# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106.089 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.096 0.170 0.259 0.233 0.003 0.037 0.004 0.015 0.021 0.012 0.051 0.022 0.037 0.001 0.004 0.036 2 S 0.072 0.030 0.024 0.064 0.009 0.533 0.004 0.003 0.010 0.008 0.037 0.110 0.088 0.002 0.001 0.005 3 M 0.014 0.028 0.042 0.034 0.015 0.076 0.007 0.012 0.001 0.001 0.620 0.040 0.097 0.008 0.003 0.003 4 L 0.003 0.153 0.017 0.059 0.002 0.017 0.005 0.017 0.005 0.002 0.033 0.576 0.069 0.003 0.031 0.008 5 H 0.006 0.012 0.056 0.036 0.021 0.026 0.246 0.002 0.013 0.003 0.024 0.043 0.358 0.056 0.017 0.080 6 W 0.047 0.044 0.258 0.065 0.001 0.014 0.010 0.056 0.002 0.001 0.023 0.034 0.311 0.002 0.085 0.050 7 G 0.009 0.004 0.022 0.015 0.004 0.327 0.017 0.002 0.013 0.089 0.021 0.030 0.416 0.008 0.002 0.022 8 P 0.014 0.014 0.005 0.009 0.001 0.031 0.001 0.005 0.001 0.001 0.540 0.024 0.348 0.002 0.003 0.002 9 K 0.001 0.016 0.002 0.008 0.001 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.063 0.674 0.209 0.002 0.002 0.002 10 Y 0.002 0.001 0.009 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.061 0.890 0.001 0.004 0.002 11 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.969 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 13 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 15 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.001 0.001 17 Y 0.001 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.003 0.005 0.003 18 A 0.001 0.002 0.011 0.020 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.897 0.007 0.004 0.040 19 I 0.007 0.008 0.078 0.052 0.004 0.006 0.022 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.757 0.018 0.012 0.031 20 F 0.007 0.058 0.152 0.189 0.013 0.029 0.031 0.006 0.002 0.001 0.007 0.004 0.330 0.036 0.014 0.121 21 F 0.020 0.040 0.090 0.123 0.020 0.275 0.038 0.015 0.006 0.005 0.022 0.016 0.246 0.020 0.021 0.043 22 S 0.026 0.109 0.055 0.063 0.019 0.222 0.028 0.029 0.009 0.005 0.186 0.033 0.142 0.019 0.028 0.026 23 D 0.044 0.410 0.037 0.130 0.002 0.017 0.009 0.014 0.021 0.003 0.085 0.120 0.041 0.005 0.019 0.043 24 A 0.069 0.050 0.381 0.115 0.006 0.089 0.025 0.005 0.015 0.006 0.014 0.061 0.094 0.005 0.023 0.043 25 P 0.034 0.086 0.572 0.130 0.002 0.030 0.005 0.005 0.002 0.002 0.032 0.012 0.050 0.001 0.004 0.032 26 S 0.010 0.007 0.006 0.015 0.004 0.828 0.003 0.001 0.001 0.002 0.024 0.056 0.037 0.002 0.001 0.002 27 W 0.003 0.012 0.005 0.008 0.002 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.884 0.021 0.043 0.002 0.002 0.002 28 K 0.001 0.075 0.009 0.016 0.001 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 0.827 0.035 0.001 0.006 0.007 29 E 0.002 0.001 0.018 0.002 0.001 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 0.024 0.879 0.001 0.003 0.012 30 K 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.048 0.736 0.001 0.001 0.004 31 Y 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.284 0.656 0.001 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.975 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.007 0.001 0.002 40 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.018 0.007 0.006 41 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.025 0.011 0.011 42 E 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.806 0.036 0.047 0.070 43 S 0.026 0.022 0.055 0.016 0.001 0.005 0.051 0.002 0.008 0.001 0.006 0.014 0.342 0.043 0.028 0.380 44 L 0.066 0.013 0.417 0.017 0.005 0.018 0.074 0.005 0.001 0.002 0.007 0.008 0.246 0.020 0.045 0.054 45 P 0.025 0.081 0.228 0.047 0.007 0.247 0.020 0.020 0.002 0.008 0.041 0.018 0.167 0.009 0.018 0.060 46 C 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.716 0.003 0.001 0.001 0.002 0.121 0.051 0.087 0.001 0.001 0.001 47 T 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.806 0.104 0.073 0.001 0.001 0.001 48 R 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.926 0.055 0.001 0.002 0.002 49 C 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.980 0.002 0.001 0.001 51 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.045 0.942 0.002 0.003 0.002 52 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 54 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.003 0.001 0.011 57 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.017 0.005 0.011 58 T 0.002 0.006 0.022 0.005 0.001 0.004 0.027 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.729 0.094 0.042 0.061 59 K 0.015 0.052 0.092 0.030 0.001 0.003 0.046 0.003 0.008 0.001 0.007 0.003 0.172 0.075 0.047 0.444 60 N 0.154 0.016 0.347 0.036 0.002 0.080 0.034 0.007 0.004 0.004 0.004 0.012 0.149 0.011 0.071 0.067 61 P 0.088 0.063 0.264 0.066 0.015 0.087 0.019 0.006 0.005 0.004 0.152 0.007 0.110 0.014 0.008 0.091 62 L 0.053 0.278 0.061 0.370 0.004 0.024 0.004 0.014 0.006 0.002 0.037 0.095 0.026 0.002 0.013 0.012 63 T 0.013 0.049 0.374 0.261 0.029 0.114 0.029 0.004 0.008 0.008 0.008 0.039 0.031 0.005 0.003 0.026 64 L 0.042 0.044 0.105 0.186 0.025 0.324 0.016 0.025 0.004 0.001 0.130 0.018 0.055 0.003 0.008 0.014 65 N 0.008 0.325 0.084 0.271 0.005 0.047 0.004 0.024 0.014 0.007 0.056 0.115 0.020 0.001 0.005 0.012 66 N 0.024 0.015 0.011 0.015 0.003 0.741 0.004 0.003 0.005 0.007 0.026 0.073 0.065 0.001 0.002 0.006 67 S 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.879 0.022 0.058 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.039 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.055 0.843 0.041 0.001 0.006 0.001 69 D 0.002 0.007 0.039 0.006 0.001 0.007 0.011 0.001 0.002 0.001 0.013 0.137 0.717 0.002 0.014 0.043 70 F 0.003 0.001 0.023 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.014 0.923 0.001 0.002 0.009 71 Q 0.001 0.002 0.006 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.931 0.001 0.001 0.002 72 Y 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 73 W 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.962 0.003 0.001 0.002 74 T 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.954 0.002 0.002 0.003 75 F 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.971 0.001 0.002 0.003 76 A 0.001 0.001 0.003 0.010 0.003 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.937 0.014 0.001 0.006 77 F 0.002 0.010 0.008 0.014 0.004 0.011 0.013 0.006 0.001 0.001 0.022 0.018 0.804 0.060 0.014 0.015 78 H 0.002 0.008 0.015 0.010 0.002 0.034 0.037 0.007 0.003 0.003 0.023 0.052 0.683 0.038 0.062 0.023 79 N 0.009 0.010 0.010 0.004 0.001 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.087 0.027 0.762 0.003 0.032 0.029 80 N 0.016 0.012 0.009 0.009 0.001 0.014 0.009 0.001 0.003 0.001 0.062 0.083 0.744 0.008 0.003 0.026 81 V 0.015 0.007 0.031 0.013 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.026 0.078 0.788 0.006 0.015 0.004 82 N 0.001 0.006 0.013 0.005 0.001 0.017 0.016 0.001 0.001 0.001 0.012 0.057 0.852 0.007 0.005 0.007 83 N 0.002 0.003 0.005 0.014 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.023 0.010 0.904 0.003 0.017 0.007 84 R 0.002 0.007 0.015 0.009 0.013 0.007 0.082 0.001 0.004 0.001 0.008 0.026 0.258 0.492 0.004 0.070 85 L 0.012 0.008 0.050 0.019 0.001 0.009 0.012 0.034 0.001 0.001 0.007 0.009 0.327 0.006 0.489 0.016 86 N 0.003 0.029 0.062 0.016 0.001 0.016 0.007 0.002 0.044 0.014 0.006 0.006 0.182 0.006 0.003 0.604 87 K 0.627 0.023 0.043 0.056 0.003 0.029 0.008 0.003 0.003 0.001 0.034 0.012 0.123 0.007 0.012 0.017 88 K 0.023 0.072 0.475 0.089 0.002 0.068 0.009 0.005 0.004 0.002 0.039 0.083 0.091 0.004 0.008 0.027 89 I 0.026 0.099 0.137 0.380 0.009 0.104 0.016 0.004 0.006 0.001 0.030 0.040 0.104 0.003 0.010 0.031 90 I 0.009 0.113 0.197 0.586 0.001 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.008 0.015 0.034 0.001 0.002 0.015 91 S 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 92 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 93 S 0.001 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.007 0.001 0.001 0.001 94 E 0.001 0.003 0.058 0.008 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.010 0.028 0.826 0.002 0.009 0.041 95 Y 0.002 0.002 0.038 0.009 0.001 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.877 0.005 0.004 0.012 96 K 0.001 0.008 0.010 0.011 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 0.910 0.002 0.007 0.009 97 N 0.003 0.004 0.010 0.089 0.001 0.014 0.003 0.001 0.002 0.001 0.015 0.016 0.794 0.007 0.002 0.039 98 I 0.014 0.019 0.114 0.052 0.001 0.015 0.012 0.001 0.001 0.001 0.011 0.029 0.677 0.014 0.010 0.028 99 Y 0.004 0.028 0.117 0.171 0.003 0.029 0.014 0.005 0.001 0.001 0.011 0.010 0.551 0.005 0.016 0.034 100 E 0.010 0.036 0.101 0.139 0.022 0.139 0.041 0.006 0.004 0.003 0.022 0.014 0.370 0.049 0.007 0.038 101 Q 0.038 0.046 0.044 0.124 0.003 0.097 0.007 0.041 0.004 0.001 0.171 0.038 0.311 0.006 0.051 0.017 102 S 0.013 0.074 0.067 0.095 0.016 0.098 0.022 0.007 0.030 0.013 0.094 0.184 0.219 0.015 0.010 0.042 103 I 0.048 0.057 0.072 0.054 0.092 0.040 0.114 0.015 0.003 0.002 0.075 0.058 0.230 0.084 0.030 0.026 104 L 0.006 0.052 0.103 0.054 0.045 0.060 0.101 0.099 0.007 0.007 0.035 0.058 0.155 0.066 0.117 0.035 105 K 0.028 0.065 0.091 0.068 0.011 0.049 0.038 0.071 0.073 0.032 0.053 0.031 0.135 0.015 0.092 0.149