# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114.473 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.005 0.002 0.014 0.009 0.011 0.024 0.001 0.935 2 S 0.007 0.004 0.019 0.017 0.031 0.044 0.002 0.877 3 M 0.017 0.003 0.012 0.008 0.017 0.029 0.002 0.913 4 L 0.051 0.014 0.029 0.022 0.039 0.246 0.007 0.593 5 H 0.146 0.016 0.015 0.011 0.021 0.253 0.010 0.528 6 W 0.179 0.158 0.030 0.021 0.026 0.109 0.010 0.467 7 G 0.089 0.098 0.027 0.020 0.038 0.121 0.012 0.596 8 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.990 9 K 0.017 0.129 0.005 0.009 0.019 0.160 0.004 0.657 10 Y 0.139 0.408 0.007 0.006 0.011 0.071 0.012 0.346 11 W 0.018 0.874 0.005 0.005 0.006 0.013 0.002 0.077 12 R 0.005 0.938 0.003 0.003 0.004 0.007 0.001 0.039 13 S 0.005 0.961 0.003 0.002 0.003 0.004 0.002 0.021 14 L 0.002 0.984 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 15 H 0.009 0.962 0.003 0.003 0.003 0.003 0.005 0.012 16 L 0.009 0.967 0.005 0.003 0.004 0.002 0.003 0.007 17 Y 0.009 0.954 0.004 0.008 0.008 0.002 0.006 0.009 18 A 0.024 0.894 0.009 0.016 0.021 0.004 0.010 0.021 19 I 0.069 0.694 0.030 0.071 0.050 0.010 0.032 0.044 20 F 0.130 0.465 0.044 0.095 0.070 0.017 0.037 0.142 21 F 0.125 0.221 0.102 0.124 0.142 0.033 0.042 0.210 22 S 0.020 0.047 0.040 0.039 0.055 0.037 0.010 0.751 23 D 0.041 0.024 0.020 0.014 0.035 0.057 0.024 0.786 24 A 0.259 0.016 0.018 0.011 0.013 0.179 0.017 0.486 25 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 26 S 0.012 0.006 0.008 0.008 0.019 0.363 0.003 0.581 27 W 0.056 0.012 0.007 0.002 0.008 0.037 0.002 0.876 28 K 0.028 0.031 0.003 0.002 0.007 0.296 0.002 0.631 29 E 0.059 0.044 0.001 0.001 0.002 0.697 0.003 0.194 30 K 0.049 0.806 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.128 31 Y 0.014 0.801 0.002 0.001 0.003 0.022 0.002 0.154 32 E 0.013 0.845 0.002 0.002 0.002 0.027 0.003 0.108 33 A 0.012 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.029 34 I 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 35 Q 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 36 W 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 37 I 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 38 L 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 39 N 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 40 F 0.059 0.874 0.009 0.002 0.002 0.003 0.025 0.026 41 I 0.025 0.903 0.014 0.005 0.004 0.004 0.010 0.035 42 E 0.041 0.737 0.054 0.011 0.009 0.015 0.033 0.101 43 S 0.125 0.436 0.090 0.013 0.012 0.020 0.058 0.246 44 L 0.132 0.255 0.191 0.034 0.024 0.041 0.028 0.296 45 P 0.002 0.008 0.014 0.002 0.003 0.015 0.001 0.955 46 C 0.038 0.069 0.102 0.025 0.076 0.110 0.007 0.572 47 T 0.054 0.060 0.024 0.008 0.015 0.222 0.007 0.610 48 R 0.075 0.090 0.007 0.005 0.009 0.232 0.007 0.575 49 C 0.121 0.487 0.012 0.005 0.008 0.082 0.006 0.278 50 Q 0.061 0.580 0.014 0.004 0.010 0.090 0.012 0.231 51 H 0.054 0.555 0.005 0.002 0.005 0.044 0.008 0.326 52 H 0.054 0.631 0.002 0.001 0.002 0.044 0.007 0.258 53 A 0.013 0.907 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.065 54 F 0.004 0.940 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.043 55 S 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 56 Y 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 57 L 0.021 0.946 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.019 58 T 0.086 0.817 0.008 0.005 0.004 0.005 0.028 0.047 59 K 0.100 0.594 0.044 0.008 0.008 0.009 0.076 0.161 60 N 0.187 0.317 0.057 0.025 0.022 0.037 0.054 0.300 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 62 L 0.022 0.014 0.068 0.038 0.056 0.215 0.008 0.579 63 T 0.245 0.013 0.050 0.023 0.026 0.167 0.014 0.463 64 L 0.170 0.048 0.084 0.043 0.060 0.071 0.005 0.519 65 N 0.052 0.026 0.080 0.050 0.060 0.367 0.007 0.357 66 N 0.114 0.016 0.019 0.020 0.031 0.135 0.010 0.656 67 S 0.049 0.020 0.015 0.010 0.034 0.113 0.006 0.753 68 E 0.020 0.009 0.005 0.003 0.008 0.408 0.006 0.542 69 D 0.051 0.042 0.003 0.003 0.004 0.547 0.008 0.343 70 F 0.183 0.423 0.006 0.008 0.017 0.126 0.007 0.229 71 Q 0.039 0.632 0.016 0.021 0.037 0.087 0.006 0.163 72 Y 0.019 0.781 0.011 0.023 0.035 0.024 0.003 0.103 73 W 0.011 0.887 0.006 0.017 0.025 0.007 0.002 0.045 74 T 0.009 0.901 0.005 0.018 0.026 0.005 0.004 0.033 75 F 0.009 0.906 0.008 0.012 0.018 0.006 0.003 0.038 76 A 0.009 0.929 0.004 0.009 0.008 0.009 0.004 0.028 77 F 0.018 0.924 0.005 0.004 0.005 0.007 0.007 0.032 78 H 0.018 0.931 0.004 0.004 0.004 0.005 0.006 0.028 79 N 0.030 0.880 0.009 0.005 0.005 0.010 0.014 0.048 80 N 0.048 0.837 0.014 0.006 0.005 0.017 0.016 0.057 81 V 0.053 0.816 0.017 0.008 0.011 0.022 0.015 0.058 82 N 0.018 0.884 0.016 0.013 0.013 0.010 0.007 0.039 83 N 0.043 0.693 0.030 0.018 0.029 0.021 0.023 0.143 84 R 0.127 0.447 0.029 0.018 0.022 0.120 0.040 0.197 85 L 0.239 0.410 0.036 0.034 0.026 0.062 0.061 0.132 86 N 0.251 0.188 0.043 0.023 0.020 0.062 0.123 0.290 87 K 0.279 0.045 0.251 0.039 0.049 0.096 0.026 0.216 88 K 0.009 0.014 0.027 0.023 0.023 0.050 0.003 0.851 89 I 0.024 0.012 0.053 0.028 0.080 0.051 0.006 0.745 90 I 0.063 0.024 0.206 0.071 0.080 0.136 0.007 0.413 91 S 0.019 0.018 0.030 0.029 0.047 0.158 0.004 0.694 92 W 0.028 0.020 0.024 0.013 0.054 0.027 0.002 0.831 93 S 0.015 0.010 0.006 0.004 0.009 0.649 0.003 0.304 94 E 0.122 0.012 0.001 0.001 0.003 0.700 0.007 0.153 95 Y 0.137 0.661 0.007 0.005 0.007 0.036 0.004 0.143 96 K 0.020 0.606 0.020 0.012 0.023 0.086 0.009 0.222 97 N 0.052 0.582 0.014 0.012 0.016 0.045 0.016 0.263 98 I 0.214 0.507 0.019 0.015 0.030 0.028 0.027 0.160 99 Y 0.065 0.601 0.044 0.035 0.043 0.028 0.013 0.172 100 E 0.029 0.306 0.053 0.029 0.051 0.059 0.019 0.454 101 Q 0.061 0.248 0.044 0.026 0.042 0.078 0.018 0.484 102 S 0.184 0.163 0.017 0.014 0.021 0.092 0.034 0.476 103 I 0.318 0.124 0.051 0.018 0.025 0.101 0.026 0.337 104 L 0.116 0.131 0.037 0.030 0.033 0.200 0.029 0.423 105 K 0.153 0.103 0.040 0.031 0.049 0.093 0.023 0.508