# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114.473 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.037 0.006 0.003 0.022 0.017 0.030 0.114 0.001 0.001 0.003 0.766 2 S 0.020 0.002 0.001 0.017 0.012 0.023 0.147 0.001 0.001 0.004 0.773 3 M 0.021 0.001 0.001 0.010 0.003 0.010 0.030 0.001 0.001 0.001 0.922 4 L 0.016 0.006 0.001 0.023 0.013 0.020 0.414 0.001 0.001 0.008 0.499 5 H 0.267 0.019 0.001 0.016 0.008 0.015 0.257 0.001 0.001 0.011 0.406 6 W 0.330 0.122 0.009 0.042 0.013 0.038 0.039 0.004 0.001 0.007 0.397 7 G 0.081 0.033 0.013 0.054 0.017 0.033 0.119 0.002 0.001 0.005 0.644 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.996 9 K 0.008 0.015 0.001 0.009 0.008 0.026 0.146 0.001 0.001 0.002 0.787 10 Y 0.098 0.173 0.001 0.011 0.004 0.009 0.164 0.001 0.001 0.003 0.536 11 W 0.028 0.730 0.001 0.011 0.005 0.013 0.017 0.001 0.001 0.001 0.193 12 R 0.008 0.899 0.001 0.005 0.005 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.068 13 S 0.007 0.955 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 14 L 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.031 15 H 0.011 0.961 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 16 L 0.012 0.963 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 17 Y 0.013 0.954 0.003 0.002 0.009 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 18 A 0.020 0.905 0.004 0.006 0.027 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 19 I 0.066 0.702 0.007 0.014 0.084 0.050 0.004 0.020 0.001 0.001 0.052 20 F 0.101 0.440 0.019 0.025 0.090 0.092 0.013 0.051 0.001 0.001 0.169 21 F 0.075 0.204 0.028 0.060 0.191 0.205 0.016 0.019 0.001 0.001 0.200 22 S 0.008 0.014 0.007 0.014 0.021 0.050 0.045 0.006 0.001 0.001 0.834 23 D 0.032 0.008 0.011 0.030 0.019 0.038 0.091 0.004 0.001 0.005 0.763 24 A 0.201 0.009 0.010 0.028 0.012 0.021 0.136 0.002 0.001 0.005 0.576 25 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.965 26 S 0.020 0.007 0.003 0.012 0.013 0.033 0.299 0.001 0.001 0.004 0.610 27 W 0.146 0.019 0.001 0.018 0.005 0.017 0.032 0.001 0.001 0.009 0.752 28 K 0.025 0.055 0.002 0.006 0.005 0.009 0.360 0.001 0.001 0.006 0.532 29 E 0.112 0.071 0.001 0.002 0.001 0.003 0.598 0.001 0.001 0.008 0.203 30 K 0.123 0.582 0.002 0.003 0.001 0.005 0.021 0.003 0.001 0.002 0.258 31 Y 0.017 0.654 0.014 0.003 0.002 0.004 0.032 0.001 0.001 0.001 0.272 32 E 0.012 0.721 0.005 0.001 0.002 0.002 0.043 0.001 0.001 0.001 0.211 33 A 0.008 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.045 34 I 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 35 Q 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 36 W 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 37 I 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 38 L 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 39 N 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.015 40 F 0.075 0.870 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.024 41 I 0.040 0.916 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.021 42 E 0.075 0.711 0.033 0.012 0.009 0.005 0.007 0.030 0.001 0.001 0.116 43 S 0.179 0.396 0.061 0.016 0.003 0.008 0.008 0.068 0.001 0.001 0.260 44 L 0.409 0.182 0.044 0.079 0.029 0.028 0.028 0.013 0.001 0.001 0.187 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.989 46 C 0.028 0.024 0.007 0.077 0.042 0.167 0.054 0.001 0.001 0.002 0.598 47 T 0.036 0.047 0.001 0.021 0.007 0.013 0.171 0.001 0.001 0.004 0.700 48 R 0.073 0.059 0.003 0.010 0.005 0.008 0.193 0.001 0.001 0.005 0.644 49 C 0.129 0.327 0.006 0.014 0.005 0.014 0.122 0.001 0.001 0.004 0.379 50 Q 0.073 0.584 0.005 0.016 0.007 0.017 0.050 0.001 0.001 0.002 0.245 51 H 0.030 0.528 0.003 0.003 0.002 0.004 0.027 0.002 0.001 0.001 0.399 52 H 0.055 0.665 0.004 0.002 0.001 0.002 0.034 0.004 0.001 0.001 0.230 53 A 0.033 0.874 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.076 54 F 0.008 0.934 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 55 S 0.010 0.915 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.066 56 Y 0.033 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.031 57 L 0.044 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.025 58 T 0.039 0.877 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.032 0.001 0.001 0.038 59 K 0.163 0.610 0.023 0.002 0.001 0.002 0.004 0.119 0.001 0.001 0.075 60 N 0.292 0.470 0.025 0.007 0.003 0.005 0.007 0.118 0.001 0.001 0.072 61 P 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.002 0.970 62 L 0.008 0.008 0.126 0.020 0.004 0.004 0.454 0.002 0.001 0.003 0.370 63 T 0.205 0.016 0.002 0.049 0.013 0.015 0.216 0.004 0.001 0.021 0.460 64 L 0.137 0.086 0.008 0.085 0.021 0.032 0.088 0.005 0.001 0.002 0.537 65 N 0.067 0.045 0.007 0.162 0.045 0.059 0.192 0.003 0.001 0.008 0.412 66 N 0.059 0.010 0.003 0.027 0.008 0.011 0.142 0.003 0.001 0.006 0.731 67 S 0.081 0.006 0.002 0.016 0.006 0.016 0.097 0.001 0.001 0.011 0.763 68 E 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.482 0.001 0.001 0.003 0.499 69 D 0.055 0.014 0.001 0.004 0.003 0.005 0.643 0.001 0.001 0.011 0.264 70 F 0.189 0.351 0.005 0.013 0.010 0.021 0.121 0.002 0.001 0.007 0.281 71 Q 0.030 0.656 0.005 0.015 0.035 0.046 0.088 0.001 0.001 0.002 0.123 72 Y 0.014 0.801 0.002 0.005 0.023 0.021 0.020 0.001 0.001 0.001 0.113 73 W 0.013 0.905 0.001 0.002 0.015 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.041 74 T 0.009 0.945 0.001 0.002 0.010 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 75 F 0.006 0.941 0.001 0.003 0.008 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.026 76 A 0.014 0.920 0.003 0.005 0.007 0.007 0.004 0.005 0.001 0.001 0.036 77 F 0.028 0.911 0.007 0.004 0.004 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.032 78 H 0.026 0.871 0.010 0.007 0.003 0.006 0.004 0.010 0.001 0.001 0.062 79 N 0.049 0.729 0.011 0.008 0.004 0.005 0.013 0.012 0.001 0.001 0.167 80 N 0.087 0.619 0.026 0.010 0.002 0.003 0.020 0.015 0.001 0.002 0.215 81 V 0.063 0.703 0.021 0.004 0.001 0.003 0.023 0.012 0.001 0.001 0.170 82 N 0.053 0.779 0.007 0.005 0.002 0.004 0.027 0.008 0.001 0.001 0.114 83 N 0.095 0.784 0.009 0.004 0.002 0.003 0.008 0.015 0.001 0.001 0.080 84 R 0.077 0.833 0.014 0.004 0.004 0.002 0.015 0.012 0.001 0.001 0.038 85 L 0.163 0.620 0.013 0.004 0.006 0.006 0.042 0.037 0.001 0.002 0.108 86 N 0.330 0.279 0.014 0.005 0.005 0.018 0.018 0.104 0.001 0.008 0.218 87 K 0.235 0.061 0.189 0.011 0.007 0.010 0.055 0.042 0.001 0.005 0.385 88 K 0.033 0.008 0.022 0.021 0.016 0.011 0.135 0.010 0.001 0.002 0.742 89 I 0.068 0.015 0.010 0.054 0.030 0.075 0.083 0.005 0.001 0.002 0.659 90 I 0.208 0.036 0.014 0.219 0.069 0.106 0.080 0.002 0.001 0.006 0.261 91 S 0.021 0.011 0.002 0.048 0.031 0.047 0.285 0.002 0.001 0.003 0.550 92 W 0.012 0.004 0.001 0.037 0.007 0.028 0.015 0.001 0.001 0.002 0.894 93 S 0.002 0.004 0.001 0.006 0.003 0.006 0.727 0.001 0.001 0.004 0.248 94 E 0.224 0.009 0.001 0.004 0.001 0.003 0.583 0.001 0.001 0.034 0.141 95 Y 0.226 0.489 0.005 0.008 0.003 0.012 0.037 0.005 0.001 0.004 0.211 96 K 0.060 0.504 0.026 0.023 0.026 0.030 0.096 0.002 0.001 0.008 0.225 97 N 0.071 0.492 0.013 0.011 0.025 0.016 0.045 0.009 0.001 0.003 0.316 98 I 0.166 0.548 0.004 0.007 0.017 0.044 0.016 0.019 0.001 0.002 0.178 99 Y 0.159 0.488 0.013 0.020 0.021 0.030 0.029 0.017 0.001 0.001 0.223 100 E 0.040 0.261 0.008 0.018 0.027 0.044 0.088 0.013 0.001 0.002 0.500 101 Q 0.059 0.197 0.005 0.015 0.014 0.025 0.076 0.015 0.001 0.002 0.593 102 S 0.162 0.179 0.006 0.015 0.012 0.022 0.105 0.017 0.001 0.007 0.475 103 I 0.340 0.164 0.036 0.019 0.013 0.019 0.090 0.011 0.001 0.007 0.300 104 L 0.131 0.213 0.032 0.029 0.032 0.036 0.116 0.008 0.001 0.007 0.395 105 K 0.105 0.116 0.013 0.024 0.029 0.042 0.085 0.009 0.001 0.008 0.568