# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106.089 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.002 0.002 0.026 0.015 0.180 0.001 0.036 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.038 0.054 0.179 0.057 0.100 0.300 0.001 2 S 0.002 0.002 0.070 0.056 0.033 0.002 0.048 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.049 0.020 0.043 0.036 0.253 0.368 0.001 3 M 0.002 0.001 0.016 0.017 0.094 0.001 0.028 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.043 0.035 0.470 0.048 0.090 0.133 0.001 4 L 0.003 0.005 0.060 0.059 0.040 0.013 0.315 0.054 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.043 0.020 0.139 0.043 0.077 0.114 0.001 5 H 0.003 0.003 0.022 0.030 0.072 0.006 0.200 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 0.035 0.213 0.157 0.110 0.097 0.001 6 W 0.002 0.003 0.026 0.020 0.070 0.001 0.100 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.032 0.171 0.080 0.125 0.313 0.001 7 G 0.001 0.001 0.024 0.021 0.026 0.001 0.017 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.013 0.127 0.052 0.166 0.502 0.001 8 P 0.001 0.001 0.006 0.003 0.008 0.003 0.008 0.118 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.760 0.008 0.016 0.056 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.051 0.815 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.004 0.003 0.005 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.002 0.001 0.003 0.001 11 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 15 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.974 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 0.951 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.012 0.025 0.004 0.005 0.007 0.002 0.029 0.854 0.009 0.003 0.001 0.002 0.002 0.010 0.007 0.002 0.014 0.005 0.001 0.003 0.001 18 A 0.037 0.049 0.005 0.006 0.033 0.008 0.062 0.637 0.022 0.004 0.004 0.005 0.010 0.026 0.006 0.013 0.033 0.016 0.006 0.005 0.010 19 I 0.062 0.087 0.044 0.042 0.025 0.013 0.076 0.377 0.032 0.007 0.008 0.009 0.020 0.040 0.028 0.011 0.056 0.022 0.012 0.016 0.014 20 F 0.046 0.057 0.021 0.031 0.146 0.008 0.119 0.115 0.030 0.011 0.010 0.010 0.018 0.027 0.028 0.043 0.117 0.066 0.042 0.045 0.011 21 F 0.017 0.020 0.066 0.077 0.043 0.004 0.043 0.036 0.012 0.004 0.003 0.004 0.006 0.010 0.056 0.022 0.123 0.059 0.171 0.221 0.004 22 S 0.002 0.003 0.012 0.018 0.077 0.004 0.072 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.020 0.040 0.442 0.059 0.068 0.151 0.001 23 D 0.001 0.001 0.021 0.020 0.037 0.007 0.354 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.014 0.125 0.116 0.114 0.159 0.001 24 A 0.001 0.001 0.019 0.013 0.028 0.001 0.046 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.090 0.123 0.227 0.410 0.001 25 P 0.001 0.001 0.012 0.007 0.052 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.020 0.164 0.090 0.151 0.464 0.001 26 S 0.001 0.001 0.008 0.005 0.013 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.015 0.228 0.689 0.001 27 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.934 0.005 0.009 0.015 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.108 0.801 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.004 0.002 0.009 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.072 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.004 0.006 0.001 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.006 0.003 0.004 0.001 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.965 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.907 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 40 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.036 0.792 0.020 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.076 0.028 0.004 0.013 0.001 41 I 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 0.017 0.126 0.616 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.110 0.030 0.011 0.016 0.001 42 E 0.004 0.004 0.017 0.014 0.006 0.064 0.174 0.327 0.120 0.024 0.002 0.001 0.003 0.008 0.010 0.005 0.135 0.050 0.014 0.019 0.002 43 S 0.004 0.004 0.005 0.007 0.046 0.010 0.253 0.086 0.033 0.012 0.002 0.003 0.003 0.007 0.011 0.024 0.242 0.112 0.075 0.057 0.003 44 L 0.002 0.003 0.057 0.027 0.008 0.003 0.028 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.039 0.015 0.142 0.078 0.163 0.388 0.001 45 P 0.001 0.001 0.004 0.003 0.072 0.002 0.026 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.072 0.220 0.076 0.107 0.363 0.001 46 C 0.001 0.001 0.014 0.010 0.011 0.004 0.060 0.117 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.009 0.536 0.032 0.068 0.084 0.001 47 T 0.001 0.001 0.007 0.004 0.003 0.012 0.066 0.449 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.391 0.012 0.013 0.031 0.001 48 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.017 0.145 0.682 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.089 0.026 0.009 0.012 0.001 49 C 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.061 0.742 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.088 0.039 0.014 0.024 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.021 0.702 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.234 0.006 0.005 0.010 0.001 51 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.916 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.001 0.002 0.001 52 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.043 0.923 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.001 0.002 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.905 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.007 0.004 0.006 0.001 54 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.926 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.002 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.039 0.922 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.075 0.740 0.031 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.087 0.017 0.005 0.002 0.001 57 L 0.002 0.003 0.004 0.004 0.022 0.008 0.082 0.629 0.027 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.106 0.034 0.017 0.037 0.001 58 T 0.002 0.002 0.014 0.015 0.008 0.067 0.245 0.243 0.098 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.170 0.038 0.023 0.030 0.001 59 K 0.002 0.001 0.005 0.006 0.048 0.015 0.449 0.022 0.041 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.206 0.096 0.036 0.042 0.001 60 N 0.001 0.001 0.017 0.010 0.012 0.001 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.015 0.071 0.317 0.499 0.001 61 P 0.001 0.001 0.008 0.004 0.074 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.069 0.419 0.133 0.114 0.135 0.001 62 L 0.002 0.002 0.053 0.037 0.029 0.014 0.208 0.030 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.070 0.046 0.094 0.048 0.166 0.187 0.001 63 T 0.002 0.002 0.035 0.026 0.113 0.002 0.053 0.019 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.055 0.072 0.058 0.116 0.200 0.232 0.001 64 L 0.003 0.002 0.052 0.046 0.071 0.003 0.037 0.024 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.010 0.099 0.112 0.159 0.043 0.173 0.154 0.002 65 N 0.002 0.002 0.040 0.042 0.055 0.005 0.141 0.028 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.064 0.032 0.265 0.084 0.069 0.153 0.001 66 N 0.001 0.001 0.015 0.017 0.068 0.001 0.089 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.025 0.041 0.109 0.192 0.393 0.001 67 S 0.001 0.001 0.018 0.015 0.010 0.001 0.007 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.004 0.648 0.039 0.068 0.103 0.001 68 E 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.020 0.042 0.516 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.363 0.008 0.007 0.022 0.001 69 D 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.020 0.149 0.745 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.014 0.004 0.004 0.001 70 F 0.002 0.006 0.002 0.002 0.036 0.001 0.026 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.011 0.004 0.014 0.001 71 Q 0.006 0.012 0.007 0.007 0.009 0.003 0.016 0.879 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 0.002 0.002 0.006 0.001 72 Y 0.008 0.014 0.002 0.003 0.009 0.007 0.015 0.909 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 73 W 0.010 0.020 0.003 0.004 0.009 0.003 0.019 0.894 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 74 T 0.011 0.016 0.004 0.005 0.012 0.002 0.017 0.841 0.009 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.007 0.003 0.041 0.009 0.004 0.004 0.001 75 F 0.007 0.012 0.003 0.003 0.007 0.004 0.014 0.876 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.043 0.003 0.001 0.004 0.001 76 A 0.005 0.006 0.003 0.003 0.004 0.012 0.028 0.853 0.017 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.042 0.006 0.002 0.003 0.001 77 F 0.002 0.005 0.002 0.002 0.009 0.004 0.031 0.865 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.044 0.006 0.002 0.006 0.001 78 H 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.007 0.041 0.737 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.111 0.022 0.010 0.006 0.001 79 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.015 0.029 0.796 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.110 0.005 0.002 0.006 0.001 80 N 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.065 0.108 0.709 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 0.012 0.002 0.002 0.001 81 V 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 0.013 0.050 0.743 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.073 0.030 0.009 0.010 0.001 82 N 0.002 0.002 0.007 0.006 0.010 0.012 0.053 0.599 0.026 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.158 0.040 0.018 0.033 0.001 83 N 0.001 0.002 0.004 0.006 0.006 0.121 0.074 0.558 0.053 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.112 0.023 0.007 0.012 0.001 84 R 0.001 0.001 0.005 0.010 0.020 0.089 0.126 0.097 0.280 0.167 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.109 0.053 0.023 0.011 0.001 85 L 0.002 0.003 0.020 0.021 0.027 0.006 0.199 0.055 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.188 0.045 0.120 0.267 0.001 86 N 0.001 0.002 0.004 0.004 0.067 0.003 0.156 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.192 0.331 0.080 0.117 0.001 87 K 0.002 0.002 0.050 0.040 0.022 0.013 0.069 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.034 0.073 0.070 0.248 0.324 0.001 88 K 0.003 0.004 0.045 0.025 0.177 0.003 0.022 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.029 0.146 0.062 0.176 0.262 0.002 89 I 0.004 0.005 0.057 0.050 0.121 0.006 0.098 0.030 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.005 0.066 0.102 0.111 0.060 0.169 0.099 0.004 90 I 0.006 0.005 0.078 0.059 0.085 0.002 0.067 0.013 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.008 0.096 0.057 0.078 0.087 0.118 0.226 0.001 91 S 0.001 0.001 0.013 0.016 0.089 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.046 0.008 0.022 0.245 0.533 0.001 92 W 0.001 0.001 0.006 0.007 0.006 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.003 0.861 0.005 0.017 0.027 0.001 93 S 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.020 0.236 0.511 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.182 0.008 0.005 0.016 0.001 94 E 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.014 0.277 0.591 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.039 0.013 0.014 0.001 95 Y 0.001 0.003 0.003 0.005 0.073 0.001 0.065 0.643 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.098 0.033 0.019 0.032 0.001 96 K 0.006 0.007 0.020 0.023 0.027 0.022 0.255 0.446 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.115 0.019 0.012 0.019 0.001 97 N 0.011 0.018 0.027 0.053 0.084 0.049 0.138 0.398 0.024 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.050 0.043 0.031 0.053 0.001 98 I 0.004 0.007 0.010 0.016 0.230 0.004 0.106 0.181 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.020 0.196 0.065 0.055 0.071 0.001 99 Y 0.003 0.004 0.059 0.047 0.028 0.004 0.106 0.134 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 0.009 0.089 0.064 0.170 0.231 0.001 100 E 0.001 0.001 0.010 0.011 0.095 0.004 0.044 0.067 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.026 0.225 0.076 0.135 0.280 0.001 101 Q 0.001 0.001 0.016 0.018 0.025 0.006 0.115 0.082 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.008 0.473 0.033 0.064 0.118 0.001 102 S 0.001 0.001 0.010 0.010 0.030 0.011 0.347 0.144 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.211 0.079 0.055 0.080 0.001 103 I 0.002 0.002 0.020 0.020 0.060 0.014 0.222 0.121 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.021 0.149 0.136 0.114 0.095 0.001 104 L 0.003 0.005 0.038 0.033 0.093 0.005 0.126 0.095 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.037 0.025 0.190 0.068 0.106 0.165 0.001 105 K 0.006 0.008 0.046 0.052 0.120 0.007 0.109 0.061 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.038 0.026 0.124 0.065 0.132 0.192 0.001