# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106.089 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.081 0.204 0.094 0.032 0.191 0.041 0.072 0.090 0.068 0.083 0.044 2 S 0.125 0.247 0.165 0.019 0.290 0.009 0.011 0.032 0.027 0.030 0.046 3 M 0.070 0.058 0.016 0.006 0.097 0.010 0.020 0.201 0.407 0.085 0.028 4 L 0.041 0.080 0.036 0.017 0.086 0.037 0.087 0.264 0.205 0.120 0.025 5 H 0.132 0.066 0.033 0.014 0.132 0.017 0.062 0.148 0.084 0.233 0.079 6 W 0.059 0.119 0.086 0.092 0.093 0.048 0.058 0.134 0.078 0.185 0.048 7 G 0.018 0.137 0.353 0.278 0.034 0.019 0.010 0.070 0.039 0.031 0.013 8 P 0.014 0.040 0.022 0.007 0.028 0.009 0.022 0.627 0.197 0.024 0.009 9 K 0.008 0.024 0.008 0.003 0.016 0.006 0.016 0.767 0.121 0.023 0.006 10 Y 0.010 0.009 0.004 0.002 0.013 0.002 0.007 0.870 0.066 0.012 0.005 11 W 0.008 0.005 0.002 0.001 0.012 0.001 0.002 0.922 0.042 0.004 0.002 12 R 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.960 0.021 0.001 0.001 13 S 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.970 0.013 0.001 0.001 14 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.970 0.014 0.001 0.001 15 H 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.957 0.023 0.001 0.001 16 L 0.008 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.938 0.031 0.002 0.001 17 Y 0.010 0.006 0.002 0.003 0.014 0.002 0.027 0.871 0.058 0.006 0.002 18 A 0.029 0.015 0.004 0.003 0.039 0.003 0.034 0.755 0.095 0.016 0.007 19 I 0.052 0.049 0.009 0.005 0.092 0.004 0.075 0.591 0.087 0.022 0.013 20 F 0.103 0.081 0.035 0.010 0.123 0.011 0.093 0.312 0.085 0.093 0.054 21 F 0.067 0.245 0.108 0.024 0.157 0.020 0.038 0.128 0.084 0.067 0.062 22 S 0.040 0.156 0.065 0.035 0.090 0.037 0.116 0.237 0.143 0.057 0.024 23 D 0.042 0.085 0.066 0.034 0.065 0.041 0.118 0.135 0.130 0.230 0.055 24 A 0.098 0.244 0.128 0.019 0.219 0.008 0.019 0.046 0.040 0.110 0.070 25 P 0.058 0.272 0.124 0.027 0.142 0.029 0.052 0.103 0.072 0.079 0.042 26 S 0.078 0.387 0.170 0.009 0.228 0.005 0.007 0.044 0.019 0.021 0.032 27 W 0.020 0.039 0.008 0.002 0.032 0.004 0.010 0.468 0.359 0.045 0.012 28 K 0.007 0.016 0.012 0.004 0.011 0.011 0.023 0.691 0.178 0.040 0.007 29 E 0.014 0.042 0.015 0.002 0.023 0.004 0.015 0.713 0.092 0.070 0.009 30 K 0.010 0.009 0.004 0.001 0.011 0.002 0.004 0.839 0.085 0.029 0.006 31 Y 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.920 0.059 0.003 0.001 32 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.961 0.025 0.003 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.024 0.003 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 36 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.008 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.029 0.002 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.958 0.034 0.001 0.001 39 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.943 0.023 0.006 0.001 40 F 0.008 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.016 0.848 0.092 0.019 0.003 41 I 0.009 0.014 0.005 0.003 0.014 0.006 0.019 0.726 0.181 0.017 0.006 42 E 0.008 0.018 0.007 0.003 0.015 0.007 0.059 0.694 0.140 0.043 0.006 43 S 0.030 0.036 0.023 0.006 0.034 0.009 0.071 0.471 0.127 0.170 0.024 44 L 0.036 0.322 0.116 0.016 0.107 0.012 0.039 0.227 0.058 0.038 0.030 45 P 0.032 0.134 0.064 0.016 0.037 0.015 0.031 0.383 0.120 0.132 0.036 46 C 0.025 0.109 0.041 0.006 0.075 0.006 0.012 0.568 0.114 0.031 0.013 47 T 0.005 0.016 0.007 0.003 0.009 0.006 0.019 0.818 0.103 0.011 0.003 48 R 0.006 0.012 0.006 0.002 0.006 0.003 0.025 0.800 0.089 0.046 0.005 49 C 0.009 0.022 0.010 0.002 0.014 0.002 0.004 0.841 0.061 0.031 0.005 50 Q 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.910 0.066 0.005 0.001 51 H 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.937 0.032 0.004 0.001 52 H 0.003 0.011 0.005 0.001 0.003 0.001 0.005 0.903 0.036 0.031 0.002 53 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.058 0.013 0.001 54 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.076 0.002 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.962 0.023 0.002 0.001 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.856 0.107 0.027 0.001 57 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.015 0.676 0.253 0.039 0.003 58 T 0.003 0.009 0.005 0.002 0.008 0.016 0.063 0.605 0.209 0.077 0.003 59 K 0.025 0.068 0.062 0.008 0.041 0.021 0.249 0.198 0.098 0.216 0.014 60 N 0.133 0.267 0.113 0.013 0.250 0.010 0.017 0.027 0.024 0.082 0.064 61 P 0.144 0.114 0.041 0.017 0.141 0.017 0.038 0.131 0.208 0.095 0.054 62 L 0.069 0.154 0.042 0.012 0.166 0.021 0.058 0.188 0.191 0.068 0.032 63 T 0.111 0.107 0.032 0.009 0.260 0.022 0.084 0.144 0.086 0.093 0.051 64 L 0.209 0.089 0.027 0.008 0.232 0.015 0.045 0.098 0.066 0.127 0.083 65 N 0.039 0.076 0.080 0.114 0.085 0.121 0.113 0.089 0.060 0.175 0.048 66 N 0.068 0.255 0.325 0.073 0.168 0.009 0.006 0.019 0.014 0.034 0.027 67 S 0.036 0.035 0.009 0.004 0.062 0.005 0.010 0.279 0.471 0.074 0.016 68 E 0.003 0.014 0.010 0.005 0.006 0.014 0.026 0.559 0.319 0.040 0.004 69 D 0.017 0.014 0.007 0.002 0.017 0.004 0.023 0.651 0.124 0.125 0.016 70 F 0.051 0.052 0.011 0.002 0.075 0.004 0.007 0.629 0.118 0.037 0.014 71 Q 0.017 0.016 0.005 0.005 0.025 0.009 0.016 0.804 0.086 0.010 0.005 72 Y 0.025 0.009 0.004 0.004 0.029 0.003 0.015 0.816 0.070 0.018 0.007 73 W 0.029 0.027 0.005 0.004 0.045 0.003 0.031 0.806 0.038 0.009 0.004 74 T 0.050 0.017 0.005 0.003 0.046 0.002 0.014 0.773 0.055 0.021 0.014 75 F 0.020 0.036 0.007 0.003 0.056 0.004 0.012 0.755 0.087 0.012 0.009 76 A 0.020 0.020 0.008 0.003 0.028 0.003 0.027 0.816 0.059 0.011 0.006 77 F 0.021 0.015 0.005 0.003 0.016 0.003 0.029 0.788 0.089 0.028 0.006 78 H 0.013 0.025 0.010 0.007 0.026 0.009 0.024 0.723 0.118 0.035 0.011 79 N 0.011 0.020 0.010 0.005 0.020 0.006 0.017 0.777 0.099 0.026 0.009 80 N 0.013 0.017 0.006 0.003 0.012 0.002 0.028 0.801 0.079 0.035 0.005 81 V 0.020 0.052 0.012 0.005 0.036 0.006 0.024 0.705 0.093 0.038 0.008 82 N 0.021 0.020 0.007 0.006 0.031 0.008 0.018 0.702 0.144 0.031 0.013 83 N 0.006 0.012 0.008 0.003 0.012 0.006 0.054 0.719 0.140 0.035 0.005 84 R 0.034 0.062 0.029 0.008 0.040 0.015 0.091 0.455 0.104 0.139 0.024 85 L 0.041 0.295 0.088 0.035 0.079 0.028 0.060 0.165 0.075 0.094 0.040 86 N 0.069 0.097 0.070 0.092 0.064 0.036 0.045 0.111 0.091 0.233 0.092 87 K 0.043 0.302 0.174 0.048 0.144 0.017 0.037 0.092 0.077 0.046 0.021 88 K 0.082 0.199 0.080 0.015 0.232 0.022 0.063 0.125 0.082 0.059 0.042 89 I 0.202 0.145 0.024 0.005 0.288 0.009 0.038 0.067 0.049 0.096 0.077 90 I 0.069 0.285 0.145 0.025 0.247 0.032 0.033 0.030 0.023 0.055 0.056 91 S 0.135 0.345 0.133 0.010 0.319 0.003 0.003 0.010 0.006 0.010 0.024 92 W 0.031 0.023 0.006 0.002 0.046 0.005 0.010 0.238 0.561 0.062 0.014 93 S 0.019 0.046 0.025 0.011 0.037 0.030 0.071 0.437 0.231 0.081 0.012 94 E 0.094 0.078 0.029 0.007 0.120 0.010 0.054 0.327 0.092 0.146 0.042 95 Y 0.147 0.097 0.034 0.013 0.166 0.019 0.020 0.247 0.130 0.085 0.042 96 K 0.053 0.083 0.023 0.025 0.092 0.060 0.085 0.342 0.171 0.046 0.022 97 N 0.140 0.087 0.033 0.010 0.260 0.011 0.046 0.192 0.071 0.101 0.047 98 I 0.189 0.143 0.031 0.009 0.266 0.011 0.044 0.117 0.037 0.097 0.055 99 Y 0.087 0.308 0.190 0.019 0.210 0.015 0.018 0.050 0.021 0.024 0.058 100 E 0.103 0.223 0.097 0.043 0.147 0.028 0.036 0.148 0.083 0.051 0.042 101 Q 0.040 0.102 0.062 0.031 0.076 0.044 0.102 0.233 0.191 0.093 0.027 102 S 0.068 0.118 0.067 0.026 0.108 0.025 0.049 0.156 0.129 0.193 0.061 103 I 0.107 0.138 0.048 0.015 0.182 0.016 0.044 0.147 0.096 0.142 0.063 104 L 0.087 0.200 0.088 0.040 0.161 0.037 0.043 0.107 0.078 0.108 0.051 105 K 0.101 0.205 0.121 0.050 0.179 0.030 0.037 0.109 0.063 0.062 0.042