# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106.089 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.030 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.044 0.147 0.727 2 S 0.162 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.091 0.107 0.548 3 M 0.194 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.081 0.089 0.575 4 L 0.102 0.030 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.060 0.125 0.612 5 H 0.023 0.035 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 0.048 0.143 0.682 6 W 0.030 0.143 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.096 0.130 0.524 7 G 0.033 0.676 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.066 0.039 0.163 8 P 0.017 0.850 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.018 0.081 9 K 0.014 0.433 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.424 0.023 0.067 10 Y 0.006 0.821 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.137 0.005 0.020 11 W 0.021 0.825 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.109 0.005 0.023 12 R 0.013 0.874 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.055 0.007 0.028 13 S 0.011 0.875 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.045 0.007 0.038 14 L 0.023 0.760 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.087 0.020 0.055 15 H 0.032 0.582 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.241 0.020 0.062 16 L 0.091 0.493 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.142 0.035 0.142 17 Y 0.114 0.377 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.079 0.040 0.130 18 A 0.145 0.054 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.115 0.085 0.369 19 I 0.022 0.017 0.006 0.002 0.005 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.390 0.089 0.116 0.337 20 F 0.049 0.015 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.080 0.169 0.506 21 F 0.289 0.015 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.123 0.125 0.331 22 S 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.041 0.191 0.693 23 D 0.024 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.024 0.120 0.800 24 A 0.077 0.065 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.065 0.138 0.602 25 P 0.014 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.020 0.127 0.752 26 S 0.163 0.581 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.055 0.030 0.154 27 W 0.141 0.631 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.055 0.030 0.129 28 K 0.032 0.624 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.061 0.032 0.237 29 E 0.025 0.855 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.011 0.079 30 K 0.019 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.013 31 Y 0.008 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.004 0.023 32 E 0.004 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.011 33 A 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 34 I 0.005 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.004 35 Q 0.010 0.590 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.364 0.004 0.021 36 W 0.026 0.794 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.126 0.008 0.024 37 I 0.068 0.814 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.009 0.034 38 L 0.065 0.560 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.075 0.026 0.243 39 N 0.085 0.254 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.192 0.090 0.336 40 F 0.067 0.175 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.334 0.088 0.282 41 I 0.364 0.088 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.064 0.083 0.353 42 E 0.094 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.051 0.096 0.561 43 S 0.044 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.077 0.143 0.684 44 L 0.022 0.074 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.113 0.175 0.469 45 P 0.029 0.245 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.038 0.094 0.571 46 C 0.130 0.629 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.109 0.021 0.095 47 T 0.055 0.637 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.151 0.037 0.106 48 R 0.026 0.615 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.167 0.034 0.141 49 C 0.016 0.884 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.007 0.033 50 Q 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.015 51 H 0.011 0.442 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.490 0.007 0.042 52 H 0.007 0.846 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.006 0.019 53 A 0.035 0.936 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.009 54 F 0.032 0.155 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.692 0.009 0.066 55 S 0.062 0.508 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.193 0.043 0.159 56 Y 0.200 0.204 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.216 0.055 0.266 57 L 0.249 0.038 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.160 0.093 0.396 58 T 0.038 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.096 0.828 59 K 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.020 0.133 0.814 60 N 0.110 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.126 0.158 0.501 61 P 0.180 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.043 0.105 0.640 62 L 0.045 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.046 0.135 0.689 63 T 0.061 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.031 0.106 0.716 64 L 0.091 0.013 0.001 0.001 0.007 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.043 0.147 0.640 65 N 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.028 0.152 0.734 66 N 0.156 0.514 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.060 0.042 0.218 67 S 0.137 0.578 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.134 0.030 0.112 68 E 0.014 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.058 0.037 0.166 69 D 0.010 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.008 0.044 70 F 0.016 0.205 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.697 0.014 0.030 71 Q 0.006 0.820 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.143 0.004 0.019 72 Y 0.062 0.841 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.006 0.028 73 W 0.011 0.861 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.039 0.012 0.050 74 T 0.024 0.857 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.054 0.008 0.038 75 F 0.041 0.559 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.246 0.022 0.101 76 A 0.033 0.376 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.374 0.039 0.126 77 F 0.015 0.895 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.013 0.050 78 H 0.033 0.667 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.145 0.022 0.108 79 N 0.045 0.361 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.409 0.039 0.119 80 N 0.060 0.704 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.095 0.026 0.094 81 V 0.059 0.551 0.023 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.097 0.039 0.211 82 N 0.094 0.088 0.183 0.004 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.322 0.038 0.237 83 N 0.235 0.024 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.037 0.083 0.593 84 R 0.162 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.054 0.074 0.666 85 L 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.024 0.151 0.765 86 N 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.095 0.840 87 K 0.026 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.025 0.115 0.788 88 K 0.054 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.080 0.053 0.092 0.690 89 I 0.024 0.006 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.024 0.020 0.105 0.800 90 I 0.005 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.148 0.019 0.118 0.685 91 S 0.419 0.202 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.064 0.040 0.230 92 W 0.211 0.242 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.059 0.095 0.342 93 S 0.028 0.108 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.054 0.123 0.630 94 E 0.089 0.206 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.074 0.084 0.418 95 Y 0.154 0.156 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.090 0.087 0.398 96 K 0.086 0.081 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.100 0.064 0.091 0.546 97 N 0.044 0.063 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.156 0.061 0.093 0.557 98 I 0.021 0.018 0.005 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.117 0.082 0.126 0.613 99 Y 0.060 0.040 0.010 0.002 0.006 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.183 0.091 0.114 0.471 100 E 0.141 0.048 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.066 0.092 0.563 101 Q 0.160 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.072 0.100 0.567 102 S 0.076 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.048 0.121 0.668 103 I 0.043 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.040 0.126 0.709 104 L 0.021 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.031 0.121 0.736 105 K 0.074 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.083 0.075 0.115 0.590