# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114.473 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.574 0.195 0.119 0.056 0.028 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 S 0.494 0.211 0.125 0.074 0.049 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 M 0.219 0.138 0.133 0.147 0.155 0.093 0.056 0.032 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 4 L 0.302 0.174 0.126 0.133 0.100 0.070 0.046 0.025 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 5 H 0.334 0.171 0.145 0.106 0.090 0.065 0.040 0.023 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 6 W 0.080 0.049 0.067 0.116 0.157 0.165 0.121 0.111 0.059 0.040 0.019 0.010 0.005 0.001 7 G 0.111 0.086 0.092 0.134 0.152 0.145 0.113 0.073 0.047 0.024 0.012 0.007 0.002 0.001 8 P 0.136 0.113 0.115 0.153 0.138 0.119 0.085 0.055 0.038 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 9 K 0.122 0.112 0.129 0.145 0.129 0.135 0.105 0.057 0.035 0.014 0.010 0.005 0.002 0.001 10 Y 0.033 0.029 0.046 0.078 0.124 0.178 0.188 0.159 0.090 0.040 0.021 0.008 0.004 0.001 11 W 0.035 0.047 0.066 0.107 0.152 0.194 0.175 0.115 0.060 0.028 0.011 0.006 0.003 0.001 12 R 0.081 0.087 0.113 0.129 0.164 0.142 0.113 0.081 0.046 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 13 S 0.033 0.025 0.044 0.079 0.105 0.159 0.205 0.188 0.084 0.045 0.018 0.010 0.004 0.002 14 L 0.030 0.021 0.037 0.061 0.108 0.163 0.200 0.180 0.112 0.051 0.018 0.012 0.005 0.002 15 H 0.058 0.055 0.070 0.100 0.140 0.140 0.141 0.139 0.079 0.045 0.017 0.010 0.005 0.002 16 L 0.069 0.057 0.070 0.113 0.138 0.156 0.152 0.108 0.062 0.041 0.016 0.011 0.004 0.003 17 Y 0.037 0.024 0.047 0.081 0.123 0.163 0.192 0.130 0.100 0.062 0.023 0.011 0.004 0.003 18 A 0.045 0.033 0.049 0.085 0.145 0.161 0.159 0.134 0.097 0.053 0.020 0.011 0.006 0.003 19 I 0.094 0.062 0.072 0.110 0.125 0.154 0.136 0.095 0.062 0.040 0.025 0.014 0.008 0.003 20 F 0.070 0.074 0.094 0.175 0.189 0.148 0.118 0.057 0.039 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 21 F 0.075 0.052 0.073 0.126 0.160 0.189 0.140 0.085 0.051 0.026 0.016 0.005 0.002 0.001 22 S 0.216 0.133 0.147 0.159 0.142 0.093 0.052 0.028 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 23 D 0.336 0.167 0.134 0.149 0.103 0.055 0.027 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 24 A 0.503 0.185 0.126 0.087 0.055 0.023 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 P 0.617 0.181 0.104 0.058 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 S 0.662 0.177 0.097 0.033 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 W 0.381 0.153 0.134 0.135 0.119 0.044 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.635 0.206 0.077 0.046 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.516 0.217 0.128 0.066 0.041 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 K 0.132 0.099 0.131 0.199 0.237 0.109 0.048 0.023 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.357 0.170 0.129 0.133 0.104 0.059 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.220 0.198 0.174 0.171 0.126 0.063 0.026 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.016 0.010 0.019 0.067 0.136 0.210 0.193 0.182 0.117 0.039 0.007 0.003 0.001 0.001 34 I 0.040 0.074 0.119 0.249 0.233 0.151 0.073 0.033 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.467 0.279 0.143 0.052 0.030 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.021 0.029 0.062 0.157 0.200 0.199 0.176 0.121 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 37 I 0.012 0.012 0.035 0.068 0.139 0.201 0.264 0.161 0.074 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 38 L 0.138 0.161 0.146 0.168 0.174 0.100 0.050 0.036 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 39 N 0.178 0.141 0.150 0.170 0.127 0.102 0.065 0.034 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 40 F 0.046 0.030 0.050 0.120 0.171 0.181 0.170 0.111 0.072 0.034 0.008 0.004 0.001 0.001 41 I 0.100 0.070 0.094 0.111 0.131 0.165 0.153 0.087 0.049 0.019 0.012 0.006 0.003 0.001 42 E 0.218 0.159 0.151 0.142 0.125 0.084 0.056 0.030 0.017 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 43 S 0.125 0.067 0.087 0.109 0.141 0.152 0.121 0.071 0.056 0.035 0.022 0.009 0.004 0.002 44 L 0.123 0.069 0.092 0.138 0.175 0.153 0.103 0.057 0.046 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 45 P 0.132 0.085 0.075 0.140 0.151 0.136 0.100 0.063 0.061 0.026 0.018 0.008 0.003 0.002 46 C 0.090 0.069 0.084 0.135 0.144 0.165 0.122 0.073 0.061 0.027 0.018 0.006 0.003 0.001 47 T 0.484 0.220 0.129 0.076 0.042 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 R 0.293 0.209 0.186 0.119 0.094 0.049 0.027 0.012 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 49 C 0.048 0.035 0.061 0.126 0.180 0.206 0.169 0.098 0.052 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.167 0.179 0.236 0.159 0.125 0.066 0.038 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 H 0.626 0.213 0.090 0.036 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 H 0.113 0.168 0.172 0.219 0.160 0.087 0.050 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.013 0.014 0.034 0.076 0.165 0.219 0.211 0.144 0.099 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 54 F 0.108 0.165 0.173 0.255 0.156 0.077 0.037 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.682 0.238 0.063 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.042 0.060 0.112 0.211 0.275 0.154 0.085 0.041 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.033 0.037 0.085 0.144 0.213 0.186 0.175 0.084 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 58 T 0.526 0.231 0.117 0.065 0.033 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.485 0.205 0.135 0.084 0.047 0.023 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.227 0.145 0.146 0.148 0.154 0.095 0.041 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 61 P 0.234 0.166 0.174 0.133 0.137 0.071 0.041 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 62 L 0.164 0.070 0.075 0.141 0.163 0.149 0.090 0.065 0.036 0.030 0.010 0.004 0.002 0.001 63 T 0.179 0.140 0.147 0.169 0.154 0.091 0.055 0.030 0.019 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 64 L 0.091 0.046 0.059 0.117 0.155 0.167 0.118 0.098 0.068 0.051 0.017 0.008 0.003 0.001 65 N 0.229 0.184 0.152 0.179 0.119 0.065 0.035 0.017 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 66 N 0.362 0.175 0.153 0.121 0.077 0.053 0.027 0.013 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 67 S 0.268 0.180 0.152 0.145 0.121 0.066 0.032 0.016 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 68 E 0.293 0.207 0.162 0.129 0.090 0.055 0.031 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 69 D 0.212 0.180 0.152 0.136 0.139 0.087 0.046 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 70 F 0.037 0.029 0.046 0.098 0.173 0.182 0.165 0.142 0.066 0.035 0.016 0.007 0.003 0.001 71 Q 0.039 0.036 0.054 0.103 0.142 0.169 0.178 0.124 0.076 0.042 0.020 0.012 0.004 0.002 72 Y 0.093 0.072 0.084 0.104 0.127 0.127 0.110 0.099 0.078 0.047 0.030 0.019 0.007 0.003 73 W 0.070 0.040 0.057 0.088 0.107 0.131 0.124 0.122 0.097 0.074 0.044 0.028 0.012 0.005 74 T 0.044 0.027 0.037 0.078 0.123 0.135 0.138 0.124 0.131 0.090 0.038 0.024 0.009 0.005 75 F 0.067 0.044 0.052 0.083 0.106 0.148 0.139 0.113 0.097 0.070 0.042 0.023 0.012 0.005 76 A 0.160 0.122 0.129 0.142 0.145 0.101 0.075 0.049 0.037 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 77 F 0.067 0.055 0.072 0.127 0.154 0.164 0.131 0.077 0.063 0.044 0.029 0.010 0.003 0.002 78 H 0.081 0.077 0.097 0.137 0.177 0.168 0.107 0.061 0.053 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 79 N 0.215 0.129 0.117 0.143 0.136 0.085 0.064 0.051 0.030 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 80 N 0.247 0.154 0.156 0.135 0.109 0.073 0.052 0.038 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 81 V 0.138 0.068 0.087 0.119 0.158 0.153 0.100 0.060 0.059 0.031 0.017 0.006 0.002 0.001 82 N 0.191 0.136 0.158 0.179 0.141 0.080 0.054 0.027 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 83 N 0.624 0.174 0.084 0.050 0.029 0.017 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.320 0.197 0.164 0.127 0.098 0.043 0.026 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 85 L 0.141 0.080 0.122 0.145 0.169 0.144 0.099 0.059 0.024 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 86 N 0.447 0.176 0.132 0.099 0.077 0.035 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.513 0.178 0.117 0.094 0.051 0.021 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.474 0.222 0.123 0.078 0.051 0.029 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.280 0.145 0.171 0.131 0.136 0.064 0.034 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 90 I 0.255 0.114 0.109 0.170 0.150 0.101 0.050 0.030 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 91 S 0.416 0.208 0.130 0.104 0.078 0.035 0.014 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 W 0.118 0.080 0.108 0.209 0.190 0.124 0.075 0.046 0.026 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 93 S 0.603 0.208 0.092 0.050 0.023 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.316 0.197 0.197 0.120 0.089 0.042 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Y 0.077 0.044 0.060 0.130 0.197 0.189 0.142 0.089 0.043 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 96 K 0.306 0.240 0.189 0.124 0.074 0.034 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 N 0.585 0.182 0.102 0.058 0.034 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.134 0.104 0.126 0.167 0.202 0.117 0.074 0.043 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.101 0.072 0.100 0.147 0.173 0.156 0.107 0.085 0.031 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 100 E 0.397 0.183 0.138 0.108 0.084 0.042 0.022 0.011 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 101 Q 0.356 0.132 0.124 0.135 0.103 0.068 0.036 0.019 0.013 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 102 S 0.418 0.183 0.136 0.101 0.076 0.042 0.022 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 103 I 0.197 0.098 0.103 0.143 0.153 0.125 0.077 0.052 0.026 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 104 L 0.306 0.149 0.129 0.127 0.115 0.076 0.045 0.025 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 105 K 0.360 0.150 0.140 0.114 0.092 0.060 0.035 0.021 0.013 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001