0.130 0.078 0.149 0.129 0.112 0.107 0.066 0.049 0.030 0.017 105 K 0.244 0.181 0.082 0.130 0.104 0.085 0.077 0.040 0.030 0.019 0.009