# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114.473 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.708 0.212 0.050 0.021 0.008 0.001 0.001 2 S 0.771 0.195 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 3 M 0.483 0.228 0.186 0.084 0.015 0.003 0.001 4 L 0.396 0.238 0.230 0.111 0.022 0.004 0.001 5 H 0.532 0.311 0.101 0.041 0.012 0.003 0.001 6 W 0.101 0.099 0.170 0.259 0.234 0.120 0.016 7 G 0.110 0.154 0.143 0.183 0.210 0.167 0.033 8 P 0.126 0.202 0.259 0.213 0.118 0.067 0.015 9 K 0.111 0.202 0.239 0.223 0.130 0.070 0.025 10 Y 0.034 0.064 0.119 0.203 0.238 0.221 0.120 11 W 0.017 0.020 0.028 0.073 0.189 0.383 0.289 12 R 0.027 0.071 0.122 0.185 0.226 0.234 0.135 13 S 0.018 0.024 0.036 0.093 0.142 0.311 0.377 14 L 0.008 0.010 0.018 0.050 0.088 0.285 0.542 15 H 0.005 0.010 0.017 0.040 0.116 0.287 0.525 16 L 0.010 0.019 0.031 0.063 0.121 0.249 0.507 17 Y 0.009 0.014 0.020 0.055 0.112 0.318 0.472 18 A 0.013 0.023 0.032 0.087 0.159 0.347 0.339 19 I 0.014 0.027 0.045 0.104 0.224 0.393 0.192 20 F 0.025 0.083 0.151 0.264 0.243 0.187 0.046 21 F 0.041 0.080 0.146 0.235 0.296 0.183 0.019 22 S 0.284 0.309 0.206 0.133 0.053 0.014 0.001 23 D 0.548 0.277 0.105 0.050 0.016 0.004 0.001 24 A 0.518 0.238 0.140 0.076 0.023 0.005 0.001 25 P 0.600 0.248 0.093 0.043 0.013 0.002 0.001 26 S 0.628 0.271 0.067 0.024 0.008 0.002 0.001 27 W 0.334 0.249 0.241 0.132 0.039 0.006 0.001 28 K 0.508 0.310 0.122 0.044 0.015 0.002 0.001 29 E 0.430 0.321 0.146 0.070 0.027 0.005 0.001 30 K 0.176 0.244 0.263 0.211 0.082 0.023 0.001 31 Y 0.274 0.301 0.235 0.134 0.045 0.010 0.001 32 E 0.120 0.312 0.336 0.169 0.051 0.011 0.001 33 A 0.011 0.023 0.042 0.129 0.354 0.376 0.065 34 I 0.007 0.055 0.170 0.387 0.249 0.125 0.006 35 Q 0.042 0.155 0.227 0.256 0.187 0.118 0.015 36 W 0.007 0.020 0.065 0.187 0.267 0.329 0.126 37 I 0.003 0.006 0.011 0.038 0.145 0.436 0.361 38 L 0.012 0.057 0.171 0.246 0.218 0.200 0.096 39 N 0.024 0.075 0.134 0.210 0.255 0.199 0.103 40 F 0.011 0.017 0.026 0.088 0.143 0.411 0.304 41 I 0.022 0.037 0.068 0.138 0.240 0.329 0.165 42 E 0.059 0.159 0.218 0.238 0.163 0.118 0.044 43 S 0.062 0.093 0.120 0.197 0.238 0.227 0.062 44 L 0.043 0.073 0.116 0.217 0.254 0.234 0.062 45 P 0.086 0.148 0.176 0.215 0.213 0.135 0.027 46 C 0.053 0.105 0.185 0.253 0.269 0.121 0.014 47 T 0.326 0.408 0.160 0.072 0.027 0.006 0.001 48 R 0.168 0.312 0.243 0.172 0.084 0.019 0.002 49 C 0.037 0.064 0.117 0.234 0.348 0.182 0.019 50 Q 0.065 0.195 0.311 0.272 0.118 0.037 0.002 51 H 0.218 0.382 0.255 0.117 0.022 0.005 0.001 52 H 0.028 0.089 0.259 0.348 0.222 0.051 0.003 53 A 0.012 0.019 0.025 0.071 0.312 0.491 0.070 54 F 0.023 0.141 0.318 0.359 0.126 0.031 0.001 55 S 0.168 0.475 0.222 0.102 0.027 0.007 0.001 56 Y 0.014 0.054 0.169 0.360 0.298 0.100 0.004 57 L 0.033 0.054 0.128 0.267 0.361 0.151 0.007 58 T 0.307 0.422 0.185 0.063 0.019 0.004 0.001 59 K 0.500 0.348 0.100 0.040 0.009 0.002 0.001 60 N 0.279 0.262 0.184 0.163 0.093 0.019 0.001 61 P 0.314 0.346 0.189 0.098 0.042 0.011 0.001 62 L 0.207 0.216 0.242 0.203 0.104 0.027 0.002 63 T 0.192 0.289 0.279 0.156 0.066 0.017 0.001 64 L 0.089 0.109 0.209 0.279 0.232 0.078 0.004 65 N 0.366 0.365 0.159 0.072 0.032 0.006 0.001 66 N 0.342 0.306 0.171 0.118 0.049 0.014 0.001 67 S 0.275 0.253 0.230 0.164 0.060 0.017 0.001 68 E 0.439 0.324 0.149 0.065 0.018 0.004 0.001 69 D 0.167 0.298 0.272 0.174 0.069 0.018 0.002 70 F 0.023 0.043 0.079 0.197 0.349 0.269 0.042 71 Q 0.012 0.047 0.101 0.226 0.280 0.293 0.041 72 Y 0.022 0.076 0.191 0.266 0.220 0.181 0.044 73 W 0.006 0.015 0.040 0.082 0.223 0.385 0.249 74 T 0.003 0.007 0.012 0.032 0.097 0.350 0.499 75 F 0.005 0.017 0.041 0.105 0.201 0.363 0.267 76 A 0.031 0.115 0.197 0.247 0.184 0.162 0.064 77 F 0.013 0.032 0.070 0.151 0.306 0.328 0.100 78 H 0.013 0.031 0.037 0.078 0.204 0.451 0.185 79 N 0.043 0.088 0.171 0.236 0.270 0.160 0.033 80 N 0.168 0.309 0.263 0.165 0.059 0.029 0.005 81 V 0.066 0.081 0.110 0.184 0.304 0.226 0.030 82 N 0.126 0.131 0.175 0.234 0.210 0.110 0.014 83 N 0.401 0.315 0.152 0.082 0.037 0.013 0.001 84 R 0.421 0.292 0.174 0.079 0.025 0.008 0.001 85 L 0.242 0.167 0.184 0.222 0.141 0.041 0.003 86 N 0.543 0.292 0.097 0.040 0.021 0.006 0.001 87 K 0.446 0.253 0.154 0.100 0.036 0.010 0.001 88 K 0.569 0.283 0.087 0.037 0.020 0.005 0.001 89 I 0.273 0.270 0.235 0.156 0.051 0.014 0.001 90 I 0.221 0.219 0.226 0.185 0.114 0.033 0.002 91 S 0.186 0.270 0.228 0.172 0.103 0.038 0.003 92 W 0.075 0.094 0.176 0.288 0.256 0.104 0.008 93 S 0.410 0.380 0.135 0.050 0.021 0.004 0.001 94 E 0.219 0.295 0.260 0.166 0.046 0.013 0.001 95 Y 0.091 0.108 0.171 0.261 0.258 0.103 0.009 96 K 0.174 0.267 0.277 0.198 0.064 0.018 0.001 97 N 0.302 0.338 0.199 0.111 0.037 0.012 0.001 98 I 0.124 0.184 0.229 0.267 0.142 0.052 0.002 99 Y 0.131 0.107 0.194 0.298 0.203 0.063 0.003 100 E 0.516 0.309 0.118 0.041 0.013 0.003 0.001 101 Q 0.679 0.227 0.056 0.026 0.010 0.002 0.001 102 S 0.684 0.238 0.051 0.018 0.006 0.002 0.001 103 I 0.408 0.213 0.187 0.128 0.048 0.014 0.002 104 L 0.606 0.229 0.100 0.043 0.016 0.005 0.001 105 K 0.544 0.198 0.116 0.080 0.041 0.019 0.003