# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114.473 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.031 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 0.050 0.876 2 S 0.022 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.178 0.758 3 M 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.015 0.922 4 L 0.037 0.055 0.002 0.001 0.008 0.011 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.116 0.008 0.321 0.420 5 H 0.270 0.036 0.007 0.001 0.006 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.030 0.152 0.455 6 W 0.251 0.167 0.016 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.014 0.070 0.387 7 G 0.045 0.060 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.124 0.725 8 P 0.006 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.037 0.931 9 K 0.015 0.110 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.173 0.683 10 Y 0.080 0.409 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.170 0.327 11 W 0.006 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.044 12 R 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 13 S 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 14 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 15 H 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 16 L 0.006 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.008 17 Y 0.011 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.007 18 A 0.022 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.001 0.008 19 I 0.052 0.801 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.034 0.004 0.035 20 F 0.089 0.555 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.100 0.059 0.014 0.141 21 F 0.143 0.304 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.135 0.048 0.022 0.272 22 S 0.023 0.040 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.072 0.013 0.041 0.786 23 D 0.068 0.016 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.023 0.112 0.709 24 A 0.367 0.013 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.017 0.094 0.424 25 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.985 26 S 0.029 0.005 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.375 0.561 27 W 0.043 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.033 0.896 28 K 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.600 0.367 29 E 0.074 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.762 0.127 30 K 0.057 0.792 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.131 31 Y 0.013 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.012 0.068 32 E 0.012 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.019 0.097 33 A 0.008 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.039 34 I 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 35 Q 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 36 W 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 37 I 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 38 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 39 N 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 40 F 0.016 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 41 I 0.019 0.953 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.002 0.013 42 E 0.034 0.869 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.007 0.045 43 S 0.168 0.678 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.059 0.004 0.064 44 L 0.316 0.460 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.034 0.009 0.119 45 P 0.001 0.010 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.959 46 C 0.041 0.049 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.009 0.114 0.709 47 T 0.100 0.111 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 0.065 0.697 48 R 0.073 0.174 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.089 0.645 49 C 0.088 0.534 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.065 0.285 50 Q 0.063 0.818 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.015 0.089 51 H 0.013 0.819 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.019 0.140 52 H 0.019 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.101 53 A 0.013 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 54 F 0.008 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.026 55 S 0.011 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.034 56 Y 0.028 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 57 L 0.025 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.018 58 T 0.037 0.881 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.007 0.042 59 K 0.237 0.489 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.129 0.005 0.124 60 N 0.465 0.252 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.075 0.009 0.148 61 P 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.984 62 L 0.009 0.006 0.033 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.005 0.146 0.747 63 T 0.247 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.071 0.009 0.117 0.532 64 L 0.130 0.028 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.003 0.103 0.006 0.052 0.645 65 N 0.044 0.031 0.006 0.002 0.005 0.002 0.003 0.003 0.005 0.004 0.006 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.202 0.012 0.260 0.402 66 N 0.051 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 0.216 0.664 67 S 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 0.146 0.788 68 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.689 0.305 69 D 0.033 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.861 0.078 70 F 0.049 0.836 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.021 0.082 71 Q 0.017 0.884 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.020 0.055 72 Y 0.013 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.014 0.077 73 W 0.016 0.927 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.003 0.038 74 T 0.014 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.003 0.021 75 F 0.007 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.003 0.015 76 A 0.015 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.005 0.025 77 F 0.031 0.890 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.005 0.044 78 H 0.020 0.879 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.010 0.058 79 N 0.033 0.839 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 0.009 0.083 80 N 0.057 0.710 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.022 0.027 0.144 81 V 0.077 0.718 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.015 0.040 0.113 82 N 0.059 0.779 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 0.023 0.088 83 N 0.094 0.680 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.017 0.013 0.170 84 R 0.076 0.529 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.025 0.128 0.205 85 L 0.122 0.656 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.072 0.067 0.061 86 N 0.352 0.295 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.173 0.018 0.129 87 K 0.132 0.028 0.649 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.070 0.094 88 K 0.020 0.034 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.007 0.067 0.688 89 I 0.076 0.035 0.029 0.006 0.024 0.017 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.004 0.135 0.017 0.072 0.529 90 I 0.037 0.023 0.009 0.003 0.002 0.003 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.391 0.006 0.071 0.418 91 S 0.030 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.075 0.005 0.241 0.591 92 W 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.257 0.002 0.027 0.686 93 S 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.668 0.307 94 E 0.136 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.032 0.653 0.155 95 Y 0.098 0.516 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.040 0.301 96 K 0.062 0.401 0.011 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.014 0.090 0.246 97 N 0.095 0.300 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.055 0.025 0.038 0.465 98 I 0.220 0.422 0.020 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.072 0.043 0.012 0.196 99 Y 0.121 0.398 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.203 0.028 0.036 0.183 100 E 0.035 0.115 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.088 0.017 0.060 0.643 101 Q 0.044 0.084 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.167 0.020 0.080 0.576 102 S 0.167 0.049 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.026 0.110 0.577 103 I 0.228 0.061 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.068 0.030 0.097 0.482 104 L 0.157 0.072 0.018 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.119 0.019 0.131 0.465 105 K 0.076 0.042 0.007 0.002 0.005 0.004 0.003 0.002 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.019 0.124 0.618