# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106.089 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.397 0.123 0.035 0.075 0.061 0.052 0.073 0.057 0.055 0.043 0.030 2 S 0.350 0.166 0.043 0.133 0.087 0.053 0.058 0.042 0.033 0.021 0.013 3 M 0.093 0.118 0.041 0.124 0.110 0.105 0.121 0.098 0.088 0.065 0.038 4 L 0.104 0.093 0.044 0.154 0.154 0.122 0.125 0.089 0.059 0.034 0.023 5 H 0.188 0.139 0.081 0.162 0.108 0.090 0.094 0.057 0.039 0.027 0.014 6 W 0.017 0.019 0.017 0.048 0.059 0.097 0.156 0.140 0.188 0.155 0.105 7 G 0.097 0.091 0.047 0.102 0.088 0.078 0.124 0.098 0.118 0.096 0.062 8 P 0.029 0.032 0.044 0.109 0.120 0.134 0.169 0.115 0.117 0.080 0.052 9 K 0.099 0.116 0.102 0.171 0.135 0.106 0.116 0.065 0.046 0.027 0.017 10 Y 0.007 0.012 0.017 0.048 0.068 0.080 0.162 0.168 0.179 0.141 0.119 11 W 0.002 0.004 0.009 0.017 0.029 0.053 0.118 0.143 0.212 0.212 0.201 12 R 0.006 0.019 0.058 0.105 0.132 0.125 0.214 0.122 0.111 0.069 0.039 13 S 0.001 0.003 0.018 0.021 0.033 0.048 0.133 0.147 0.220 0.218 0.158 14 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.018 0.060 0.097 0.232 0.315 0.256 15 H 0.001 0.002 0.005 0.009 0.018 0.033 0.090 0.131 0.238 0.266 0.209 16 L 0.001 0.002 0.009 0.013 0.026 0.030 0.087 0.203 0.207 0.231 0.192 17 Y 0.001 0.002 0.009 0.015 0.026 0.038 0.117 0.199 0.230 0.234 0.129 18 A 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.012 0.038 0.085 0.204 0.286 0.356 19 I 0.002 0.003 0.010 0.019 0.036 0.078 0.149 0.158 0.217 0.204 0.125 20 F 0.009 0.021 0.052 0.087 0.102 0.144 0.223 0.133 0.115 0.079 0.035 21 F 0.006 0.011 0.021 0.030 0.042 0.077 0.182 0.176 0.180 0.155 0.121 22 S 0.133 0.164 0.074 0.150 0.109 0.096 0.119 0.056 0.049 0.031 0.020 23 D 0.372 0.208 0.063 0.124 0.079 0.051 0.055 0.023 0.013 0.007 0.005 24 A 0.396 0.226 0.052 0.115 0.074 0.048 0.043 0.021 0.012 0.008 0.005 25 P 0.359 0.173 0.038 0.096 0.078 0.070 0.082 0.045 0.029 0.018 0.011 26 S 0.252 0.385 0.071 0.123 0.065 0.042 0.032 0.015 0.008 0.005 0.003 27 W 0.188 0.127 0.069 0.147 0.127 0.107 0.116 0.059 0.034 0.017 0.009 28 K 0.574 0.137 0.079 0.107 0.047 0.023 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 29 E 0.042 0.136 0.138 0.226 0.156 0.130 0.094 0.043 0.020 0.011 0.004 30 K 0.025 0.056 0.084 0.135 0.152 0.160 0.173 0.114 0.054 0.035 0.011 31 Y 0.086 0.056 0.203 0.175 0.124 0.136 0.128 0.054 0.023 0.011 0.003 32 E 0.041 0.118 0.382 0.285 0.111 0.035 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 33 A 0.002 0.002 0.010 0.008 0.019 0.029 0.100 0.153 0.227 0.255 0.195 34 I 0.004 0.009 0.039 0.067 0.130 0.213 0.265 0.119 0.082 0.052 0.019 35 Q 0.007 0.031 0.570 0.183 0.090 0.052 0.037 0.016 0.008 0.005 0.002 36 W 0.001 0.002 0.015 0.016 0.032 0.133 0.280 0.157 0.174 0.135 0.055 37 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.043 0.074 0.247 0.313 0.305 38 L 0.005 0.012 0.085 0.116 0.159 0.164 0.186 0.112 0.079 0.054 0.027 39 N 0.007 0.013 0.098 0.071 0.097 0.145 0.229 0.138 0.095 0.069 0.039 40 F 0.001 0.002 0.007 0.011 0.017 0.034 0.097 0.145 0.233 0.243 0.209 41 I 0.004 0.005 0.007 0.016 0.027 0.058 0.142 0.153 0.229 0.213 0.146 42 E 0.039 0.082 0.134 0.230 0.187 0.107 0.097 0.054 0.037 0.019 0.014 43 S 0.021 0.020 0.037 0.045 0.065 0.093 0.175 0.151 0.141 0.143 0.111 44 L 0.018 0.016 0.013 0.038 0.057 0.106 0.182 0.168 0.172 0.139 0.090 45 P 0.091 0.195 0.065 0.126 0.094 0.082 0.119 0.084 0.069 0.049 0.027 46 C 0.016 0.020 0.024 0.059 0.092 0.123 0.203 0.143 0.144 0.097 0.080 47 T 0.614 0.121 0.079 0.087 0.042 0.022 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 48 R 0.110 0.109 0.075 0.251 0.189 0.102 0.094 0.041 0.016 0.008 0.004 49 C 0.003 0.012 0.009 0.012 0.021 0.038 0.097 0.134 0.219 0.272 0.183 50 Q 0.011 0.022 0.033 0.116 0.191 0.240 0.240 0.080 0.042 0.019 0.007 51 H 0.120 0.060 0.660 0.120 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 52 H 0.004 0.010 0.026 0.068 0.100 0.276 0.325 0.099 0.055 0.028 0.009 53 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.026 0.069 0.237 0.324 0.332 54 F 0.004 0.007 0.084 0.099 0.183 0.253 0.237 0.076 0.034 0.018 0.005 55 S 0.002 0.018 0.818 0.108 0.036 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.003 0.003 0.014 0.021 0.045 0.138 0.308 0.207 0.129 0.092 0.041 57 L 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.023 0.084 0.118 0.251 0.307 0.197 58 T 0.024 0.062 0.321 0.225 0.161 0.089 0.067 0.026 0.014 0.007 0.003 59 K 0.035 0.093 0.336 0.197 0.140 0.087 0.059 0.026 0.012 0.009 0.005 60 N 0.062 0.057 0.032 0.050 0.066 0.114 0.224 0.154 0.116 0.077 0.046 61 P 0.437 0.169 0.045 0.123 0.076 0.046 0.045 0.029 0.016 0.009 0.005 62 L 0.091 0.041 0.051 0.069 0.073 0.117 0.163 0.123 0.123 0.097 0.054 63 T 0.104 0.218 0.080 0.221 0.148 0.087 0.077 0.033 0.019 0.009 0.005 64 L 0.018 0.010 0.011 0.016 0.028 0.043 0.120 0.145 0.205 0.190 0.213 65 N 0.214 0.236 0.113 0.216 0.123 0.045 0.026 0.014 0.007 0.004 0.002 66 N 0.107 0.214 0.065 0.154 0.106 0.098 0.102 0.062 0.044 0.032 0.015 67 S 0.207 0.164 0.035 0.147 0.134 0.101 0.088 0.055 0.034 0.022 0.014 68 E 0.641 0.129 0.043 0.087 0.038 0.023 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 69 D 0.060 0.090 0.079 0.226 0.160 0.146 0.128 0.054 0.032 0.017 0.008 70 F 0.001 0.003 0.005 0.009 0.017 0.038 0.088 0.111 0.242 0.243 0.242 71 Q 0.006 0.016 0.030 0.076 0.120 0.144 0.206 0.151 0.121 0.084 0.045 72 Y 0.005 0.013 0.090 0.097 0.102 0.153 0.193 0.116 0.107 0.084 0.040 73 W 0.001 0.002 0.007 0.014 0.024 0.057 0.140 0.166 0.217 0.214 0.158 74 T 0.001 0.002 0.005 0.010 0.015 0.023 0.064 0.117 0.239 0.282 0.242 75 F 0.002 0.002 0.008 0.015 0.030 0.061 0.147 0.164 0.220 0.201 0.149 76 A 0.017 0.032 0.102 0.162 0.162 0.139 0.147 0.092 0.071 0.048 0.029 77 F 0.005 0.009 0.018 0.032 0.056 0.103 0.212 0.198 0.168 0.123 0.076 78 H 0.007 0.013 0.017 0.035 0.046 0.061 0.128 0.148 0.196 0.183 0.166 79 N 0.030 0.021 0.038 0.063 0.079 0.114 0.197 0.137 0.144 0.103 0.076 80 N 0.108 0.144 0.146 0.225 0.165 0.086 0.064 0.029 0.016 0.008 0.007 81 V 0.011 0.013 0.017 0.024 0.037 0.039 0.103 0.146 0.197 0.203 0.210 82 N 0.016 0.020 0.018 0.070 0.105 0.132 0.197 0.150 0.124 0.103 0.066 83 N 0.151 0.152 0.265 0.208 0.103 0.052 0.035 0.015 0.010 0.005 0.003 84 R 0.064 0.092 0.086 0.179 0.162 0.157 0.143 0.060 0.030 0.017 0.010 85 L 0.021 0.017 0.014 0.023 0.030 0.037 0.101 0.129 0.205 0.207 0.216 86 N 0.326 0.234 0.085 0.160 0.086 0.039 0.035 0.017 0.009 0.005 0.003 87 K 0.109 0.121 0.152 0.194 0.139 0.096 0.071 0.043 0.035 0.025 0.014 88 K 0.252 0.236 0.079 0.173 0.107 0.062 0.049 0.024 0.010 0.006 0.003 89 I 0.064 0.063 0.039 0.123 0.120 0.152 0.177 0.118 0.073 0.052 0.019 90 I 0.104 0.046 0.048 0.078 0.089 0.158 0.188 0.121 0.085 0.059 0.023 91 S 0.043 0.293 0.122 0.224 0.112 0.076 0.067 0.030 0.018 0.011 0.004 92 W 0.008 0.008 0.011 0.022 0.046 0.091 0.196 0.157 0.194 0.146 0.120 93 S 0.771 0.108 0.050 0.047 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.090 0.116 0.107 0.309 0.171 0.098 0.063 0.026 0.012 0.005 0.003 95 Y 0.007 0.009 0.008 0.012 0.020 0.030 0.077 0.119 0.198 0.248 0.271 96 K 0.026 0.049 0.056 0.181 0.230 0.182 0.145 0.072 0.033 0.018 0.007 97 N 0.057 0.091 0.501 0.194 0.077 0.042 0.020 0.010 0.004 0.003 0.001 98 I 0.021 0.027 0.039 0.100 0.112 0.192 0.244 0.121 0.076 0.047 0.020 99 Y 0.016 0.014 0.010 0.017 0.024 0.050 0.151 0.166 0.227 0.192 0.133 100 E 0.162 0.301 0.201 0.201 0.082 0.027 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 101 Q 0.286 0.103 0.109 0.137 0.113 0.073 0.084 0.047 0.025 0.015 0.010 102 S 0.608 0.188 0.039 0.075 0.036 0.019 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 103 I 0.124 0.106 0.043 0.112 0.109 0.116 0.150 0.103 0.071 0.041 0.026 104 L 0.162 0.204 0.116 0.160 0.122 0.078 0.068 0.044 0.024 0.014 0.009 105 K 0.259 0.171 0.095 0.148 0.110 0.068 0.073 0.039 0.021 0.010 0.006