# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114.473 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.028 0.007 0.027 0.016 0.062 0.006 0.060 0.541 0.003 0.249 0.001 2 S 0.111 0.173 0.427 0.128 0.062 0.042 0.018 0.002 0.027 0.008 0.001 3 M 0.454 0.084 0.279 0.065 0.025 0.055 0.013 0.004 0.009 0.005 0.007 4 L 0.520 0.144 0.151 0.124 0.021 0.013 0.009 0.002 0.011 0.002 0.001 5 H 0.338 0.133 0.157 0.181 0.057 0.052 0.042 0.010 0.026 0.005 0.001 6 W 0.240 0.116 0.193 0.314 0.025 0.048 0.034 0.002 0.026 0.001 0.001 7 G 0.136 0.042 0.207 0.008 0.229 0.010 0.019 0.021 0.032 0.297 0.001 8 P 0.803 0.002 0.171 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 9 K 0.956 0.006 0.010 0.018 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Y 0.967 0.006 0.004 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 W 0.973 0.007 0.006 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.990 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.992 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 H 0.981 0.004 0.001 0.008 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.966 0.012 0.003 0.013 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.929 0.028 0.004 0.027 0.004 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 A 0.820 0.078 0.011 0.051 0.014 0.017 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 19 I 0.539 0.248 0.027 0.101 0.025 0.034 0.010 0.001 0.015 0.001 0.001 20 F 0.298 0.176 0.100 0.266 0.021 0.072 0.034 0.001 0.031 0.001 0.001 21 F 0.115 0.274 0.242 0.172 0.033 0.050 0.026 0.002 0.086 0.001 0.001 22 S 0.429 0.034 0.316 0.137 0.013 0.031 0.028 0.002 0.006 0.002 0.002 23 D 0.277 0.049 0.106 0.421 0.024 0.032 0.054 0.017 0.013 0.005 0.002 24 A 0.029 0.170 0.431 0.016 0.057 0.017 0.018 0.001 0.255 0.006 0.001 25 P 0.190 0.003 0.716 0.023 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 26 S 0.230 0.185 0.400 0.053 0.074 0.017 0.005 0.003 0.024 0.009 0.001 27 W 0.822 0.010 0.109 0.032 0.005 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 28 K 0.785 0.033 0.043 0.101 0.010 0.011 0.011 0.002 0.004 0.001 0.001 29 E 0.831 0.032 0.047 0.051 0.011 0.017 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 30 K 0.975 0.003 0.011 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.994 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.901 0.001 0.001 0.091 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 40 F 0.843 0.005 0.009 0.129 0.001 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 41 I 0.913 0.009 0.012 0.053 0.001 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 42 E 0.727 0.031 0.024 0.191 0.006 0.011 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 43 S 0.400 0.068 0.067 0.403 0.018 0.021 0.014 0.001 0.006 0.001 0.001 44 L 0.045 0.296 0.246 0.007 0.041 0.022 0.005 0.001 0.337 0.001 0.001 45 P 0.202 0.003 0.734 0.016 0.001 0.026 0.003 0.001 0.002 0.001 0.012 46 C 0.425 0.094 0.243 0.158 0.026 0.027 0.008 0.005 0.011 0.002 0.001 47 T 0.724 0.046 0.113 0.057 0.022 0.022 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 48 R 0.686 0.031 0.068 0.151 0.015 0.028 0.010 0.002 0.006 0.002 0.001 49 C 0.737 0.034 0.094 0.078 0.019 0.024 0.004 0.001 0.007 0.002 0.001 50 Q 0.986 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 H 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 H 0.969 0.001 0.002 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.936 0.005 0.008 0.044 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 58 T 0.893 0.006 0.014 0.071 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.546 0.021 0.029 0.380 0.004 0.007 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 60 N 0.012 0.061 0.210 0.009 0.012 0.018 0.013 0.001 0.664 0.001 0.001 61 P 0.283 0.001 0.668 0.007 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 62 L 0.462 0.073 0.298 0.119 0.010 0.019 0.004 0.008 0.006 0.001 0.001 63 T 0.189 0.237 0.308 0.129 0.032 0.068 0.006 0.003 0.026 0.001 0.001 64 L 0.227 0.300 0.210 0.156 0.043 0.029 0.014 0.001 0.015 0.003 0.002 65 N 0.124 0.172 0.143 0.366 0.075 0.045 0.035 0.007 0.026 0.006 0.001 66 N 0.035 0.187 0.312 0.105 0.095 0.077 0.043 0.005 0.128 0.013 0.001 67 S 0.840 0.010 0.106 0.022 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 68 E 0.911 0.012 0.017 0.047 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.805 0.023 0.023 0.105 0.008 0.010 0.018 0.001 0.005 0.001 0.001 70 F 0.885 0.027 0.030 0.030 0.005 0.010 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 71 Q 0.904 0.037 0.026 0.019 0.004 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 Y 0.861 0.061 0.017 0.029 0.014 0.012 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 73 W 0.870 0.048 0.019 0.027 0.014 0.017 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 74 T 0.827 0.095 0.016 0.028 0.014 0.013 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 75 F 0.801 0.095 0.028 0.027 0.019 0.016 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 76 A 0.820 0.071 0.027 0.030 0.013 0.030 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 77 F 0.769 0.042 0.028 0.110 0.007 0.034 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 78 H 0.721 0.049 0.032 0.171 0.008 0.007 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 79 N 0.484 0.018 0.033 0.206 0.028 0.022 0.183 0.017 0.007 0.002 0.001 80 N 0.467 0.036 0.061 0.244 0.028 0.041 0.090 0.023 0.007 0.003 0.001 81 V 0.778 0.087 0.043 0.064 0.005 0.011 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 82 N 0.468 0.045 0.146 0.141 0.016 0.093 0.029 0.001 0.059 0.001 0.002 83 N 0.905 0.006 0.029 0.049 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.813 0.030 0.026 0.110 0.005 0.005 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 85 L 0.263 0.031 0.092 0.520 0.008 0.007 0.065 0.003 0.008 0.001 0.001 86 N 0.008 0.005 0.014 0.046 0.013 0.005 0.738 0.154 0.004 0.012 0.001 87 K 0.026 0.285 0.615 0.024 0.022 0.007 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 88 K 0.081 0.090 0.709 0.025 0.009 0.062 0.004 0.001 0.008 0.001 0.010 89 I 0.041 0.730 0.116 0.022 0.060 0.018 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 90 I 0.041 0.680 0.148 0.016 0.079 0.018 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 91 S 0.058 0.202 0.435 0.033 0.051 0.127 0.015 0.002 0.070 0.003 0.003 92 W 0.429 0.147 0.222 0.078 0.035 0.044 0.015 0.003 0.020 0.004 0.003 93 S 0.530 0.127 0.147 0.081 0.052 0.024 0.014 0.005 0.014 0.004 0.001 94 E 0.477 0.146 0.151 0.104 0.038 0.044 0.018 0.003 0.015 0.002 0.002 95 Y 0.535 0.122 0.196 0.070 0.012 0.032 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 96 K 0.692 0.071 0.118 0.075 0.018 0.012 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 97 N 0.419 0.102 0.133 0.161 0.041 0.043 0.069 0.014 0.015 0.002 0.001 98 I 0.227 0.295 0.300 0.114 0.013 0.025 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 99 Y 0.150 0.286 0.352 0.041 0.043 0.048 0.014 0.001 0.064 0.001 0.001 100 E 0.368 0.074 0.370 0.075 0.023 0.051 0.013 0.003 0.017 0.003 0.003 101 Q 0.447 0.105 0.186 0.177 0.026 0.022 0.015 0.004 0.014 0.002 0.001 102 S 0.354 0.119 0.178 0.131 0.080 0.033 0.039 0.033 0.016 0.016 0.001 103 I 0.234 0.289 0.252 0.091 0.052 0.037 0.018 0.002 0.021 0.003 0.001 104 L 0.309 0.151 0.305 0.130 0.026 0.036 0.018 0.004 0.016 0.004 0.002 105 K 0.189 0.220 0.186 0.182 0.062 0.046 0.061 0.012 0.037 0.005 0.001