# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106.089 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.054 0.012 0.084 0.020 0.095 0.009 0.048 0.271 0.005 0.399 0.003 2 S 0.170 0.135 0.433 0.104 0.040 0.050 0.023 0.006 0.029 0.007 0.004 3 M 0.370 0.115 0.365 0.054 0.021 0.041 0.007 0.002 0.017 0.003 0.005 4 L 0.625 0.103 0.151 0.084 0.010 0.010 0.007 0.002 0.006 0.001 0.002 5 H 0.360 0.149 0.151 0.161 0.043 0.051 0.042 0.010 0.024 0.006 0.003 6 W 0.223 0.144 0.232 0.291 0.033 0.017 0.026 0.002 0.027 0.003 0.002 7 G 0.049 0.019 0.196 0.010 0.120 0.016 0.028 0.051 0.056 0.452 0.001 8 P 0.791 0.002 0.161 0.028 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 9 K 0.827 0.017 0.029 0.088 0.017 0.005 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 10 Y 0.911 0.025 0.021 0.027 0.008 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 11 W 0.970 0.013 0.008 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.984 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.985 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.989 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 H 0.987 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.982 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.972 0.015 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.867 0.055 0.020 0.028 0.017 0.004 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 19 I 0.782 0.113 0.024 0.048 0.008 0.009 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 20 F 0.535 0.084 0.108 0.161 0.018 0.049 0.027 0.001 0.015 0.001 0.001 21 F 0.249 0.161 0.196 0.194 0.045 0.028 0.032 0.003 0.088 0.004 0.001 22 S 0.554 0.035 0.246 0.075 0.011 0.017 0.031 0.003 0.008 0.008 0.012 23 D 0.280 0.050 0.115 0.465 0.014 0.024 0.033 0.007 0.007 0.002 0.002 24 A 0.029 0.171 0.436 0.010 0.063 0.017 0.017 0.001 0.247 0.008 0.001 25 P 0.411 0.002 0.492 0.021 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 26 S 0.320 0.124 0.267 0.128 0.041 0.041 0.024 0.018 0.031 0.005 0.001 27 W 0.724 0.024 0.145 0.084 0.005 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 28 K 0.779 0.028 0.043 0.130 0.004 0.007 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 29 E 0.743 0.059 0.073 0.069 0.016 0.017 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 30 K 0.958 0.003 0.016 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.983 0.004 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.991 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.953 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 F 0.878 0.004 0.010 0.103 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 I 0.934 0.016 0.013 0.026 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 42 E 0.859 0.022 0.020 0.075 0.004 0.005 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 43 S 0.411 0.055 0.099 0.321 0.016 0.031 0.047 0.010 0.009 0.001 0.001 44 L 0.129 0.265 0.330 0.015 0.060 0.023 0.018 0.001 0.153 0.005 0.001 45 P 0.333 0.004 0.561 0.015 0.003 0.055 0.002 0.001 0.002 0.005 0.021 46 C 0.525 0.048 0.154 0.176 0.014 0.046 0.010 0.009 0.014 0.003 0.001 47 T 0.906 0.011 0.037 0.032 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 48 R 0.878 0.020 0.023 0.059 0.005 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 49 C 0.862 0.017 0.039 0.052 0.009 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 50 Q 0.990 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 H 0.991 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 H 0.976 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.988 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.958 0.001 0.003 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.929 0.005 0.012 0.048 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 58 T 0.872 0.016 0.025 0.057 0.002 0.005 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 59 K 0.571 0.028 0.039 0.334 0.006 0.006 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 60 N 0.050 0.081 0.378 0.019 0.023 0.019 0.022 0.002 0.403 0.004 0.001 61 P 0.639 0.002 0.310 0.016 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 62 L 0.587 0.079 0.180 0.103 0.013 0.013 0.011 0.005 0.006 0.001 0.001 63 T 0.220 0.199 0.274 0.172 0.042 0.053 0.014 0.004 0.020 0.001 0.001 64 L 0.187 0.347 0.249 0.104 0.052 0.027 0.009 0.002 0.020 0.002 0.002 65 N 0.152 0.110 0.176 0.306 0.050 0.114 0.047 0.013 0.019 0.010 0.003 66 N 0.121 0.154 0.268 0.143 0.083 0.066 0.055 0.010 0.087 0.011 0.001 67 S 0.658 0.027 0.214 0.040 0.013 0.016 0.011 0.002 0.010 0.008 0.002 68 E 0.944 0.006 0.020 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.891 0.010 0.016 0.067 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 70 F 0.958 0.006 0.008 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.989 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.992 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 W 0.976 0.008 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 T 0.960 0.016 0.006 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 F 0.966 0.014 0.006 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.935 0.015 0.012 0.024 0.004 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 77 F 0.713 0.020 0.026 0.211 0.008 0.008 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 78 H 0.450 0.023 0.040 0.409 0.018 0.012 0.027 0.007 0.010 0.003 0.001 79 N 0.493 0.023 0.069 0.206 0.020 0.013 0.135 0.025 0.007 0.008 0.001 80 N 0.591 0.049 0.066 0.165 0.023 0.033 0.055 0.010 0.006 0.002 0.001 81 V 0.615 0.170 0.097 0.077 0.009 0.014 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 82 N 0.509 0.087 0.201 0.076 0.017 0.064 0.021 0.003 0.016 0.003 0.003 83 N 0.677 0.070 0.051 0.134 0.032 0.013 0.009 0.003 0.008 0.002 0.001 84 R 0.568 0.123 0.093 0.139 0.014 0.019 0.017 0.002 0.023 0.001 0.001 85 L 0.309 0.080 0.109 0.409 0.014 0.007 0.055 0.001 0.014 0.001 0.001 86 N 0.015 0.009 0.027 0.039 0.032 0.010 0.569 0.256 0.005 0.036 0.001 87 K 0.043 0.190 0.626 0.031 0.039 0.031 0.014 0.004 0.017 0.004 0.001 88 K 0.145 0.133 0.593 0.050 0.006 0.055 0.005 0.001 0.008 0.001 0.004 89 I 0.164 0.345 0.244 0.127 0.034 0.062 0.011 0.001 0.010 0.001 0.001 90 I 0.072 0.553 0.170 0.047 0.112 0.024 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 91 S 0.024 0.147 0.459 0.019 0.045 0.191 0.013 0.001 0.095 0.004 0.001 92 W 0.763 0.019 0.142 0.041 0.006 0.015 0.003 0.001 0.004 0.003 0.003 93 S 0.737 0.045 0.048 0.126 0.011 0.007 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 94 E 0.598 0.113 0.070 0.138 0.030 0.018 0.015 0.002 0.015 0.001 0.001 95 Y 0.675 0.077 0.135 0.077 0.008 0.012 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 96 K 0.828 0.053 0.054 0.036 0.004 0.006 0.012 0.002 0.004 0.001 0.001 97 N 0.585 0.119 0.081 0.109 0.052 0.016 0.020 0.004 0.012 0.001 0.001 98 I 0.516 0.125 0.156 0.147 0.010 0.025 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 99 Y 0.161 0.266 0.309 0.077 0.067 0.034 0.015 0.002 0.066 0.003 0.001 100 E 0.399 0.090 0.333 0.062 0.015 0.052 0.017 0.002 0.018 0.005 0.006 101 Q 0.461 0.089 0.179 0.178 0.029 0.023 0.017 0.006 0.012 0.004 0.002 102 S 0.464 0.093 0.153 0.131 0.036 0.033 0.044 0.018 0.019 0.008 0.002 103 I 0.322 0.200 0.239 0.147 0.025 0.022 0.017 0.001 0.024 0.001 0.001 104 L 0.302 0.149 0.288 0.131 0.029 0.033 0.032 0.006 0.018 0.007 0.004 105 K 0.200 0.169 0.271 0.125 0.070 0.037 0.063 0.018 0.034 0.011 0.003