# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114.473 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.041 0.180 0.183 0.171 0.084 0.046 0.037 0.045 0.045 0.129 0.039 2 S 0.107 0.286 0.176 0.024 0.235 0.008 0.008 0.028 0.024 0.056 0.048 3 M 0.104 0.145 0.036 0.008 0.190 0.015 0.027 0.184 0.202 0.052 0.037 4 L 0.048 0.087 0.075 0.019 0.078 0.052 0.127 0.270 0.148 0.071 0.024 5 H 0.132 0.086 0.060 0.023 0.126 0.026 0.082 0.194 0.070 0.147 0.055 6 W 0.070 0.161 0.082 0.110 0.103 0.045 0.049 0.101 0.063 0.168 0.048 7 G 0.026 0.102 0.167 0.297 0.038 0.052 0.018 0.152 0.056 0.069 0.023 8 P 0.021 0.033 0.017 0.016 0.041 0.010 0.020 0.579 0.185 0.061 0.016 9 K 0.017 0.024 0.010 0.003 0.024 0.006 0.015 0.718 0.132 0.042 0.009 10 Y 0.008 0.014 0.004 0.001 0.013 0.002 0.007 0.873 0.060 0.015 0.004 11 W 0.017 0.010 0.002 0.001 0.021 0.001 0.005 0.875 0.060 0.005 0.004 12 R 0.005 0.005 0.001 0.001 0.008 0.002 0.006 0.924 0.043 0.003 0.002 13 S 0.009 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.930 0.033 0.004 0.002 14 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.007 0.904 0.063 0.004 0.002 15 H 0.010 0.007 0.002 0.001 0.014 0.004 0.022 0.854 0.075 0.007 0.004 16 L 0.030 0.018 0.005 0.002 0.033 0.005 0.039 0.758 0.088 0.013 0.011 17 Y 0.054 0.050 0.012 0.004 0.080 0.009 0.064 0.566 0.120 0.022 0.020 18 A 0.105 0.045 0.008 0.004 0.145 0.011 0.053 0.376 0.171 0.040 0.043 19 I 0.110 0.092 0.020 0.007 0.170 0.019 0.090 0.278 0.107 0.048 0.060 20 F 0.113 0.116 0.050 0.016 0.151 0.027 0.145 0.120 0.077 0.119 0.066 21 F 0.107 0.269 0.154 0.022 0.230 0.014 0.017 0.041 0.041 0.053 0.051 22 S 0.056 0.175 0.063 0.028 0.097 0.032 0.078 0.188 0.199 0.052 0.032 23 D 0.031 0.066 0.050 0.028 0.052 0.034 0.123 0.098 0.162 0.313 0.044 24 A 0.075 0.344 0.199 0.012 0.225 0.007 0.012 0.034 0.025 0.039 0.027 25 P 0.044 0.240 0.091 0.016 0.095 0.029 0.061 0.118 0.120 0.148 0.039 26 S 0.055 0.371 0.249 0.010 0.163 0.006 0.011 0.064 0.027 0.027 0.017 27 W 0.010 0.026 0.007 0.003 0.016 0.007 0.017 0.637 0.238 0.029 0.011 28 K 0.005 0.021 0.012 0.003 0.010 0.006 0.022 0.781 0.099 0.036 0.005 29 E 0.007 0.025 0.008 0.001 0.011 0.001 0.003 0.841 0.053 0.043 0.007 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.033 0.002 0.001 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.007 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.013 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.029 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.055 0.001 0.001 39 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.912 0.037 0.006 0.001 40 F 0.015 0.005 0.002 0.001 0.010 0.001 0.035 0.758 0.113 0.042 0.017 41 I 0.016 0.024 0.007 0.002 0.026 0.007 0.021 0.544 0.300 0.041 0.012 42 E 0.029 0.039 0.008 0.003 0.046 0.014 0.197 0.423 0.153 0.064 0.022 43 S 0.080 0.083 0.047 0.017 0.089 0.015 0.093 0.131 0.095 0.246 0.104 44 L 0.035 0.347 0.235 0.034 0.126 0.022 0.038 0.070 0.030 0.041 0.022 45 P 0.084 0.326 0.115 0.025 0.119 0.012 0.022 0.080 0.051 0.092 0.074 46 C 0.057 0.140 0.054 0.015 0.125 0.010 0.014 0.282 0.217 0.057 0.029 47 T 0.004 0.011 0.005 0.003 0.007 0.014 0.047 0.653 0.229 0.022 0.004 48 R 0.011 0.030 0.017 0.004 0.016 0.006 0.031 0.656 0.089 0.125 0.013 49 C 0.039 0.054 0.016 0.004 0.036 0.003 0.007 0.606 0.086 0.123 0.027 50 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.864 0.122 0.005 0.001 51 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.938 0.053 0.002 0.001 52 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.025 0.008 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.039 0.002 0.001 54 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.079 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.956 0.036 0.001 0.001 56 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.888 0.062 0.009 0.001 57 L 0.007 0.007 0.002 0.001 0.009 0.002 0.013 0.626 0.272 0.055 0.007 58 T 0.008 0.017 0.006 0.003 0.014 0.008 0.093 0.647 0.156 0.039 0.008 59 K 0.031 0.106 0.069 0.017 0.055 0.023 0.221 0.126 0.092 0.223 0.036 60 N 0.073 0.311 0.280 0.014 0.209 0.009 0.011 0.011 0.010 0.038 0.034 61 P 0.107 0.186 0.042 0.012 0.137 0.018 0.038 0.113 0.162 0.109 0.076 62 L 0.067 0.204 0.076 0.011 0.156 0.016 0.061 0.136 0.154 0.081 0.038 63 T 0.198 0.119 0.034 0.010 0.258 0.013 0.046 0.091 0.062 0.077 0.092 64 L 0.133 0.180 0.053 0.026 0.221 0.026 0.045 0.090 0.059 0.085 0.081 65 N 0.034 0.106 0.095 0.181 0.056 0.159 0.105 0.064 0.039 0.131 0.030 66 N 0.052 0.334 0.343 0.039 0.127 0.007 0.004 0.015 0.007 0.046 0.028 67 S 0.013 0.025 0.010 0.005 0.025 0.009 0.014 0.526 0.330 0.036 0.007 68 E 0.003 0.007 0.005 0.002 0.004 0.007 0.025 0.741 0.178 0.026 0.002 69 D 0.009 0.022 0.007 0.001 0.012 0.002 0.007 0.753 0.083 0.092 0.011 70 F 0.011 0.007 0.002 0.001 0.010 0.001 0.005 0.878 0.061 0.018 0.007 71 Q 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.908 0.074 0.004 0.001 72 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.937 0.044 0.004 0.001 73 W 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.009 0.947 0.027 0.004 0.001 74 T 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.934 0.042 0.007 0.002 75 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.924 0.063 0.002 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.931 0.050 0.002 0.001 77 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.939 0.032 0.007 0.002 78 H 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.892 0.071 0.013 0.003 79 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.899 0.086 0.006 0.001 80 N 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.914 0.059 0.007 0.002 81 V 0.009 0.011 0.004 0.001 0.013 0.003 0.022 0.852 0.067 0.011 0.005 82 N 0.014 0.009 0.002 0.001 0.021 0.004 0.018 0.800 0.105 0.020 0.006 83 N 0.004 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.015 0.738 0.212 0.013 0.003 84 R 0.021 0.014 0.012 0.005 0.023 0.027 0.140 0.595 0.109 0.041 0.013 85 L 0.019 0.542 0.090 0.028 0.067 0.026 0.113 0.062 0.021 0.022 0.009 86 N 0.020 0.004 0.008 0.019 0.008 0.007 0.007 0.021 0.016 0.522 0.368 87 K 0.012 0.673 0.189 0.003 0.102 0.001 0.002 0.005 0.005 0.006 0.003 88 K 0.151 0.252 0.052 0.008 0.348 0.020 0.019 0.028 0.025 0.019 0.077 89 I 0.276 0.160 0.039 0.020 0.256 0.011 0.023 0.056 0.038 0.033 0.088 90 I 0.063 0.309 0.114 0.027 0.236 0.051 0.047 0.062 0.023 0.035 0.034 91 S 0.143 0.334 0.152 0.007 0.309 0.003 0.002 0.011 0.005 0.011 0.024 92 W 0.048 0.050 0.011 0.006 0.086 0.011 0.017 0.339 0.348 0.062 0.021 93 S 0.016 0.042 0.033 0.013 0.036 0.029 0.078 0.541 0.166 0.039 0.007 94 E 0.057 0.051 0.020 0.006 0.074 0.007 0.025 0.456 0.118 0.159 0.028 95 Y 0.101 0.067 0.018 0.011 0.106 0.012 0.025 0.385 0.155 0.074 0.046 96 K 0.024 0.067 0.033 0.019 0.047 0.042 0.048 0.446 0.199 0.059 0.016 97 N 0.070 0.088 0.028 0.009 0.175 0.011 0.055 0.294 0.120 0.122 0.030 98 I 0.112 0.129 0.041 0.010 0.224 0.015 0.054 0.186 0.091 0.101 0.038 99 Y 0.111 0.251 0.132 0.016 0.269 0.013 0.020 0.078 0.031 0.043 0.037 100 E 0.092 0.215 0.106 0.020 0.176 0.023 0.040 0.173 0.084 0.039 0.033 101 Q 0.034 0.160 0.062 0.023 0.079 0.033 0.104 0.237 0.171 0.077 0.020 102 S 0.075 0.097 0.063 0.025 0.111 0.021 0.048 0.188 0.102 0.197 0.073 103 I 0.099 0.121 0.040 0.012 0.176 0.011 0.031 0.217 0.114 0.124 0.053 104 L 0.087 0.173 0.071 0.032 0.152 0.047 0.056 0.160 0.081 0.093 0.049 105 K 0.111 0.180 0.132 0.050 0.207 0.035 0.035 0.089 0.044 0.072 0.046