# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106.089 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.010 0.001 0.001 0.006 0.004 0.007 0.018 0.001 0.001 0.001 0.953 2 S 0.027 0.004 0.001 0.022 0.019 0.031 0.082 0.001 0.001 0.001 0.812 3 M 0.084 0.006 0.002 0.017 0.009 0.019 0.046 0.001 0.001 0.003 0.814 4 L 0.037 0.019 0.001 0.028 0.016 0.036 0.299 0.001 0.001 0.005 0.557 5 H 0.179 0.021 0.006 0.017 0.016 0.029 0.207 0.002 0.001 0.009 0.514 6 W 0.171 0.210 0.029 0.022 0.015 0.037 0.096 0.005 0.001 0.008 0.405 7 G 0.074 0.096 0.006 0.010 0.015 0.031 0.117 0.002 0.001 0.002 0.646 8 P 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.978 9 K 0.047 0.123 0.002 0.005 0.012 0.025 0.105 0.001 0.001 0.001 0.680 10 Y 0.089 0.427 0.004 0.003 0.004 0.007 0.161 0.002 0.001 0.001 0.302 11 W 0.015 0.862 0.003 0.002 0.005 0.009 0.020 0.002 0.001 0.001 0.080 12 R 0.003 0.947 0.003 0.001 0.004 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.028 13 S 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 14 L 0.002 0.978 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 15 H 0.002 0.979 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 16 L 0.005 0.961 0.003 0.001 0.003 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.014 17 Y 0.009 0.939 0.009 0.002 0.009 0.011 0.001 0.010 0.001 0.001 0.010 18 A 0.020 0.864 0.010 0.003 0.019 0.031 0.002 0.015 0.001 0.001 0.035 19 I 0.052 0.565 0.023 0.016 0.073 0.093 0.011 0.046 0.001 0.001 0.120 20 F 0.076 0.346 0.087 0.016 0.086 0.119 0.023 0.046 0.001 0.002 0.199 21 F 0.060 0.175 0.070 0.032 0.128 0.172 0.040 0.024 0.001 0.002 0.297 22 S 0.008 0.008 0.006 0.012 0.025 0.037 0.042 0.002 0.001 0.001 0.860 23 D 0.034 0.005 0.008 0.015 0.018 0.046 0.055 0.002 0.001 0.003 0.814 24 A 0.139 0.012 0.011 0.022 0.034 0.032 0.168 0.002 0.001 0.012 0.568 25 P 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.984 26 S 0.031 0.006 0.002 0.014 0.019 0.035 0.270 0.001 0.001 0.004 0.619 27 W 0.077 0.011 0.001 0.004 0.004 0.007 0.079 0.001 0.001 0.006 0.811 28 K 0.027 0.068 0.002 0.005 0.007 0.016 0.351 0.001 0.001 0.009 0.514 29 E 0.098 0.057 0.003 0.002 0.003 0.006 0.394 0.001 0.001 0.012 0.423 30 K 0.104 0.501 0.004 0.001 0.002 0.006 0.104 0.002 0.001 0.003 0.273 31 Y 0.023 0.638 0.004 0.001 0.002 0.004 0.066 0.002 0.001 0.001 0.259 32 E 0.016 0.701 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.220 33 A 0.013 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.077 34 I 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 35 Q 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 36 W 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 37 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 38 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 39 N 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.008 40 F 0.027 0.936 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.011 41 I 0.019 0.919 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.018 42 E 0.034 0.809 0.037 0.002 0.002 0.002 0.006 0.046 0.001 0.001 0.062 43 S 0.175 0.519 0.068 0.006 0.002 0.003 0.008 0.082 0.001 0.001 0.135 44 L 0.222 0.412 0.144 0.012 0.011 0.010 0.016 0.041 0.001 0.002 0.130 45 P 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.977 46 C 0.025 0.019 0.015 0.034 0.013 0.035 0.071 0.001 0.001 0.001 0.785 47 T 0.065 0.054 0.003 0.016 0.008 0.017 0.096 0.001 0.001 0.005 0.734 48 R 0.054 0.061 0.002 0.008 0.002 0.004 0.186 0.001 0.001 0.002 0.680 49 C 0.124 0.159 0.006 0.011 0.004 0.011 0.097 0.002 0.001 0.003 0.584 50 Q 0.056 0.594 0.005 0.007 0.006 0.015 0.059 0.003 0.001 0.002 0.253 51 H 0.028 0.714 0.002 0.003 0.002 0.004 0.024 0.003 0.001 0.001 0.220 52 H 0.051 0.795 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 0.001 0.001 0.121 53 A 0.032 0.889 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.063 54 F 0.013 0.893 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.078 55 S 0.022 0.854 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.106 56 Y 0.049 0.889 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.042 57 L 0.041 0.914 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.018 58 T 0.038 0.869 0.016 0.004 0.002 0.005 0.002 0.029 0.001 0.001 0.034 59 K 0.227 0.513 0.012 0.006 0.003 0.005 0.006 0.085 0.001 0.001 0.141 60 N 0.372 0.285 0.029 0.012 0.015 0.012 0.020 0.080 0.001 0.002 0.173 61 P 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.981 62 L 0.009 0.010 0.027 0.050 0.024 0.049 0.323 0.001 0.001 0.003 0.502 63 T 0.092 0.014 0.004 0.021 0.023 0.026 0.124 0.002 0.001 0.015 0.679 64 L 0.149 0.062 0.013 0.054 0.032 0.045 0.057 0.003 0.001 0.006 0.578 65 N 0.063 0.032 0.009 0.087 0.032 0.057 0.203 0.003 0.001 0.007 0.507 66 N 0.051 0.010 0.002 0.028 0.010 0.013 0.126 0.001 0.001 0.006 0.752 67 S 0.097 0.027 0.006 0.034 0.014 0.021 0.167 0.001 0.001 0.017 0.616 68 E 0.030 0.016 0.004 0.006 0.005 0.009 0.478 0.001 0.001 0.027 0.423 69 D 0.121 0.025 0.008 0.005 0.009 0.013 0.583 0.001 0.001 0.018 0.218 70 F 0.133 0.262 0.015 0.012 0.038 0.044 0.146 0.002 0.001 0.006 0.343 71 Q 0.014 0.571 0.008 0.015 0.071 0.099 0.077 0.001 0.001 0.001 0.141 72 Y 0.013 0.560 0.002 0.016 0.071 0.123 0.042 0.002 0.001 0.001 0.169 73 W 0.016 0.688 0.002 0.011 0.067 0.095 0.021 0.002 0.001 0.001 0.096 74 T 0.013 0.799 0.003 0.009 0.042 0.068 0.014 0.003 0.001 0.001 0.050 75 F 0.014 0.791 0.005 0.008 0.041 0.066 0.010 0.006 0.001 0.001 0.059 76 A 0.020 0.805 0.007 0.005 0.032 0.049 0.012 0.008 0.001 0.001 0.062 77 F 0.033 0.816 0.007 0.004 0.010 0.019 0.014 0.008 0.001 0.001 0.088 78 H 0.055 0.773 0.008 0.006 0.014 0.027 0.020 0.014 0.001 0.001 0.082 79 N 0.079 0.650 0.012 0.006 0.011 0.017 0.030 0.018 0.001 0.001 0.177 80 N 0.069 0.611 0.022 0.008 0.007 0.011 0.038 0.014 0.001 0.001 0.220 81 V 0.043 0.636 0.016 0.009 0.008 0.011 0.090 0.012 0.001 0.002 0.174 82 N 0.078 0.627 0.012 0.008 0.010 0.016 0.054 0.019 0.001 0.003 0.173 83 N 0.084 0.634 0.025 0.014 0.014 0.028 0.031 0.020 0.001 0.004 0.144 84 R 0.079 0.557 0.025 0.014 0.010 0.013 0.088 0.022 0.001 0.004 0.188 85 L 0.162 0.513 0.021 0.009 0.009 0.012 0.066 0.022 0.001 0.005 0.180 86 N 0.186 0.234 0.036 0.022 0.019 0.032 0.087 0.027 0.001 0.015 0.341 87 K 0.271 0.073 0.100 0.022 0.017 0.020 0.081 0.009 0.001 0.008 0.399 88 K 0.024 0.011 0.003 0.017 0.011 0.009 0.073 0.001 0.001 0.001 0.850 89 I 0.085 0.009 0.014 0.023 0.041 0.066 0.035 0.002 0.001 0.003 0.722 90 I 0.091 0.046 0.009 0.084 0.064 0.130 0.141 0.004 0.001 0.007 0.423 91 S 0.039 0.018 0.004 0.032 0.039 0.047 0.177 0.002 0.001 0.003 0.639 92 W 0.025 0.011 0.001 0.017 0.007 0.019 0.021 0.001 0.001 0.001 0.896 93 S 0.010 0.014 0.001 0.017 0.009 0.023 0.493 0.001 0.001 0.010 0.423 94 E 0.195 0.019 0.002 0.006 0.004 0.005 0.435 0.001 0.001 0.014 0.319 95 Y 0.127 0.351 0.012 0.008 0.010 0.016 0.106 0.003 0.001 0.006 0.362 96 K 0.046 0.509 0.013 0.014 0.026 0.040 0.116 0.005 0.001 0.003 0.228 97 N 0.066 0.429 0.003 0.011 0.016 0.024 0.047 0.008 0.001 0.003 0.393 98 I 0.179 0.489 0.008 0.013 0.035 0.041 0.021 0.017 0.001 0.002 0.196 99 Y 0.094 0.465 0.022 0.021 0.037 0.047 0.060 0.022 0.001 0.002 0.229 100 E 0.046 0.275 0.025 0.019 0.040 0.057 0.073 0.014 0.001 0.003 0.449 101 Q 0.054 0.138 0.011 0.018 0.032 0.070 0.049 0.007 0.001 0.005 0.615 102 S 0.190 0.087 0.010 0.017 0.028 0.043 0.112 0.008 0.001 0.011 0.494 103 I 0.287 0.090 0.029 0.013 0.015 0.025 0.102 0.007 0.001 0.009 0.423 104 L 0.121 0.159 0.032 0.030 0.036 0.070 0.162 0.008 0.001 0.010 0.373 105 K 0.099 0.064 0.010 0.022 0.031 0.044 0.102 0.006 0.001 0.006 0.616